GEO-基因表达综合数据库的应用与数据挖掘

高通量微阵列杂交技术和测序技术的快速发展,产生了大量的基因数据,生物信息迅速膨胀成为数据的海洋.为适应这种高通量基因表达数据的不断增长和人们共享数据的需要,各种数据库应用而生,其中,NCBI (national center for biotechnology information)的基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)是世界上最大的储存高通量分子丰度数据的公共数据库,用户可以提交、储存和检索多种形式的数据并免费使用.迄今为止,GEO已收录了300000个样本的数据,涉及16亿个基因表达丰度数据,涵盖500多种生物体,广泛覆盖各种生物学内容.GEO数据库操作简单,数据全面,免费共享的优势为后期数据挖掘和信息推广提供了良好的平台.文章概述了GEO数据库的结构、数据的提交、检索和其在分子生物学领域中的应用前景.登陆GEO数据库的网址为:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo.     

应用PCR快速制备细小病毒B19诊断芯片探针

目的 制备细小病毒诊断芯片探针。方法 利用Primer Premier5．0针对细小病毒B19基因保守区域设计PCR引物，将PCR产物克隆pMD-18T载体。结果 序列分析显示，PCR产物均为细小病毒B19特异保守基因。结论 利用PCR扩增产物制备诊断芯片探针是一种简便有效的方法。     

人红白血病K562细胞的红系终末分化研究

人红白血病K562细胞是一株恶性程度较高的人红白血病体外细胞系,但在体外可被多种诱导剂诱导向红系终末分化,出现红系表征:停止分裂、表达珠蛋白基因产物、核固缩直至自然排核,因此已成为体外研究肿瘤细胞恶性表达调控的良好模型。本文就K562细胞红系分化的机制和研究进展作一综述。     

抑癌基因PTEN的结构、功能、作用机制及其研究现状

人类多种肿瘤染色体的 1 0ｑ2 3及其附近存在广泛而频繁的缺失 ,而野生型的 1 0号染色体能较好地抑制如ＧＭＢ细胞在裸鼠中的致瘤性 ,提示 1 0ｑ2 3可能存在抑癌基因[1] 。 1 997年 ,不同的研究小组从 1 0ｑ2 3定位克隆到了ＰＴＥＮ/ＭＭＡＣ1 /ＴＥＰ1 ,其编码的蛋白类似于双重特异性ＰＴＰｓ ,且在胞浆中表现出双重特异性磷酸酶活性(ＤＳＰ) [2 ] ,被认为是一种抑癌基因。同时 ,ＰＴＥＮ不仅是发现的第一个ＰＴＰ超家族中以磷酸肌醇为生理底物的磷酸酶 ,而且 ,与抑癌基因表达产物大多为核调控因子不同的是 ,其表达产物的调节作用在胞浆内…     

HIV基因芯片的初步研究

目的建立HIV基因检测芯片的分析技术。方法分离HIV1U26942基因限制性显示片段作探针,应用PixSys 5500点样仪将探针打印在氨基包被的玻片上制作基因芯片。然后与随机引物荧光标记的HIV样品进行杂交,以分析限制性显示基因片段的杂交动力学。经杂交后清洗和干燥,扫描芯片进行检测。结果对基因检测芯片的制作与检测的实验条件进行了初步研究并筛选了12个限制性显示基因探针。结论建立的检测芯片的实验方法可行且较特异。     

普通级、SPF级SD大鼠、Wistar大鼠血常规的测定与比较

目的　测定普通级、SPF级SD大鼠、Wistar大鼠血常规指标并进行比较。方法　Coulter -JT全自动血常规检测仪自动检测。结果　普通级、SPF级SD大鼠白细胞计数、红细胞计数、血红蛋白、血小板计数、血小板平均分布宽度、红细胞平均分布宽度相差非常显著 (P <0 0 1) ;中性粒细胞、单核细胞相差显著 (P <0 0 5 )。普通级、SPF级Wistar大鼠白细胞计数、中性粒细胞、单核细胞、红细胞计数、红细胞平均体积、平均红细胞血色素量相差非常显著 (P <0 0 1) ;血红蛋白、血小板计数、血小板平均分布宽度相差显著 (P <0 0 5 ) ,其他指标相差不显著。结论　不同微生物学环境对SD、Wistar大鼠血常规指标有较大影响     

应用RD-PCR方法制备K562细胞表达谱芯片基因探针

目的收集K562细胞表达谱芯片的基因片段。方法培养K562细胞,抽提其mRNA,反转录为cDNA,应用限制性显示PCR技术(RD-PCR)分离K562细胞不同组别的产物片段,分别行PCR扩增。结果制备了可用于基因芯片制作的基因探针片段。结论RD-PCR方法适合于基因芯片探针的收集。     

红白血病K562细胞基因表达谱芯片制作研究

以人红白血病K562细胞为材料，应用限制性显示PCR（RD-PCR）技术分离到K562细胞在诱导分化药物羟基脲诱导分化前后不同时期的cDNA片段3256条，并用DNA芯片仪制作了K562细胞基因表达谱芯片。对芯片制作中不同点样液及处理条件对玻片上DNA固定效率的影响，样品DNA最优浓度等进行了初步研究，结果认为用DMSO作点样液、样品DNA浓度为0.3μg/μL、点样后经紫外交联（150mJ）、80℃干烤2h,DNA探针在玻片上的固定效率可达95%。用此法制作的K562基因表达谱芯片得到较好的杂交效果。     

内源性NGF在缺血性老年大鼠部分脑区及小脑中的表达

目的 探讨缺血性老年大鼠部分脑区及小脑与神经生长因子（neve growth factor,NGF)之间的关系。方法 用夹闭两侧颈总动脉法建立不完全性脑缺血动物模型，将SD大鼠随机分成正常对照组（A组）、假手术组（B组）、缺血30min，再灌注6h（C组）、12h（D组）、24h（E组）、48h（F组）、7d(G组）和14d（H组），用免疫组织化学SLAB染色法检测部分脑区神经元及小脑NGF的表达。在透射电镜下观察各组神经元超微结构变化。结果 除A，B组外，各组顶叶皮质神经元均有NGF表达，其中E组和G组中量表达，各组海马均有少量表达，各组额叶少量表达，小脑均没有表达；再灌注超过48h组海马神经元和小脑蒲肯野细胞损伤较重，顶叶皮质神经元轻度水肿。结论 老年大鼠在受到缺血性脑损伤时，内源性NGF对脑组织具有一定的保护作用。     

睡眠剥夺相关基因的筛选与生物信息学分析

目的 从分子水平揭示睡眠剥夺对小鼠大脑海马体的影响,为睡眠剥夺相关疾病的基础研究和临床治疗提供新思路。 方法 从基因表达综合数据库(GEO)中下载睡眠剥夺相关基因芯片数据集,利用Qlucore Omics Explorer（QOE）3.0 软件、String、Panther 等工具对睡眠剥夺差异基因进行生物信息学分析。 结果 在101个差异表达基因所编码的蛋白中,有45个存在蛋白与蛋白的相互作用关系;其中涉及主要的生物学通路包括促性腺激素 释放激素受体通路、肾上腺素和去肾上腺素生物合成通路、细胞凋亡信号通路、亨廷顿舞蹈病通路和帕金森病通路等;主要涉及的生物学过程包括代谢过程、生物调节过程、发育过程、细胞定位过程、免疫系统过程和细胞凋亡过程等。 结论 通过生物信息学分析睡眠剥夺相关芯片数据,提示睡眠剥夺能够影响大脑海马体的基因表达,对相关基因的分析可为下一步实验提供有价值的线索。