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目的 应用系统生物学方法,研发一种基于转录组表达谱的基因网络可视化工具,以直观显示急性心肌梗死后早期的转录组和代谢调控的整体变化.方法 在美国国立卫生研究中心(NCBI) GEO数据库下载编号为GDS2331的一个急性心肌梗死后大鼠心脏左心室的基因芯片表达文件,其平台编号为GPL83.筛选实验时间在15 min,60 min,4h,12h,24和48 h的假手术和急性心肌梗死模型亚组数据,利用Mathwork bioinformatics toolbox工具包将数据转化为计算机可读的结构体.利用模式识别算法剔除表达背景噪声;最后获得心肌梗死建模后表达模式扰动最明显的基因谱.利用K-mean算法对这些基因进行分类,并进行基因本体分析(gene ontology,GO).进而将有关通路标定在京都基因和基因组百科数据库(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)中,形成基因组-表达谱系统分析.结果 共有1400个基因被筛选出来.在损伤后的前48 h,这些基因的变化模式可归为16类.根据可以获得基因本体分析发现:在生物学过程上,心肌梗死后早期调控发生改变主要和发育基因相关,其中主要包括蛋白激酶B信号传导途径,中枢神经系统发育途径,以及cytochalasin B调控相关途径.在分子功能上,这些功能主要和磷酸化,肌动蛋白的结合以及核酸的配对解离有关.在细胞成分上,主要与细胞内外膜相结构之间的联系、高尔基复合体、出胞作用、以及细胞骨架特别是dynactin complex等结构有关.KEGG作图标记可显示在分子调控传导路径当中,受到影响的基因很可能通过该传导通路的上下游分子进行调控.如以肌动蛋白为核心的细胞骨架信息传导途径的调控中,GF RTK Vav/tiam Rac mlCK Myosin整个调控途径中的分子都有相同的调控模式.结论 利用系统生物学技术可以实现急性心肌梗死后基因表达波动模式的可视化描述.这些模式可以反映基因表达在不同时间点质和量上的表达差异.结合Geneontology的基因语义功能学上的研究和基于KEGG的作图法是一种有力的联合分析工具,前者可以直观的展示扰动的基因在功能上的共同点,后者可以显示在特定细胞网络中哪些基因受到了影响. 相似文献
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目的:探讨lncRNA NCRNA00173在骨肉瘤组织中表达及其临床意义.方法:通过实时荧光定量PCR法检测lncRNA NCRNA00173在54例骨肉瘤组织及癌旁组织标本(收集自四川省人民医院骨科2012年10月至2016年12月手术患者)中的表达,分析其表达的临床意义.结果:与癌旁组织比较,lncRNA NCRNA00173在骨肉瘤组织标本中的表达明显降低(1.793±0.158 vs 5.368±0.285,t=10.96,P<0.01).lncRNA NCRNA00173的表达与疾病分期、淋巴结转移、远处转移、肿瘤分化及生存状态明显相关(均P<0.05),而与患者的性别、年龄无关(均P>0.05);此外,高表达lncRNA NCRNA00173患者的OS及PFS均较低表达者明显延长(P<0.01).Cox多因素回归模型分析提示,lncRNA NCRNA00173的表达、远处转移及临床分期是骨肉瘤独立的预后因素(P<0.05).结论:lncRNA NCRNA00173参与调节骨肉瘤的发生发展,可作为潜在的骨肉瘤诊断和预后评估的分子标志物. 相似文献
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目的 本研究旨在模拟外来输人性埃博拉出血热(Ebola virus disease,EVD)病例出现后,不同的防控策略对该病在我国传播及爆发流行模式的影响,并为相关决策部门提供一种循证决策依据.方法 选用传染病SIR动力学模型建模.模拟病毒输入区域为我国南方某特大型城市群,该城市群人口5000万,所有人均为易感者.出现输入性病例,模拟情况分别包含单个感染者入境I(0)=1,某小型旅行者团体(全为感染者)入境I(0)=5及I (0)=10.I(0)我们称为“零号感染者”,其发病过程呈现典型的埃博拉出血热发病过程.其传播能力用β表示.对于输入性埃博拉感染者进入我国后,从其发病到得到控制(启动紧急预案)的时间t*设定了如下特征参数:t*=6,12,18,24,30 h.传播模式设定如下:S0=5×108,I0∈[1,20];λ∈(0.1);q∈(0.1];t*∈{6,12,18,24}h.结果 零号感染者输入后,随着应急预案启动的时刻t*变化,病毒暴发曲线为指数型,指数方程为y=1.053e1.801,模型拟合度R2 =1,RSME =0.118 5.如在给定启动应急预案的时间点后(即在同一时间点启动应急预案),零号感染者的数量与被感染者人数上限之间的关系表现为线性增加,线性方程为y=7.605x,模型拟合度R2 =1.以最好模型估计,若零号感染者人数为1,输入后在6h内即被识别并启动应急预案进行处置,则感染人数为7人;若其被隔离时间延长为12,18,24及30 h,则对应的感染人数分别为32、400、1400和8600.以最坏模型估计,若零号感染者人数为10,在6,12,18,24及30 h后才被识别并启动应急预案进行处置,则在对应的新发感染人数分别为67、380、2400、1.4万和8.7万.结论 埃博拉出血热在我国爆发流行的可能性较低,即使出现输入性病例,只要能严格执行国家卫计委的相关规定,该病的传播范围将极为有限.应该加大投入,加强对一线传染科、急诊科和发热门诊医护人员的培训,使之能及时识别该病并加以处置. 相似文献
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目的 系统评价奥沙利铂联合长春瑞滨治疗晚期非小细胞肺癌的临床疗效和安全性。
方法 采用Cochrane 系统评价方法,电子检索Cochrane 图书馆临床对照试验资料库(CENTRAL)2008 年第3 期、MEDLINE(1966 ~ 2008.4)、EMbase(1984 ~ 2006.12)、Cancerlit(1996 ~ 2005.12)、CBM(1978 ~ 2008.4)、CNKI(1994 ~ 2008.4)、VIP(1989 ~ 2008.4),并手工检索《中华肿瘤杂志》等15 本中文医学类核心期刊,收集奥沙利铂联合长春瑞滨治疗晚期非小细胞肺癌的随机对照试验。按照纳入排除标准选择RCT,进行质量评价后提取数据并采用Cochrane系统评价软件RevMan 4.2.8 进行Meta 分析。
结果 共纳入 17 个研究,合计1 399 例晚期非小细胞肺癌患者,所有研究均报道采用了随机方法,但均未详细报道随机方案的隐藏情况及是否采用盲法。Meta 分析结果显示,NO 方案(长春瑞滨+ 奥沙利铂)与NP 方案(长春瑞滨+ 顺铂)的有效率相似[RR=0.97,95%CI(0.85,1.10)],1 年生存率相似[RR=0.82,95%CI(0.66,1.03)]。NO 方案致化疗后Ⅲ~Ⅳ度恶心呕吐反应[RR=0.20,95%CI(0.14,0.28)],Ⅲ~Ⅳ度白细胞下降反应[RR=0.64,95%CI(0.52,0.79)],Ⅰ~Ⅱ度肾功损害[RR=0.27,95%CI(0.11,0.60)]均低于NP 方案。无研究报道治疗相关性死亡。
结论 奥沙利铂与顺铂联合长春瑞滨治疗晚期非小细胞肺癌疗效相似,含奥沙利铂的两药方案耐受性较好,更易为患者接受,可以作为治疗晚期非小细胞肺癌化疗方案。但由于纳入的研究存在选择性偏倚和测量偏倚的高度可能性,势必影响结果的论证程度,因此期待更多高质量的随机双盲对照试验提供高质量的证据。 相似文献
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HPLC测定清热醒脑灵片中黄芩苷 总被引:1,自引:1,他引:0
目的:建立可靠的清热醒脑灵片中黄芩苷的含量测定方法。方法:采用HPLC,Phenomenex Luna C18(2)色谱柱,流动相甲醇-0.2%磷酸(58∶42,用三乙胺调节pH 3.0),柱温室温,检测波长280 nm。结果:黄芩苷的线性范围为22.18~110.92 mg.L-1(r=0.999 9,n=5);平均回收率为101.72%(RSD 1.66%,n=9)。结论:方法操作简便,专属性、重复性好,可用于清热醒脑灵片的质量控制。 相似文献
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目的 全面直观地呈现新型冠状病毒感染(COVID-19)疫情下消毒学的研究动态及进展。方法 以“COVID 19”和“disinfection”为主题词在Web of Science(WOS)核心数据库检索2020—2022年间发表的1 126篇文献,通过Citespace工具分析关键词突现和聚类、文献共被引、机构和国家合作网络等信息,并绘制知识图谱。结果 COVID-19疫情期间的消毒研究主要集中于新型冠状病毒的传播特点、灭活方法、PPE再利用和医院感染控制等领域,获得消毒研究成果较多的国家为中国和美国;高被引论文主要来自清华大学、斯坦福大学和亚利桑那大学,其研究内容与本机构的特点有密切关联。结论 了解COVID-19疫情下消毒学研究动态,有助于为今后开展防控呼吸道传染病相关应用研究提供新思路。 相似文献