肝组织选择性细胞通讯类基因转录调控网络的构建

目的 探讨肝脏组织选择性基因表达的转录调控机制.方法 按照基因功能的差异对组织选择性Affymetrix探针集(共3919条探针)进行聚类,挑选肝组织选择性细胞通讯类(LSCC)基因进行研究.收集各基因上游的500个碱基序列,用3种软件分别预测这些基因的转录因子(TFs)以及转录因子结合位点(TFBS),并进行文献挖掘,最后构建基因转录调控网络.结果 获得含23个基因的肝组织选择性细胞通讯类探针集,两种软件预测分别得到50和72个TFs,两者交集有18个相同TFS,得分最高前10条TFBS序列基本上与预测的TFs相对应,文献挖掘结果提示LSCC基因和TFs除具有肝组织的选择性、转录因子的一般性词汇外,还与白蛋白、糖尿病、葡萄糖、脂类、代谢、JNK等显著相关.调控网络显示LSCC基因和TFs具有参与糖、脂代谢调节,结合、转运功能,凝血信号转导,炎症应答等功能,未进入网络的PPP2RIB基因与网络中DUSP10基因部分功能相似.结论 LSCC基因和预测的TFs参与肝脏多种重要功能的调控,这些功能整合在复杂的转录调控网络中,转录因子JUN可能是发挥调控作用的重要靶点,推测PPP2R1B也可能参与几肿的调控.     

慢性髓细胞性白血病患者与健康人骨髓单个核细胞基因表达的差异

背景：慢性髓细胞性白血病是以造血干细胞的恶性克隆性增殖为特征。慢性期的慢性髓细胞性白血病患者如果不予以有效的治疗，必然演进为急变期。其预后往往非常差。因而，从全基因组水平上阐明慢性髓细胞性白血病的发生机制显得尤为重要，目的：应用Applied Biosystems表达芯片系统对慢性髓细胞性白血病患者骨髓单个核细胞的基因表达谱进行观察。设计：观察对比分析。单位：南方医科大学基因工程研究所。对象：两例骨髓样品（1例慢性髓细胞性白血病患者，1例健康者）来自于广州军区广州总医院血液科。方法：实验于2004-10／2005—09在南方医科大学基因工程研究所完成。分别从一例慢性髓细胞性白血病患者与一例健康人的骨髓样品中分离单个核细胞，提取总RNA，纯化mRNA。通过逆转录体外线性扩增的方法对mRNA样品进行标记，将标记好的cRNA样品与芯片杂交。利用ABI1700化学发光芯片分析仪对骨髓单个核细胞的基因表达谱差异情况进行分析。通过比较同一样品不同芯片间的数据信息，对芯片结果的可重复性进行评估。主要观察指标：①总RNA及标记后的cRNA质量的评定。②芯片可重复性验证。③芯片杂交结果。④半定量反转录-聚合酶链反应结果。结果：①利用统计学数据分析工具，通过比较慢性髓细胞性白血病患者与健康人单个核细胞的基因表达差异，总共发现了6706个差异基因。其中，与慢性髓细胞性白血病密切相关的差异基因为68个，上调的有17个，下调的有51个。③位于C／EBPalpha信号通路和CD40受体信号通路中的大部分差异表达基因，其表达水平降低。③通过对重复实验结果的相关性及检测一致性分析，证实了芯片结果的可重复性较好。而两组重复实验间的相关系数分别是，慢性髓细胞性白血病组为0．991，健康组为0．988。④半定量反转录-聚合酶链反应验证了芯片分析结果的可靠性。结论：通过比较慢性髓细胞性白血病患者与健康人单个核细胞的基因表达谱的差异，发现了大量的差异表达基因。这些数据将为寻找可用于慢性髓细胞性白血病患者疾病治疗的分子靶标提供有用的信息。     

青蒿素作用前后K562细胞基因表达谱的改变

目的:利用基因表达谱芯片研究青蒿素对体外培养的人红白血病K562细胞基因表达谱的影响.方法:青蒿素处理K562细胞24 h后,分别提取处理组和对照组细胞的总RNA,将两组RNA纯化为mRNA,逆转录成cDNA,用Cy3和Cv5两种不同的荧光染料进行线性扩增标记,与人全基因组基因表达谱芯片杂交,采用生物信息学方法分析青蒿素处理前后K562细胞基因表达谱的改变.结果:总共发现差异基因238个,其中上调基因136个,下调基因102个,并对其进行生物学功能分类.结论:应用全基因组表达谱芯片并结合Panther生物学软件分析差异表达基因,青蒿素作用K562细胞主要是通过细胞毒作用诱导细胞凋亡,而抑制细胞生长作用并不明显.     

寡核苷酸芯片技术在甲型流感及登革病毒检测分型中的初步应用

目的 建立寡核苷酸芯片检测技术,对甲型流感病毒及登革病毒进行早期检测及分型.方法 根据Genebank中病毒基因组序列的保守区域,设计病毒的特异性检测探针,制备病毒检测芯片;利用限制性显示技术标记样品中的病毒靶序列,将标记产物与芯片杂交、清洗、扫描及结果分析.结果 该方法可以正确检测到细胞培养所获得的甲型(H1N1,H3N2)流感病毒和登革四型病毒.结论 寡核苷酸芯片技术可应用于多种病毒及其亚型的早期检测.     

霍乱弧菌的分子遗传学特征及其检测研究进展

目前霍乱弧菌至少被分为 1 90多个血清群 ,霍乱弧菌新菌株不断产生、并被发现 ,使流行情况变得复杂。此外 ,针对霍乱弧菌的不同生存状态 ,采用过去的免疫学和生物学方法不能很好检测、鉴别。目前 ,分子生物学和核酸技术的发展为我们快速检测、鉴别霍乱弧菌提供了可能。现就霍乱弧菌的分子遗传学特征及其基因检测方面的研究进展作一综述。一、分子遗传学特征目前 ,引起霍乱暴发流行的主要菌株为Ｏ1群的ＣＶＣ、ＥＶＣ流行株ＥＳＥＶＣ和Ｏ1 3 9群 ,其他非Ｏ1群、非Ｏ1 3 9群一般不致病或仅引起散发腹泻或肠道外感染。能造成霍乱流行的菌株是…     

以ECHO克隆系统构建人生长激素的哺乳动物表达载体

目的：构建ECHO克隆系统构建人生长激素的哺乳动物表达载体，以克服原核生物表达系统生产人生长激素存在的缺陷。 方法：实验于2002．08在解放军广州军区广州总医院医学实验科进行。①先把人生长激素基因片段克隆到ECHO系统的供载体中，构建供载体pUni／Lox-HGH。②让该供载体与具Lox位点的受载体在Cre重组酶的作用下融合，构建出人生长激素的哺乳动物表达载体pcDNA4．1／pUni-HGH，使人生长激素基因处于CMV启动子的调控下，EcoRl单酶切及BarnHI／EcoRI双酶切鉴定重组质粒。 结果：由琼脂糖凝胶电泳和序列测定证实，用ECHO克隆系统构建的融合质粒中，确实含有人生长激素带内含子的基因序列。 结论：用ECHO克隆系统可以构建人生长激素的哺乳动物表达载体，且方便、快捷，为取代原核生物表达系统生产人生长激素，提供了依据。     

急性粒细胞白血病基因表达谱的研究

目的在急性粒细胞白血病M2a亚型的治疗中,首次完全缓解持续时间(CCR)是和预后相关的最重要的指标。运用基因芯片技术,研究拥有不同CCR病人的基因表达谱差异,从而寻找影响AML预后相关基因。方法收集3例CCR6个月内复发(A组)和3例CCR12个月以上(B组)的AML患者初诊时骨髓单个细胞,纯化mRNA,分别用Cy3和Cy5标记,和Agilent Human1B寡核苷酸基因芯片杂交,研究基因表达谱差异。结果在检测的20173个基因中,筛选出共同差异表达基因21个,其中在A组各例都表达上调的基因有10个,同时表达下调的基因有11个。结论 APP等21个基因与采用标准化疗的AML首次完全缓解持续时间有关,这些基因可能成为早期诊断难治性AML和判断预后的指标。     

Stealth siRNA对HBV复制和表达的抑制

目的设计siRNA并检测其对HBV的抑制作用。方法针对HBV基因组设计siRNA基因序列,化学修饰合成3种Stealth siRNA,转染带有HBV的2．2．15细胞,ELISA法检测其对HBV复制和表达的影响。结果3种Stealth siRNA对HBV的复制和表达在不同时间有不同程度的抑制作用。72h后就可检测出抑制,其中siRNA508效果最显著。结论合成的Stealth siRNA可以抑制HBV的复制和表达,有望成为控制HBV感染的一种手段。     

人OAZ-ORF2基因真核表达载体的构建及在Hela细胞中的表达

目的 克隆人鸟氨酸脱羧酶抗酶蛋白OAZ-ORF2基因,重组至真核表达载体,并在Hela细胞中表达.方法 以pET32a-OAZ质粒为模板,PCR法扩增OAZ-ORF2序列,测序鉴定后重组入真核表达载体pEGFP-N1,转染Hela细胞,表达重组蛋白.结果 PCR产物经琼脂糖电泳证实与目的基因长度一致,测序结果与GenBank公布的OAZ基因的ORF2序列一致.重组载体在Hela细胞中表达OAZ-ORF2蛋白,Western blotting分析在相对分子质量44.5×103左右出现新的蛋白条带.结论 成功构建人OAZ-ORF2基因真核表达载体,并获得表达.