潮汕地区食管癌患者O6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶基因多态性的分析

背景与目的初步研究中国食管癌高发区之一潮汕地区食管癌患者和正常人群O6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶(MGMT)基因编码84、143及160位密码子的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)。材料与方法应用双色荧光杂交微阵列技术分别检测潮汕地区100例食管鳞状细胞癌患者及65例健康对照外周血MGMT基因84位密码子(C2740214T)单核苷酸多态性;用同样的方法检测76例食管鳞状细胞癌患者和50例健康对照MGMT基因143位密码子(A2798995G)、160位密码子(G2799046A)单核苷酸多态性。结果基因型分布符合Hardy-Weinberg定律。统计分析显示食管鳞状细胞癌组与对照组84位密码子2740214C和2740214T等位基因频率差异无统计学意义(P=0.402),2740214CT基因型在病例组和对照组中所占的比例分别为16%和12.3%,2740214TT基因型在病例组中所占的比例是2%。食管鳞状细胞癌组变异基因型拥有者(CT TT)高于对照组,但差异无统计学意义(P=0.327),2740214TT基因型仅见于个别肿瘤患者,而在正常对照中未发现。143位密码子A2798995G位点仅在对照组中发现一例杂合子,其余均为野生型纯合子,病例组与对照组基因型和等位基因频率差异均无统计学意义。160位密码子G2799046A位点检测在所有的病人和对照中均为野生型纯合子。结论潮汕地区食管鳞状细胞癌患者和正常人群中存在MGMT基因多态性,84位密码子C2740214T位点的突变型纯合子仅见于肿瘤患者,可能与食管鳞状细胞癌有关。     

三维聚丙烯酰胺凝胶DNA芯片用于大样本单核苷酸多态分型的方法研究

目的 建立三维聚丙烯酰胺凝胶DNA芯片用于大样本单核苷酸多态(single nucleotide polyrnorphisms,SNP)分型的方法.方法 丙烯酰胺基团修饰的PCR产物与丙烯酰胺单体混合后,在丙烯酰胺基团修饰的玻片上点样进行共聚合,建成三维凝胶DNA阵列;芯片与一对特异探针和一对分别标记了Cy3或Cy5的通用序列标签(Tag1和Tag2)进行杂交;杂交后用施加电场的方法去除非特异吸附和错配,最后通过双色荧光共聚焦扫描进行SNP分型.结果 3-D凝胶芯片不但具有很高的固定效率,而且可以提供高效的杂交环境;通用序列标签的使用木需对每个位点都标记荧光,使检测成本大幅降低;外加电场使得单碱基错配容易识别,且能显著降低芯片的信噪比.结论 基于3-D凝胶的基因芯片技术用于大样本SNPs分型简单易操作,且高通量、高特异性、低成本,该方法将可以更广泛地应用于不同需求的DNA检测中.     

脯氨酸脱氢酶基因单核苷酸多态性与偏执型精神分裂症的关联研究

目的：探讨脯氨酸脱氢酶（PRODH）基因单核苷酸多态性（SNP）与偏执型精神分裂症的关系。方法：应用聚合酶链反应技术及聚丙烯酰胺凝胶芯片技术对中国广东潮汕地区汉族276例偏执型精神分裂症患者与100例正常对照者的PRODH基因4个（2026、1945、1766、1852）SNP位点进行基因型检测,并对分型结果进行测序鉴定。结果：联合统计发现,PRODH基因的4个位点的单倍型频数两组分布差异有统计学意义（P〈0．05）。结论：PRODH基因多态性与偏执型精神分裂症存在关联。PRODH基因可能通过多个多态位点相互作用影响了偏执型精神分裂症的发病风险。     

三维聚丙烯酰胺凝胶DNA芯片用于大样本单核苷酸多态分型的方法研究

目的 建立三维聚丙烯酰胺凝胶DNA芯片用于大样本单核苷酸多态(single nucleotide polyrnorphisms,SNP)分型的方法.方法 丙烯酰胺基团修饰的PCR产物与丙烯酰胺单体混合后,在丙烯酰胺基团修饰的玻片上点样进行共聚合,建成三维凝胶DNA阵列;芯片与一对特异探针和一对分别标记了Cy3或Cy5的通用序列标签(Tag1和Tag2)进行杂交;杂交后用施加电场的方法去除非特异吸附和错配,最后通过双色荧光共聚焦扫描进行SNP分型.结果 3-D凝胶芯片不但具有很高的固定效率,而且可以提供高效的杂交环境;通用序列标签的使用木需对每个位点都标记荧光,使检测成本大幅降低;外加电场使得单碱基错配容易识别,且能显著降低芯片的信噪比.结论 基于3-D凝胶的基因芯片技术用于大样本SNPs分型简单易操作,且高通量、高特异性、低成本,该方法将可以更广泛地应用于不同需求的DNA检测中.     

三维聚丙烯酰胺凝胶DNA芯片用于大样本单核苷酸多态分型的方法研究

目的 建立三维聚丙烯酰胺凝胶DNA芯片用于大样本单核苷酸多态(single nucleotide polyrnorphisms,SNP)分型的方法.方法 丙烯酰胺基团修饰的PCR产物与丙烯酰胺单体混合后,在丙烯酰胺基团修饰的玻片上点样进行共聚合,建成三维凝胶DNA阵列;芯片与一对特异探针和一对分别标记了Cy3或Cy5的通用序列标签(Tag1和Tag2)进行杂交;杂交后用施加电场的方法去除非特异吸附和错配,最后通过双色荧光共聚焦扫描进行SNP分型.结果 3-D凝胶芯片不但具有很高的固定效率,而且可以提供高效的杂交环境;通用序列标签的使用木需对每个位点都标记荧光,使检测成本大幅降低;外加电场使得单碱基错配容易识别,且能显著降低芯片的信噪比.结论 基于3-D凝胶的基因芯片技术用于大样本SNPs分型简单易操作,且高通量、高特异性、低成本,该方法将可以更广泛地应用于不同需求的DNA检测中.     

三维聚丙烯酰胺凝胶DNA芯片用于大样本单核苷酸多态分型的方法研究

目的 建立三维聚丙烯酰胺凝胶DNA芯片用于大样本单核苷酸多态(single nucleotide polyrnorphisms,SNP)分型的方法.方法 丙烯酰胺基团修饰的PCR产物与丙烯酰胺单体混合后,在丙烯酰胺基团修饰的玻片上点样进行共聚合,建成三维凝胶DNA阵列;芯片与一对特异探针和一对分别标记了Cy3或Cy5的通用序列标签(Tag1和Tag2)进行杂交;杂交后用施加电场的方法去除非特异吸附和错配,最后通过双色荧光共聚焦扫描进行SNP分型.结果 3-D凝胶芯片不但具有很高的固定效率,而且可以提供高效的杂交环境;通用序列标签的使用木需对每个位点都标记荧光,使检测成本大幅降低;外加电场使得单碱基错配容易识别,且能显著降低芯片的信噪比.结论 基于3-D凝胶的基因芯片技术用于大样本SNPs分型简单易操作,且高通量、高特异性、低成本,该方法将可以更广泛地应用于不同需求的DNA检测中.