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21.
目的 扩增恶性疟原虫FCC1/HN株的己糖激酶(HK)编码基因,构建其原核和真核表达重组质粒,测定其序列,比较它及它推导的蛋白质与恶性疟原虫其他株和人之间的差异。 方法 用PCR方法从FCC1/HN株基因组中扩增HK基因;将它分别定向克隆到原核表达质粒pET-30a( )和真核表达质粒pcDNA3,分别转化大肠埃希菌BL21/DE3和JM109感受态细菌;经酶切、PCR扩增鉴定筛选到阳性重组克隆,用双脱氧链末端终止法测定其序列,用生物信息学软件分析HK序列及进行同源性比较。结果 PCR扩增得到特异的FCC1/HN株HK基因,大小为1482 bp,编码493个氨基酸。其氨基酸序列与3D7株完全相同,与K1株的同源性高达99.8%,但与人的4型HK的同源性只有23.2%~26.6%。 结论 获得恶性疟原虫FCC1/HN株的HK基因,成功构建了其原核和真核表达质粒,并测定了其序列;恶性疟原虫的HK在不同的分离株间高度保守,但与人的同源性很低,可能是一个潜在的药物靶标。 相似文献
22.
日本血吸虫(中国大陆株)表达基因的分离和EST序列测定 总被引:21,自引:3,他引:21
目的 运用表达标签技术(EST方法),从SjcDNA文库中分离、鉴定血吸虫表达基因序列。方法 应用EST方法,人SjcDNA文库中随机挑出单个重组克陲 PCR直接序列分析,通过互联网将获得的EST序列送入NCBIGenBank进行同源性检素,并将发现的未知基因EST序列送入NCBIdbEST以获得GenBank进入号。结果 分离了100个SjGenBank中已知的血吸虫基因序列,19个为未知基因序 相似文献
23.
恶性疟原虫基因组测序有望带来疟疾研究方法的革命。除了简单的基因发现,基因组测序将便于综合鉴定寄生虫发育阶段的基因表达、病理以及对药物治疗的宿主遗传背景等环境变量的反应。本文介绍了恶性疟原虫基因组测序计划的近况及功能基因组学开发的生物信息学及其分析工具的应用,其目的是根据对疟原虫生物学的深入观察,确定合理的、基于信息的、新的治疗策略和目标。 相似文献
24.
目的 应用生物信息学分析软件预测日本血吸虫乳酸脱氢酶(SjLDH)氨基酸序列的结构与功能。 方法 应用NCBI、Expasy等在线生物信息学网站及Vector NTI、PCgene等软件包分析SjLDH与其他物种的同源序列,进行多序列同源比对,分析相同的保守位点及催化活性位点,构建分子进化树;预测二级结构、拓扑结构;同源模建预测三级结构;预测主要抗原表位等。 结果 SjLDH与其他物种的同源序列含相同的保守位点及催化活性位点,与华支睾吸虫LDH(CsLDH)同源性最高为75%,与阴道毛滴虫LDH(TvLDH)同源性最低为17%,与人LDH(HsLDH-A,-B,-C)的同源性为58%~60%; SjLDH与果蝇(DmLDH)的进化距离较秀丽隐杆线虫(CeLDH)为近,3种人LDH中与HsLDH-B、-C的进化距离较HsLDH-A为近;该蛋白具有3个跨膜区域,3个高亲水性区域,主要的线性表位98aa~106aa位于膜外,与原虫LDH相同区域差异显著,而与其他LDH有1~3个氨基酸的差异,关键催化位点之一及底物丙酮酸结合区域位于该区域,蛋白质同源模建分析表明该区域位于蛋白表面形成环状结构,3个关键催化位点位于该区域或在其附近。 结论 生物信息学预测结果提示LDH是研究物种分子进化理想的分子;SjLDH可能是免疫诊断、药物作用及疫苗潜在的靶分子。 相似文献
25.
疟疾是一种流行广泛的热带寄生虫病 ,一直得到世界范围的广泛重视。恶性疟原虫 (Plasmodium falci-parum,P. f .)基因组研究从 1983年开始 ,1996年12月建立疟原虫数据库 ,主要内容包括以下方面 :核苷和蛋白信息、核苷和蛋白数据文件、疟原虫基因图谱数据和 Mal DB疟原虫基因组数据库[1] 。随着 PE公司快速测序仪的推出 ,疟原虫基因组数据将成倍增长。目前 ,P.f.2、 3和 9号染色体序列测定已经完成 ,预计在未来的 2~ 3年内 ,将有可能完成其基因组序列分析 ,疟原虫即将步入后基因组时代。大量的基因组数据必须借助生物信息学技术进行自动… 相似文献
26.
目的从华支睾吸虫全长cDNA质粒文库中识别ATP合酶B亚基,利用生物信息学方法预测其结构和功能特征,用以指导实验研究。方法利用生物信息学网站的各种在线分析工具和Vector NT Isuite软件包,识别华支睾吸虫ATP合酶B亚基基因并预测编码蛋白质的各种结构与功能特征,并根据该基因构建种系分子进化树。结果Blastx分析该基因为全长基因,属于ATP合酶B亚基家族,其分子进化树与种系进化过程非常吻合。该基因全长1008bp,编码300个氨基酸,含有线粒体转运肽、两个跨膜区、一个核定位序列和多个磷酸化位点,具有较稳定的理化性质。结论ATP合酶B亚基是一个理想的真核种系进化的分子标志。华支睾吸虫ATP合酶B亚基具有线粒体和细胞核的双重定位序列,提示该蛋白可能在华支睾吸虫的能量代谢途径中发挥独特的调节作用。 相似文献
27.
目的:对华支睾吸虫(Clonorchis sinensis, Cs)成虫酸性磷酸酶 (acid phosphatase, AP)进行克隆、表达、生物学特征分析、组织定位及膜抗原/排泄分泌抗原鉴定。方法:对CsAP进行生物信息学、分子生物学、免疫组化及明胶酶谱分析。结果:从Cs cDNA文库中筛选出编码AP新基因,全长1 410 bp,重组并由大肠杆菌表达、纯化,得到分子量为55 kD的重组蛋白CsAP。Western blotting分析表明,CsAP既是膜抗原又是分泌排泄抗原;免疫组化显示,CsAP荧光显示于成虫的表皮层和肠支,在囊蚴也有显示,在雷蚴和尾蚴未显示荧光;ELISA分析表明CsAP识别华支睾吸虫病人和日本血吸虫病人存在吸虫间的交叉免疫反应,CsAP及粗抗原识别轻、中、重度感染程度华支睾吸虫病人的差别不明显。重组蛋白免疫大鼠后,总IgG抗体滴度于3周达较高峰,抗体效价大于1∶25 600。明胶降解实验表明:CsAP具降解胶原能力。结论: 上述结果表明,CsAP在大肠杆菌中高效表达,具有较好的免疫原性,但血清诊断价值不理想;CsAP可能既是膜抗原,又是排泄分泌抗原。 相似文献
28.
目的分析和预测亚洲牛带绦虫的Spef1-Like基因及其编码的蛋白质的结构和功能。方法利用生物信息学网站如美国国家生物技术中心(NCBI,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(Ex-PASY,http://ca.expasy.org/)所提供的有关基因和蛋白序列和结构功能分析工具,以及专业的生物信息学软件包如pc-gene,VectorNTIsuite,从亚洲牛带绦虫成虫cDNA文库当中识别该基因及编码区,分析和预测该基因编码的蛋白质的理化性质,一级结构中的修饰位点及模序,亚细胞定位特征,二级结构特征以及蛋白三维空间构象,蛋白亲水性及潜在抗原表位。结果该基因全长1099bp,编码区为117-929bp,编码271个氨基酸,与GenBank当中的其他序列比对,预测该基因为全长基因。编码的蛋白质理化性质比较稳定,含有多个能被其他酶修饰的位点,无跨膜区,预测其主要含有三个亲水性较强的抗原表位,空间结构上相距较近。结论生物信息方法可从亚洲牛带绦虫成虫cDNA文库中筛选出Spef1-like基因并进行分析。 相似文献
29.
目的 筛选cDNA文库识别华支睾吸虫新基因 ,并将所发现的华支睾吸虫溶血磷脂酶 (csLysoPLAH)基因编码区克隆到原核表达质粒PGEX 4T 1和真核表达质粒pcDNA3上 ,为进一步研究其功能奠定基础。 方法 对华支睾吸虫cDNA文库进行随机筛选并测序 ,在NCBI和ExPasy网站上进行序列分析 ,识别华支睾吸虫新基因 ,并应用Motifsan、NCBIConservedDomainSearch等程序对其进行结构域分析。根据PGEX 4T 1和 pcDNA3上的克隆位点及所发现的csLysoPLAHcDNA编码序列设计引物 ,进行PCR扩增 ,扩增产物回收纯化后克隆到原核表达载体PGEX 4T 1和真核表达载体 pcDNA3上。构建的PGEX 4T 1 csLysoPLAH、pcDNA3 csLysoPLAH重组表达质粒经PCR、双酶切及测序证实。 结果 发现csLysoPLAH基因 ,完整阅读框含 70 8个碱基 ,编码 2 3 5个氨基酸 ,理论分子质量为 2 5 .2 62 8ku ,理论pI为6.0 3。序列分析表明 ,csLysoPLAH编码氨基酸序列与其它物种有较高的同源性 ,csLysoPLAH具有磷脂酶 /羧酸酯酶保守功能域和完整的脂酶保守功能域 ,并含有丝氨酸酯酶特征性的标签肽 (即GXSXG)。所构建的重组原核和真核表达质粒经PCR、双酶切及测序证实与目标基因相符。 结论 发现华支睾吸虫溶血磷脂酶基因 ,并成功构建原核和真核重组表达质粒。 相似文献
30.
目的 从日本血吸虫 (S .japonicum )尾蚴文库扩增S .japonicum再感染相关蛋白 (RIRP)基因 ,进行克隆并原核表达出RIRP ,为进一步的功能研究奠定基础。 方法 根据已登陆的S .japonicum成虫期RIRP基因的序列设计两条特异引物 ,以S .japonicum尾蚴cDNA文库为模板扩增RIRP基因cDNA ,将该基因的cDNA克隆入原核表达载体 pGEX 4T 1和真核载体 pcD NA3 .1。转化的克隆通过氨苄青霉素的筛选、PCR扩增、双酶切和最后的测序鉴定。重组的 pGEX 4T 1/RIRP在大肠埃希菌BL2 1(DE3 )中进行表达。SDS PAGE鉴定其在大肠埃希菌中的表达情况和分子质量。用抗 2 6kuGST单抗作western杂交进一步鉴定融合蛋白的表达。 结果 从S .japonicum尾蚴文库中扩增出一条长为 462bp的cDNA片段 ,经测序证实其为RIRP基因的全长cDNA。它编码含 15 3个氨基酸的蛋白质—RIRP ,预测其分子质量单位为 17.5 45ku。RIRPcDNA已被成功克隆入 pGEX 4T 1和pcDNA3 .1载体 ,大肠埃希菌BL2 1(DE3 )编码一个约 17ku的蛋白质。 结论 RIRP基因首次从S .japonicum尾蚴文库中扩增出来 ,并成功构建了原核和真核表达载体 ,而且 ,它首次由大肠埃希菌表达 ,表达蛋白的分子质量单位约 17ku。 相似文献