河北省2007年HIV-1流行毒株基因序列测定及亚型分析

HIV具有基因易变性特点,为探讨河北省HIV-1感染人群传播特点,监测不同人群中亚型毒株的分布和基因变异规律,开展了此项研究.     

中国南方四省区流行的HIV-1 CRF01_AE病毒株基因特征研究

Objective To analyze the genetic characteristics of HIV-1 CRF01_AE strains prevailing in. the four provinces of southern China. Methods Plasma samples were collected from the newly diagnosed HIV-1 individuals reported in 2006 in Guangdong, Guangxi, Jiangxi and Hunan province. The gag and env gene fragments were amplified from RNA template extracted from plasma using RT and nested PCR methods. CRF01_AE sequences were analyzed by phylogcnetie methods and characterized by calculating the genetic distance and Entropy analysis. Results Two main epidemic clusters were found to exist in the CRF01 AE strains from 210 HIV-1 CRF01 AE infected individuals collected in the 4 provinces, southern China. It was found that no international reference strain was closely correlated with cluster Ⅰ , which including 123 samples. The strains in cluster Ⅱ, consisting 57 cases of samples, were closely related with the strains identified in Vietnam. Genetic distance analysis of gag and env genes showed that the diversity of cluster Ⅰ was obviously less than that of cluster Ⅱ. Data on nucleotide polymorphism showed that nucleotides compositions of 42 sites in gag and 40 sites in env wer esignificantly different between the two clusters. When compared with cluster Ⅱ , the polymorphism decreased at 61 nucleotide sites but increased at 21 sites in cluster Ⅰ. Conclusion This was the first report describing that two main epidemic clusters were existed in CRF01_AE strains prevailing in the 4 provinces, Southern China. The vires in cluster Ⅰ was the dominant strain in this region, with shorter period of circulation and higher proportion seen in the HIV-infected population, which might belong to CRF01_AE strain with certain features facilitating the spread of the virus. The virus in cluster Ⅱ was highly homology with the CRF01_AE strains from Vietnam, and seemed to have had several events of epidemics in populations in border regions of China and Vietnam.     

低氧对紫杉醇诱导的人卵巢癌细胞A278凋亡的影响及其机制

背景与目的:低氧作为实体瘤的特征和重要的生存微环境,可能与化疗耐药相关。我们认为低氧与卵巢癌化疗耐药可能相关。本研究建立低氧模型,探讨低氧、低氧诱导因子1α(HIF鄄1α)对紫杉醇诱导的人卵巢癌细胞A2780凋亡的影响。方法:体外培养的A2780细胞中加入化学性低氧诱导剂氯化钴(CoCl2),诱导并制作低氧模型。将细胞分为4组:A组(对照)、B组(常氧培养加紫杉醇)、C组(低氧培养加紫杉醇)、D组(低氧培养加Decoy加紫杉醇)。用诱骗法(Decoy)阻断HIF鄄1α功能,Westernblot、RT鄄PCR、TUNEL和流式细胞术分别检测各组细胞HIF鄄1α蛋白、mRNA的表达水平及细胞凋亡情况。结果:CoCl2能明显增加A2780细胞HIF鄄1α蛋白的表达,而对其mRNA的表达无明显影响,Decoy法阻断HIF鄄1α的功能,对其蛋白和mRNA的表达无明显影响。TUNEL检测发现,B组凋亡指数[AI:(41.12±25.65)%]显著高于C组[AI:(24.12±15.19)%](P<0.05);低氧阻断了HIF鄄1α功能后,D组凋亡指数[AI:(35.19±21.73)%]较C组明显增加(P<0.05)。流式细胞仪检测细胞凋亡率结果与TUNEL检测结果类似。结论:低氧能保护A2780细胞抵抗化学治疗,HIF鄄1α可能在紫杉醇诱导的细胞凋亡中发挥重要的抗凋亡作用。     

艾滋病病毒1型流行株分子流行病学调查

目的了解广东省HIV1亚型的流行规律及其与国际参考株的同源性。方法应用套式聚合酶链反应(PCR)对108例广东省HIV1感染者淋巴细胞富集液的核酸样品进行扩增,并使用ABI377型测序仪对扩增产物测序后,对其外膜蛋白(ENV)基因C2V3段的核酸序列进行比较分析。结果108份血样中,44份为AE重组亚型,与国际参考株01AE.TH.90.CM240最近,基因离散率为(8.644±1.273)%,组内离散率为(7.302±4.639)%;40份为07BC重组亚型,与国际参考株CN.97.C54A最近,基因离散率为(2.163±1.313)%,组内离散率为(3.388±1.686)%;14份为08BC重组亚型,与国际参考株97CNGX9F最近,基因离散率为(2.757±2.027)%,组内离散率为(3.728±1.971)%;10份为B亚型,其中9份为泰国B′,与国际参考株RL42最近,基因离散率为(5.687±2.232)%,组内离散率为(5.879±2.542)%;1份为欧美B,与国际参考株US.86.JRFL最近,基因距离为8.50%。结论广东省HIV1流行株以AE和07BC重组亚型为主,也存在08BC重组亚型、泰国B亚型和欧美B亚型。     

男男性接触者商业性性行为特征的调查研究

目的了解男男性接触者商业性性行为的特征及其影响因素。方法于2005年7月至11月在北京市对男男性接触者进行问卷调查，调查内容包括社会人口学和高危性行为特征。结果在招募的526名男男性接触者中，10．6％（56／526）的人在近6个月发生过商业性性行为，其中分别有98．2％（55／56）和14．3％（8／56）的人与男性性伴和女性性伴发生过商业性性行为，分别有39．3％（22／56）和14．3％（8／56）的人向男性性伴和女性性伴买淫，分别有80．4％（45／56）和10．7％（6／56）的人向男性性伴和女性性伴卖淫。多因素Logistic回归分析结果显示，年龄≤23岁（OR，1．83；95％CI，1．01～3．33）、高中及以下文化程度（OR，2．72；95％CI，1．37～5．40）、非北京户籍（OR，2．75；95％CI，1．09～6．95）和近6个月总的男性性伴数〉2个（OR，3．68；95％CI，1．75～7．71）与男男性接触者近6个月发生商业性性行为的关系有统计学意义。结论有相当比例的男男性接触者发生过商业性性行为，年龄、文化程度、北京户籍和性伴数量为对此行为有影响。需要加大对该人群的行为干预力度以降低感染HIV的危险。     

使用多重巢式PCR对我国HIV-1主要流行株亚型鉴定方法的建立

目的 建立一套新的亚型鉴定方法，仅仅使用巢式PCR，一次扩增，即可对我国HIV-1主要流行株B、C和CRF01-AE进行亚型鉴定。方法 从HIV阳性样本中提取核酸，使用能覆盖HIV-1型M组gag区的引物进行第一轮扩增，第二轮扩增则使用分别检测B、C、CRF01-AE亚型的三套特异性引物进行扩增，三套引物放在同一个反应管中。反应产物经琼脂糖电泳后观察，不同亚型的位置不同，以此来判断亚型。另外设计一套引物，专门检测我国重组株CRF07-BC和CRF08-BC。所有样品均经过基因测序、系统进化树分析，以进行结果验证。结果 在检测的119份样品中，经基因测序和系统进化树分析证实B亚型样品43份(欧美B11份，泰国B32份)，C、CRF01-AE、A和D亚型样品分别为54份、17份、3份和2份。其中C亚型的样品，有52份属于CRF07-BC和CRF08-BC。而经过上述多重巢式PCR方法检测到的B亚型样品为35份(81．4％)，C亚型46份(85．2％)和CRF01-AE13份(76．5％)。另外，检测CRF07-BC和CRF08-BC重组株的引物特异性地检测到43份(82．7％)样品。上述结果与基因分析结果吻合，各个亚型之间无交叉，一种亚型的特异性引物只对该亚型有反应，而对其他亚型无反应，特异性达到100％。虽然有时会有非特异扩增带，但一般不影响结果判断。结论 我们建立了一套简单快速的H1V-1亚型鉴定方法，不需基因测序，即可检测我国主要流行株B、C、CRF01-AE、CRF07-BC和CRF08-BC。该方法具有高度特异性和敏感性，可以作为初筛方法在我国及其他国家HIV-1实验室推广使用。     

我国HIV-1主要流行株外膜蛋白(env)基因V3～V4区变异及其与生物学特性的关系

目的　研究我国HIV 1主要流行毒株亚型的envV3～V4区变异与生物学特性的关系。方法　应用nested PCR对 1 57份获自我国 1 2个省份的HIV 1毒株env区序列进行扩增 ,并使用ABI 377型测序仪测序 ,然后应用BLAST、GCG和MEGA等生物学软件或程序对env基因V3～V4区序列进行分析。结果　B′亚型毒株V3顶端四肽存在着 4种类型 :GPGR ( 54% )、GPGQ ( 2 8% )、GPGK( 1 6 % )和GPGA( 2 % ) ,B′/C重组毒株全部为GPGQ( 1 0 0 % ) ,CRF0 1 AE重组毒株呈现GPGQ( 95% )和GPGR( 5% )两种类型 ;B′/C和CRF0 1 AE重组毒株V3～V4区及其临近区域N 糖基化位点比B′亚型毒株N 糖基化位点保守。而B′亚型毒株V3环的净电荷分别显著高于B′/C和CRF0 1 AE毒株 (P <0 .0 1 ) ;根据V3环关键氨基酸推测辅助受体使用情况的结果显示 :B′亚型毒株有 9.2 6 %可能使用CCR5,7.4 1 %可能使用CXCR4 ,其余 83.33%不能对辅助受体的使用作出预测。所有B′/C重组毒株被预测可能使用CCR5。CRF0 1 AE重组毒株有 90 .4 8%被预测可能使用CCR5,没有被预测为使用CXCR4的序列 ,9.52 %不能作出预测。结论　B′亚型毒株大部分可能为NSI型 ,少部分可能为SI型 ,而B′/C和CRF0 1 AE重组毒株绝大部分为NSI型。我国主要流行株的V3～V4区尤其是V3环的氨基酸     

中国HIV-1主要流行重组株B/C Tat基因第一外显子序列特征分析

目的 研究我国人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)流行重组株B/C Tat基因第一外显子变异特点,探讨这些变化对其功能的影响.方法 从确诊的HIV-1感染者全血样本中提取基因组DNA,经套式聚合酶链反应(PCR)扩增和测序.使用GCG和Bioedit软件中的程序进行系统进化树和氨基酸变异分析,同时进行网上三级结构预测.结果 总计154份样品中CRF07-BC为120份,CRF08-BC为34份,两种亚型有较广泛的分布,CRF07-BC与标准株的平均基因离散率为(5.748±1.352),CRF08-BC与标准株的平均基因离散率为(1.259±1.931).结论 我国流行重组株CRF07-BC比CRF08-BC有较长的流行时间,CRF07-BC与CRF08-BC基因第一外显子氨基酸相比,主要为半胱氨酸富含区和核心区的变化.在这两个区位点变化可能影响Tat与细胞因子如cyclin T1的结合能力,而成为CRF07-BC在我国流行中获得传播优势的原因.     

广西HIV-1 CRF01-AE重组毒株env基因V3环序列变异及其与生物表型的关系

目的研究广西HIV-1 CRF01-AE重组毒株env基因V3环序列变异及其与生物表型间的关系。方法从广西主要流行区收集来的50份HIV-1感染者血液样本中提取前病毒DNA，使用巢式聚合酶链反应（nested-PCR）扩增HIV-1 env基因片段并进行亚型鉴定，选择38份CRF01-AE重组型HIV-1毒株env，基因V3环及邻近区域的序列进行系统树和氨基酸变异分析。结果38份CBF01-AE重组毒株中36份与分离于广西地区的CRF01-AE.97CNGX2f和泰国代表毒株THCM240接近，另外2份与中非共和国代表株90CF402聚成一簇；CRF01-AE重组毒株V3环顶端四肽存在着4种类型：CPCQ、GPGR、GPGH和GPGA；根据V3环关键氨基酸推测辅助受体使用情况，结果显示：71．05％的CRF01-AE重组毒株可能使用CCR5作为辅助受体，28．95％不能对其辅助受体的使用情况做出预测。结论广西HIV-1 CRF01-AE重组毒株V3顶端四肽变异较大，而且大部分毒株可能为NSI型。这可为广西该毒株的防治和诊断试剂的更新提供参考。