新型冠状病毒核酸检测样本DNA污染鉴别方法研究

目的 采用不同实时荧光PCR方法检测各类型DNA污染模拟样本,分析检测方法性能,为在新型冠状病毒(简称新冠病毒)核酸检测中鉴别DNA污染提供依据。 方法 取实验室保存的新冠病毒RNA核酸样本和新冠病毒阳性质控品(含病毒序列的质粒样本),按不同比例混合,并进行梯度稀释,制成模拟样本。分别使用实时荧光RT-PCR、灭活逆转录酶前加样并去除RT步骤的PCR(PCR Set 1)和灭活逆转录酶后加样并去除RT和灭活步骤的PCR(PCR Set 2)三种不同方法,使用同一型号设备对同一批模拟样本进行检测。记录并分析检测结果,确定最佳的DNA污染判断方法。 结果 新冠病毒RNA核酸样本中,相比实时荧光RT-PCR,PCR Set 1下所有样本的Ct值增高2-4个循环,PCR Set 2中除原始样本N基因阳性外,均为阴性。新冠病毒DNA污染样本三种方法检测Ct值无明显差异。含等量DNA污染的混合污染样本和含梯度DNA污染的混合污染样本三种方法检测显示Ct值存在差异。三种方法检测不同新冠病毒基因,变化规律无明显差异。 结论 PCR Set 1和PCR Set 2两种方法均可用于鉴别DNA污染,特别是PCR Set 2方法对各浓度的DNA污染均有较好的区分能力。     

一起入境航班关联新冠肺炎聚集性疫情病毒全基因组特征分析

目的分析2021年8月北京市一起入境航班关联新冠肺炎聚集性疫情中新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)基因组特征及变异情况, 为疫情防控和风险评估提供参考。方法收集此次疫情全部50例关联病例的呼吸道标本, 使用数字PCR方法对病毒载量进行测定, 使用高通量测序对病毒全基因组进行测定分析, 对基因组数据拼接整理后进行变异位点分析及系统发生分析。结果全部50例样本中病毒载量中位数为5.57×104拷贝/ml(ORF1ab基因)和5.85×104拷贝/ml(N基因)。共测定获得SARS-CoV-2病毒全基因组序列46份, 均为Omicron变异株BA.5分支。其中21例与7例形成两个进化簇, 内部全基因组核苷酸相似度高于99.993%和99.997%。结论该起聚集性疫情可能由两个传播链和其他散在感染共同构成, 疫情病毒为境外流行的Omicron变异株BA.5分支。     

鼠疫实验室检验相关问题探讨

2019年11月,北京市经实验室检验确诊2例鼠疫病例,根据患者的流行病学史与临床表现确认为输入性肺鼠疫,这是建国后肺鼠疫首次输入北京市。该起疫情中实验室检测发挥了重要作用,本文简单介绍此次疫情中的实验室检测过程并重点探讨鼠疫实验室检验中检测方法与检测试剂的相关问题。     

沙门菌监测点汤卜逊沙门菌分离株的分子分型和耐药性分析

目的应用分子分型技术对2007年上海和重庆市沙门菌监测点的50株汤卜逊沙门菌进行分子流行病学分析和抗生素敏感性测定,了解上海和重庆两地菌株的分子分型特征和药物敏感性特征。方法抗生素敏感性测定采用微量肉汤稀释法,分子分型方法包括脉冲场凝胶电泳（PFGE）和多位点串联重复序列分析（MLVA）。结果药敏试验显示78%的菌株存在多重耐药,其中磺胺甲恶唑和四环素的耐药率最高,其次是甲氧苄胺嘧啶;对头孢类抗生素（头孢噻肟、头孢三嗪、头孢他啶、头孢噻呋）均未产生耐药性。PFGE将50株菌分为15个带型,30株重庆分离株间有较高的相似性;MLVA分析显示除Sal16位点外,其余检测位点在所有待检菌株中没有差别。结论分子分型支持汤卜逊沙门菌引起的暴发以及散发。目前MLVA分型应用于汤卜逊沙门菌分子分型时,分型能力低于PFGE,需要进一步优化。     

汤卜逊沙门菌暴发分离株的鉴定及与丙型副伤寒沙门菌的鉴别

目的探讨丙型副伤寒、猪霍乱以及汤卜逊沙门菌的血清型鉴定要点,评价不同诊断血清的鉴定能力。方法用三家不同生产厂家的沙门菌诊断血清对丙型副伤寒、猪霍乱、猪霍乱库氏变种沙门菌三株标准株以及GSS中国区监测的疑似丙型副伤寒暴发分离株、猪霍乱和汤卜逊沙门菌进行血清鉴定,同时利用PCR、生化、以及MLST分型分析对这些菌株进行辅助分析。结果血清分型显示暴发菌株为汤卜逊沙门菌,那些原来鉴定为猪霍乱沙门菌的菌株也是汤卜逊沙门菌;PCR结果显示这些暴发菌株和散发菌株的Vi基因为阴性;还发现某些诊断血清的H:c因子血清能够与H:k抗原发生交叉凝集,从而导致血清型的误判;另外,MLST分型分析显示这些汤卜逊沙门菌菌株与丙型副伤寒、猪霍乱等沙门菌之间有差异;卫矛醇、粘液酸和H2S三种生化反应显示丙型副伤寒、猪霍乱、猪霍乱库氏变种沙门菌之间具有明显的生化差别。结论近期我国报告为丙型副伤寒的暴发中,需要鉴定是否为汤卜逊沙门菌所致,注意诊断血清的交叉反应所致的误判,可用生化鉴定、MLST分型分析以及PCR等方法进一步鉴定。     

新冠病毒核酸在物体表面存留时间研究

目的探索新型冠状病毒奥密克戎变异株污染不同物体表面后, 不同温度条件下病毒核酸存留时间及变化规律, 为环境样本中新冠病毒核酸检测及相关防控策略制定提供依据。方法取实验室保存的新冠肺炎奥密克戎变异株感染者咽拭子灭活样本, 污染不锈钢、塑料、木材、纸板及棉布等材质的表面, 制成模拟污染样本, 放置常温及冷藏环境下, 分别在第0 d、1 d、3 d、7 d、14 d和第30 d, 每种材料每次取出3件样本, 浸泡后提取核酸, 使用实时荧光PCR法检测新冠病毒核酸。分析不同类型材料表面污染后病毒核酸回收率、核酸可检出时间和Ct值变化。结果新冠病毒污染后, 棉布、塑料和不锈钢核酸的回收率为1.75%～2.90%, 木材和纸板较低, 分别为0.0021%和0.21%。所有材料模拟样本在第30 d均仍可检测出新冠病毒核酸。不锈钢、木材、纸板及棉布表面病毒核酸Ct值在前7 d内快速上升, 随后变化较小。塑料表面病毒核酸Ct值较其它四种材料变化较小。结论新冠病毒污染物体表面后, 第30 d仍可检出病毒核酸, 且不同性质的物体表面降解模式不同。在日常环境监测中, 应结合核酸检测和其他调查手段, 综合评估判...     

我国首起新型冠状病毒英国变异株类似株相关聚集性疫情病毒全基因组特征分析

目的:分析2021年1月北京市某区一起新冠肺炎聚集性疫情中新型冠状病毒（SARS-CoV-2）基因组特征及变异情况,为疫情防控和风险评估提供参考。方法:收集此次疫情相关呼吸道样本和外环境样本26份,使用高通量测序对病毒全基因组进行测定分析,对基因组数据拼接整理后进行一致性分析、变异位点分析及系统发生分析。结果:共测定获...     

大型国际赛事核酸检测管理工作经验及启示

新冠疫情在全球的大流行为举办2022年北京冬奥会增加诸多挑战。有效开展疫情防控是确保成功举办的重要举措之一, 通过对接国际赛事要求、制定完善工作方案、周密调度采样检测力量、开展精准管理等措施。冬奥会核酸检测机构累计检测涉奥人员185 942 3人次, 检出阳性437人次, 取得了采样检测工作高效运行且无生物安全事故、采送检报时限符合赛会要求, 采样检测人员无感染的佳绩。冬奥会核酸采样检测工作创新了大型国际赛事核酸检测的管理方法, 积累了工作经验, 各检测机构的采样检测能力、质量控制及生物安全管理水平、后勤保障能力得到了很多锻炼和提升, 为后续大型活动和社会面核酸检测提供了借鉴。