中国南方汉族急性淋巴细胞白血病患者572例的HLA基因和单倍型分析

 目的　研究HLA-A、B、DRB1基因和单倍型与中国南方汉族急性淋巴细胞白血病（ALL）的疾病相关性。方法　应用最大似然性方法分别计算南方汉族ALL患者组572例和5645名南方汉族健康供者HLA-A、B、DRB1基因和单倍型频率,采用χ2检验方法比较其分布差异。结果　ALL组HLA-A33、B58和DRB1*17基因频率均低于对照组[HLA-A33（7.15 %比9.3 %,OR＝0.73,P＜0.05）、B58（5.93 %比8.75 %,OR＝0.64,P＜0.05）和DRB1*17（5.15%比6.30 %,OR＝0.82,P＜0.05）];A3、B51和DRB*12基因频率均高于对照组[A3（2.1 %比1.26 %,OR＝1.7,P＜0.05）,B51（7. 25 %比5.78 %,OR＝1.3,P＜0.05）和DRB*12（16.13 %比12.99 %,OR＝1.35,P＜0.05）];HLA-A33-B58-DRB1*17单倍型频率低于对照组（2.46 %比4.14 %,OR＝0.35,P＜0.05）,A2-B51- DRB1*12单倍型频率高于对照组（1.24 %比0.89 %,OR＝1.66,P＜0.05）。结论　携带有A33-B58-DRB1*17单倍型个体可能与降低ALL的发病风险有相关性,A3基因和A2-B51- DRB1*12可能与增加ALL发病风险有弱相关性。     

中国满族人群HLA-A、B、DRB1基因和单倍型的多态性分析

目的研究中国满族人群HLA-A、B、DRB1等位基因和单倍型的多态性。方法根据2 183名满族骨髓捐献者的HLA-A、B、DRB1基因分型数据,采用最大似然性方法计算HLA-A、B、DRB1等位基因和单倍型频率。结果满族人群中共检出18个HLA-A、44个HLA-B和15个HLA-DRB1等位基因,其常见等位基因为A*02、A*11、A*24、A*30、A*33、B*13、B*35、B*46、B*51、B*40(B60)、B*40(B61)、B*15(B62)、DRB1*04、DRB1*07、DRB1*08、DRB1*09、DRB1*11、DRB1*12、DRB1*13、DRB1*14和DRB1*15。A*30-B*13、A*02-DRB1*15、B*13-DRB1*07和A*30-B*13-DRB1*07分别为其最常见A-B、A-DRB1B-DRB1和A-B-DRB1单倍型,31条A-B、24条A-DRB1和27条B-DRB1单倍型频率≥0.01,32条A-B-DRB1单倍型频率≥0.005。14条A-B、3条A-DRB1、14条B-DRB1和38条A-B-DRB1单倍型呈现强连锁不平衡格局(ALD≥0.40)。结论中国满族人群HLA-A、B、DRB1等位基因和单倍型的分布比较接近北方汉族人群并具有其自身分布特点。     

中国南北汉族人群HLA-A*02等位基因的分布差异

目的 研究中国南北汉族人群中HLA-A*02等位基因的分布并比较其差异性。方法 采用PCR-SBT方法,对随机抽取的经PCR-SSP方法确认为HLA-A*02阳性的208例南方和129例北方汉族骨髓志愿供者进行序列分型。结果 南、北汉族人两个群体中均检出具有不同基因频率的6种A*02等位基因(A*020101、A*0203、A*0205、A*0206、A*0207和A*0210)。南方汉族人中A*0207(37%)为优势等位基因,A*020101(31%)、A*0203(16%)和A*0206(14%)比较常见;而北方汉族人则以A*020101(48%)为优势等位基因,A*0206(21%)和A*0207(23%)比较常见。两个群体中的A*02等位基因总体分布以及A*020101、A*0203和A*0207的相对频率均存在显著性差异。在高、低分辨率两个水平上,南方和北方汉族A*02杂合度分别高于90%和80%,并且低分辨率A*02纯合子在高分辨率水平上表现高度多样性并呈现一定的分布规律。结论 HLA-A*02等位基因在中国南、北汉族人群中的分布呈现高度杂合和遗传多样性并具有显著性差异,HLA-A*020101、A*0203和A*0207可作为人类学研究中区分中国南北汉族人群的遗传标志。     

壮族非亲缘男性个体中9个短片段Y-STR基因座遗传多态性的研究

本研究探讨中国最大少数民族壮族Y染色体特异短串联重复序列（Y-STR）单倍型的遗传多态性。采用多重PCR扩增和ABIPrism^TM3100基因测序仪荧光检测方法，对85名壮族非亲缘男性个体的9个短片段长度Y—STR基因座，进行基因频率和单倍型频率的调查。结果表明：在85名非亲缘男性个体中，除DYS426基因座多态性较低，其余8个基因座的GD值的分布在0．4387—0．8129之间。9个Y—STR基因座的单倍型共有70种．单倍型多样性达0．9926。结论：壮族非亲缘男性个体Y—STR单倍型的遗传多态性丰富，与我们以往的南方汉族非亲缘男性群体遗传资料相比较，具有显著的差异。     

643例中国北方汉族急性淋巴细胞白血病患者人类白细胞抗原连锁不平衡分析

目的 分析643例中国北方汉族急性淋巴细胞白血病(acute lymphoblastic leukemia,ALL)患者组和20359名健康对照组的人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)HLA-A-B、B-DR和AB-DR单倍型频率及连锁不平衡分布差异.方法 应用最大似然性算法(expectation-maximization,EM)计算患者组和对照组的HLA-A-B、B-DRB1和A-B-DRB1单倍型频率及连锁不平衡参数,采用X2检验比较其分布差异.结果 HLA-A30-B13、A2-B46、A33-B58,B13-DR7、B46-DR9、B52-DR15、B58-DR17,A30-B13-DR7、A33-B58-DR17和A1-B37-DR10单倍型是两组常见、共有呈强连锁不平衡单倍型.A30-B13、A2-B46、A33-B44、B13-DR7、A30-B13-DR7和A2-1346-DR9的单倍型频率和连锁不平衡水平,患者组低于对照组,差异有统计学意义(X2＞3.84,P＜0.05).A2-B52、A2-B27、A24-B8,B60-DR9、B27-DR4、B52-DR14、B44-DR17、B27-DR12、和A11-B27-DR12的单倍型频率和连锁不平衡水平,患者组高于对照组,差异有统计学意义(X2＞3.84,P＜0.05).结论 643例北方汉族ALL患者组HLA-A-B、B-DRB1、A-B-DRB1单倍型频率分布及连锁不平衡遗传特征和对照组具有高度的同源性.患者组与对照组之间的部分HLA单倍型频率及连锁不平衡分布存在统计学差异.本研究结果 为ALL与HLA疾病相关性及HLA相合供者的寻找提供了基础数据.     

深圳地区汉族人群人类主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关基因B基因多态性及其分布特征分析

目的 探讨深圳地区汉族人群人类主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关基因(MIC)B等位基因多态性及分布特征.方法 选择2012年8月至2014年12月,于广东省深圳市血液中心献血的202例无血缘关系的深圳地区汉族健康献血者为研究对象.根据自行设计的MICB基因聚合酶链反应(PCR)扩增引物及测序引物,采用PCR-直接测序(SBT)法对献血者MICB基因第2～4外显子进行序列测定,并采用统计学方法对本组深圳地区汉族人群等位基因频率及基因多态性结果与不同地区人群进行比较.本研究遵循的程序符合深圳市血液中心人体试验委员会制定的伦理学标准,得到该委员批准,征得受试对象知情同意,并于采血前与之签订相关伦理学文件.结果 本组202例深圳地区汉族人群中,共检出的MICB等位基因10种,基因型24种.本组人群的MICB基因多态性以MICB* 00502基因型等位基因频率最高,占51.2％,其次为MICB* 00201 (19.8％),MICB* 00401 (8.7％),MICB* 014(5.7％)及MICB* 008(5.2％).MICB基因型以MICB* 00502-MICB* 00502频率最高,占35.6％.MICB* 013为威尔士人群特有基因,在深圳地区汉族、韩国、西班牙人群中均未检出.MICB* 018等位基因在德国健康人群、奥地利、摩洛哥、澳大利亚及其他亚洲人群中均未检出,在深圳地区汉族人群却有较高的等位基因频率,等位基因频率达1.5％.结论 深圳地区汉族人群的MICB等位基因分布与其他不同地区人群相比,具有高度的遗传多态性且有其自身分布特点.     

南方汉族人群HLA-E基因测序分型及其分子遗传多态性研究

目的研究南方汉族人群HLA-E基因的分子遗传多态性。方法随机选择150人份南方汉族健康无关个体,采用1对PCR引物特异性扩增HLA-E基因第1-5外显子目的序列,纯化后的PCR扩增产物作为测序模板,对HLA-E基因的第2、3、4外显子进行双向测序,测序反应产物纯化后经ABI3730测序仪电泳,用Assign 3.5 SBT软件分析结果。结果所检测的150例标本均扩增出清晰的目的条带,对HLA-E基因外显子2-4进行双向测序,所获得的序列无背景信号和杂峰。检出了2种HLA-E等位基因,其中HLA-E*01∶01等位基因频率为0.42,HLA-E*01∶03等位基因频率为0.58。3种HLA-E基因型频率的分布符合Hardy-weinberg平衡定律。结论本文所获得了南方汉族人群HLA-E基因分子遗传多态性等基础数据,可为HLA-E的疾病关联研究、临床移植等提供重要参考。     

地中海贫血患者找到人类白细胞抗原A-B-DR单倍型及抗原全相合供者的可能性

背景：选择适合的人类白细胞抗原匹配供者是实施造血干细胞移植治疗的关键，不同人种、地区和疾病人群的人类白细胞抗原与单倍型频率分布是评估地中海贫血患者选择适合供者的重要遗传学依据。 目的：分析地中海贫血患者人类白细胞抗原A-B-DRB1单倍型和表型频率分布格局，估算其与骨髓库相合供者相配的概率。 设计：病例-对照分析。 对象：患者组为2000-06/2006-12广东地市级以上13家医院诊断为地中海贫血的108例患者，广东籍，彼此无血缘关系。正常对照组为2000-08/2006-12中华骨髓库招募的5 352名广东籍健康供者，与患者无血缘关系。 方法：应用最大似然性算法计算两组人类白细胞抗原A，B，DRB1单倍型及表型频率分布。根据人类白细胞抗原单倍型遗传特征，某一个体人类白细胞抗原A，B，DRB1表型频率等于相应的基因型频率之和。在由n个供者组成的供者群体找到至少1例与患者表型全相同供者的概率P，应用公式P=1-（1- Df）n计算，Df 为供者表型频率。 结果：患者组和对照组最常见单倍型和表型频率分布格局不同。正常对照组常见的单倍型为A2-B46-DR9，A33-B58-DR17，A11-B75-DR12，A11-B13-DR15和A33-B47-DR13；患者组常见的单倍型为A2-B46-DR9，A33-B58-DR17，A2-B46-DR14，A11-B60-DR12和A11-B75-DR12。正常对照组常见的表型频率分布情况为A2,33；B46,58；DR9,17,A2,11；B46,75；DR9,12,A11,33；B58,75；DR12,17,A2,2；B46,46；DR 9,9和A2,11；B13,46；DR9,15；患者组常见的表型为A2,33；B46,58；DR9,17,A2,2；B46,46；DR9,9,A2,2；B46,46；DR9,14,A2,11；B46,60；DR9,12和A2,11；B46,75；DR9,15。两组之间相匹配的表型有19种，表型匹配概率为0.44%（19/4282）。人类白细胞抗原A24-B51-DR8，A3-B38-DR7，A24-B50-DR12，A3-B38-DR4，A24-B51-DR8和A24-B60-DR7等34条单倍型及A2,33；B46,58；DR9,17，A2,2；B46,46；DR9,9和A2,11；B46,75；DR9,15等67种表型，其频率在正常对照组有不同程度的降低，携带有这些单倍型或表型患者找到人类白细胞抗原单倍型相合或全相合供者的概率降低。 结论：地中海贫血患者人类白细胞抗原A-B-DR单倍型频率分布呈高度遗传多态性，患者找到人类白细胞抗原全相合供者的概率取决于供者群体人类白细胞抗原表型频率。     

南方汉族HLA-DQA1基因与糖尿病视网膜病变相关性的研究

目的研究南方汉族HLA—DQA1基因与糖尿病视网膜病变的相关性。方法实验组收集60名临床诊断为糖尿病视网膜病变（DRP）患者的血样．对照组为52名健康的志愿捐血者血样．采用rSSO HLA流式磁珠分型并辅以PCR-SSP方法进行HLA—DQA1基因定型．统计实验组和对照组HLA-DQA1的基因频率．采用Woolf法计算相对危险度值。结果在糖尿病视网膜病变的实验组和对照组中，均检出了10种DQA1等位基因．检出的等位基因频率最高的为DQA1＊0102：实验组DQA1＊0501的基因频率显著高于正常对照组．计算RR值为2．73。结论南方汉族中DQA1＊0501的基因可能为DRP的易感性标志．     

HLA-Cw基因全长序列分子克隆及测序方法的建立

目的 建立可靠的HLA-Cw基因全长序列的分子克隆和测序技术.方法 设计合成HLA-Cw基因全长序列PCR引物和探索PCR反应体系,采用长距离PCR技术,扩增HLA-Cw基因非翻泽区(untranslated region,5'-UTR)区、8个外显子、7个内含子和3'-UTR区,全长约4.5 kb.PCR产物纯化后进行分子克隆,筛选阳性克隆,提取质粒DNA,采用自行设计的测序引物进行全长双向测序.12份已经AlleleSEQR HLA-Cw测序分型试剂盒进行PCR产物直接测序、基因型已知的样本,分别用TaKaRa LATaq酶和Stratagene Pfu Taq DNA聚合酶进行HLA-Cw基因全长扩增,以及PCR产物分子克隆和序列测定,克隆测序结果分别与PCR产物直接测序结果进行对比分析.结果 PCR扩增获得了特异性目的 片段,测序获得了HLA-Cw基因-962～3576位碱基全长序列.克隆测序结果的对比表明,Pfu酶保真性高于LA Taq酶.比较本文测定的Cw*010201与Cw*07020101等位基因序列,在5'上游-962～-284位碱基区域存在11个单核苷酸多态(single nucleotide polymorphisms,SNPs)和2个插入(或)缺失多态性位点;3'-UTR下游3067～3576位碱基区域存在11个SNPs和1个插入(或)缺失.结论 建立了HLA-Cw基因全长序列分子克隆及测序方法,在HLA-Cw基因全长序列分子多态性及表达调控等研究领域,具有广泛应用前景.