奥密克戎BA.2引起的12起云南省边境地区本土疫情首例病例新冠病毒基因特征分析

目的了解云南省边境地区新型冠状病毒肺炎本土疫情特征, 分析感染的新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)基因组变异情况并进行溯源。方法收集2022年2月中旬至4月期间云南省边境地区12起本土疫情首例病例基本信息及标本, 应用全基因组测序技术进行病毒基因序列测定, 通过在线分析平台和软件, 判断病毒型别, 分析病毒突变情况, 结合流调内容, 推测疫情病毒感染来源。结果 12起云南省边境地区本土疫情首例病例职业较多样, 且活动区域均未离开过当地。Pangolin分型结果显示12起疫情SARS-CoV-2基因组均属Omicron (BA.2)变异株, 其中各2起疫情SARS-CoV-2基因组进一步分属BA.2.10和BA.2.3.2进化分支。全基因组核苷酸突变分析表明, 有十起疫情首例病例病毒基因序列存在1个及以上数目的特有核苷酸突变位点, 结合流行病学调查内容, 提示12起疫情可能均存在不同的病毒感染来源。进一步分析氨基酸突变发现, 病例间基因序列除具备进化分支代表性突变位点外, 还具有特有的氨基...     

云南省境外输入新冠病毒感染者中呼吸道病原体混合检出情况分析

目的了解云南省境外输入新冠病毒感染者中新型冠状病毒与常见呼吸道病原体的混合检出情况, 为新冠疫情中多重感染的治疗和应对提供科学依据。方法随机选取采样日期从2021年4月18日至2022年4月24日的云南省境外输入新冠病毒感染者标本74份, 使用呼吸道病原体微流体芯片技术(TaqMan array cards, TAC)对41种常见的呼吸道病原体进行筛查。结果 56份检出一种或多种呼吸道病原体, 其中流感嗜血杆菌检出率最高, 不同病原体间的阳性率差异具有统计学意义(x2=235.790, P<0.05)。EB病毒(x2=6.358, P=0.038)和人疱疹病毒6型(x2=5.044, P=0.049)在不同的疾病严重程度分组中检出率差异有统计学意义。肠道病毒(x2=7.843, P=0.041)在不同的年龄分组中检出率差异有统计学意义。结论在本研究中, 75.68%(56/74)的新冠病毒感染者检测到一种或多种呼吸道病原体, 较高的检出率可能归因于年龄组、疾病严重程度、检测方法以及时空差异。     

瑞丽市2021年7—11月COVID-19境外输入病例分子流行病学分析

目的 分析瑞丽市境外陆路输入COVID-19病例的流行特征和基因组特征,为云南省边境疫情防控工作提供参考依据。方法 收集2021年7月至11月瑞丽市境外陆路输入SARS-CoV-2感染者相关信息,对流行病学特征进行统计分析;筛选40例阳性样本使用Illumina公司二代测序平台进行高通量测序,分析基因分型情况及变异特征。结果 研究期间瑞丽市累计报告SARS-CoV-2感染者796例,年龄范围1～85岁,年龄[M(IQR)]为28.5(10)岁;男女性别比4.61∶1;职业以商业服务49.75%(396/796)为主;轻型、普通型占比95.60%。获得的34例测序结果按照Nextstrain分型法可分为3个型,24例属于21A(Delta)分支,9例属于21I(Delta)分支,1例属于20I(Alpha, V1)分支。结论 本研究中的病例病毒基因分型主要分为三大支系且互相之间有一定差异,其中大部分为Delta株。应继续落实好边境管控措施,持续对境外输入病例进行病毒变异监测,以评估变异株对云南省疫情防控现状的威胁。     

云南省2例人感染欧亚类禽H1N1猪流感病毒分子特征分析

目的 回顾性分析云南省2例人感染欧亚类禽H1N1猪流感病毒(Eurasian avian-like H1N1 swine influenza viruses, EAH1N1 SIVs)分子特征及遗传进化特征,为流行性感冒(流感)防控提供科学依据。方法 对2015年云南省流感监测网络实验室从流感样病例标本中分离到的2株EAH1N1 SIVs毒株进行全基因组测序,使用DNAStar、MEGA6.0等软件进行分子特征分析和系统进化树构建。结果 云南省2015年2例人感染欧亚类禽H1N1猪流感病毒株EAH1N1 SIVs A/Yunnan-Wuhua/SWL1869/2015(H1N1)和A/Yunnan-Longyang/SWL1982/2015(H1N1)均与湖南株A/Hunan/42443/2015同源性较高,同源性分别为97.6%～99.1%和97.9%～99.4%,是EAH1N1 SIVs与A(H1N1)pdm09重配病毒,为G5基因型。受体结合位点分析表明,2株病毒结合α-2,6半乳糖苷唾液酸人受体,为低致病性流感病毒。糖基化位点分析结果显示,2株病毒在HA上有7个潜在的糖基化位点...     

贵州、云南四县区居民伤寒、副伤寒防治知识、态度及行为调查

目的了解伤寒、副伤寒高发地区居民的伤寒、副伤寒防治知识、态度和行为现状,为在贵州、云南伤寒、副伤寒高发地区采取干预措施提供参考。方法采用多阶段随机整群抽样方法,在贵州省2县、云南省2县区共抽取96个村小组／居民小组的2400户家庭,每个抽中的调查户采用Kish表法进行调查对象抽样,调查员使用统一问卷调查伤寒、副伤寒相关知识、态度、行为情况。结果4县区居民伤寒、副伤寒知识总知晓率为：贵州开阳县7．87％,贵州平坝县15．04％,云南玉溪市红塔区35．92％,云南澄江县31．09％。云南两县区居民伤寒、副伤寒防治知识的总知晓率均高于贵州两县（P〈0．05）;4个区县均以“20-29岁”组人群总知晓率最高。不同文化程度居民伤寒、副伤寒相关知识、态度、行为存在差异（P〈0．05）,文化程度越低,知识知晓率和行为正确率也越低。4区县居民喝生水的比例均较高,对采取何种措施预防伤寒、副伤寒的行为正确率较低。结论4个高发区县的居民普遍缺乏对伤寒、副伤寒疾病及防治知识的了解,在此地区人群中开展伤寒、副伤寒相关知识的健康教育很有必要,对农民、中小学生的健康教育模式需要进一步探讨。     

2019年云南省德宏州手足口病的病原构成及柯萨奇病毒A组16型基因特征分析

目的 对2019年云南省德宏州手足口病的病原构成及柯萨奇病毒A16型(coxsackievirus A16,CV-A16)的基因特征进行分析.方法 对2019年云南省德宏州的650份手足口病患者的粪便标本进行病毒分离,对分离到的肠道病毒(enterovirus,EV)毒株进行VP1区基因测序定型并对CV-A16的基因特...     

两种实验动物感染艰难梭菌的特征比较

目的 研究分析树鼩和BALB/c小鼠感染艰难梭菌的特征,比较和评估二者作为艰难梭菌动物感染模型的适用性.方法 分别以树鼩和BALB/c小鼠作为研究对象,抗生素组合喂养后灌胃艰难梭菌RT078(105 CFU芽孢/只),7 d内观察动物的感染特征和表现,对感染动物的肠道组织进行组织病理学检查和分析.结果 树鼩自灌胃第2天...     

云南省一株柯萨奇病毒B组5型分离株的全基因组解析

目的对云南省2022年一例流感样病例的咽拭子分离得到的柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5, CVB5)病毒株进行全基因组测序, 并分析其遗传进化、基因突变和重组特征。方法通过人宫颈癌细胞培养获得病毒分离株, 应用全基因组测序技术对分离株进行病毒基因序列测定, 采用MEGA、RDP4及SimPlot软件, 解析病毒基因组学特征。结果分离株YN-01/CHN/2022与2株广东CVB5流行株核苷酸同源性为96.6%, 属GⅠ.C1分支, 与国内大多其他CVB5流行株相似度低(≤90.3%), 揭示国内CVB5流行株间基因组差异较大。该分离株VP1序列存在2个特有的氨基酸突变(T246A和T275A), 但其95位氨基酸未发生改变。基因重组分析显示YN-01/CHN/2022可能为重组株, 重组位点发生在P1区VP4(940)和P2区2A(3 540)。结论本研究分离株YN-01/CHN/2022属于CVB5 GⅠ.C1基因型, 存在特异的核苷酸分歧, 也证实了CVB5基因组有重组现象发生。该数据提示增强CVB5分子流行病学研究工作, 持续追踪病毒进化规律, 不断提高相关...