BIRC5基因在非小细胞肺癌中的表达及与免疫细胞浸润和预后的关系

目的:通过生物信息学方法分析杆状病毒凋亡抑制蛋白5(baculoviral inhibitor of apoptosis repeat-containing protein 5,BIRC5)基因在非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)与正常组织中的表达差异,并分析其与NSCLC...     

创伤性伸直型膝关节挛缩患者动态足底压力分布规律研究

背景创伤性伸直型膝关节挛缩在临床上十分常见,绝大部分患者存在步态异常。在临床康复中,对于步态的评估多采用量表及平衡仪进行。动态足底压力测试作为科学、客观的评估方法已广泛应用于下肢疾病的评估。但国内外对于动态足底压力测试在创伤性伸直型膝关节挛缩患者中的应用较少。目的 探讨创伤性伸直型膝关节挛缩患者动态足底压力的分布规律,为指导康复评估和步态训练提供数据支持。方法 选择2020年12月至2021年12月在安徽医科大学第二附属医院康复医学科接受治疗的创伤性伸直型膝关节挛缩患者35例为研究组,选取同时期志愿参与本研究的步态正常的健康者30例作为对照组。应用ByGait-G6060-5步态分析系统测量仪分别采集两组受试者足底压力参数,对比分析两组受试者步长、步宽、步速、足角、总触地时长、足底各分区[踇趾（T1区）,第二至第五脚趾（T2区）,第一跖骨（M1区）,第二跖骨（M2区）,第三跖骨（M3区）,第四跖骨（M4区）,第五跖骨（M5区）,足底中部（MF区）,足后跟内侧（MH区）,足后跟外侧（LH区）]压力占比、足底压力Ad值、足底压力中心在横向（身体左右方向）的最大偏移距离（COP-X偏移）、足...     

融合基因表达差异的生物代谢变化预测

目的当前存在许多基于约束的优化建模方法利用全基因组的代谢网络来预测生物代谢流量分布,而几乎所有的这些建模方法都需要代谢物的摄取和分泌速率以及生物先验知识的信息,比如假设生物量或者ATP产量最大。但是由于多细胞生物代谢物的摄取和分泌速率的测量很困难,并且多细胞高等生物的不同组织通常有不同的代谢目标,所以很难确定一个合理的代谢目标来建模研究高等生物的代谢。本文利用基因表达的差异信息和代谢网络,能够预测单细胞或多细胞生物代谢流量的变化,不需要生物的先验知识和代谢物分泌或摄取速率的信息。方法模型假设在两点状态下,如果编码酶的基因表达量存在显著变化,则酶催化的反应的代谢流量也应该存在显著变化。利用微阵列基因组学数据和生物全基因组的代谢网络,通过使生物代谢流量的变化与基因表达的变化尽可能一致来建立优化模型,预测生物显著差异的代谢流量分布。结果模型利用在有氧恒化器中以不同稀释速率生长的大肠杆菌的基因表达数据,预测的代谢流量与实验中实际测量的代谢流量一致。结论本文提出的基于约束的建模方法可以简单准确地定性预测低等生物的代谢流量变化,为研究高等生物的代谢变化提供了有效途径。     

基于统计组合与CpG含量分类的基因预测算法

基因预测是研究基因功能、基因表达、基因之间的关联关系以及如何控制基因转录等工作的基础.现有的基因预测方法在预测内部编码外显子方面能达到较高的精度,但在预测5'端外显子方面却存在着不足.本文针对5'端外显子,构建了一种基于统计组合与CpG含量分类的基因预测算法:将基因区域数据根据CpG含量分成2个相对独立的集合,采用统计组合的方法将多种基因预测方法综合在一起进行基因预测研究.实验结果表明该算法提高了基因预测的精度,为进一步研究基因预测提供了一种可能的方案.     

体液piRNA作为疾病潜在生物标志物的研究进展

PIWI蛋白相互作用RNA(piRNA)是一类可以沉默转座子及调控mRNA翻译的新型非编码小RNA。piRNA主要参与生殖细胞的发育和精子的发生,与肿瘤等疾病的发生、发展也密切相关。在特定疾病状态下,体液中的piRNA会出现差异表达,具有作为新型生物标志物的潜力。文章就体液piRNA作为各种疾病潜在的生物标志物的研究进展作一综述。     

基于数据非依赖采集的无色谱数据处理软件系统

目的如何高效准确地定量蛋白质一直是蛋白质组学的主要关注点,基于液相色谱-数据依赖模式进行谱图采集的质谱方法是目前主流的蛋白质测定方式。但是,当面对复杂样本中蛋白质定量的对比实验,为了使肽段得到有效分离,使用较长时间色谱洗脱的方法占据了谱图生成的大量时间。为了解决此问题,并且能够高效、准确地定性定量肽段,提出一个基于数据非依赖采集(data-independent acquisition,DIA)的无色谱数据处理软件系统。方法基于以肽段为中心的蛋白质定量理念,利用现有解决混合图谱的方法对无色谱DIA质谱数据进行定性,随后仿照DIA方法下色谱面积的计算方法完成定量;最后基于分类模型,对最终结果给出统计分析控制。结果本系统能够处理生成无色谱的DIA质谱数据,并且在12 min内从海拉(Henrietta Lacks,Hela)蛋白质样本中定性定量出1954个肽段。结论使用本系统处理无色谱质谱数据,相比于DIA质谱数据,能够在更短的时间内准确定量出足够的肽段,对于在有限时间内测定大规模蛋白质样本有重要的意义。     

一种用于基因5’exons预测的新方法

基因预测是生物信息学领域中的一个重要研究方向。本文在研究了基因局部特征的基础上,针对现有遗传算法在预测基因5’exons方面的不足,从生物免疫机制出发,构建了一种用于基因5’exons预测的免疫遗传算法。该算法利用T细胞发育过程中强大的多样性维持机制来设计算法的选择机制,提高算法的求解性能。实验结果表明该算法提高了基因预测的精度,提供了一种可能的研究基因预测方案。     

亚低温对聚苯乙烯微塑料所致血管内皮细胞损伤的影响

目的 探讨亚低温在聚苯乙烯微塑料(polystyrene microplastics, PS-MPs)所致血管内皮细胞损伤中的保护作用。方法 用含10%胎牛血清的DMEM培养基常规培养人脐静脉血管内皮细胞(human umbilical vein endothelial cells, HUVEC)。对HUVEC给予PS-MPs暴露和亚低温处理。实验分组为：对照组、PS-MPs处理组、33℃亚低温组、PS-MPs+33℃亚低温处理组。采用CCK-8法检测细胞存活率,流式细胞术检测活性氧(reactive oxygen species, ROS)水平,使用试剂盒检测超氧化物歧化酶(superoxide dismutase, SOD)、丙二醛(malondialdehyde, MDA)水平,Real time PCR和Western blot法检测凋亡基因Bax和Bcl-2的mRNA和蛋白表达水平。结果 HUVEC细胞暴露于PS-MPs后,细胞ROS、MDA水平和Bax蛋白表达量均显著升高(P<0.05)。与PS-MPs处理组相比,亚低温处理后,ROS、MDA水平以及Bax的mRNA和...     

面向生物医学文献挖掘的一种改进的贝叶斯算法

随着生物医学文献的指数性增长,运用数据挖掘的方法从生物医学文献中发现新的知识变得越来越重要,其中一个关键的问题就是文献检索.通过分析文本属性对文献检索性能的影响,提出一种改进的贝叶斯算法,引入文档长度因子,并对文档特征向量进行降维,最后利用代谢相关的文献库进行实验.实验结果与分析表明,相对于一般的贝叶斯方法,改进的算法提高了文献的查全率和查准率,同时降低了算法执行的复杂性.     

一种基于完全匹配和分词匹配的混合分词匹配算法

如何高效准确地进行酶的鉴别是代谢网络重构的难点和关键.由于基因标注文件中与ORF对应的蛋白质和酶信息都是采用自然语言描述的,重构中必须利用基因产物在酶数据库中寻找证据,从而进行与代谢相关的酶鉴别.针对目前通用的酶鉴别算法识别率低、效率低的问题,论文在对生物数据特性分析的基础上,提出了一种完全匹配和分词匹配相结合的混合分词匹配算法对酶信息进行鉴别,实验结果和分析表明,该算法具有更好的鉴别能力和更高的效率.