基于生物信息学的hsa-miR-32靶基因预测与功能分析

目的 利用生物信息学方法,预测hsa-miR-32的靶基因并分析其功能,为深入研究其生物学功能提供指导和思路。方法 利用miRBase数据库获取并分析不同物种的miR-32序列特征;从公共GEO（gene expression omnibus,GEO）数据库中下载不同疾病相关的microRNA表达谱芯片数据,通过miRGator v3.0在线工具和Qlucore Omics Explorer 3.0软件分析hsa-miR-32在不同疾病组织中表达情况;并用PicTar、DIANA-microT-CDS 7.0、PITA及miRanda等方法预测hsa-miR-32靶基因,对获得的靶基因集合分别进行功能富集分析（gene ontology analysis）和生物通路富集分析（pathway enrichment analysis）。结果 miR-32在不同物种间高度保守。与癌旁正常组织相比,hsa-miR-32在子宫癌、结直肠癌、胰腺癌、前列腺癌、乳腺癌等多种癌组织中表达异常（均有P<0.05）。包括已被证实的靶基因,共得到168个候选基因,这些靶基因主要参与调控基因表达、细胞增殖、信号转导、细胞死亡等生物学过程（均有P<0.05）,涉及小细胞肺癌、前列腺癌、胶质瘤、黑素瘤等疾病相关通路,以及p53等肿瘤相关信号通路和细胞周期等信号转导通路（均有P<0.05）。结论 hsa-miR-32功能广泛,与癌症的发生、发展密切相关。     

cyclin E基因siRNA抑制K562细胞生长的研究

目的 应用RNAi技术,研究cyclinE基因小干扰RNA(siRNA)对K562细胞生长的抑制作用。方法 针对cyclinEmRNA设计siRNA序列,经PCR方法体外扩增,得到含有U6启动子以及siRNA序列的PCR产物,以LipofectamineTM2000脂质体法转染K562细胞,分别设置为干扰组、阴性对照组以及空白对照组,转染48h后进行细胞计数、RT-PCR及通过PI染色进行流式细胞仪检测,观察其干扰效果。结果 干扰组与阴性对照组和空白对照组相比,活细胞计数减少约80%,G₁期细胞百分比增高30%,细胞基本停止增殖。干扰组cyclinEmRNA表达明显减弱,相对阴性对照组及空白对照组,干扰组mRNA表达下降70%。阴性对照组与空白对照组无显著性差异。结论 应用RNAi技术可以有效地干扰cyclinE基因的表达,并进一步抑制细胞的生长,但对于干扰的长期有效性尚无实验结论,需通过长效表达载体实验验证。     

DNA芯片技术筛选K562肿瘤细胞特异性基因

目的 应用DNA芯片技术筛选人白血病K562细胞中的肿瘤特异性基因。方法 提取正常人白细胞和K562细胞基因组DNA，并用限制性内切酶Sau3AI酶切。其中K562细胞基因组酶切产物经DNA聚合酶Ⅰ补平加A后克隆到T-载体，挑选阳性克隆，用PCR扩增．以纯化的PCR产物做探针，制备K562细胞基因组DNA芯片。正常人白细胞基因组酶切产物加上人工通用接头，用限制性标记技术标记上荧光标记物Cy3，与制备的K562细胞基因组DNA芯片杂交。结果 芯片杂交结果经扫描分析，发现42个K562细胞肿瘤特异性基因，进一步用序列分析证实．其中有1个为BCR(breakpoint cluster gene)基因。结论 我们自制的K562细胞基因组DNA芯片可以成功地用于筛选肿瘤特异性基因．为更好地从基因组水平研究肿瘤发生的分子机制提供了新的技术途径。     

用PCR制备检测丁型肝炎病毒基因芯片的探针

目的：制备诊断丁型肝炎病毒(HDV)cDNA基因芯片探针。方法：针对HDV病毒基因保守区域设计聚合酶链反应(PCR)引物，纯化PCR扩增产物克隆，并测序鉴定。结果：序列分析表明，所扩增的片段均属于HDV特异基因。结论：利用PCR扩增产物制备基因芯片探针是一种快速、简便、实用的方法。     

应用PCR快速制备细小病毒B19诊断芯片探针

目的制备细小病毒诊断芯片探针。方法利用Primer Premier 5.0针对细小病毒B19基因保守区域设计PCR引物,将PCR产物克隆pMD-18 T载体。结果序列分析显示,PCR产物均为细小病毒B19特异保守基因。结论利用PCR扩增产物制备诊断芯片探针是一种简便有效的方法。     

DNA的核定位机制

在现代生物技术中 ,将外源基因转导进入细胞核是一个很重要的环节。外源基因进入细胞核进行有效的表达需要克服 3个方面的问题。首先 ,必须保证外源基因在细胞内不受破坏 ,不被胞内酶所降解 ;其次 ,外源基因要能够穿过细胞膜 ,细胞膜是外源基因输送的一个主要屏障 ;第三 ,外源基因要有适当的机制能够通过核膜 ,这是外源基因输送的第二道屏障。外源基因在细胞中的核输送不仅是病毒生命循环必不可少的一个环节 ,而且也对基因治疗和外源基因表达非常重要。1　核膜 :外源基因转导的一个壁垒　　核膜将核质与胞质隔开 ,其主要作用是调控如DNA复…     

分化相关基因的染色体荧光原位杂交定位

为提高标记效率基因定位的准确性，将维甲酸诱导食管癌细胞系ＥＣ８７１２通过消减杂交获得的一个能抑制食管癌细胞生长的ｃＤＮＡＲＡ５３８克隆，并将其定位于人染色体８ｑ区。方法采用改良的非同位素标记方法，使生物素标记程度提高，对染色体原位杂交信号检出率有明显的影响。结果采用两次标记的探针进行染色体原位杂交，可见明显的杂交信号，观察６０个中期分裂相，两条染色单体上均出现阳性信号的核型有１８个，检出率达３０％，而仅用单次标记的探针进行杂交时，信号检出率明显降低，观察６０个分裂相，出现杂交信号的分裂相仅有７个，且多位于染色体的一条单体上。结论使用双标记荧光原位杂交技术，增加了标记分子的掺入率，提高了检测的成功率，将分化相关基因ＲＡ５３８定位于人８号染色体的长臂２区。     

急性B淋巴细胞白血病的差异microRNA综合调控网络的生物信息学分析北大核心CSCD

目的通过生物信息分析途径,从系统水平揭示参与急性B淋巴细胞白血病（B—ALL）发病的分子机制,为研究提供新的思路。方法从公共数据库GEO中下载B—ALL的microRNA（miRNA）芯片数据,利用QlucoreOmicsExplorer3．0软件筛选差异表达miRNA,再分析得到差异miRNA与靶基因、长链非编码RNA和转录因子各自的调控数据,然后构建以差异miRNA为中心的综合调控网络。另外,功能富集分析有功能的靶基因。结果共筛选出15个差异miRNA,其中7个miRNA表达上调,8个miRNA表达下调。通过差异miRNA为中心的综合调控网络可知,hsa—miR．126和hsa—miR-486—3p调控大量的靶基因,其中hsa．miR-126的靶基因包括MYC基因。hsa—miR．29a、hsa．miR-130a和hsa—miR-181c调控大量的长链非编码RNA,包括XIST。hsa．miR-181a．2、hsa—miR．18ib-2和hsa．miR-663调控大量的转录因子,包括CDX2、YYl等。hsa—miR．126靶基因的通路分析显示富集到Wnt通路。结论通过生物信息学方法分析得出,hsa—miR-29a、hsa．miR-126和hsa—miR-181家族是B．ALL的核心差异miRNA,及其转录因子CDX2、长链非编码RNAXIST和靶基因MYC基因在B．ALL的发生发展中起重要作用,可能为潜在的治疗靶点。     

K562细胞株表达基因探针制作的探讨

目的　研究基因芯片探针的制备方法 ,为K5 6 2细胞基因表达谱芯片的制作及其在基因表达研究中应用打下基础。　方法　以人红白血病K5 6 2细胞株为材料 ,应用一种分离显示基因的新方法即限制性显示 (RD PCR)技术 ,分离DNA片段 ,作为基因芯片探针。　结果　分离到近千个大小在 2 0 0～ 5 0 0bp的基因片段 ,认为该方法可以克服DD PCR中出现的假阳性较多的缺点 ,简单易操作 ,且利用该方法分离的基因探针 ,制备DNA微集芯片 ,同全长cDNA探针制作芯片相比 ,其探针长度小且相对均一 ,杂交动力学易于控制。　结论　限制性显示技术为基因芯片探针的制备提供了一个全新的思路 ,并将大大加速基因芯片技术及其应用研究     

HE染色在环氧树脂半薄切片中的应用

目前 ,对Ｅｐｏｎ812包埋的半薄切片进行光镜观察 ,其染色多数采用盐基性染料如美蓝、甲苯胺蓝、结晶紫、硫堇和碱性品红等无需脱脂的单色染色法。虽然方法简单、时间短 ,但效果很差 ,细胞核、细胞质、细胞膜与细胞间质的区别不明显 ,有时结构不清、难以定位 ,而且染色后的切片易褪色 ,不易做长期保存。笔者应用ＨＥ染色法 ,染色效果比较理想 ,特别对临床肾活检超微病理诊断定位有重要意义。现将方法和体会介绍如下。1　染色方法1.1　常规环氧树脂Ｅｐｏｎ812包埋 　组织经 3%戊二醛前固定 2ｈ ,1%锇酸后固定 1 5ｈ ,梯度乙醇 (5 0 %、70 %…