基于ESTIMATE算法探究TCGA数据库免疫相关基因在乳腺癌中的预后价值

目的 根据ESTIMATE算法探究TCGA数据库中免疫相关基因在乳腺癌中的预后价值。方法 从TCGA数据库获取606例乳腺癌患者的临床信息和肿瘤样本的转录组数据,采用edgeR方法对转录组数据进行差异表达分析,通过ESTIMATE算法筛选出基于免疫分数或间质分数高低分组的差异表达基因;使用R软件绘制差异表达基因的聚类分析热图;使用韦恩图对基于免疫分数和间质分数得到的差异表达基因进行交集分析;运用STRING数据库,搜索并预测表达显著差异基因编码蛋白质之间的相互作用;通过单因素Cox回归分析评估差异表达基因的预后作用;运用DAVID数据库对差异表达基因进行GO富集分析以及KEGG通路富集分析。结果 生存分析结果显示,高免疫分数组患者的总生存期中位值943天,而低分组患者总生存期中位值860天,显著高分组患者总生存期显著高于低分组患者(P<0.05);而间质分数与乳腺癌患者总生存期之间无差异(P>0.05)。进一步对免疫分数高分组和低分组患者表达上调的951个差异表达基因进行生存分析,发现160个基因与乳腺癌患者的总生存期显著相关;对上述160个基因进行蛋白质互作分析,富集出与...     

IL-1β、IFN-γ对灌流大鼠卵巢中基质金属蛋白酶-2,-9mRNA基因表达的影响

目的 探讨IL-1β、IFN-γ对基质金属蛋白酶-2,-9（MMP-2,-9）mRNA基因表达的影响。方法 采用体外灌流卵巢系统、原位杂交（in situ hybridiaztion）等方法检测IL-1β、IFN-γ对大鼠卵泡发育过程中MMP-2,-9mRNA基因表达变化,并通过密度扫描方法对原位杂交结果进行半定量分析。结果 IL-1β对MMP-2mRNA的表达无明显的刺激或抑制作用,但可显著增加卵泡膜细胞的MMP-9mRNA的表达;IFN-γ可显著降低MMP-2,-9mRNA的表达。结论 IL-1β、IFN-γ可通过调节卵泡发育过程中MMP-2,-9mRNA基因表达来调控卵泡发育过程。     

精氨酸残基和赖氨酸残基对大鼠血红素加氧酶-1催化功能的影响

目的研究和探讨大鼠血红素加氧酶-1(RHO-1)中保守的碱性氨基酸精氨酸残基和赖氨酸残基对该酶催化功能的影响。方法应用定点诱变制备20种RHO-1的变异型酶质粒，其中RHO-1中保守的碱性氨基酸精氨酸和赖氨酸被置换成谷氨酸，将它们在大肠埃希菌中表达并纯化后，用光谱扫描方法在以NADPH-细胞色素P-450还原酶提供电子的模拟体内反应体系下测定变异型酶和野生型酶的活性，从而观察变异型酶的活性是否发生改变。结果变异型酶R35E、K39E、R44E、R136E、K148E、K149E、K153E、R185E和K196E对血红素的降解速度低于野生型酶。结论R35等9个精氨酸残基和赖氨酸残基在参与RHO-1催化血红素降解的反应中对该酶的催化功能有着重要影响。     

新型多金属氧酸盐药物{BiW8O30}对肝癌SK-HEP-1细胞的抑制作用

目的： 研究新型多金属氧酸盐药物{BiW₈O₃₀}对体外培养的肝癌细胞的作用及其机制。方法： 体外培养人肝癌细胞SK-HEP-1,实验组分别给予50、100、200、400 μmol/L的{BiW₈O₃₀}药液,对照组给予正常培养液,培养24和48 h后检测相应指标。采用细胞增殖实验检测细胞存活率并计算{BiW₈O₃₀}对SK-HEP-1细胞的半数抑制浓度（IC₅₀）;细胞集落形成实验检测集落形成数;划痕实验检测划痕愈合率;Transwell实验检测侵袭细胞数变化;荧光染色分析药物对细胞凋亡的影响。结果： 与对照组比较,50、100、200、400 μmol/L的{BiW₈O₃₀}处理24 h后,SK-HEP-1细胞存活率分别降低了29.98%、51.29%、65.81%、83.59%（P<0.01）,48 h后分别降低了31.57%、66.23%、81.88%、83.97%（P<0.01）;IC₅₀分别为24 h时（102.07±1.38）μmol/L,48 h时（74.68±0.91）μmol/L;50、100、200 μmol/L的{BiW₈O₃₀}处理2周后,SK-HEP-1细胞的集落形成数分别降低了28.57%、63.27%、90.82%（P<0.01）;50、100、200 μmol/L的{BiW₈O₃₀}处理24 h后,SK-HEP-1细胞的划痕愈合率分别降低了8.47%、70.59%、80.83%（P<0.01）,48 h后分别降低了19.56%、65.98%、75.49%（P<0.01）;SK-HEP-1的侵袭细胞数在24 h后分别降低了27.74%、45.51%、68.77%（P<0.01）,48 h后分别降低了47.03%、72.20%、84.07%（P<0.01）。荧光染色后观察发现{BiW₈O₃₀}处理后的肝癌细胞皱缩,细胞核固缩、碎裂,出现凋亡小体。结论： 新型多金属氧酸盐药物{BiW₈O₃₀}通过抑制肝癌SK-HEP-1细胞的增殖、集落形成、迁移和侵袭能力以及诱导细胞凋亡发挥体外抗肿瘤作用。