亚洲带绦虫成虫延伸因子-1基因的克隆和分析

目的分析和预测亚洲带绦虫成虫延伸因子-1（elongation factor 1,EF-1）基因及其编码的蛋白的结构和功能。方法利用生物信息网站如美国国家生物技术信息中心（NCBI,http：∥www.ncbi.nlm.nih.gov/）和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统（ExPASY,http：∥ca.expasy.org/）中有关基因和蛋白的序列和结构信息分析的各种工具,结合其它生物信息学分析软件包,从亚洲带绦虫成虫全长cDNA质粒文库中识别延伸因子-1的全长编码基因并预测其蛋白的结构和功能。结果该基因是全长基因,长度988bp,编码区为67～868,编码269个氨基酸,无跨膜区;与GenBank中细粒棘球绦虫同源基因的一致性达87%,相似性达91%;预测三个主要的抗原表位位于135～140,126～131,157～162。结论应用生物信息方法从亚洲带绦虫成虫cDNA文库中筛选出EF-1基因。     

日本血吸虫基因表达序列标签的获得和分析

为寻找日本血吸虫新基因并进行血吸虫基因功能研究,随机挑选日本血吸虫（中国大陆株）成虫cDNA库克隆,培养后提取噬菌体DNA作模板,进行PCR反应扩增,将扩增产物部分测序产生表达序列标签（EST）,并将EST输入GenBank和EMBL,运用分子生物学 软件比较其同源性, 推导其蛋白序列并进行分析,结果得到75个未曾登录的新基因,并对其中一些基因进行功能推测研究,认为表达序列材人是快速有效寻找基因的方法,生物信息学软件的应用提供了新的医学研究途径。     

日本血吸虫卵黄铁蛋白DNA免疫在小鼠诱生的保护性免疫力

目的：研究日本血吸虫卵黄铁蛋白基因DNA免疫小鼠诱生的保护性免疫力。方法：分两大组进行,实验I小鼠有预感染,实验II小鼠没有。将构建的日本血吸虫卵黄铁蛋白基因真核表达重组质粒pL－SjFerl经左右腿肌肉注射BALB／c小鼠,共免疫2次,间隔2周。末次免疫后5w以血吸虫尾蚴攻击感染,6w后计数成虫负荷及肝组织虫卵数和死亡卵百分比。设空质粒免疫组为对照组。结果：PL－SjFerl免疫小鼠,在实验I主要诱生IgG1和IgG3,在实验II主要诱生IgG2a和IgG2b;实验组尚产生较高水平的IgA和IFN-γ应答。pL－SjFerl免疫小鼠诱生一定程度的减虫率（26.47％,34.08％）,减卵率（40.02％,36.83％）和死亡卵百分比（27.50％,30.13％）。结论：PL－SjFerl免疫小鼠能产生较明显的保护性免疫力,值得进一步深入研究。     

序列标签法寻找日本血吸虫新基因

目的　寻找日本血吸虫新的疫苗候选分子 ,通过构建基因的反义核酸表达载体进行基因性质功能研究。　方法　运用表达序列标签法寻找并获得日本血吸虫新基因 ,对未知基因进行功能分析 ,并构建反义真核表达载体。　结果　获得表达序列标签 JAYL0 2 30的全长 c DNA序列 ,其推导氨基酸序列与人类和猪等生物的抗凋亡因子 1具有同源性 ,将之反向克隆入真核表达载体 p EGFP- N3中。　结论　表达序列标签法与生物信息技术结合有利于寻找新基因 ,反义核酸载体的构建为进一步研究基因功能提供帮助     

恶性疟原虫FCC1/HN株己糖激酶基因的扩增、克隆和序列分析

目的 扩增恶性疟原虫FCC1／HN株的己糖激酶(HK)编码基因,构建其原核和真核表达重组质粒,测定其序列,比较它及它推导的蛋白质与恶性疟原虫其他株和人之间的差异。 方法 用PCR方法从FCC1／HN株基因组中扩增HK基因;将它分别定向克隆到原核表达质粒pET-30a( )和真核表达质粒pcDNA3,分别转化大肠埃希菌BL21／DE3和JM109感受态细菌;经酶切、PCR扩增鉴定筛选到阳性重组克隆,用双脱氧链末端终止法测定其序列,用生物信息学软件分析HK序列及进行同源性比较。结果 PCR扩增得到特异的FCC1／HN株HK基因,大小为1482 bp,编码493个氨基酸。其氨基酸序列与3D7株完全相同,与K1株的同源性高达99.8％,但与人的4型HK的同源性只有23.2％~26.6％。 结论 获得恶性疟原虫FCC1／HN株的HK基因,成功构建了其原核和真核表达质粒,并测定了其序列;恶性疟原虫的HK在不同的分离株间高度保守,但与人的同源性很低,可能是一个潜在的药物靶标。     

日本血吸虫(中国大陆株)表达基因的分离和EST序列测定

目的 运用表达标签技术（ＥＳＴ方法）,从ＳｊｃＤＮＡ文库中分离、鉴定血吸虫表达基因序列。方法 应用ＥＳＴ方法,人ＳｊｃＤＮＡ文库中随机挑出单个重组克陲 ＰＣＲ直接序列分析,通过互联网将获得的ＥＳＴ序列送入ＮＣＢＩＧｅｎＢａｎｋ进行同源性检素,并将发现的未知基因ＥＳＴ序列送入ＮＣＢＩｄｂＥＳＴ以获得ＧｅｎＢａｎｋ进入号。结果 分离了１００个ＳｊＧｅｎＢａｎｋ中已知的血吸虫基因序列,１９个为未知基因序     

进入疟疾研究的后基因组时代

恶性疟原虫基因组测序有望带来疟疾研究方法的革命。除了简单的基因发现,基因组测序将便于综合鉴定寄生虫发育阶段的基因表达、病理以及对药物治疗的宿主遗传背景等环境变量的反应。本文介绍了恶性疟原虫基因组测序计划的近况及功能基因组学开发的生物信息学及其分析工具的应用,其目的是根据对疟原虫生物学的深入观察,确定合理的、基于信息的、新的治疗策略和目标。     

日本血吸虫乳酸脱氢酶(SjLDH)结构与功能的生物信息学分析

目的 应用生物信息学分析软件预测日本血吸虫乳酸脱氢酶（SjLDH）氨基酸序列的结构与功能。 方法 应用NCBI、Expasy等在线生物信息学网站及Vector NTI、PCgene等软件包分析SjLDH与其他物种的同源序列，进行多序列同源比对，分析相同的保守位点及催化活性位点，构建分子进化树；预测二级结构、拓扑结构；同源模建预测三级结构；预测主要抗原表位等。 结果 SjLDH与其他物种的同源序列含相同的保守位点及催化活性位点，与华支睾吸虫LDH（CsLDH）同源性最高为75％，与阴道毛滴虫LDH（TvLDH）同源性最低为17%，与人LDH（HsLDH-A，-B，-C）的同源性为58%~60％； SjLDH与果蝇（DmLDH）的进化距离较秀丽隐杆线虫（CeLDH）为近，3种人LDH中与HsLDH-B、-C的进化距离较HsLDH-A为近；该蛋白具有3个跨膜区域，3个高亲水性区域，主要的线性表位98aa~106aa位于膜外，与原虫LDH相同区域差异显著，而与其他LDH有1~3个氨基酸的差异，关键催化位点之一及底物丙酮酸结合区域位于该区域，蛋白质同源模建分析表明该区域位于蛋白表面形成环状结构，3个关键催化位点位于该区域或在其附近。 结论 生物信息学预测结果提示LDH是研究物种分子进化理想的分子；SjLDH可能是免疫诊断、药物作用及疫苗潜在的靶分子。     

生物信息学技术在疟原虫基因组研究中的应用

疟疾是一种流行广泛的热带寄生虫病 ,一直得到世界范围的广泛重视。恶性疟原虫 (Plasmodium falci-parum,P. f .)基因组研究从 1983年开始 ,1996年12月建立疟原虫数据库 ,主要内容包括以下方面 :核苷和蛋白信息、核苷和蛋白数据文件、疟原虫基因图谱数据和 Mal DB疟原虫基因组数据库[1] 。随着 PE公司快速测序仪的推出 ,疟原虫基因组数据将成倍增长。目前 ,P.f.2、 3和 9号染色体序列测定已经完成 ,预计在未来的 2～ 3年内 ,将有可能完成其基因组序列分析 ,疟原虫即将步入后基因组时代。大量的基因组数据必须借助生物信息学技术进行自动…