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目的:对呼吸道标本中新型冠状病毒进行二代测序(NGS),获取基因组序列并分析测序影响因素。方法:2020年1月,收集广东省新型冠状病毒感染病例的上呼吸道和下呼吸道标本共计8份,运用RNA建库的方法进行测序,获得新型冠状病毒的基因组序列,采用生物信息学软件包(CLC Genomics Workbench 12.0)对基因组序列进行分析比较。结果:从8例呼吸道标本中获得5个新型冠状病毒基因组序列,其中2份来自下呼吸道标本。与新冠病毒的核苷酸同源性为97.74%~99.90%。Ct值低的样本,测序深度、覆盖度和相对丰度高。结论:标本中新型冠状病毒的Ct值低,测序质量好。 相似文献
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目的 分析广东省发热呼吸道综合征病毒性病原谱,为了解呼吸道病毒在广东省人群中的流行进化规律、提高广东省不明原因肺炎的临床诊疗及疫苗的研发提供重要的实验室依据.方法 收集2009-2012年广东省东西南北中5个城市的1 484份住院发热呼吸道标本,应用自行设计的实时荧光定量PCR引物和探针,对流感病毒(Flu)、腺病毒(ADV)、呼吸道合胞病毒(RSv)、偏肺病毒(MPV)、副流感病毒(PIV)、博卡病毒(BoV)和冠状病-毒(Cov)等7种常见呼吸道病毒进行检测.结果 Flu是这4年广东省人群发热呼吸道综合征的主要病毒性病原体,有季节分布规律(2-3月、7-8月和11-12月高发)和年龄分布规律(在<1岁的婴儿中高发),但没有明显的性别分布差异.ADV、RSV、PIV、MPV和BoV这5种病毒的阳性率均没有明显的季节分布规律和性别差异,但有年龄分布特征:ADV在<1岁的婴儿中高发,RSV、PIV、MPV和BoV这4种病毒均在1~2岁的幼儿中高发.CoV没有明显的年龄分布特征,但有年份分布特征,阳性率从2009-2012年呈现逐年上升的趋势.这7种病毒均存在交叉感染现象,BoV的交叉感染率最高,Flu的交叉感染率最低.结论 广东省发热呼吸道综合征存在多种病毒性病原体,ADV、RSV、MPV、PIV和BoV这5种病毒在广东省这4年的进化处于平缓阶段,而Flu和CoV每年均在变化,需加强多种呼吸道病毒的监测. 相似文献
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2013-2017年广州市住院儿童呼吸道合胞病毒流行特征及分子生物学分析 总被引:1,自引:0,他引:1
目的分析广州人呼吸道合胞病毒(HRSV)的流行特征及遗传变异特征。方法2013—2017年在广州两家哨点医院(广东省妇幼保健院和中山大学孙逸仙纪念医院)采集0~6岁急性呼吸道感染住院儿童的鼻咽拭子作为标本。采用逆转录PCR和巢式PCR方法进行HRSV的检测和分型,通过MEGA 6.0、NetNGlyc 1.0等软件对HRSV序列进行基因亲缘性分析以及N?糖基化位点的预测。结果共收集鼻咽试子标本1225份,其中男性783份,女性442份;月龄M(P25,P75)为8(3,24)月。共检出HRSV儿童感染者209例(17.06%),其中HRSV?A为117例(55.98%),HRSV?B为92例(44.02%)。2岁以下儿童HRSV检出率为18.83%(196例),占总阳性标本的93.78%。209例检出HRSV儿童中,32例(15.31%)还感染了至少1种其他呼吸道病毒。进化树分析显示,62株HRSV?A属于ON1基因型,2株属于NA1基因型,53株HRSV?B全部属于BA基因型。G蛋白的第二高变区在氨基酸替换,终止密码子的使用以及糖基化位点方面均具有多态性。结论广州2岁以下儿童是感染HRSV的高发人群,ON1为HRSV?A主导基因型,BA为HRSV?B的主导基因型。多样化的氨基酸替换,某些糖基化位点的缺失与插入,体现了G蛋白作为主要保护性抗原的多样性。 相似文献
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目的 比较可溶性血清转铁蛋白受体 (solubletransferrinreceptor ,sTfR)和血清铁 (serumiron ,SI)两种检测指标 ,在诊断妊娠妇女缺铁性贫血中的灵敏度和特异度。方法 采用免疫分析法和比色法测定 3 0例贫血妊娠妇女和 3 0例健康妊娠妇女的sTfR水平和SI水平 ,并对实验数据进行分析和比较。结果 3 0例贫血妊娠妇女的sTfR平均值是( 3 1 3 860± 6 7990 )nmol/L ,高于临界值 2 8 1nmol/L(P <0 0 5 ) ,属于贫血范围 ;SI的平均值是 ( 9 5 3± 4 2 62 2 )nmol/L ,与临界值 9nmol/L差异无显著性 ,属于正常范围。 3 0例正常妊娠妇女的sTfR平均值是 ( 2 5 2 0 80± 6 90 3 2 )nmol/L ,小于临界值 2 8 1nmol/L(P <0 0 5 ) ,属于正常范围 ;SI的平均值是 ( 13 3 73 3± 4 83 5 9)nmol/L ,高于临界值属于正常范围 (P <0 0 1)。贫血妊娠妇女的sTfR水平明显高于正常妊娠妇女的sTfR水平 (P <0 0 1) ,SI水平明显低于正常妊娠妇女 (P <0 0 1)。sTfR及SI测定妊娠妇女缺铁性贫血的灵敏度分别是 70 %和 5 3 % ,特异度分别是 84%和 80 %。结论 在诊断妊娠妇女缺铁性贫血中 ,两种指标的特异度都比较高 ,但sTfR测定比SI测定灵敏性高且能对妊娠妇女是否缺铁作出正确判断。 相似文献
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目的: 用多巴胺转运体(DAT)显像剂99mTc-2β-[N,N'-双(2-巯乙基)乙撑二氨基]甲基,3β(4-氯苯基)托烷(99mTc-TRODAT-1)显像鉴别帕金森病(PD)与血管性帕金森综合征(VP).材料和方法: 28例PD患者,病程4个月~5年,15例VP患者,病程1~3年,正常对照组19例,静脉注射99mTc-TRODAT-1,3h后行SPECT显像,并计算纹状体/小脑放射性比值(ST/CB).结果: 与正常对照组比较,PD患者纹状体99mTc-TRODAT-1积聚显著下降,尤以壳核更为明显.早期PD患者(H/Y:1)即可见两侧ST/CB有显著差异;而VP患者纹状体内99mTc-TRODAT-1放射性浓聚程度与对照组相似,ST/CB也无明显差异.结论: 99mTc-TRODAT-1多巴胺转运体SPECT显像有助于PD的早期诊断及鉴别诊断. 相似文献
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目的检测ING4(inhibitor of growth 4)对MCF-7细胞凋亡的影响。方法从人胎盘总RNA中克隆人ING4基因,构建其真核表达质粒pEGFP-ING4转染MCF-7细胞表达ING4后,流式细胞仪检测细胞凋亡率;荧光定量RT-PCR检测ING4、NF-κB、caspase-3、IL-8、Bcl-2及Bax基因的表达。结果构建的重组质粒转染可见目的蛋白融合表达,与对照相比MCF-7细胞凋亡率增高;ING4、caspase-3及IL-8基因的表达上调,NF-κB与Bcl-2/Bax基因的表达下调。结论成功从人胎盘组织克隆了ING4基因并构建其真核表达质粒在人MCF-7细胞中表达;ING4在人MCF-7细胞中能引起凋亡相关基因的改变并促进MCF-7细胞的凋亡,这为进一步研究ING4的抗肿瘤机制奠定了基础。 相似文献
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目的:研究从噬菌体肽库中筛选到的与血管内皮生长因子受体Ⅱ(KDR)有特异结合活性的小肽,做为KDR靶向药物的先导物质的应用。方法:从噬菌体肽库中筛选能特异结合KDR的噬菌体克隆,挑选结合力最强的克隆测序并化学合成小肽P5,梯度ELISA、阻断实验和竞争结合实验测定小肽在体外与KDR的结合活性。将P5与生物素(NHS-d-Biotin)、BSA化学偶联,ELISA法和细胞免疫组化实验检测偶联物与KDR的结合活性。结果:化学合成的小肽P5在体外能特异结合KDR,Kd=168.6nmol/L,约是KDR与配体血管内皮生长因子(VEGF165)亲和力的1/30,P5能阻断VEGF165与KDR的结合活性,但不能竞争VEGF165与KDR的结合活性。将P5作为导向物质化学合成的P5-BSA-Biotin,在体外同样具有与KDR和细胞表面KDR分子结合的特性。结论:化学合成的小肽P5有望作为先导分子,在以KDR为靶点的肿瘤靶向治疗中得到应用。 相似文献