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目的 了解2014年长沙市禽类场所环境中H9N2亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)血凝素(Hemag-glutinin,HA)、神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)和非结构蛋白(ron-structural,NS)基因的分子进化特征,为人感染H9N2亚型AIV防控提供实验室科学证据支持.方法 对2014年长沙市禽类场所中采集的501份环境标本(禽类饮水263份,污水221份,其他标本17份)利用real-time PCR方法进行A型、H5、H7和H9亚型流感病毒核酸检测,然后对单独H9阳性标本利用HA和NA基因通用引物进行RT-PCR扩增和核苷酸测序,病毒HA、NA及NS基因测序结果在线BLAST分析,利用Bioedit和Mega5软件进行氨基酸比对和进化树构建.结果 从501份环境标本中检出A型AIV核酸阳性标本350份,H9亚型核酸阳性标本191份,占总标本数量的38.12%,H5亚型核酸阳性标本177份(35.33%),H7亚型核酸阳性11份(2.20%),H5和H9亚型混合核酸阳性标本68份(13.57%).部分单独H9亚型核酸阳性标本经RT-PCR和核苷酸测序鉴定出阳性H9N2亚型病毒核酸标本23份,分子进化分析表明2014年长沙市禽类场所环境中的绝大部分H9N2亚型AIVHA、NA、NS基因来源于A/Chicken/Shanghai/F/98 (F98)类似株病毒,属于新的S基因型,HA蛋白受体结合位点(Receptorbinding site,RBS)第235位(对应H3流感第226位)氨基酸为Leu (L),表现为特异性结合人流感病毒受体特征,病毒HA、NA及NS蛋白关键分子位点表现为低致病性的分子特征.结论 2014年长沙市禽类场所环境中H9亚型AIV核酸阳性率最高,H9N2亚型AIV的HA、NA和NS基因表现为低致病性的分子特征,但具有容易感染人类的特征,需要迸一步加强监测. 相似文献
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目的 了解2013年至2016年长沙市手足口重症病例感染柯萨奇病毒A组6型(CAV 6)和柯萨奇病毒A组10型(CAV 10)肠道病毒的流行趋势,并对其VP1基因进化概况进行分析。方法 运用描述性统计学分析方法对全市重症手足口病流行病学资料进行整理。CAV 6和CAV 10型肠道病毒阳性咽拭子、肛拭子或粪便标本用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增VP1基因片段,序列比对后用MEGA软件构建进化树。结果 2013—2016年全市共检测111份重症手足口病例标本,肠道病毒阳性标本80份,检出率为72.07%。80份肠道病毒阳性标本中,CAV 6型10株, CAV 10型8株。核苷酸序列的同源性分析发现,CAV 6型肠道病毒核苷酸序列之间存在0.8%~6.6%的差异。CAV 10型肠道病毒核苷酸序列之间存在1.1%~5.6%的变化差异。8株CAV 6型毒株均位于D2分支,1株处于D1分支。6株CAV 10型毒株位于E分支。结论 CAV 6和CAV 10肠道病毒在基因水平并未发生明显突变。重症病例中出现CAV 6型和CAV 10型感染高峰年份,但2016年有所降低,应将CAV 6和CAV 10型肠道病毒纳入常规监测,降低手足口发病风险。 相似文献
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目的对长沙市家禽市场污水来源的H9N2亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)的非结构蛋白(Non-structural,NS)基因进行进化和分子特征分析,探讨其传播风险。方法从家禽市场收集1份H9N2AIV样本(C09055049)进行NS基因PCR扩增和TA克隆测序,测序结果利用Lasergene和Mega5软件进行氨基酸比对和进化树构建。结果序列分析表明,NS基因核苷酸序列全长890bp,分别编码NS1(217个氨基酸)和NS2(121个氨基酸)两个蛋白,进化树显示本研究中的NS基因属于A等位基因群的A/Chicken/Shanghai/F/1998-like,起源于国内最早的分离株A/Chicken/Beijing/1/94;NS基因与进化树不同分支代表株氨基酸比对显示,NS1与A/Chicken/Shanghai/F/98同源性最高(96.3%),NS2与A/Chicken/Beijing/1/1994和A/Chicken/Shanghai/F/1998同源性最高(96.7%)。H9N2AIV的NS1蛋白第92位D氨基酸,且NS1蛋白C-端缺失13个氨基酸,表现为低致病性的分子特征。结论家禽市场污水来源的H9N2AIV的NS1蛋白缺乏高致病性及感染人的分子特征,传播至人的风险较小。 相似文献
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长沙市2010年手足口病EV71型VP1区基因序列分析 总被引:1,自引:0,他引:1
目的了解2010年长沙市手足口病(hand-foot-mouth disease,HFMD)重症和普通病例肠道病毒71型(human Enterovirus 71,EV71)VP1区基因特征。方法收集12例HFMD重症和普通病例的咽拭子或肛拭子标本进行VP1区基因RT-PCR扩增和核苷酸序列测定,测序结果利用sequin软件提交至GenBank,Lasergene和Mega5软件对测序结果进行氨基酸比对分析和构建进化树。结果 12株EV71 VP1区基因序列在进化树上与C基因型中的C4a亚型代表株属同一分支,在核苷酸同源性分析中,12株EV71与C4a亚型代表株(3254-TAI-98)的同源性达到92.6%-93.3%,高于与A、B、C1、C2、C3、CVA16型或亚型代表株的同源性(分别为79.9%-80.7%、83.1%-84.0%、87.9%-88.7%、89.1%-89.8%8、7.8%-88.2%和57.3%-58.4%);12株EV71病毒VP1之间的核苷酸有高度的同源性:同源性为98.1%-100.0%,高于与C4亚型代表株的同源性(92.6%-93.3%和91.8%-92.7%)。2010年分离自长沙的重症和普通病例与2008年分离自北京、深圳和阜阳的EV71病毒VP1基因序列之间的氨基酸变异位点少。结论 2010年长沙市流行的EV71型病毒属于C基因型中的C4亚型;12例HFMD重症和普通病例的EV71 VP1区基因序列差异较小;不同时间、不同地区和不同病例来源的EV71 VP1区氨基酸变异位点无关联。 相似文献
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目的求离子色谱法测定矿泉水中溴化物含量的不确定度,以确定结果的可信程度和准确性。方法依据《饮用天然矿泉水》(GB8538-1995)规定的方法进行测量,比较全面的考虑整个分析过程的不确定度来源,建立其测定结果的数学模型。结果该方法测定的某矿泉水中溴化物含量的相对标准不确定度为2.5%;扩展不确定度为0.08mg/L。结论提出的方法可适用于离子色谱法测定矿泉水中溴化物含量的不确定度评定。 相似文献
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目的 利用基准剂量法了解职业性镉暴露对作业工人尿中β2微球蛋白(Uβ2-MG)含量和酸性鞘磷脂酶(UASMase)活力的影响.方法 选取某金属冶炼厂作业工人233人为研究对象,按照GBZ 188-2014《职业健康监护技术规范》的要求进行健康检查,测定尿中Uβ2-MG含量和UASMase活力,以尿镉为暴露标志,以Uβ2... 相似文献