成人重症肺炎患者EB病毒和人鼻病毒混合感染的病原学分子鉴定

目的对1例有禽类接触史的成人重症肺炎患者进行病原学研究,确定其病原体。方法采集患者的下呼吸道标本,应用荧光PCR方法检测禽流感H5N1和SARS病毒及甲型H1N1和季节性流感病毒;应用多重PCR方法检测12种常见呼吸道病毒;应用普通PCR方法检测EB病毒和巨细胞病毒,扩增阳性的病毒基因片段测序后,与GenBank数据库参考序列进行同源性分析。结果荧光PCR法检测禽流感病毒H5N1病毒和SARS病毒核酸阴性,甲型H1N1和季节性流感病毒核酸阴性;多重PCR检测人鼻病毒、EB病毒均阳性;普通PCR检测EB病毒核酸阳性。基因序列比对显示,EB病毒核苷酸序列与GenBank数据库中参考序列同源性为99.5%～100%;人鼻病毒的核苷酸序列与GenBank数据库中A组鼻病毒(73血清型)同源性最高,为94.7%。结论该例重症肺炎患者为EB病毒和A组(73血清型)人鼻病毒混合感染,排除禽流感H5N1和SARS感染。     

北京市甲型H1N1流感病毒病原学监测分析

目的 分析北京市2009年5-12月甲型H1N1流感病毒检测结果,探讨流感大流行时期甲型H1N1流感病原流行病学特征.方法 2009年5月1日至2009年12月27日,共采集101 852份咽拭子样本,北京市传染病网络实验室利用荧光定量PCR方法检测,并做统计分析.结果 101 852份检测样本中,甲型H1N1流感病毒核酸阳性9843份,总阳性率为9.66%,其中5-6月阳性率为2.85%,7-8月阳性率为3.32%,9-10月阳性率为8.35%,11月阳性率为29.67%,12月阳性率为24.33%.可疑病例排查阳性率为8.40%,病例密切接触者阳性率为4.75%,门诊流感样病例(ILI)阳性率为11.46%,聚集性发热病例及其他病例阳性率为7.33%.年龄分布以5～14岁和15～24岁年龄段为主,男女性别构成比为1.5:1.结论 北京市2009年5-11月甲型H1N1流感病毒感染呈持续上升,12月呈下降趋势,具有一定的流行病学特征.     

32例甲型H3N2流感病毒感染严重急性呼吸道感染病例病毒全基因组分析

目的了解北京地区严重急性呼吸道感染(SARI)病例中甲型流感病毒进化特征。方法选择2014-2016年SARI病例分离A(H3N2)亚型流感病毒毒株32株,提取病毒RNA,使用Ion Torrent PGM二代测序仪进行了病毒全基因组测序。使用Mega、Consurf等软件对毒株各个基因进行了分子进化分析和分子特征分析。结果 18株2014-2015年流行季毒株的血凝素(HA)基因属于3C.3a分支,而14株2015-2016年流行季毒株HA基因属于3C.2a分支。在32株测定株HA基因中共发现7个氨基酸位点变异,其中2个位于抗原决定簇。对神经氨酸酶基因和基质蛋白基因进行分析显示,所有的测定株均对M2离子通道抑制剂药物耐药,而对神经氨酸酶抑制剂药物敏感。结论 2014-2016年SARI病例分离A(H3N2)亚型毒株的基因特征与同时期北京地区流行株基本一致。两个流行季间出现了较为明显的抗原漂移,相对于同流行季疫苗株存在一定程度的变异。     

全基因组测序分析北京地区人源结肠弯曲菌基因组特征和耐药性

目的 了解北京地区人源结肠弯曲菌的耐药特征、毒力特征及多位点序列分型等遗传进化关系。方法 对2019-2021年北京市肠道门诊腹泻病例中分离到的36株结肠弯曲菌,采用琼脂稀释法进行抗生素敏感性检测;基于全基因组测序结果分析其耐药基因、毒力基因、多位点序列分型及全基因组单核苷酸多态性(whole genome single nucleotide polymorphisms, wgSNPs)遗传进化分析。结果 36株结肠弯曲菌对萘啶酸和四环素的耐药率为100.0%,对环丙沙星的耐药率为97.2%,对红霉素和阿奇霉素的耐药率为38.9%;36株菌均为多重耐药株,有10种耐药模式。基于全基因组测序结果,36株结肠弯曲菌分为21种ST型,优势克隆群为CC828;携带大环内脂类、喹诺酮类、氨基糖苷类、酰胺醇类、四环素类等多种类型耐药基因;携带6类38种毒力基因。wgSNPs遗传进化分析显示克隆群CC1150与优势克隆群CC828相距较远,处于独立的分枝,CC828克隆群内菌株聚集成3簇,呈现多样性分布。结论 北京市人源结肠弯曲菌分离株耐药严重,多重耐药谱广泛;耐药基因与耐药表型有一定的关联;克隆复...     

北京市2006－2015年猩红热发病特征分析

目的 分析北京市2006－2015年猩红热发病趋势，并对高发年份发病特征进行分析。方法 应用描述性流行病学方法对“疾病监测信息报告管理系统”中猩红热病例的三间分布特征和病例转归情况、猩红热、链球菌感染/扁桃体炎/咽峡炎（链感）的应急性病例监测结果进行分析。结果 2006－2015年北京市报告猩红热病例27 987例，除2011年外，其他年份发病率介于7.04/10万～18.53/10万之间。2011年共报告病例6 152例，发病率为31.37/10万，较其他年份的平均水平显著上升，病例多发于夏季和冬季、城乡结合部，好发于儿童，常在儿童集聚的场所（幼托机构、学校）流行。2011年5－12月，对4 332例猩红热病例在发病3周后完成了随访，所有病例均痊愈或好转，未发现并发症，无死亡病例。2011年5－12月，36家哨点医院共报告猩红热病例2 725例，临床诊断的链感病例104 013例，全部猩红热与链感病例数的比值为1：38.17；猩红热病例和链感病例的周报告数之间的相关性较高（Pearson相关系数=0.729，P< 0.001），推算2011年A组链球菌导致的链感病例数约为2.14万。结论 2011年北京市猩红热发病水平较往年显著上升，但三间分布特征未见明显变化，且预后较好；存在大量A组链球菌导致的链感病例，可能是猩红热重要的传染源之一。     

北京市2021—2022年流行季首起乙型流感疫情的血凝素基因分析

目的:分析2021—2022年流行季北京市首起乙型流感Victoria系（BV）疫情的病毒血凝素（HA）的基因变异和进化特征以及与流感疫苗株的匹配性。方法:采集北京市朝阳区某小学乙型流感疫情流感样病例的咽拭子标本,提取核酸后利用二代测序技术进行测序分析。应用BioEdit分析HA基因的核苷酸和氨基酸变异位点,采用Meg...     

中国首例人感染猕猴α疱疹病毒1型病例的确诊

目的:对发生在中国的首例疑似猕猴α疱疹病毒1型感染者进行实验室确诊。方法:采集疑似感染者的脑脊液进行高通量测序,并采集疑似感染者的脑脊液、痘疱液、鼻咽拭子、结痂涂抹、唾液等标本以及密切接触者的痘疱液、口咽拭子、血清等标本后,利用4套实时定量PCR方法检测猕猴α疱疹病毒1型、水痘-带状疱疹病毒、猴痘病毒和正痘病毒。结果:...     

人感染猕猴α疱疹病毒1型疫情处置与应对专家共识

猕猴α疱疹病毒1型,又称为B病毒,属于疱疹病毒科,a疱疹病毒亚科,单纯疱疹病毒属,是一种在猕猴中广泛流行的疱疹病毒。猕猴是该病毒的天然宿主,人感染后病死率约为80%。2021年4月,我国发现首例人感染猕猴α疱疹病毒1型感染病例,通过开展流行病学调查,对密切接触者采取管理措施,开展实验室检测工作,有效地处置了该起疫情。本...     

1例不明原因肺炎病例密切接触者的病原学诊断与分析

目的 对1例出现流感样症状的不明原因肺炎病例密切接触者进行病原学诊断,分析实验室诊断过程应关注的问题.方法 采集该病例的咽拭子标本,应用荧光PCR方法检测H5N1病毒、甲型H1N1和季节性流感病毒,多重PCR方法检测12种常见的呼吸道病毒.同时接种Hep-2细胞进行病毒分离,采用PCR方法扩增病毒的基因片段,进行序列比对分析.并应用间接免疫荧光方法检测病人急性期血清IgM抗体.结果 荧光PCR方法检测H5N1病毒、甲型H1N1和季节性流感病毒核酸阴性,多重PCR检测到标本为腺病毒核酸阳性.应用Hep-2细胞分离到病毒,hexon基因序列比对结果显示,该病毒与GenBank数据库中的11a型腺病毒hexon的核苷酸序列同源性99.9％.间接免疫荧光反应还检测到病人的腺病毒IgM抗体阳性.结论 此不明原因肺炎病例密切接触者为11a型腺病毒感染.另外,除考虑SARS-CoV,H5N1外,不明原因肺炎病例的实验室诊断还应关注其他导致重症肺炎的呼吸道病原体.     

新型冠状病毒肺炎患者出院后核酸复阳发生率的Meta分析

目的:应用Meta分析的方法估算新型冠状病毒肺炎（简称"新冠肺炎"）出院病例核酸检测再次阳性（简称"复阳"）的发生率,为出院病例的管理提供科学依据。方法:检索万方数据资源系统、中国期刊全文数据库（CNKI）、PubMed、Medline和Web of science等数据库,获取截至2020年8月31日新冠肺炎病例核酸...