应用70 mer Oligo基因芯片从限制性cDNA片段中钓取目的基因

目的 探讨采用单一探针寡核苷酸阵列从经限制性显示方法制备的cDNA片段中钓取目的基因片段的方法。方法酵母经常规培养,抽提mRNA逆转录成cDNA后,经限制性显示技术制备成限制性cDNA片段,根据目的基因SSA1设计70mer特异性oligo片段并打印成为寡核苷酸阵列。采用荧光标记的通用引物对上述经限制性显示技术获得的限制性cDNA片段进行标记,与oligo阵列杂交,洗脱,扫描。然后进行杂交后剥除,收集剥除液,采用限制性通用引物扩增,产物克隆于PUC18T载体中,并转化至JM109大肠杆菌中培养,抽提质粒,进行测序鉴定。结果 测序结果BLAST同源性比较表明,用该方法成功的克隆出了目的基因片段。结论 采用70mer寡核苷酸芯片可以直接从限制性显示方法处理的cDNA片段中钓取目的基因,而无需构建cDNA文库。另外,本方法也可用于oligo芯片的杂交后对有表达差异的基因的获取及研究中。     

人血管生长素的真核表达及亚细胞定位

目的:建立人血管生成素(angiogenin,ANG)的真核表达系统并在细胞内亚定位。方法:采用亚克隆技术构建重组荧光真核细胞表达质粒pEGFP/ANG,然后经脂质体介导转染人脐静脉内皮细胞(HUVEC)并对转染细胞内pEGFP/ANG的表达用荧光显微镜和免疫组化染色进行鉴定。用共聚焦显微镜和免疫电镜观察ANG的亚细胞定位。结果:荧光显微镜观察可见转染的HUVEC内发出强绿色荧光。免疫组化染色检测显示,转染的HUVEC中有棕色颗粒。共聚焦显微镜及免疫电镜检查显示,ANG集聚于细胞核区。结论:以构建的重组体pEGFP/ANG转染HUVEC后,可表达人ANG蛋白;表达的ANG定位于细胞核区。     

一种通用的、基于Agent的生物资源整合架构

众所周知,随着基因组测序工作的蓬勃发展和后基因组时代的到来,生物信息学数据呈指数级增长.生物界在享受着资源共享所带来便利的同时,也随着数据总量和复杂性的不断增加而变得异构化和分布化.目前,各种生物计算软件和数据库资源通常标准不一而且很难兼容.因此,如何在这些异构资源之间实现数据集成与软件共享是有效利用生物信息资源的关键.为解决以上问题,本文提出了一种新型的数据整合架构,该架构通过将web服务与并行计算相结合的方法,轻松地实现了对异地资源数据的访问、提取、转化以及整合.实验证明,本系统在处理异构、海量数据方面有着巨大的计算潜力.     

表达谱基因芯片在肿瘤分子分型中的应用

基因芯片、DNA微阵列、cDNA微阵列、寡核苷酸微阵列是近几年发展起来的前沿生物技术.在基因芯片技术中,表达谱芯片以其大规模、高通量和平行处理的优点,为研究肿瘤发生发展中的基因开关及表达程度提供了强有力的工具,并可随时获取肿瘤细胞生长各期与肿瘤生长相关基因的表达模式,从而使肿瘤的分子分型成为可能.现对表达谱基因芯片技术在肿瘤分子分型中的应用作一简要概述.     

HIV-1B亚型核心蛋白gag基因真核表达载体的构建及其在HepG2细胞中的表达

目的克隆人类免疫缺陷病毒Ⅰ型B亚型核心蛋白gag基因,构建真核表达载体,并在真核细胞中表达,为进一步制备自行设计的以λ噬菌体作为载体的HIV核酸疫苗奠定基础。方法以克隆好的HIV1B亚型U26942全基因质粒DNA作为模板,根据Genbank中gag基因的核苷酸序列设计引物,并在引物的5’端分别引入BamHⅠ及XhoⅠ酶切位点,特异性的扩增gag基因。TA克隆后经双酶切、测序等鉴定重组质粒,再经双酶切、连接构建含gag编码基因的真核表达载体,并进行酶切鉴定分析pcDNA3.1(+)/gag。在脂质体介导下转染HepG2细胞,经G418压力筛选建立稳定转染gag基因的细胞系,用RT PCR及Western印迹检测其在HepG2细胞中的表达。结果重组质粒经BamHⅠ、XhoⅠ双酶切成5.4kb与1.5kb的片断,表明表达载体pcDNA3.1(+)中插入了gag基因片断,测序结果表明编码框正确。RT PCR及Western印迹证实稳定转染gag基因的HepG2细胞系中有该基因的表达。结论成功构建了HIV1B亚型核心蛋白gag基因的真核表达载体pcDNA3.1(+)/gag,并在HepG2细胞中获得稳定表达。     

一种用于微阵列分析的通用引物U2联合标记方法

目的报告一种新的用于微阵列研究的荧光标记技术：通用引物U2联合标记技术(UPL);比较UPL与随机引物等其他标记方法的效率和可重复性。方法分别用4种标记方法标记流感病毒RNA样品,与流感病毒寡核苷酸检测芯片杂交后,用Spss10．0软件对杂交结果进行分析。结果UPL方法在标记物杂交的荧光强度、信噪比、探针真阳性率和可重复性等方面均高于随机引物逆转录掺入标记法,而与其他两种RD标记方法相当,但标记过程相对更加简单。结论UPL方法是一种新颖而有效的标记方法,在微阵列技术研究方面具有广泛的应用价值。     

RNAi技术沉默K562细胞中c-myc基因的初步研究

目的 运用RNAi技术,设计针对c-myc的小干扰RNA(siRNA),研究其干扰效果。方法 针对c-mycmRNA的第1357靶位点设计siRNAs,经Lipofectamine^TM2000脂质体法转染K562细胞,进行RT-PCR、细胞计数和MTT法及流式细胞仪检测,观察其干扰效果。结果 转染组与阴性对照组和空白对照组相比,c-mycmRNA表达明显减弱,细胞计数和MTTD(λ)值均有显著降低,并有明显的凋亡率。结论 运用RNAi技术,可以有效地干扰c-myc的表达,并进一步诱导细胞凋亡。     

肝组织选择性细胞通讯类基因转录调控网络的构建

目的 探讨肝脏组织选择性基因表达的转录调控机制.方法 按照基因功能的差异对组织选择性Affymetrix探针集(共3919条探针)进行聚类,挑选肝组织选择性细胞通讯类(LSCC)基因进行研究.收集各基因上游的500个碱基序列,用3种软件分别预测这些基因的转录因子(TFs)以及转录因子结合位点(TFBS),并进行文献挖掘,最后构建基因转录调控网络.结果 获得含23个基因的肝组织选择性细胞通讯类探针集,两种软件预测分别得到50和72个TFs,两者交集有18个相同TFS,得分最高前10条TFBS序列基本上与预测的TFs相对应,文献挖掘结果提示LSCC基因和TFs除具有肝组织的选择性、转录因子的一般性词汇外,还与白蛋白、糖尿病、葡萄糖、脂类、代谢、JNK等显著相关.调控网络显示LSCC基因和TFs具有参与糖、脂代谢调节,结合、转运功能,凝血信号转导,炎症应答等功能,未进入网络的PPP2RIB基因与网络中DUSP10基因部分功能相似.结论 LSCC基因和预测的TFs参与肝脏多种重要功能的调控,这些功能整合在复杂的转录调控网络中,转录因子JUN可能是发挥调控作用的重要靶点,推测PPP2R1B也可能参与几肿的调控.     

慢性髓细胞性白血病患者与健康人骨髓单个核细胞基因表达的差异

背景：慢性髓细胞性白血病是以造血干细胞的恶性克隆性增殖为特征。慢性期的慢性髓细胞性白血病患者如果不予以有效的治疗，必然演进为急变期。其预后往往非常差。因而，从全基因组水平上阐明慢性髓细胞性白血病的发生机制显得尤为重要，目的：应用Applied Biosystems表达芯片系统对慢性髓细胞性白血病患者骨髓单个核细胞的基因表达谱进行观察。设计：观察对比分析。单位：南方医科大学基因工程研究所。对象：两例骨髓样品（1例慢性髓细胞性白血病患者，1例健康者）来自于广州军区广州总医院血液科。方法：实验于2004-10／2005—09在南方医科大学基因工程研究所完成。分别从一例慢性髓细胞性白血病患者与一例健康人的骨髓样品中分离单个核细胞，提取总RNA，纯化mRNA。通过逆转录体外线性扩增的方法对mRNA样品进行标记，将标记好的cRNA样品与芯片杂交。利用ABI1700化学发光芯片分析仪对骨髓单个核细胞的基因表达谱差异情况进行分析。通过比较同一样品不同芯片间的数据信息，对芯片结果的可重复性进行评估。主要观察指标：①总RNA及标记后的cRNA质量的评定。②芯片可重复性验证。③芯片杂交结果。④半定量反转录-聚合酶链反应结果。结果：①利用统计学数据分析工具，通过比较慢性髓细胞性白血病患者与健康人单个核细胞的基因表达差异，总共发现了6706个差异基因。其中，与慢性髓细胞性白血病密切相关的差异基因为68个，上调的有17个，下调的有51个。③位于C／EBPalpha信号通路和CD40受体信号通路中的大部分差异表达基因，其表达水平降低。③通过对重复实验结果的相关性及检测一致性分析，证实了芯片结果的可重复性较好。而两组重复实验间的相关系数分别是，慢性髓细胞性白血病组为0．991，健康组为0．988。④半定量反转录-聚合酶链反应验证了芯片分析结果的可靠性。结论：通过比较慢性髓细胞性白血病患者与健康人单个核细胞的基因表达谱的差异，发现了大量的差异表达基因。这些数据将为寻找可用于慢性髓细胞性白血病患者疾病治疗的分子靶标提供有用的信息。     

青蒿素作用前后K562细胞基因表达谱的改变

目的:利用基因表达谱芯片研究青蒿素对体外培养的人红白血病K562细胞基因表达谱的影响.方法:青蒿素处理K562细胞24 h后,分别提取处理组和对照组细胞的总RNA,将两组RNA纯化为mRNA,逆转录成cDNA,用Cy3和Cv5两种不同的荧光染料进行线性扩增标记,与人全基因组基因表达谱芯片杂交,采用生物信息学方法分析青蒿素处理前后K562细胞基因表达谱的改变.结果:总共发现差异基因238个,其中上调基因136个,下调基因102个,并对其进行生物学功能分类.结论:应用全基因组表达谱芯片并结合Panther生物学软件分析差异表达基因,青蒿素作用K562细胞主要是通过细胞毒作用诱导细胞凋亡,而抑制细胞生长作用并不明显.