北京地区人Boca病毒全基因组序列及生物信息学分析

目的 了解北京地区人Boca病毒（human Bocavirus，HBoV）的基因组编码特征，并对其基因组编码的非结构蛋白NS1、核蛋白NP-1以及病毒外壳蛋白VP1及VP2的二级结构等特性进行预测分析。方法从已证明为HBoV阳性的2份临床标本BJ3064、BJ3722中应用针对NS1、NP-1、VP1、VP2基因组3′末端的引物对经PCR扩增得到预期片段，将扩增产物直接测序后得到基因组序列；运用生物信息学的方法，对HBoVBJ3064基因组编码的各蛋白的二级结构及其他生物学特性进行了预测分析。结果 测序结果显示HBoVBJ3064及BJ3722基因组序列全长均为5299bp，有4个主要的COS（codmgdomainsequences），分别编码NS1、NP-1、VP1和VP2蛋白。序列同源性比较结果显示BJ3064与BJ3722间基因组序列的同源性达99．9％；与ST1比较，同源性为99．4％-99．5％；与ST2比较，同源性为99．8％；与BPV及MVC比较，同源性低于45％；与细小病毒B19的同源性仅为5％左右；基因组系统进化树分析显示BJ3064、BJ3722与S12在一簇中，ST1属另一簇。NS1、NP-1、VP1及VP2蛋白二级结构中主要为无规卷曲，其他结构如α螺旋、β片层、β转角在不同蛋白中占有不同比例；各蛋白均无明显的跨膜结构域；NS1、NP-1属不稳定蛋白，VP1、VP2属稳定蛋白。结论全基因组序列的确定进一步证明北京地区发现的BJ3064、BJ3722是典型的人Boca病毒，相对于ST1，BJ3064、BJ3722与S12之间进化关系更密切；蛋白二级结构等生物信息学分析将有益于对此新发现病毒的进一步深入研究，如蛋白的表达、分离纯化以及蛋白检测条件的选择等。     

北京市1998-2004年婴幼儿A3型流感病毒分离株HA1基因序列分析

目的 了解1998-2004年北京地区婴幼儿中流行的A3（H3N2）亚型流感病毒血凝素基因HA1区的基因变异特点。方法 提取该期间采集的呼吸道标本中H3N2亚型流感病毒的RNA，经逆转录多聚酶链反应扩增得到HA1区基因片段。通过目的基因的克隆、测序或PCR产物直接测序，进行序列分析。结果 19982004年问北京地区婴幼儿中流行的H3N2亚型流感病毒血凝素HA1区基因均为987bp，编码一个含329个氨基酸的蛋白质。这些H3N2亚型流感病毒血凝素HA1区的核苷酸和氨基酸同源性分别在95．5％～100．0％和93．0％～100．0％之间，分离年份越近同源性越高。在HA1区有7个糖基化位点非常保守，分别位于8、22、38、63、126、165和285位氨基酸。与1997年以前的毒株相比，1997年以后的毒株均在122和133位增加了一个糖基化位点。自1999年以后的毒株均在144位增加了一个糖基化位点。每年流行的毒株都较前一年的毒株出现了位于不同抗原决定簇或者受体结合位点的氨基酸替换。进化分析显示，每年分离的毒株均与以前的毒株出现了不同程度的变化，不断出现新的进化分支。结论 1998—2004年间北京地区婴幼儿中流行的H3N2亚型流感病毒持续不断地发生着点突变，导致抗原性不断发生漂移。加强监测和密切关注其变异动向对防控流感流行有极其重要的意义。     

北京地区Noro病毒主要衣壳蛋白编码基因的序列分析

目的 确定从北京地区婴幼儿腹泻标本中检测到的3株Noro病毒的基因型别及主要衣壳蛋白（VP1）编码基因的特点。方法 从经酶免疫分析法筛选到的Noro病毒阳性的粪便标本中应用RT-PCR方法扩增Noro病毒VP1全基因，克隆到pBS-T载体中并测定核苷酸序列，与GenBank中的其他Noro病毒VP1基因序列进行比较和分析。结果 经过扩增和测序，标本CR2905、CR2932和CR2987的VP1基因全长分别为1620bp、1623bp和1647bp，编码不同大小的蛋白。CR2905和CR2932与GⅡ-4型的氨基酸同源性在80％以上，属于Noro病毒GⅡ基因组（Genogroup）的GⅡ-4型（Geno．type）；CR2987与GⅡ-3型的氨基酸同源性在80％以上，属于Noro病毒GⅡ基因组的GⅡ-3型。CR2905、CR2932与其他GⅡ-4型的变异性在9．1％至12．5％之间，提示为新的变异株。结论 北京地区婴幼儿中存在不同基因型别的Noro病毒的感染，根据基因的同源性分析，CR2905、CR2932可能为GⅡ-4型的新的变异株。     

北京地区2000-2004年分离的呼吸道合胞病毒B亚型株G蛋白基因的序列分析

目的 了解近年来北京地区流行的B亚型呼吸道合胞病毒（BSV）G蛋白的基因特征。方法 2000年冬季至2004年冬季自首都儿科研究所附属儿童医院收集的急性呼吸道感染患儿呼吸道标本，从中分离到B亚型RSV毒株，每年随机选取1至2株毒株，用RT-PCR扩增其G蛋白全基因后克隆至pBS-T载体中，筛选出阳性克隆后测序，并与B亚型标准株（CH18537）和文献报道的毒株序列进行比较分析。结果 所测毒株G蛋白全基因核苷酸长度分别为915、921和981bp，推导的氨基酸长度分别为292、293、312和315从。分离株与B亚型标准株CH18537间存在着明显的差异，CH18537株同分离株间的核苷酸的同源性为91．9％～93．7％，氨基酸的同源性只有85．0％～89．0％。分离株间核苷酸的同源性为93．4％～98．8％，氨基酸的同源性为88．2％～98．6％。氨基酸的变异主要集中在胞外区一个高度保守区的两端，而胞内区和跨膜区相对保守。此外，在进行G蛋白基因分析的8株B亚型分离毒株中，我们发现有3株BSVG蛋白在490～495位核苷酸缺失，3株RSVG蛋白在c末端791位后出现了60个核苷酸的插入，导致C末端259位后出现20个氨基酸的插入。这60个核苷酸与相邻的前60个核苷酸高度重复，只出现3至4个核苷酸的差异。该3株分离株与文献报道的有60个核苷酸插入的两株（S00-4和BA4128／99B）核苷酸和氨基酸同源性分别为97．5％～98．6％和95．5～98．1％，在插入的20个氨基酸中，有高达50％（9～10个氨基酸）左右的丝氨酸和苏氨酸氧连接的糖基化位点。结论 RSVB亚型G蛋白基因变异存在着多样性，分离株既有核苷酸替代，又有基因缺失和插入，还有糖基化位点的改变和氨基酸长度的改变。这种变异使G蛋白高度糖基化，提示最终可能导致病毒抗原性的改变。北京分离的有60个核苷酸插入的变异株与日本及西班牙报道的变异株有非常近的亲缘关系，提示这种G蛋白基因中有60个核苷酸插入的B亚型变异株已经在子代病毒中形成稳定遗传并在世界范围内传播。     

太原地区急性呼吸道人偏肺病毒和人博卡病毒感染患儿临床特征分析

目的了解太原地区急性呼吸道感染(ARTIs)儿童人偏肺病毒(hMPV)与人博卡病毒(HBoV)的感染情况及其临床和流行病学特征。方法采集2012年11月—2013年5月及2013年11月—2014年5月就诊的ARTIs患儿549例,采集咽拭子标本,应用实时PCR方法检测hMPV与HBoV。结果 549例患儿的咽拭子标本中hMPV阳性56例(10.2%),HBoV阳性15例(2.7%)。其中2012年11月—2013年5月hMPV与HBoV检出率分别为12.3%和2.0%,2013年11月—2014年5月hMPV与HBoV检出率分别为6.5%和4.0%,两时间段hMPV检出率差异有统计学意义(P0.05),HBoV检出率差异无统计学意义(P0.05);不同月份hMPV、HBoV检出率差异无统计学意义(P0.05)。hMPV与HBoV均在2岁组中检出率最高。hMPV在喘息性支气管炎与毛细支气管炎患儿中检出率最高。结论太原地区hMPV和HBoV与部分儿童尤其是婴幼儿ARTIs有关,hMPV是诱发部分婴幼儿喘息性疾病的重要病原体之一。     

北京地区住院急性呼吸道感染患儿的病毒病原检测分析

目的了解北京地区住院急性呼吸道感染(ARI)患儿的病毒病原情况。方法取1260例年龄14岁以下住院ARI患儿的鼻咽深部分泌物,用间接免疫荧光及病毒分离法检测呼吸道合胞病毒(RSV)、流感病毒A、B型、副流感病毒1、2、3型及腺病毒等7种常见呼吸道病毒。用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)法对其中490例患儿标本进行肠道病毒(EV)检测。结果1.ARI1260例中,43.33%检测到了病毒病原,7种常见呼吸道病毒检出率36.19%,RSV阳性率最高(23.97%),以冬春季为著,88.08%的RSV阳性为3岁以下小儿。2.EV阳性率16.33%。3.19例存在2种病毒混合感染,均出现在冬春季,16例为RSV并EV感染。4.入选的510例急性呼气性喘息患儿中,3岁以下RSV阳性率最高(43.20%),3岁以上EV阳性率最高(36.11%)。结论1.RSV是北京地区冬春季婴幼儿ARI的主要病原。2.冬春季EV可并RSV等其他呼吸道病毒感染。3.RSV及EV是引起小儿急性喘息性疾病的主要病毒病原。     

北京地区2006年流行的3、7和11型腺病毒部分六邻体基因序列分析

目的 分析2006年北京地区流行的3、7和11型腺病毒(ADV)的部分六邻体基因序列,了解该地区ADV流行型别及六邻体基因变异情况.方法 采集急性呼吸道感染患儿咽拭子或鼻咽分泌物标本,分离病毒及免疫荧光快速抗原检测.对抗原检测和/或病毒分离为ADV阳性的61份标本进行PCR分型检测.随机选取分离到的3株ADV3,3株ADV7和3株ADV11毒株,扩增其六邻体近5′端1278 bp基因片段进行序列分析并与GenBank发表的部分序列进行比较和进化树分析. 结果 61份ADV检测为阳性的标本中,ADV3占60.73%(37/61);ADV7占27.9%(17/61);ADV3和ADV7混合感染占1.6%(1/61);ADV11占4.9%(3/61);非3、7、11和21型4.9%(3/61);未检测到21型ADV.3株.ADV3分离株与2005年广州分离株(AY878716)亲缘关系最近,与其他株比较,3株北京分离株氨基酸的变异位点主要有3个.3株ADV7分离株与1998年日本分离株(AF053086)的亲缘关系最近.与其他株比较,3株北京分离株氨基酸的变异位点主要有1个.3株ADV11分离株与2004年H本分离株(AB162772)的亲缘关系最近(100%),但是这4株(包括日本的毒株)与其他毒株比较其氨基酸的变异位点有12个.相对于3型和7型,11型ADV的变异最大,表现为变异的氨基酸位点的分布较为分散,其次是3型ADV,而7型ADV的变异较小. 结论 2006年北京地区引起婴幼儿急性呼吸道感染的ADV以3型为主,7型为辅,11型较为少见,未发现21型;3、7和11型ADV北京分离株与GenBank中其他序列比较虽然有着较高的同源性,但是还都有一定的核苷酸和氨基酸的变异;变异多发生在抗原决定簇密集的HVR1区和HVR7区.     

常见重症病毒性疾病实验室诊断技术的现状和进展

从早有记载的狂犬病至近年备受关注的艾滋病,再到曾经引起全球恐慌的SARS以及人禽流感,病毒性疾病是威胁人类健康的一类重要疾病。病毒不仅可以引起人类许多严重传染病,而且某些人类肿瘤和慢性病也与病毒感染密切相关。面临21世纪,传染病将是国民健康的严重威胁,在过去的20年中,又发现了30多种新病原,其中一半以上是新病毒[1]。现阶段在发达国家,病毒学诊断已逐渐成为医院里的常规服务,但是大部分病毒诊断项目仍集中在大医院或大的医疗中心。现代的病毒病原学诊断的特点是使用多种方法诊断病毒感染,包括各种免疫学技术、分子生物学技术、…     

我国人副流感病毒3型HN基因的遗传变异及进化特征分析

目的:基于血凝素-神经氨酸酶蛋白(hemagglutinin-neuraminidase,HN)基因分析我国流行人副流感病毒3型(human parainfluenza virus 3, HPIV3)的基因变异规律和进化特征。方法:采用多重荧光PCR方法对2007—2020年5个省市(北京、浙江、安徽、河南、湖南)急性...     

儿童腺病毒肺炎临床及相关危险因素分析

目的通过研究腺病毒肺炎患儿临床表现和各项指标,探讨这些因素对该病预后的影响。方法回顾分析2008年6月-2011年4月52例确诊为腺病毒肺炎患儿的临床资料。并采用单因素和Logistic回归分析,筛选出影响腺病毒肺炎发生呼吸衰竭的可能危险因素。结果 52例患儿男39例,女13例,年龄3岁以下多发。病毒分型主要为3型和7型。24例患儿发生了呼吸衰竭,其中有3例死亡。对15项变量行单因素分析结果显示有8项因素有统计学意义。Logistic多因素分析显示:病变累及肺叶2个、器官功能不全、早期激素治疗是腺病毒肺炎发生呼吸衰竭的独立危险因素。结论动态监测、早期发现、早期干预是腺病毒肺炎减少死亡、改善预后的关键。