广东汉族人群人类白细胞抗原-A,B及DRB1基因多态性和单倍型分布

目的分析广东汉族人群人类白细胞抗原(HLA)-A、B、DRB1基因和单倍型的分布特征。方法根据3 275名广东汉族无关骨髓供者的HLA基因型数据,采用最大似然性方法计算HLA-A、B、DRB1的基因频率和单倍型频率。结果广东汉族人群中共检出73个HLA基因(或抗原),其中A*02、A*11、A*24、A*33、B*46、B60、B*13、B75、B*58、DRB1*09、DRB1*15、DRB1*04、DRB1*08和DRB1*12最常见;385条A-B单倍型中,20条频率高于0.01并至少有25条单倍型为显著性正连锁不平衡;458条B-DR单倍型中,24条频率高于0.01并至少可见37条单倍型为显著性正连锁不平衡;2 836条A-B-DR单倍型中,仅487条单倍型的频率有价值(大于等于3.05×10-4),36条常见单倍型中A2-B46-DR9和A33-B58-DR17频率最高。结论广东汉族人群HLA-A、B、DRB1基因和HLA单倍型的分布有其自身特点,本研究所获得的HLA-A、B、DRB1基因和单倍型频率可作为广东汉族人群的参考标准。     

应用完整外显子2/3序列解决HLA-DRB1座位基因分型的歧义结果

背景:人类白细胞抗原基因测序分型中,当等位基因的差异碱基位于测序范围之外或不同等位基因对的杂合序列相同时,无法得到清晰的结果.目的:通过完整外显子2/3序列的测定,解决常规HLA-DRB1基因分型中的高比例歧义结果.方法:初次分型采用常规的测序方法检测320份样本的HLA-DRB1外显子2第一高变区以外的序列,测序反应设置codon86.后期采用一次性扩增外显子2/3,测序反应针对外显子2设置组特异性引物:DRB1*04/07/09为一组,其它基因家族为一组,设置conden86,对初次分型后为歧义结果的样本重新分型.结果与结论:初次分型有180份样本为歧义结果,占总样本数的56.25 %.其中A类为差异碱基位于测序范围之外,共114例;B类为等位基因对的杂合序列相同,共17例;C类为两种情况同时存在,有49例.3种类别的歧义等位基因数分别为119个、34个、98个,占等位基因总数的33.06%、9.44 %、27.22%.完整外显子2/3序列的测定使歧义结果比例从56.25%下降到14.37%,其中A类103例、B类8例、C类23例样本的等位基因得到确认.此次研究中发现了一个新等位基因,与跟它最相近的等位基因DRB1*110101相比,其外显子3的第381位碱基G>T,导致第98位氨基酸AAG(赖氨酸 Lys)>AAT(天冬酰氨 Asn).序列已提交Genbank,编号HM807583,2010-08被世界卫生组织HLA因子命名委员会命名为HLA-DRB1*1197(编号HWS10010999).提示,完整外显子2/3序列的测定能大幅降低歧义分型结果的比例.     

中国南方汉族非亲缘男性个体Y-STR基因座的遗传多态性

目的了解中国南方汉族非亲缘男性个体ABI YfilerTM系统中17个Y-STR基因座的遗传多态性。方法采用AmpFlSTR YfilerTM PCR复合扩增试剂盒和ABI PrismTM3100基因测序仪基因扫描检测方法,对132份非亲缘男性个体血样的17个Y-STR基因座,进行Y-STR基因检测,统计和分析等位基因频率、单倍型频率以及单倍型多样性。结果在132名非亲缘男性个体中,17个基因座的GD值的分布在0.3554—0.9137之间。检出的单倍型共有131种,其中130种单倍型仅出现1次,单倍型15/12/23/28/16/15/13,13/13/10/11/20/14/12/14/10/18出现2次,单倍型多样性达0.9998。结论中国南方汉族无非亲缘男性个体中17个Y-STR基因座具有丰富的遗传多态性。     

中国南方汉族人群HLA-A,B,DRB1基因测序分型模棱两可结果的分布及其解决方案

背景:聚合酶链式反应-直接测序分型技术被誉为HLA分型的金标准,在临床移植配型和骨髓库供者的大规模HLA分型中逐渐被广泛采用,但该方法的最大缺点是存在较高比例的模棱两可分型结果,故亟待寻找并建立适合中华骨髓库大规模供者HLA-测序模棱两可分型结果的解决方案。目的:调查中国南方汉族人群HLA-A,B,DRB1基因测序分型中模棱两可结果的分布状况,评估其可能的解决方案。设计、时间及地点:观察测量实验,2007-08/2008-08在深圳市血液中心输血医学研究所免疫遗传重点实验室完成。对象:选择深圳骨髓库的汉族骨髓供者416名,供者民族和籍贯按照自述原则确定。方法:采用聚合酶链反应-直接测序分型方法对416名汉族供者的HLA-A,B,DRB1基因进行测序分型,分析3个基因座模棱两可分型结果的分布情况,并分别采用高分辨聚合酶链反应-序列特异性引物法和杂合性模棱两可引物分离法进行解决;采用直接计数法统计基因频率,计算真实等位基因的相对概率。主要观察指标:416名供者HLA-A,B,DRB1基因直接测序分型结果的分布。HLA-A,B,DRB1基因测序模棱两可分型结果的分类及分布。序列特异性引物法及杂合性模棱两可引物分离法...     

Y-STR及HLA-A、-B、-DRB1基因分型在二联体亲子鉴定中的应用

目的研究增加Y-STR位点和HLA基因座的检测后,对二联体亲子鉴定亲子关系相对机会(RCP)值的影响。方法对二联体亲子鉴定案例除常规进行ABI AmpFLSTR IdentifilerTM试剂盒中的15个常染色体STR位点检测以外,增加ABI YfilerTM系统中的17个Y-STR或HLA-A、-B、-DRB1基因座的检测,并计算增加检测位点前后的亲子关系指数(PI)和RCP。结果经ABI IdentifilerTM试剂盒检测的135例二联体亲子鉴定,RCP值>99.99%案例为109例,占80.74%,其余的26例(19.26%)RCP值均>99.73%、但<99.99%,在这26例单亲案例中,18例"母-子"单亲案例增加HLA-A、-B、-DRB1基因座检测后,其中的15例RCP值>99.99%;8例"父-子"单亲案例增加了17个Y-STR检测后,RCP值则均超过了99.99%。结论增加Y-STR或HLA-A、-B、-DRB1基因座等遗传标记物的检测,可有效提高二联体亲子鉴定的RCP值,从而提高鉴定的准确性。     

DNA工作站在HLA测序分型中的应用

目的 建立从全血样本中高通量提取基因组DNA的方法,以应用于HLA常规测序分型.方法 采用DNA工作站及2 ml深孔板,从400份全血样本中提取基因组DNA.用紫外分光光度仪测定其浓度和A<,260>/A<,280>值,并采用琼脂糖电泳检测DNA的完整性.扩增产物经纯化后作为测序模板,产物经酒精/EDTA/NaOAc法纯化,用ABI Prism<'TM>3730测序仪电泳检测.相关的分析软件分析HLA基因型.结果 使用400μL全血中400份样本的DNA产量平均为(3.217±0.715)μg,A<,260>/A<,280>值平均为1.710±0.103;琼脂糖电泳表明DNA的分子量均大于15×10<'3>;HLA-A、HLA-B和HLA-DRB1座位序列碱基峰高均在2000以上,测序评分在75分以上.48份HLA-A、B和DRB1基因型已知的室内质控样本,经本文的方法提取DNA并进行HLA基因分型,经盲检质控检测,所得到的结果与已知的HLA基因型相一致.结论 采用本方法所提取的DNA能稳定、可靠地应用于骨髓捐献者样本的HLA-A、B和DRB1座位测序分型,具有快速、高通量化的特点和广泛的应用前景.     

中国北方汉族造血干细胞捐献者人类白细胞抗原-A、B、DRB1基因和单倍型高分辨水平的多态性研究

目的 从高分辨率水平研究中国北方汉族人群人类白细胞抗原(Human Leukocyte Antigens,HLA)-A、B、DRB1基因和单倍型的多态性.方法 采用聚合酶链反应-测序分型方法(Polymerase Chain Reaction-Sequence Based Typing,PCR-SBT)对631名随机北方汉族个体的HLA-A、B、DRB1基冈进行序列分析,进而采用最大似然性方法计算等位基因和单倍型的分布频率.结果 30个HLA-A等位基因中,频率高于0.05的5种常见等位基因A*1101、A*2402、A*0207、A*0201和A*3303的频率总和为69.26%;64个HLA-B等位基因中,频率高于0.05的4种常见等位基因B*4001、B*4601、B*5801和B*1502的频率总和为38.11%,41个DRB1等位基因中,频率高于0.05的7种常见等位基因DRB1*0901、DRB1*1501、DRB1*1202、DRB1*0701、DRB1*0803、DRB1*1101和DRB1*0405的频率总和为59.98%.499条A-B、659条BDRB1和2 426条A-B-DRB1单倍型中,分别有38、39和31条单倍型频率高于0.005,其频率总和分别为59.82%、53.69%和32.38%,A*0207-B*4601、B*4601-DRB1*0901和A*0207-B*4601-DRB1*0901分别为其最主要单倍型.结论 中国北方汉族人群高分辨水平的HLA-A、B、DRB1等位基因和单倍型的多态性数据可作为人类学、法医学、移植配型和疾病相关性研究和应用的参考数据.     

在中国汉族人中发现新不表达等位基因HLA-A~*0253N

目的　鉴定在中国浙江一个汉族家庭中发现的新的HLA新不表达等位基因。方法　对 1个无γ球蛋白血症患儿及其母作HLA血清学分型与基因分型 ,针对二者结果有差异 (血清学不能检出其中的 1个抗原 ,而DNA基因分型结果为HLA 0 2XX) ,进行基因克隆和基因组DNA全长测序 ,分析该HLA 0 2XX和HLA A 0 2 0 11基因序列差异。结果　该基因与HLA A 0 2 0 11的差异 ,仅在外显子 2区域的 32 4C >G的单个碱基的替换 ,导致了密码子 10 8由酪氨酸变为终止密码子。家系调查表明 ,在被检测的 2 2个家庭成员中 ,患儿及其母亲、外祖父、姐姐和舅舅携带有该基因。而在 718名具有A 0 2基因的随机造血干细胞供者中 ,未发现带有该基因的个体。结论　该基因是 1个HLA A不表达等位基因 ,世界卫生组织 (WHO)基因命名委员会于 2 0 0 1年 9月将其正式命名为HLA A 0 2 5 3N ,其单倍型为A 0 2 5 3N ,B 370 1,DRB1 10 0 1。