地中海贫血患者找到人类白细胞抗原A-B-DR单倍型及抗原全相合供者的可能性

背景：选择适合的人类白细胞抗原匹配供者是实施造血干细胞移植治疗的关键，不同人种、地区和疾病人群的人类白细胞抗原与单倍型频率分布是评估地中海贫血患者选择适合供者的重要遗传学依据。 目的：分析地中海贫血患者人类白细胞抗原A-B-DRB1单倍型和表型频率分布格局，估算其与骨髓库相合供者相配的概率。 设计：病例-对照分析。 对象：患者组为2000-06/2006-12广东地市级以上13家医院诊断为地中海贫血的108例患者，广东籍，彼此无血缘关系。正常对照组为2000-08/2006-12中华骨髓库招募的5 352名广东籍健康供者，与患者无血缘关系。 方法：应用最大似然性算法计算两组人类白细胞抗原A，B，DRB1单倍型及表型频率分布。根据人类白细胞抗原单倍型遗传特征，某一个体人类白细胞抗原A，B，DRB1表型频率等于相应的基因型频率之和。在由n个供者组成的供者群体找到至少1例与患者表型全相同供者的概率P，应用公式P=1-（1- Df）n计算，Df 为供者表型频率。 结果：患者组和对照组最常见单倍型和表型频率分布格局不同。正常对照组常见的单倍型为A2-B46-DR9，A33-B58-DR17，A11-B75-DR12，A11-B13-DR15和A33-B47-DR13；患者组常见的单倍型为A2-B46-DR9，A33-B58-DR17，A2-B46-DR14，A11-B60-DR12和A11-B75-DR12。正常对照组常见的表型频率分布情况为A2,33；B46,58；DR9,17,A2,11；B46,75；DR9,12,A11,33；B58,75；DR12,17,A2,2；B46,46；DR 9,9和A2,11；B13,46；DR9,15；患者组常见的表型为A2,33；B46,58；DR9,17,A2,2；B46,46；DR9,9,A2,2；B46,46；DR9,14,A2,11；B46,60；DR9,12和A2,11；B46,75；DR9,15。两组之间相匹配的表型有19种，表型匹配概率为0.44%（19/4282）。人类白细胞抗原A24-B51-DR8，A3-B38-DR7，A24-B50-DR12，A3-B38-DR4，A24-B51-DR8和A24-B60-DR7等34条单倍型及A2,33；B46,58；DR9,17，A2,2；B46,46；DR9,9和A2,11；B46,75；DR9,15等67种表型，其频率在正常对照组有不同程度的降低，携带有这些单倍型或表型患者找到人类白细胞抗原单倍型相合或全相合供者的概率降低。 结论：地中海贫血患者人类白细胞抗原A-B-DR单倍型频率分布呈高度遗传多态性，患者找到人类白细胞抗原全相合供者的概率取决于供者群体人类白细胞抗原表型频率。     

HLA新等位基因B*5618的序列分析

目的识别确认中国汉族人群中的HLA新等位基因。方法采用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide probes,PCR-SSOP)方法、聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-sequence specific primer,PCR-SSP)方法以及基因测序分型(sequence-based typing,SBT)技术,发现1个与HLA-B*5610等位基因相近的未知等位基因。以基因特异性引物单独扩增B*56基因并对第2、3、4外显子进行双向测序,序列经BLAST验证并分析该基因与B*5610基因的核苷酸序列差异。结果该基因为新的等位基因,其序列已被GenBank接受(编号为EF016753)。新等位基因与最接近的B*5610相比,在第3外显子上有4个核苷酸的不同,即第379位C→G(密码子127CTG→GTG,氨基酸127Leu→Val);第412位A→G(密码子138AAC→GAC,氨基酸138Asn→Asp);第419位T→C、第420位A→C(密码子140TTA→TCC,氨基酸140Leu→Ser)。结论该等位基因为新的HLA-B等位基因,2006年9月已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*5618。     

HLA新等位基因A*3018的序列分析和确认

为了识别和确认中国汉族人群中的HLA新等位基因,使用PCR-SSP、FLOW-SSO以及PCR-SBT等HLA分型技术,发现样本A位点的杂合结果A*240201,300101在外显子2有3个位置与数据库不相符。用组特异性引物分别扩增A*24及A*30基因,对外显子2、3、4进行双向测序,发现1个与A*300101序列相近的新等位基因。分析该等位基因与A*300101序列的差异。用EB病毒感染外周血B淋巴细胞,建立该等位基因的无限增殖化B淋巴细胞系。结果表明:该基因与A*300101相比在外显子2有3个碱基的改变,碱基121A→C、123T→C导致密码子17AGT->CGC,17S(丝氨酸)→R(精氨酸);碱基126A→G导致密码子18GGA→GGG,18G(甘氨酸)→G(甘氨酸),该氨基酸是同义突变。成功建立了该等位基因的无限增殖化B淋巴细胞系,该基因序列已提交GenBank,编号为DQ872509。结论:该等位基因为新的HLA-A等位基因,已于2006年8月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*3018(上报编号HWS10004039)。     

中国新疆维吾尔族人群FUT2基因结构的研究

目的　研究中国新疆地区维吾尔族人群的FUT2基因分子结构。方法　对 4 0人份的维吾尔族人群随机供者血样进行DNA抽提 ,并进行FUT2基因测序分析。结果　共发现维吾尔族人群的FUT2有 35 7、385、4 2 8、7394处位置上存在突变 ,它们的基因频率分别为 :35 7T =71.2 5 % ,35 7C =2 8.75 % ,385A =77.5 0 % ,385T =2 2 .5 0 % ,4 2 8G =70 % ,4 2 8A =30 % ,739G =72 .5 0 % ,739A =2 7.5 0 %。结论　新疆维吾尔族人群的FUT2基因结构的特点提示新疆维吾尔族人群与台湾地区中国人和白种人间存在着一定程度的亲缘关系。     

6965名汉族骨髓供者HLA多态性分析

目的　分析中国汉族骨髓供者的人类白细胞抗原 (HLA)多态性 ,并寻找和鉴定新的HLA等位基因。方法　采用序列特异性引物聚合酶链反应、DNA测序技术以及分子克隆等以DNA为基础的HLA基因分型技术。结果　共鉴定 6 96 5人份无关汉族骨髓供者的HLA A、B、DRB1座位上的等位基因 ,其中 4 70 7人份为南方汉族个体 ,2 2 5 8人份为北方汉族个体。在受检群体中共检出 72种HLA特异性 ,包括过去很少在汉族人群中被检测到的HLA A2 5、A34、A74、B4 1、B4 2、B5 3、B73、B81等。HLA A、B、DRB1座位上尚未被检测出的空白基因频率分别小于 0 .2 0 % ,0 .2 5 %和 0 .70 %。发现 3个新等位基因 ,已被WHO命名为HLA A 0 2 5 3N ,HLA A 1114和HLA B 5 6 10。结论　在骨髓供者HLA分型中使用以DNA为基础的基因分型技术 ,可以得到精确可靠的基因频率以及发现新的等位基因。一些HLA基因在南北汉族人群中的分布有明显的差异 ,为了能最大限度地募集到带有不同HLA分型的骨髓供者 ,有必要在我国南北多个地区筛选骨髓供者     

五种HLA低分辨率基因分型试剂的对比分析

目的：比较五种HLA低分辨率分型试剂的检测效果。方法：用五种HLA分型试剂分别检测7份标准品，分析比较各种试剂的检测结果。结果：五种分型试剂基因检出率均为100％，无漏检。分辨率较好，均能达到低分辨率的要求。但试剂A和D特异性略低于其它试剂。结论：储备两种分型试剂以弥补彼此的不足。     

中国汉族人群HLA-B*40组的多态性研究

为了研究中国汉族人群HLA—B^*40等位基因的分布特点，探讨其可能对临床供者选择的影响，从中华骨髓库深圳分库中随机抽取381名志愿供者，用PCR—SSO方法进行HLA—B基因分型；另从已分型的1270例供者中选出低分辨率结果为B^*40纯合子的样本。所有B^*40阳性标本采用PCR—SBT及PCR—SSP方法进行高分辨率分型。结果表明：随机抽取的381例样本通过Hardy—Weinberg平衡检验，HLA—B^*40的基因频率为0．1692。在实验中仅检测到B^*4001，B^*4002，B^*4003，B^*4006，其血清学特异性分属B60，B61。各等位基因相对频率B^*4001为0．1192，B^*4002为0．0154，B^*4003为0．0038．B^*4006为0．0308。B^*40纯合子在高分辨水平上检测，其等位基因表现出一定的规律性，低分辨结果为B^*40XX(B^*4001组)，一，高分辨都是B^*4001；低分辨为B^*40XX(B^*4002组)．一，高分辨则为B^*4002或B^*4006或二者杂合子。结论：中国汉族人群B^*40基因家族中B^*4001占绝对优势。为了选择最适供者，建议临床配型中使用高分辨率基因分型。     

应用完整外显子2/3序列解决HLA-DRB1座位基因分型的歧义结果

背景：人类白细胞抗原基因测序分型中,当等位基因的差异碱基位于测序范围之外或不同等位基因对的杂合序列相同时,无法得到清晰的结果。目的：通过完整外显子2/3序列的测定,解决常规HLA-DRB1基因分型中的高比例歧义结果。方法：初次分型采用常规的测序方法检测320份样本的HLA-DRB1外显子2第一高变区以外的序列,测序反应设置codon86。后期采用一次性扩增外显子2/3,测序反应针对外显子2设置组特异性引物：DRB1＊04/07/09为一组,其它基因家族为一组,设置conden86,对初次分型后为歧义结果的样本重新分型。结果与结论：初次分型有180份样本为歧义结果,占总样本数的56.25%。其中A类为差异碱基位于测序范围之外,共114例;B类为等位基因对的杂合序列相同,共17例;C类为两种情况同时存在,有49例。3种类别的歧义等位基因数分别为119个、34个、98个,占等位基因总数的33.06%、9.44%、27.22%。完整外显子2/3序列的测定使歧义结果比例从56.25%下降到14.37%,其中A类103例、B类8例、C类23例样本的等位基因得到确认。此次研究中发现了一个新等位基因,与跟它最相近的等位基因DRB1＊110101相比,其外显子3的第381位碱基G〉T,导致第98位氨基酸AAG（赖氨酸Lys）〉AAT（天冬酰氨Asn）。序列已提交Genbank,编号HM807583,2010-08被世界卫生组织HLA因子命名委员会命名为HLA-DRB1＊1197（编号HWS10010999）。提示,完整外显子2/3序列的测定能大幅降低歧义分型结果的比例。     

HLA-DRB1座位的等位基因多态性与乳腺癌遗传易感关系的研究

目的研究乳腺癌与人类白细胞抗原Ⅱ类基因DRB1座位等位基因的相关性。方法病例组为临床已确诊的乳腺癌患者112例,均使用LUMINEX 200液相分析平台,采用序列微珠综合分析实验技术(FLOW-SSO)方法进行HLA分型。对照组为"中华造血干细胞志愿捐献者资料库"广东分库的志愿捐献者20 621例,采用FLOW-SSO和SBT方法进行HLA分型,对不确定结果采用PCR-SSP分型试剂进行确认。所有检测样本的DNA使用瑞士TECAN公司DNA提取自动工作站从EDTA-K2抗凝的外周全血中抽提。结果在112例乳腺癌患者中共检测到HLA-DRB1座位等位基因27个。病例组与对照组两个群体的HLA-DRB1座位等位基因的分布差异有统计学意义(χ2=42.39,P<0.05)。其中HLA-DRB1*0408在病例组中的分布频率高于对照组(χ2=4.19,P<0.05),相对危险度RR=6.34(χ2=4.20,P<0.05);HLA-DRB1*0901在病例组中的等位基因频率为0.205 4,高于对照组中的0.150 1(χ2=5.33,P<0.05),相对危险度RR=1.63(χ2=6.50,P<0.05);HLA-DRB1*0701在病例组中的分布频率仅为0.026 8,低于对照组中的0.086 1(χ2=10.00,P<0.05),相对危险度RR=0.24(χ2=11.37,P<0.05)。其他等位基因的频率分布差异及相对危险度经χ2检验差异无统计学意义(P>0.05)。结论 HLA-DRB1*0408、HLA-DRB1*0901可能是乳腺癌的易感基因,而HLA-DRB1*0701可能是乳腺癌的保护基因。     

中国南北方汉族急性淋巴细胞白血病患者HLA基因分型特征

目的 研究中国南北方汉族急性淋巴细胞白血病(ALL)患者人群中人类白细胞抗原(HLA)-A,B,DRB1等位基因的分布特征.方法 根据11个南方省区556名南方汉族和18个北方省区644名北方汉族ALL患者的HLA-A,B,DRB1表型数据,采用最大似然性方法分别计算两个群体的HLA-A,B,DRB1等位基因和单倍型频率并采用卡方检验方法比较其分布特征.结果 南北方汉族ALL患者群体中,A*02,A*11,A*24,A*33,B*13,B*46,B*51,B*60,B*62,DRB1*04,DRB1*08,DRB1*09,DRB1*11,DRB1*12,DRB1*14和DRB1*15均比较常见,另外B*58,B*62和B*75仅在南方群体中较高,而A*30,B*35,B*61和DRB1*07则仅常见于北方患者,7个A,12个B和5个DRB1等位基因的分布存在显著性差异.结论 中国南北方汉族ALL患者人群HLA-A,B,DRB1等位基因的分布有其自身特征,此研究数据可作为ALL患者群体的HLA相关研究和应用的参考数据.