医学院校生物信息学实践教学初探

生物信息学是一门新兴的交叉学科,在生命科学研究的诸多方面发挥着重要的作用,掌握生物信息学的基本理论和方法对医学院学生具有重要的意义.针对医学院校生物信息学教学现状,分析了生物信息学实践课的重要性和教学中存在的问题,对具体的教学实施进行了初步探讨,为生物信息学课程教学提供了参考.     

2型猪链球菌89K致病岛进化途径分析

目的分析2型猪链球菌89K致病岛的结构特征,探索其进化历程。方法通过BLAST比对,获取89K致病岛的同源序列,构建其同源序列数据库;分析89K致病岛的碱基组成特征,寻找重组热点区域,并对89K进行分区;对各ORF进行功能预测,划分功能模块;对89K致病岛与其同源序列进行系统发育分析及共线性分析,推测其可能的进化历程。结果 89K致病岛可分为4个保守区,4个主要的非保守区及一段Tn916转座子,呈现多个异源序列相嵌合的结构特征。功能分析发现保守区基因主要参与致病岛的横向转移及其在宿主菌基因组中的稳定,保守区的基因呈现出进化上的一致性,且在某些菌株中保守区以连续状态存在。结论保守区在祖先状态时是一个连续整体,不同来源的非保守区经过多次水平转移和重组事件插入到保守区之间,形成了89K致病岛的嵌合结构。     

基于VEGFR靶点的小分子肿瘤靶向抑制肽的99Tcm标记及鉴定

目的 探讨基于血管内皮生长因子受体( vascular endothelial growth factor receptor,VEGFR)靶点的小分子肿瘤靶向抑制肽理想的放射性核素99 Tcm标记方法.方法 多肽QKRKRKKSRKKH、RKRKRKKSRYIVLS分别经双功能螯合剂S-acetyl-MAG3、GA(D)GG、HYNIC修饰后进行放射性核素99 Tcm标记,HPLC及纸层析法鉴定其标记率及放化纯度,3 H-TdR参入实验鉴定其抑制细胞增殖的能力,体外受体竞争结合实验鉴定其受体结合活性.结果 以HYNIC为双功能螯合剂,这2条多肽的99 Tcm标记率分别为(94.13±1.77)％、(93.79±3.53)％,明显高于S-acetyl-MAG3、GA(D) GG修饰多肽的标记率.经HYNIC修饰后的多肽对肿瘤细胞A549增殖的抑制率约为(32.86±3.36)％、(61.50±4.50)％,与修饰前无明显变化(P＞0.05);多肽标记后仍保持了良好的VEGFR结合活性,室温下放置24 h后,放化纯度仍高达90％左右.结论 以HYNIC为双功能螯合剂,以TPPTS为协同配体及还原剂,多肽QKRKRKKSRKKH、RKRKRKKSRYIVLS的99Tcm标记率高,且仍具有良好的抑制肿瘤细胞增殖的能力和VEGFR结合活性.     

眼针对肠易激综合征患者血清5-羟色胺水平的影响

目的观察眼针对肠易激综合征患者血清中5-HT含量的影响,探究眼针治疗肠易激综合征机理。方法选取2008年1月至2010年12月符合并接受眼针治疗肠易激综合征研究的60例患者,分别于治疗前和治疗后空腹抽取静脉血8mL离心并冷藏,于疗程前后分别做一次免疫学指标定量检测。结果眼针治疗后5-HT含量[（267．28±105．74）mol／L]明显低于治疗前[（313．07±110．63）mol／L],治疗前后比较差异有统计学意义（P〈0．05）。结论眼针通过对5-HT含量的降低对腹泻型肠易激综合征起到治疗作用,揭示了其治疗肠易激综合征的部分生物学机制。     

基于分组重量编码和特征选择技术预测外膜蛋白

目的建立新的机器学习模型,从蛋白质数据集或全基因组蛋白质序列中预测外膜蛋白。方法采用分组重量编码和氨基酸组成计算蛋白质序列特征,采用F-score方法反向选择特征,采用支持向量机算法建立分类模型,在1 087条蛋白质序列构成的数据集上进行测试,评价预测模型的敏感性、特异性和预测精度,在多个细菌的全基因组蛋白质中预测外膜蛋白。结果新的序列组合编码方法与SVM相结合,区分外膜蛋白和α螺旋跨膜蛋白、球状蛋白、非外膜蛋白的准确度分别达到94.7%、96.4%和94.6%,经特征选择之后,分类准确度分别提高到95.7%、96.9%和95.9%,且在基因组数据集中的预测结果与已知事实相符度高。结论该方法预测准确度优于其他基于序列特征的预测方法,可用于在基因组序列中预测和筛选新的外膜蛋白。     

中药面膜联合胶原贴辅助治疗面部激素依赖性皮炎疗效观察

目的观察中药面膜联合胶原贴辅助治疗面部激素依赖性皮炎的临床疗效。方法98例患者随机分成两组,治疗组50例,对照组48例。所有患者均口服氯雷他定片,对照组给予胶原贴敷料外敷,每晚1次,连续使用2周,以后1次／2d;治疗组在上述治疗基础上加用中药面膜,第1周1次／d,第2周后1次／2d。共4周。结果治疗后,两组主观指标、客观指标及临床症状总积分均明显下降,治疗组低于对照组,差异有统计学意义（P〈0．05）。且两组患者的症状、体征均有不同程度的好转,治疗组有效率为82．0％,对照组有效率为64．6％,差异有统计学意义（P〈0．05）。结论中药面膜联合胶原贴辅助治疗面部激素依赖性皮炎安全、有效。     

抗结核药物致药物性肝炎210例临床分析

目的 探讨抗结核药物所致药物性肝炎的临床特点及预防策略.方法 对210例抗结核药物所致药物性肝炎患者的临床资料进行回顾性分析.结果 抗结核药物所致药物性肝炎以肝细胞损伤型为主(64.8%);其中,轻、中度肝损害占76.2%,重度肝损害占23.8%.合并基础肝病者占48.0%,更易发生药物性肝炎.其中,合并乙肝病毒感染者发生率最高(35.7%).结论 有肝脏基础疾病患者发生药物性肝炎比率高;在评估肝脏基本状况的基础上制定合适的抗结核方案和监测肝功能是预防药物性肝炎的重要策略.     

新冠肺炎疫情期间石家庄市空气质量变化特征

[背景]2019年12月发现首例新冠肺炎病例,随后全国各地采取了一系列严格的疫情防控措施,这些措施导致了环境空气质量的变化,为讨论空气质量与人类活动的关系提供了契机.[目的]探讨新冠肺炎疫情防控期间石家庄市空气质量的变化情况,分析防疫措施对空气质量的影响,为进一步改善空气质量、调整防治措施提供参考依据和思路.[方法]通...     

适度运动对人体肠道菌群结构的影响

目的 适度运动有益于身心健康.本研究从肠道菌群结构的角度来探讨运动对人体健康的影响.方法 招募运动组和少动组志愿者人群,利用16S rDNA高通量测序技术分析志愿者肠道菌群结构.结果 高通量测序共获得61 888个OTUs,其中已注释的OTUs有61 149个.PCoA分析显示,运动组和少动组之间肠道菌群结构存在显著差异.运动组中毛螺菌科(Lachnospiraceae)和拟杆菌科(Bacteroidaceae)的丰度显著高于少动组(P=2.5627×10-7,P =0.000 178 4),普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)和韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)的丰度显著低于少动组(P=0.000 003 46,P=0.000017 41).有3株可培养的菌株在运动组中丰度显著增加,分别为瘤胃球菌属的Ruminococcus_sp.5_1_39BFAA,双歧杆菌属的Bifidobacterium_adolescentis以及丁酸产盐菌属的Anaerostipes_hadrus.在运动组中显著增加的肠道菌,如拟杆菌科,双歧杆菌属的Bifidobacterium_adolescentis以及Anaerostipes_hadrus,能够代谢产生丰富的SCFAs,对肠粘膜免疫系统动态平衡的维持具有重要意义.结论 运动可能通过肠道菌群结构的改变及其与肠黏膜系统的相互作用对人体产生积极影响.     

不同强度有氧运动对乳腺癌大鼠癌因性疲乏及血清IL-6、TNF-α、IL-1β水平的影响

目的:探讨不同强度有氧运动对雌鼠乳腺癌化疗所致癌因性疲乏及血清IL-6、TNF-α、IL-1β水平的影响。方法:将40只雌性SD大鼠随机分为正常组(N)、模型组(C)、低等强度运动组(L)、中等强度运动组(M)和高等强度运动组(H),每组8只。除正常组外,大鼠均建立乳腺癌癌因性疲乏模型。运动组大鼠分别接受10min、20min、25min的低、中、高三种不同强度的游泳运动,1次/d,6d/周,共6周。6周后处死大鼠检测其癌因性疲乏及血清中IL-6、TNF-α和IL-1β的值。结果:化疗后,与N组相比,C组和三个运动组大鼠均出现疲乏(P0.05)。运动后,与C组相比,L组和M组大鼠癌因性疲乏缓解(P0.05),H组大鼠癌因性疲乏增加(P0.01);三个运动组IL-6含量均增加,其中M组和H组IL-6含量增加有显著性意义(P0.01);L组和M组TNF-α和IL-1β的含量下降(P0.01),H组TNF-α和IL-1β含量增加(P0.05)。结论:中低强度有氧运动可以缓解大鼠的癌因性疲乏,提高抗炎性因子IL-6的水平,同时降低促炎性因子TNF-α和IL-1β的水平。而高等强度有氧运动则会增加癌因性疲乏。