基因组信息学及有关的分子生物学数据库

分子生物学是现代生物医学科学中最深刻和最重要的基础之一，发展极为迅猛。计算分子生物学（ＣｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ）是近年来发展起来的一门由分子生物学和数学、计算机信息处理技术相结合的交叉学科，它涉及分子生物学的定量建模、理论计算等各方面，也包括生物信息学（ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ）的内容，即发展相关的软件工具和数据库用于有效地进行信息的获取、存储和分析等。随着当前国际生命科学领域内最重要的基因组计划研究项目的发展，基因组信息学（ｇｅｎｏｍｅｉｎｆｏｒｍａｔｉｃ…     

结扎大鼠冠状动脉对心肌和背根神经节内肿瘤坏死因子-α表达的影响

目的观察结扎大鼠冠状动脉（冠脉）左前降支不同时间点整体心肌（缺血区和非缺血区心肌）和背根神经节（DRG）内肿瘤坏死因子-α（TNF-α）的蛋白及mRNA表达变化,探讨TNF-α在心肌缺血诱发机体神经源性反应机制中的作用及机制。方法将健康成年雄性SD大鼠随机分为3组：对照组麻醉后直接取材;假手术组（Sham组）只开胸不结扎冠脉;冠脉结扎组（CAO组）单纯扎闭冠脉左前降支;Sham组和CAO组又分为0.5、1、3和6h4个时间点。采用免疫组化、酶联免疫吸附法（ELISA）及实时荧光定量逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）技术观察各组动物心肌和DRG内TNF-α的蛋白及mRNA表达变化。结果1CAO后各时间点缺血区心肌和非缺血区心肌TNF-α蛋白及TNF-αmRNA表达水平均较对照组和Sham组显著升高（P〈0.05或P〈0.01）,在CAO1h达高峰,但与0.5h时比较差异无统计学意义（P均〉0.05）;且CAO组各时间点缺血区心肌TNF-α蛋白及TNF-αmRNA表达水平均较相应时间点非缺血区显著升高（P均〈0.05）。2CAO后各时间点大鼠DRG中TNF-α蛋白及TNF-αmRNA表达水平较对照组和Sham组均显著升高,在CAO0.5h达高峰（P〈0.05或P〈0.01）。结论急性心肌缺血可能诱发激活了机体神经源性反应机制,TNF-α在其中发挥了作用;神经源性机制可能参与了急性心肌缺血诱发的心肌损伤及其调制的病理学过程。     

孤啡肽对大鼠离体心脏功能的调节作用及其对去甲肾上腺素诱发心脏功能变化的影响

Objective To investigate the effects of orphanin FQ (OFQ) on simple and norepinephrineactivated cardiac function in isolated rat heart.Methods Male SD rats aged 3-4 months weighing 250-280 g were anesthetized with intraperitoneal 25% urethane 1.4-1.8 ml.Their hearts were excised and passively perfused with K-H solutionin a Lanngendorff apparatus.A fluid-filled latex balloon was inserted into left ventricle for measurement of developed pressure.Left ventricular systolic pressure(LVSP),left ventricular end-diastofic pressure(LVEDP),left ventricular developed pressure(LVDP=LVSP-LVEDP),HR and±dp/dtmax were measured.Sixty isolated rat hearts were randomly divided into 10 groups(n=6 each):Ⅰ control group (group C);Ⅱ,Ⅲ,Ⅳ OFQ1,OFQ2,OFQ3 group--OFQ 10-6,10-7,10-8 mol/L were administered via perfusion system respectively;Ⅴ OFQ+UFP group--OFQ 10-6 mol/L+UFP-101 (all OFQ antagonist) 10-6 mol/L were administered;Ⅵ NE group--norepinephrine 10-5 mol/L;Ⅶ,Ⅷ,Ⅸ NE+OFQ groups--NE 10-5 mol/L+OFQ 10-6,10-7,10-8 mol/L were administered respectively;Ⅹ NE+OFQ+UFP group--NE 10-5 mol/L+OFQ 10-6mol/L+UFP-101 10-6mol/L.Results LVSP,LVDP and±dp/dtmax were significantly increased while HR was significantly decreased in the 3 OFQ groups as compared with control group.LVSP,LVDP±dp/dt max and HR were significantly increased in the 3 NE+OFQ groups as compared with NE group.Conclusion OFQ has positive inotropic action and negative chronotropic effect on the isolated rat heart.OFQ Can enhance the positive inotropic and chronotropic effect of NE on the heart.     

不同程度椎间盘退变相应椎间孔的影像学变化及其临床意义

目的：从影像学角度研究腰椎间盘不同退变程度时相应椎间孔形态改变的规律,探讨其临床意义。方法：自2006年12月至2008年2月选取37例L4,5椎间盘呈退行性变化的影像学资料（MRI、CT）进行研究,男23例,女14例,年龄28～62岁,平均41.6岁;分别将其矢状位MRIT2WI成像,采用MRI机内Mean/Curve测量软件测量计算L4,5节段退变椎间盘信号强度与相应节段脑脊液平均信号强度比值（RSI）,判断椎间盘退变程度并进行分组。分为3组：轻度退变组11例（A组）,中度退变组13例（B组）,重度退变组13例（C组）。根据CT1.25mm薄层二维旁矢状位重建测量L4,5节段椎间孔的最大高度、最大宽度与面积。分析椎间盘在不同退变程度下相应椎间孔变化规律及可能对神经根状态的影响。结果：①中、轻度退变组椎间孔的最大高度及面积差异均无统计学意义（P〉0.05）,重、中度退变组椎间孔最大高度及面积均有统计学意义（P〈0.05）,重、轻度退变组椎间孔最大高度差异有统计学意义（P〈0.01）;②重、中、轻度退变组椎间孔最大宽度差异均无统计学意义（P〉0.05）。结论：随着腰椎间盘退变程度加重相应椎间孔的高度及面积也逐渐减小,而其对椎间孔宽度影响不大;椎间孔高度及面积变小有可能导致神经根受压。     

P物质对去甲肾上腺素诱发大鼠离体心脏室性心律失常的影响

P物质(SP)是一种神经肽,广泛分布于中枢和外周神经系统中,具有多种生物学作用.前期研究表明,大鼠急性心肌缺血时心肌组织内SP水平增加[1,2],与血液中儿茶酚胺浓度急剧升高的时间相重叠[3],可能存在SP与儿茶酚胺的相互作用.急性心肌缺血时交感神经兴奋,去甲肾上腺素(NE)过度释放,可导致心律失常等.本研究拟评价SP对去甲肾上腺素诱发大鼠离体心脏室性心律失常的影响.     

结合蛋白质互作与功能类的可分性预测蛋白质功能

当前蛋白质功能注释体系的欠完备性限制了生物学及医药研究的进一步发展和应用,有必要将基因本体功能知识体系 (GO)的功能注释信息进一步深化,把蛋白质注释到GO中更具体的功能节点.为此,提出一种结合互作信息的新的预测策略,将酵母蛋白质准确地预测到更具体的功能类中.针对GO中的每个候选预测空间来构建分类器,并选用功能类分离性指标对候选预测空间进行评价,选出该指标大于一定阈值的候选预测空间,再将父节点中的蛋白质预测到子节点中.通过扩展深化预测的范围,可将预测空间一直上溯到根节点,对蛋白质功能进行深层预测,得到很好的预测结果.以上溯两层的预测空间为例,平均真阳性率和覆盖率分别达到94.02%和95.82%.     

冠脉结扎大鼠小肠孤啡肽表达的变化

目的观察结扎冠状动脉左前降支造成心肌缺血时大鼠小肠内孤啡肽(orphanin FQ)的表达变化。方法 54只雄性SD大鼠按随机数字表法分为三组:①正常对照组(n=6),麻醉后直接取材;②假手术组(sham组,n=24),只开胸暴露心脏不结扎冠脉;③结扎冠状动脉组(coronary artery occlusion group,CAO组,n=24),单纯扎闭冠状动脉左前降支。其中,sham组和CAO组又分为4个亚组:0.5 h组、1 h组、3 h组、6 h组,每亚组大鼠均为6只。采用免疫组化观察并分析结扎大鼠冠状动脉不同时点小肠组织内OFQ的表达变化情况;应用酶联免疫吸附技术对比分析不同时点小肠组织内OFQ的表达水平。结果免疫组化半定量分析结果显示,CAO后各时点(除0.5 h外)小肠黏膜和肌间神经丛OFQ的水平较正常对照组和同时点sham组显著升高(P<0.05);酶联免疫吸附技术结果显示CAO组小肠OFQ的水平较同时点sham组显著升高(P<0.05),CAO 3 h组表达达到高峰,与sham组比较差异有统计学意义(P<0.01)。结论急性心肌缺血时大鼠小肠内孤啡肽的表达增加,孤啡肽可能作为一种肠神经递质或调质来影响胃肠运动和分泌。     

曲马多对急性心肌缺血大鼠丘脑束旁核5-HT1A受体mRNA表达的影响

心肌缺血时通过中枢和外周痛觉敏感化机制,心脏交感传入冲动增加,从而有可能诱发心绞痛。但由心肌缺血引发的心绞痛(症状)和急性心肌梗死(损伤)的程度往往不相平行。丘脑束旁核(parafascicular nucleus,Pf)是内脏痛觉感受、调制和整合的重要中枢,Pf内含有丰富的5-HT能神经末梢及其受体。研究表明,5-HT1A受体在大鼠内脏痛模型中发挥着重要的作用,但目前对5-HT1A受体mRNA的研究多局限于外周炎症后脊髓水平的表达,心肌缺血时Pf水平 5-HT1A受体mRNA的表达尚无定论。本研究拟观察曲马多对急性心肌缺血大鼠Pf部位5-HT1A受体mRNA表达的影响。     

急性心肌缺血诱发视网膜P物质表达变化及其机制

目的 观察分析机体应激反应状态下视网膜组织内P物质表达的变化,探讨全身因素与视网膜炎症性改变的关系.方法 采用结扎冠状动脉左前降支的方法 制备SD大鼠急性心肌缺血模型.将153只(306只眼)健康成年雄性SD大鼠随机分为11个组(免疫组织化学实验:6只眼/组;酶联免疫吸附实验:48只眼/组):正常对照组(C组);假手术0.5、1、3、6 h组; 结扎冠状动脉(CAO)0.5、1、3、6 h组;药物干预组:酚妥拉明组和艾司洛尔组.各组在预定时间点迅速摘除眼球制作标本.采用免疫组织化学法和酶联免疫吸附法观察各组大鼠视网膜内P物质的表达情况.结果 CAO各时间点组P物质表达水平较C组均有升高(P＜0.05),CAO 3 h时P物质表达达峰值(P＜0.05);CAO各时间点组P物质表达水平较假手术相应时间点组显著升高(P＜0.05);药物干预组P物质表达水平较CAO组下降(P＜0.05).结论 结扎冠状动脉可诱发神经源性应激反应,导致大鼠视网膜内P物质表达水平升高;肾上腺素能机制参与介导上调P物质表达.     

通过表达谱区分基因突变类型的可行性的仿真分析

以线性状态空间模型为基础 ,对不同类型突变情况下的基因表达谱进行仿真。通过对基因进行层次聚类的方法提取表达谱的模式特征 ,将模式特征类别与基因突变类型之间进行了比较分析。结果显示 ,每一种突变类型对应一种独特的取类结果 ;聚类对象不包括突变基因时仍具特异性 ;对仿真表达谱数据加一定噪音后聚类结果仍保持较好的稳定性。提示通过基因芯片进行疾病检测与疾病分型具有可行性