河南省首起奥密克戎COVID-19疫情全基因组特征与溯源分析

目的对河南省首起本土奥密克戎COVID-19确诊病例的呼吸道标本进行SARS-CoV-2全基因组测序, 分析基因组突变及分子溯源情况。方法采用全基因组测序技术对2022年1月7日—1月29日疫情相关的COVID-19病例阳性样本进行全基因组测序和序列比对分析, 分析病毒全基因组序列的一致性和变异进化情况。结果通过SARS-CoV-2基因组高通量测序, 共获得120例病例的SARS-CoV-2全基因组序列, 占安阳COVID-19疫情总病例数的25.64%(120/468)。与武汉参考株(NC₀45512.2)相比, 120例病例的全基因组序列存在57～59个核苷酸突变位点, 在共享57个核苷酸位点的基础上增加1～2个核苷酸突变位点, 均属于VOC/Omicron变异株(BA.1.1进化分支), 基因组序列高度同源。其中, 首发病例A全基因组序列含有57个核苷酸突变位点, 首发病例B全基因组序列在含有57个相同的核苷酸突变位点基础上, 增加1个特有变异位点(C1594T), 提示二者为同一传播链。经中国疾病预防控制中心和河南省疾病预防控制中心与国内本土病例和输入病例...     

河南省首起柯萨奇B5病毒性脑炎暴发调查

自2005年5月19日开始，河南省信阳阳浉河港乡西湾村陆续出现以发热、头痛、头晕为主要症状的病例。并呈逐渐增加的趋势，其中有多名儿童分别以“病毒性脑炎”、“脑膜脑炎”等临床诊断住院治疗。我们通过进行现场流行病学调查及实验室检测，证实为一起柯萨奇B5病毒引起的病毒性脑炎暴发。现将结果报告如下。     

2020-2021年河南省漯河市严重急性呼吸道感染病例呼吸道合胞病毒基因特征分析

目的 了解2020-2021年河南省漯河市严重急性呼吸道感染（SARI）病例中的人呼吸道合胞病毒（HRSV）基因特征。方法 采集2020年4月至2021年3月漯河市中心医院因SARI住院的病例标本，用荧光定量PCR法进行HRSV病毒核酸检测，对检测阳性标本使用RT-PCR法进行HRSV G基因第二高变区扩增，使用CExpress以及MEGA7.0软件进行序列编辑、进化树构建和基因特征分析。结果 共采集SARI咽拭子标本170份，其中HRSV核酸检测阳性标本15份（8.8%）。对阳性标本进行靶基因扩增后获得12条序列，经分析全部为HRSVB亚型的BA9基因型。8条序列与来自欧洲的BA9基因型序列汇成一簇，处于进化树顶端；4条序列与来自国内和澳洲的BA9基因型序列汇成一簇。与参考株相比，12条序列在重复插入的60个碱基区及aa164-176区域出现突变，同时存在253NITT糖基化位点的增加和276 NSTQ糖基化位点的缺失。结论 HRSV B亚型是2020-2021年河南省漯河市SARI病例中流行的亚型，BA9基因型为流行基因型，与流行株相比变异较大，应对BA9基因型HRSV进行持续深入...     

2023年许昌市新冠病毒分子流行病学特征

目的 动态监测河南省许昌市本土流行的新冠病毒毒株组成，及时发现新变异株，评估变异株的传播力、致病力和免疫逃逸能力等生物学特性，为疫情防控提供技术支撑。方法 采用高通量测序方法对2023年2月15-19日来自哨点医院的6例新冠病毒感染者的咽拭子标本进行全基因测序，进行序列对比和进化分析。结果 6例新冠病毒感染者样本进行全基因测序，获得6条长度为29 844～29 853 bp序列。经过Nextclade V2.11.0在线分析，6条序列均属于新冠病毒奥密克戎BA.5变异株，其中病例1为BF.7.14，其余均为BA.5.2.48分支。进化树显示6条序列位于奥密克戎BA.5进化分支，与河南省其他地市BA.5进化株位于同一分支。未发现BQ、XBB等变异株。结论 测序的6例本土病例新冠病毒均为奥密克戎变异株，BA.5.2.48分支变异株依然是许昌市优势流行毒株。     

河南省急性呼吸道感染病例人副流感病毒3型血凝素-神经氨酸酶基因特征分析

目的了解河南省急性呼吸道感染(ARI)病例中人副流感病毒3型(HPIV3)血凝素-神经氨酸酶(HN)的基因特征。方法对河南省漯河市采集的严重急性呼吸道感染(SARI)病例标本和郑州市采集的流感样病例(ILI)标本进行人副流感病毒(HPIVs)核酸检测, HPIV3检测阳性标本使用RT-PCR法进行HN基因扩增并测序, 使用CExpress以及MEGA7.0软件进行序列编辑、进化树构建和基因特征分析。结果漯河市和郑州市共采集ARI咽拭子标本374份, 其中HPIV3核酸检测阳性标本20份(5.3%), 对阳性标本进行靶基因扩增后获得18条序列, 经分析全部为C3亚群, 其中有16条序列为C3f基因型, 有2条序列为C3a基因型。18株HPIV3的HN基因序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.6%～100.0%和99.3%～100.0%, 与原株型Wash/47885/57相比差异较大, 发生了12处共同的氨基酸突变, 其中H295Y、I391V、D556N和I53T是功能相关突变位点。与流行株China/BCH4210A/2014相比同源性较高, 未发生共同的氨基酸突变, 未发现新的功能...     

季节性ARIMA模型在河南省流感样病例发病预测中的应用

目的 研究河南省流感样病例(ILI)发病规律，探讨使用自回归移动平均(ARIMA)模型预测河南省流感样病例发病趋势的可行性。方法 收集2010年第1周至2022年第30周河南省流感样病例占门急诊就诊病例的比例(ILI%)数据，使用R语言进行时间序列分析并建立季节性ARIMA模型，使用最优模型对2010年14周至2021年40周ILI%数据进行拟合，对2021年第41周至2022年第30周进行预测。结果 2010-2014年河南省ILI%整体呈增高趋势，2014-2022年ILI%整体呈降低趋势。河南省ILI%变化呈现季节性，12月底至次年1月初为报告高峰。最终选择的模型是ARIMA(0,1,1)×(1,1,0)₅₂，拟合和预测的发病趋势与实际观测到的情况基本一致，ILI%拟合误差范围在-2.93～3.51之间，平均误差-0.01，平均绝对误差0.29，均方根误差0.47，百分比误差(相对误差)在-213.95%～128.85%之间，平均绝对百分比误差11.22%；实际报告ILI%均在预测序列95%置信区间内。结论 季节性ARIMA模型可用于河南省流感样病例发病趋势...