ERIC-PCR在肠道致病菌基因分型和流行病学中的应用

肠杆菌基因间重复共有序列PCR研究是分子流行病学分子分型方法的一种,根据所得数目不等、大小不同的各自独特的电泳带型来达到菌株分型的目的,近年逐渐引起了人们的关注。现已用于纯菌、人工混合菌和微生物群落的结构分析。本文对肠杆菌基因间重复共有序列PCR的基本原理、优缺点、发展概况及其在肠道致病菌基因分型和流行病学研究中的应用进行了简要综述。     

广东省食物中毒暴发疫情中沙门菌和金黄色葡萄球菌自动化核糖体基因分型研究

目的 为了解广东省常见食源性致病菌沙门菌和金黄色葡萄球菌（金葡菌）的遗传物质多态性特征,探索其鉴定及溯源方法。方法运用自动化核糖体基因分型系统,用EcoRⅠ酶或PvuⅡ酶,对广东省分离的沙门菌和金葡菌进行分子分型研究。应用BioNumerics软件比对不同来源、时间和地点的分离株,分析菌株间的相关性。结果使用PvuⅡ酶对32株沙门菌酶切,分为19个核糖体型,使用EcoRⅠ酶对14株沙门菌酶切,分为2个核糖体型。使用EcoRⅠ酶对49株金葡菌酶切,分为31个核糖体型,表现出较大的遗传多样性。结论 自动化核糖体基因分型能有效鉴定沙门菌和金葡菌。沙门菌血清分型与Ribotyping分型无高度相关性,但两者结合,能更有效鉴定菌株间的亲缘关系,确定食物中毒的来源和传染途径。     

广州市水产品监测中霍乱弧菌分离株的分子特征研究

目的　了解广州市水产品监测中霍乱弧菌分离株的毒力特征,对其菌株进行同源性分析,研究其分子特征及流行病学意义。方法　2 0 0 4年6月采集广州市3家较大的水产品交易市场的海、水产品以及广州以往水型霍乱流行沿海地区的河水和珠江入海口海水,采用聚合酶链反应(PCR)方法对样本检出的霍乱弧菌分离株进行霍乱肠毒素基因(ctx)、小带联结毒素基因(zot)、辅助霍乱肠毒素基因(ace)和毒力协同菌毛蛋白亚单位基因(tcpA)这4种毒力基因的检测,用随机扩增多态性分析(RAPD)结合SPSS软件对以上菌株进行多态性分析,对霍乱弧菌毒力进行快速测定并进行分子分型。结果　共采集海、水产品样本16 0份、水体样本90份,从样本中检出34株霍乱弧菌,其中分离自青蛙12株、虎纹蛙6株、牛蛙5株、养殖水5株、罗氏虾3株,其他3株,根据流行病学调查证实均为海南输入株。毒力基因检测表明,34株霍乱弧菌均未检出ctx和tcpA基因;14株菌(41% )可同时检出ace和zot基因,另有2株菌(6 % )只检出ace基因。所有34株霍乱弧菌的RAPD结果经聚类分析可分为2个聚类群,其中31株属于同一来源,只有3株菌与其他菌株的同源性有差异,但亲缘关系较近。结论　该次水产品监测的霍乱菌株均为非流行株,但仍需加强监测,预防霍乱流行株的出现而导致的霍乱散发和暴发流     

应用多重PCR技术快速鉴定登革病毒

目的建立一套应用多重PCR技术快速分型鉴定4种血清型登革病毒的方法。方法用随机引物将1~4型登革病毒RNA逆转录成cDNA,再将4对登革病毒型特异性引物同时加到一个反应管中进行多重PCR扩增,根据扩增片段的大小判断血清型,并用2004年收集的登革热病人血清标本验证新建立的方法。结果同时用4对登革病毒型特异引物进行多重PCR,1~4型登革病毒标准毒株相应扩增的片段大小分别为391、319、216和152bp,与预期的扩增片段大小相符。2004年4份登革热病人血清标本扩增的片段大小均为391bp,属1型登革病毒。结论新建立的方法是一种特异、快速的登革病毒分型鉴定方法。     

广东省2007年霍乱监测的病原特征分析

目的 分析2007年广东省霍乱弧菌分离株的病原学特征,比较不同地区流行优势菌型之间以及霍乱疫情分离株与常规监测分离株之间的克隆相关性.方法 对疫情与监测菌株进行常规生物分型,利用脉冲场凝胶电泳技术,分别对不同地区优势菌型稻叶型1d之间、霍乱疫情与常规监测中分离的相同型别菌株之间进行分子指纹图谱的相似性分析,探讨菌株间的相关性.结果 2007年从广东省霍乱疫情中获得31株菌株,共3种血清型,优势菌型为O1群稻叶型1d,不同地区病例的稻叶型1d菌株分子分型相似度在94.5%～100%之间;常规监测分离株16株,菌型分布散在,与疫情菌株的菌型分布一致性差,相同生物型的霍乱疫情与监测菌株同源性不高.结论 广东省2007年霍乱优势菌型稻叶型1d菌株为多克隆并存,显示为流行间歇期的特征.需利用分子分型技术开展分离株的分析,加强对流行的预警监测.     

基于VP4基因扩增和序列测定快速检测鉴别人肠道病毒的研究

目的建立基于小核糖核酸(RNA)病毒结构蛋白HVP4基因序列测定,对人肠道病毒(HEV)进行快速检测和分型的分子生物学方法。方法应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)对2004年321例急性弛缓性麻痹(AFP)病例粪便标本进行病毒核酸提取和扩增VP4基因,然后对扩增产物测序,通过序列的分析鉴定病毒型别。结果321份AFP病例粪便标本上清液,共检出阳性134份。获得VP4有效序列54条,其中37例RD、L20B细胞培养未检出的样本,检出HEV10例,脊髓灰质炎病毒(PV)5例,柯萨奇病毒(CV)9例,人鼻病毒(HRV)12例,埃可病毒(ECV)1例;9例细胞培养为其它HEV的样本,检出CV5例,EV2例,HRV2例;RD、L20B细胞培养结果6例与VP4测序结果相符。结论应用VP4序列测定对HEV进行快速诊断和分型是一种快速简单的分子生物学方法,可用于HEV感染引起的爆发疫情的病原学诊断。     

一种稳定性过氧乙酸消毒性能试验观察

目的了解一种稳定性液体过氧乙酸杀菌效果及其理化性能。方法用悬液定量杀菌试验和理化分析方法进行了实验室观察。结果该稳定性过氧乙酸产品有效含量达到185 g/L,于室温(25℃)储存12个月,其含量下降率为9.63%,储存18个月,其含量仍≥150 g/L。以含50 mg/L过氧乙酸水溶液对悬液内的大肠杆菌和铜绿假单胞菌作用3 min,对金黄色葡萄球菌作用5 min,杀灭对数值均>5.00。以含200 mg/L过氧乙酸水溶液对悬液内的白色念珠菌作用5 min,杀灭对数值>4.00。以含500 mg/L过氧乙酸水溶液对悬液内枯草杆菌黑色变种芽孢作用8 min,杀灭对数值>5.00。结论该液体过氧乙酸储存性能稳定,对细菌繁殖体、真菌和细菌芽孢均具有良好的杀灭效果。     

2008年广东省肠道病毒71型分离株全基因组核苷酸序列分析

目的 了解2008年广东省流行的肠道病毒(EV)71型基因特征.方法 选择2008年广东省分离的1株EV71毒株(GDFS-3),进行全基因组序列测定和基因进化特性的分析.结果 GDFS-3株与其他EV71型毒株相比,在编码区没有核苷酸的缺失和插入,其5'UTR和3'UTR的长度和序列有一定的差异.核苷酸同源性比较结果 表明,GDFS-3株与中国台湾流行株(TW984)的同源性最高(为96.0%),与新加坡流行株SIN5865及标准株MS、BrCr的同源性则在81.0%左右.氨基酸同源性比较结果 表明,GDFS-3株与TW984同源件最高(99.0%).根据VP1基因序列构建亲缘性关系树,GDFS-3株与C4亚型(subgenogroup)聚为一簇,与C4亚型代表株的核苷酸序列同源性为91.0%～95.0%.结论 遗传进化分析表明,GDFS-3株和中国台湾2004年流行的EV71毒株的亲缘关系最为密切,属于C4亚型,而与标准株BrCr和MS的亲缘关系较远.5'UTR的突变对于EV71毒力增强可能有重要作用.上述结果 有助于EV71型的基础研究和中国对于EV71所致疾病的预防.     

广东省1991-2004年乙型流感监测结果分析

[目的]分析1991—2004年广东省乙型流感病毒抗原变异和流行情况。[方法]用9~11日龄鸡胚和(或)MDCK细胞分离流感病毒,病毒鉴定用常量红细胞凝集抑制法(HI);人血清流感抗体检测用微量半加敏红细胞凝集抑制法。[结果]广东省一直有乙型流感流行,并从人群中分离到流感病毒2 916株,乙型流感病毒占23.3%。乙型流感病毒两大谱系交替为优势株,除1994、1997及2002年以Victoria系为主外,其余各年以Yamagata系为主。乙型流感病毒抗原性不断发生漂移,历年一般人群血清乙型流感抗体检测阳性率在28.3%~73.9%。[结论]1991—2004年广东省乙型流感病毒存在差异较大的两个谱系,病毒谱系的轮换和抗原漂移导致乙型流感不断流行。     

新型流感病毒出现和流感大流行

20世纪出现了3次流感大流行,分别由A型流感病毒H1N1、H2N2和H3N2三种不同的抗原亚型引起,其中1957年和1968年的两次流行发生在现代病毒学时代,流感病毒的特征得到了系统的研究。流感流行事件表明流感大流行在时间和形式上是不可预测的。有证据显示流感大流行主要是由人流感病毒与动物A型流感病毒的基因重排而产生新血凝素亚型的病毒引起。