6965名汉族骨髓供者HLA多态性分析

目的　分析中国汉族骨髓供者的人类白细胞抗原 (HLA)多态性 ,并寻找和鉴定新的HLA等位基因。方法　采用序列特异性引物聚合酶链反应、DNA测序技术以及分子克隆等以DNA为基础的HLA基因分型技术。结果　共鉴定 6 96 5人份无关汉族骨髓供者的HLA A、B、DRB1座位上的等位基因 ,其中 4 70 7人份为南方汉族个体 ,2 2 5 8人份为北方汉族个体。在受检群体中共检出 72种HLA特异性 ,包括过去很少在汉族人群中被检测到的HLA A2 5、A34、A74、B4 1、B4 2、B5 3、B73、B81等。HLA A、B、DRB1座位上尚未被检测出的空白基因频率分别小于 0 .2 0 % ,0 .2 5 %和 0 .70 %。发现 3个新等位基因 ,已被WHO命名为HLA A 0 2 5 3N ,HLA A 1114和HLA B 5 6 10。结论　在骨髓供者HLA分型中使用以DNA为基础的基因分型技术 ,可以得到精确可靠的基因频率以及发现新的等位基因。一些HLA基因在南北汉族人群中的分布有明显的差异 ,为了能最大限度地募集到带有不同HLA分型的骨髓供者 ,有必要在我国南北多个地区筛选骨髓供者     

6个Y染色体STR基因座遗传多态性及其在亲子鉴定中的应用

目的为研究中国南方汉族人群DYS393等6个Y-STR基因座的遗传多态性并用于法医学鉴定.方法采用PCR复合扩增和基因测序仪荧光检测方法,检查204个无关男性个体,调查南方汉族的6个Y-STR基因座的单倍型频率,并对93对真父子和38对非父子的亲子鉴定样本进行检测.结果 DYS393基因座检出5个等位基因,DYS19基因座检出6个等位基因,DYS385Ⅱ基因座检出8个等位基因,DYS390基因座检出6个等位基因,有1DYS391基因座检出4个等位基因,DYS385基因座检出44个等位基因,共检出177种单倍型.93对真父子中,观察到2例分别有1个基因座突变.检测38对非父子,有1个或2个Y-STR基因座排除的案例各有1例(2.6%);有3个和3个以上的Y-STR基因座可以排除父子关系的案例为35例(92.1%);6个Y-STR基因座不能排除父子关系的为1例.结论本研究中的6个Y-STR基历座具有丰富的遗传多态性,可用于法医学个体识别和亲子鉴定.     

全血抽提基因组DNA数量与纯度影响因素的探讨

目的研究全血标本在反复冻融后对抽提基因组DNA数量和纯度的影响.方法本研究随机抽取100份样本,相隔24小时连续进行反复冻融四次,将每次融化的样本抽提基因组DNA,并用紫外分光光度仪测定其浓度和纯度.结果全血样本反复冻融组间比较抽提基因组DNA的数量检测结果比较提示均有显著差异(P＜0.01),但纯度反复冻融组间比较的检测结果提示均无统计学意义(P＞0.05).结论反复冻融对全血标本抽提基因组DNA的数量有使其下降的作用,对纯度则无影响.     

一个无效新等位基因C*01∶37N的鉴定及其序列分析

目的 鉴定中国汉族人群中新发现的一个HLA-C无效等位基因,并对国际上业已公布的HLA-C无效等位基因的突变情况进行分析.方法 采用分子克隆和单倍体测序的方法,鉴定1例HLA-C基因测序分型结果异常样本的分子生物学基础.结果 检出了一个C*01新变异等位基因,其序列与C*01∶02∶01最相近,但存在编码区nt 363 G＞A点突变,位于第三外显子的第97密码子由TGG直接变成终止密码子TGA,导致一个无效等位基因,其序列提交国际GenBank(序列号:GU592508)和IMGT/HLADatabase(HWS10010188).结论 该无效等位基因已被世界卫生组织(WHO)HLA因子命名委员会正式命名为C*01∶37N.

Abstract：

Objective To identify a novel HLA-C null allele in a Chinese Han individual and characterize the nucleotides mutations of HLA-C null alleles reported currently. Methods The molecular basis of a sample with inconclusive sequencing result was clarified by traditional cloning and haplotype sequencing. Results A novel HLA-C * 01 variant allele was identified. Its sequence was very similar to allele C * 01∶02∶01. There was a single nucleotide mutation at the coding sequence nt 363 G＞ A (codon 97TGG＞TGA) in exon 3. The genomic sequence of this novel allele was submitted to GenBank with the accession number GU592508 and the IMGT/HLA Database (HWS10010188). Conclusions The novel variant null allele has been officially named C * 01∶37N by the WHO Nomenclature Committee for factors of the HLA System.     

五种HLA低分辨率基因分型试剂的对比分析

目的：比较五种HLA低分辨率分型试剂的检测效果。方法：用五种HLA分型试剂分别检测7份标准品，分析比较各种试剂的检测结果。结果：五种分型试剂基因检出率均为100％，无漏检。分辨率较好，均能达到低分辨率的要求。但试剂A和D特异性略低于其它试剂。结论：储备两种分型试剂以弥补彼此的不足。     

中国汉族人群HLA-B*40组的多态性研究

为了研究中国汉族人群HLA—B^*40等位基因的分布特点，探讨其可能对临床供者选择的影响，从中华骨髓库深圳分库中随机抽取381名志愿供者，用PCR—SSO方法进行HLA—B基因分型；另从已分型的1270例供者中选出低分辨率结果为B^*40纯合子的样本。所有B^*40阳性标本采用PCR—SBT及PCR—SSP方法进行高分辨率分型。结果表明：随机抽取的381例样本通过Hardy—Weinberg平衡检验，HLA—B^*40的基因频率为0．1692。在实验中仅检测到B^*4001，B^*4002，B^*4003，B^*4006，其血清学特异性分属B60，B61。各等位基因相对频率B^*4001为0．1192，B^*4002为0．0154，B^*4003为0．0038．B^*4006为0．0308。B^*40纯合子在高分辨水平上检测，其等位基因表现出一定的规律性，低分辨结果为B^*40XX(B^*4001组)，一，高分辨都是B^*4001；低分辨为B^*40XX(B^*4002组)．一，高分辨则为B^*4002或B^*4006或二者杂合子。结论：中国汉族人群B^*40基因家族中B^*4001占绝对优势。为了选择最适供者，建议临床配型中使用高分辨率基因分型。     

1例D^Ⅵ Ⅲ型孕妇的免疫状态和RHD基因分析

目的 追踪研究1例弱D表型孕妇(G4Po)的胎母免疫状态和其RHD基因型。方法 分别采用聚合酶链式反应(PCR)技术、DNA序列分析技术和流式细胞术。结果 序列特异性引物PCR(SSP-PCR)检测RHD第3～7、9～10外显子显示第3～6外显子为阴性；编码区全长序列分析显示第1～2，7～10外显子序列与正常RHD基因一致，其余外显子缺失，证实个例为部分D表型D^Ⅵ Ⅲ型，其RHD基因型鉴定为CD^Ⅵe／cde。流式细胞术分析显示母亲体内存在胎儿红细胞，即胎母出血反应阳性，但血清中未发现抗-D，胎儿出生后无新生儿溶血病(HDN)发生。结论 本例虽未发生HDN，但在输血实践及临床抗D同种免疫的预防和监护中，笔者认为仍应将D^Ⅵ表型个体作为阳性供者和阴性受者。     

IFN-γ促进树突状细胞分化成熟的实验研究

目的 研究IFN-γ对人外周血单核细胞源树突状细胞(MoDC)分化成熟的影响.方法 从正常健康人外周血中分离出单核细胞(Mo),然后将Mo与GM-CSF,IL-4体外培养7 d,并于培养第5 d加入不同浓度的IFN-γ(1×106 U/L和2X106U/L)共同培养,用流式细胞术检测DC膜表面CD83和MHC-DR表达,用MTT法测定DC刺激同种异体T细胞增殖的能力,用ELISA检测DC培养上清中IL-12 p40 p70的含量.结果 两种浓度的IFN-γ均可显著刺激DC表达CD83和MHC-DR,分泌IL-12 p40 p70,增强DC刺激同种异体T细胞增殖的能力,尤以IFN-γ 1×106U/L作用更强.结论 IFN-γ可以有效促进MODC的功能成熟.     

应用完整外显子2/3序列解决HLA-DRB1座位基因分型的歧义结果

背景：人类白细胞抗原基因测序分型中,当等位基因的差异碱基位于测序范围之外或不同等位基因对的杂合序列相同时,无法得到清晰的结果。目的：通过完整外显子2/3序列的测定,解决常规HLA-DRB1基因分型中的高比例歧义结果。方法：初次分型采用常规的测序方法检测320份样本的HLA-DRB1外显子2第一高变区以外的序列,测序反应设置codon86。后期采用一次性扩增外显子2/3,测序反应针对外显子2设置组特异性引物：DRB1＊04/07/09为一组,其它基因家族为一组,设置conden86,对初次分型后为歧义结果的样本重新分型。结果与结论：初次分型有180份样本为歧义结果,占总样本数的56.25%。其中A类为差异碱基位于测序范围之外,共114例;B类为等位基因对的杂合序列相同,共17例;C类为两种情况同时存在,有49例。3种类别的歧义等位基因数分别为119个、34个、98个,占等位基因总数的33.06%、9.44%、27.22%。完整外显子2/3序列的测定使歧义结果比例从56.25%下降到14.37%,其中A类103例、B类8例、C类23例样本的等位基因得到确认。此次研究中发现了一个新等位基因,与跟它最相近的等位基因DRB1＊110101相比,其外显子3的第381位碱基G〉T,导致第98位氨基酸AAG（赖氨酸Lys）〉AAT（天冬酰氨Asn）。序列已提交Genbank,编号HM807583,2010-08被世界卫生组织HLA因子命名委员会命名为HLA-DRB1＊1197（编号HWS10010999）。提示,完整外显子2/3序列的测定能大幅降低歧义分型结果的比例。     

一个罕见HLA-C等位基因间重组家系的遗传背景研究

目的 研究HLA-C等位基因座位上的交换重组,探讨HLA新等位基因产生的分子遗传背景.方法 采集拟进行造血干细胞移植的1例慢性粒细胞白血病患者、患者父母以及2名哥哥的静脉血,采用AlleleSEQR HLA 测序分型试剂进行HLA-A、C、B、DRB1和DQB1共5个位点的高分辨基因分型;再采用Protrans S4 HLA单倍体测序技术分离2个HLA-C等位基因,以确定序列异常的1个C等位基因;进一步采用分子克隆和测序方法进行患者及父母HLA-C等位基因的全长单倍体序列分析.按遗传规律分析该家系的HLA 5个位点的连锁单倍型,同时将HLA-C等位基因全长序列经IMGT/HLA Database中的"BLAST"程序进行序列的对比,以确定C等位基因重组发生的精确位置.结果 经HLA测序及遗传家系分析,该家系中父亲的2条HLA连锁单倍型分别为a:A*0207-C*010201-B*550201-DRB1*090102-DQB1*030302与b:A*240201-C*120202-B*5201-DRB1*1502-DQB1*0601;母亲的分别为:c:A*300101-C*060201-B*130201-DRB1*0405-DQB1*0401与d:A*110101-C*070201-B*4001-DRB1*080302-DQB1*0601.患者的2名哥哥均分别正常遗传了父母的2条单倍体a、d及b、c.患者的2条单倍体分别为母源单倍体c及父源重组单倍体a/b,其中A*240201来自父亲的1条染色单体b,而B*550201-DRB1*090102-DQB1*030302则来自父亲的另1条染色单体a.对比患者携带的C未知新等位基因与父亲的1对C*010201 、C*120202等位基因的全长单倍体序列,推断父亲的2条染色单体在减数分裂时,由于HLA-C等位基因的第273位至330位碱基区域之间发生了交换,重组后形成新的C等位基因及单倍型并遗传给了患者.该C新等位基因的全长序列已递交GenBank,并被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为C*0121.结论 本研究发现了1个罕见的中国汉族人群HLA-C基因座位上的基因重组家系,阐明了HLA-C*0121新等位基因及单倍型的产生来源,为更深入研究基因重组及HLA多态性形成机制提供了理论依据.

Abstract：

Objective To study the inter-allelic recombination event occurring in the HLA-C locus in a family of Chinese Han nationality, and to evaluate the molecular genetic background of the new HLA allele.Methods Peripheral blood samples were collected from a Chinese leukemia woman patient, as well as her healthy parents and two brothers.HLA-A, C, B, DRB1 and DQB1 alleles were typed by high-resolution PCR-sequence-based typing (SBT) method using Atria Genetic AlleleSEQR HLA SBT kits.The Protrans S4 HLA-C single allele-specific sequencing strategy was used to separate the two HLA-C alleles and to determine novelty of the allele.The full length sequences of HLA-C alleles of the patient and her parents were further analyzed using cloning and haplotype sequencing method. The HLA five loci linked haplotypes and the recombination site were analyzed by family study, meanwhile the full length sequences of the five HLA-C alleles were compared with the IMGT/HLA database by the program "BLAST".Results The two haplotypes of the father and mother were a:A*0207-C*010201-B*550201-DRB1*090102-DRQ1*030302 and b:A*240201-C*120202-B*5201-DRB1*1502-DRQ1*0601, c:A*300101-C*060201-B*130201-DRB1*0405-DRQ1*0401 and d:A*110101-C*070201-B*4001-DRB1*080302-DRQ1*0601,respectively.The two brothers inherited their parent′s haplotypes a, d and b, c respectively.The two haplotypes of the patient were the maternal c and paternal recombinant a/b haplotype.The recombinant a/b haplotype A*240201-C*new-B*550201-DRB1*090102-DRQ1*030302, A*240201 came from the paternal haplotype b,while B*550201-DRB1*090102-DRQ1*030302 came from the other paternal haplotype a.When comparing the full length sequences of the HLA-C new allele with the father′s allele C*010201 and C*120202, it could deduce that the recombinant a/b haplotype derived from a recombination event occurring between the paternal chromosome 6 during meiosis.The crossover site was between genomic nt273 and nt330 of HLA-C alleles, which created a HLA-C new allele and the fifth haplotype of the family, and inherited it to the patient.The full length sequences of the new allele had been submitted to Genbank, and officially named C*0121 by WHO nomenclature committee.Conclusion This study demonstrates a rare inter-allelic recombination event occurring in the HLA-C locus within a Chinese Han family and illustrates the process of novel allele and haplotype, and provides direct theory for further studying the mechanisms of gene recombination and HLA polymorphism.