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相似文献
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1.
目的 利用网络药理学技术探讨清咳平喘颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法 使用TCMSP、Swiss Target Prediction等数据库预测清咳平喘颗粒的主要成分和其作用靶点,再与CTD、GeneCards数据库得到的COVID-19的疾病靶点交集整合,获得清咳平喘颗粒治疗COVID-19的潜在靶点。借助String平台绘制蛋白质相互作用(PPI)网络及筛选核心靶点,并开展基因本体(GO)注释功能与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。依托Cytoscape软件绘制“成分-靶点-通路”的网络图。采用Autodock分子对接技术将关键靶点与清咳平喘颗粒中关键成分进行验证。结果 共获得261个药物-疾病共同靶点,包括TNF、IL6、ALB、AKT1、VEGFA在内的91个核心靶点。GO富集分析、KEGG富集分析分别共得到条目1 508个、152个,涵盖Toll-like receptor(TLR)信号通路、IL-17信号通路和HIF-1信号通路等。分子对接结果显示,麻黄碱、苦杏仁苷是清咳平喘颗粒抗COVID-19主要活性成分。结论 运用网络药理学得到了清咳平喘颗粒抗COVID-19的作用靶点和通路,为进一步探讨清咳平喘颗粒治疗COVID-19的作用机制提供依据。  相似文献   

2.
目的 探讨金振口服液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子靶点及可能机制。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选金振口服液潜在的入血活性成分与靶点。通过GeneCard数据库检索COVID-19相关的靶点。利用String构建公共靶点的蛋白互作网络。利用Bioconductor数据库进行GO与KEGG富集分析。结果 根据口服生物利用度和药物相似性筛选出141种有效成分。从GeneCard数据库中获得350个与COVID-19直接相关的靶基因,从组分靶点与疾病靶点PPI网络的交叉点获得47个基因。这些基因主要参与细胞内脂多糖反应、氧化应激反应等生物学过程。分子功能主要与细胞因子受体结合、细胞因子活性、受体配体活性等有关。活性物质主要作用于IL-17信号通路、TNF信号通路、甲型流感等信号通路。结论 金振口服液中的化合物可能通过抗病毒、抗炎对新冠病毒导致的感染、炎症以及肺损伤疾病具有潜在的治疗作用。  相似文献   

3.
目的 探索补肺活血胶囊用于新型冠状病毒肺炎(COVID-19)恢复期治疗的潜在作用机制,为其临床用药提供理论指导。方法 通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM、中国知网(CNKI)和Pubmed数据库获得补肺活血胶囊的活性成分及作用靶点;通过GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点,并采用交集法筛选出与补肺活血胶囊活性组分作用的共同靶点,运用Cytoscape 3.7.2构建“中药-化合物-靶点”网络,并通过String数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;通过DAVID数据库进行KEGG通路和GO功能富集分析,并运用R version 3.6.3软件将结果进行可视化;采用AutoDock Tools 1.5.6、AutoDock vina 1.1.2进行分子对接研究。结果 从补肺活血胶囊中共筛选出潜在活性成分32个,对应靶点203个,核心化合物11个,核心靶点52个;PPI网络分析获得补肺活血胶囊干预COVID-19关键作用靶点25个;GO及KEGG富集分析得出与补肺活血胶囊治疗COVID-19作用相关的生物过程251个(P<0.05),相关信号通路93条(P<0.05);分子对接结果显示补肺活血胶囊核心化合物与新型冠状病毒(SARS-CoV-2) 3CL水解酶和血管紧张素转化酶II(ACE2)具有较好的亲和。结论 补肺活血胶囊含有的核心化合物可作用于IL6、MAPK8、PTGS2、PTGS1、NCOA2等靶点,调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19恢复期的治疗作用。  相似文献   

4.
目的 通过网络药理学和分子对接技术初探新加香薷饮治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在活性成分、靶点、通路及分子机制。方法 从TCMSP数据库和文献挖掘收集新加香薷饮中的香薷、金银花、连翘、厚朴和扁豆花的化学成分,以TCMSP数据库和Swiss Target Prediction获取靶点,输入STRING数据库获取靶点对应的标准基因名,运用DAVID6.8进行GO富集、KEGG通路富集和组织富集分析,采用Cytoscape 3.8.0和R语言作图。从PDB数据库下载新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL和ACE2的晶体结构,利用AutoDock Vina、Pymol和Discovery Studio软件进行分子对接。结果 从新加香薷饮中获得49个活性成分和321个靶点,发现了33条与治疗COVID-19相关的通路,包括肺病相关通路、病毒相关通路以及炎症-免疫相关通路,并发现了RELA、MAPK1、IL6、AKT1、MAPK8、TNF等6个基因可能与治疗COVID-19密切相关。通过分子对接发现金圣草黄素、绿原酸、咖啡酸、厚朴酚、和厚朴酚、麝香草酚、香荆芥酚与SARS-CoV-2 3CL和ACE2具有较高的亲和力。结论 中药治疗疾病是通过多组分、多靶点和多途径共同的结果,新加香薷饮具有治疗COVID-19的潜力。  相似文献   

5.
目的 采用网络药理学方法,揭示菊苣抗高脂血症的活性成分、潜在药物靶点和作用机制。方法 通过公共数据库中获取菊苣的活性成分、潜在药物靶点以及高脂血症的相关基因,并结合相关软件进行网络药理学分析,包括蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)、基因本体(GO)分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析。结果 从TCMSP数据库共筛选菊苣活性成分12个,包括β-谷甾醇、木犀草素等核心成分,涉及相关基因靶点156个。PPI网络涉及56个潜在药物靶点,Degree值排名前5的核心靶点分别是AKT1、IL6、TP53、TNF、VGEFA。GO功能分析共获得269个条目(P<0.05),KEGG通路富集得到71条信号通路(P<0.05),包括VEGF信号通路、脂肪细胞因子信号通路、细胞凋亡等通路。结论 菊苣抗高脂血症是多成分、多靶点、多通路的综合效应,其机制可能与参与脂质合成、炎症反应、细胞凋亡等过程相关。  相似文献   

6.
目的 采用网络药理学与分子对接技术探讨热毒宁注射液抗严重急性呼吸综合征(SARS)、中东呼吸综合征(MERS)和新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在共性作用机制与活性成分。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)数据库检索热毒宁注射液中青蒿、金银花、栀子的主要化学成分及其作用靶点。运用UniProt数据库查询相关靶点对应的基因,通过Cytoscape 3.8.2构建中药材-化合物-靶点(基因)网络;在GeneCards数据库中搜集“COVID-19”“SARS”和“MERS”相关靶点,通过Venny 2.1.0数据库映射筛选出3种冠状病毒感染疾病的共有靶点;将SARS、MERS和COVID-19的共有靶点与热毒宁注射液化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点;将共同靶点导入STRING数据库获取数据后,使用Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)的网络图;利用R语言进行基因本体论(GO)生物学功能富集分析及京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,绘制柱状图及气泡图进行可视化分析,并构建成分-靶点-通路网络图;选取成分-靶点-通路网络中关键化合物与重要靶点蛋白及新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶、血管紧张素转化酶II(ACE2)进行分子对接。结果 热毒宁注射液筛选得到31个活性化合物中,207个相应作用靶点;SARS相关靶点2 453个,MERS相关靶点805个,COVID-19相关靶点2 571个,3种疾病共有靶点786个,与热毒宁注射液的共同靶点11个,分别为HSPA5、CRP、MAPK1、HMOX1、TGFB1、HSP90AA1、TP53、DPP4、CXCL10、PLAT、PRKACA。GO功能富集分析得到生物进程(BP) 995个,分子功能(MF) 71种,细胞组分(CC)31种。KEGG通路富集分析筛选得到99条信号通路(P<0.05),主要涉及前列腺癌、流体剪切应力和动脉粥样硬化、肝细胞癌、癌症中的蛋白多糖、脂质与动脉粥样硬化、人类T细胞白血病病毒1型感染、MAPK信号通路等。分子对接结果显示热毒宁注射液中槲皮素、木犀草素、山柰酚3种核心活性黄酮类化合物与关键靶点MAPK1、PRKACA、HSP90AA1具有很好的亲和力,并且3种活性化合物与SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2结合能较推荐化学药小。结论 热毒宁注射液对SARS、MERS和COVID-19 3种疾病具有潜在共性作用,该作用可能与活性化合物槲皮素、木犀草素、山柰酚等作用于MAPK1、PRKACA、HSP90AA1等靶点,调节多种信号通路发挥抑制炎症风暴、调节免疫功能、抗病毒等作用有关。  相似文献   

7.
目的 基于网络药理学方法探讨柴胡达胸合剂治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在药理作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选柴胡达胸合剂活性成分和对应的作用靶点,并通过Uniprot数据库标准化靶点名称;在GeneCards和OMIM数据库检索冠状病毒相关基因,并与柴胡达胸合剂作用靶点取交集,筛选出治疗作用靶点;利用Cytoscape 3.7.2软件,构建和分析“药材-活性成分-靶点”网络图;通过String平台分析靶点蛋白相互作用,并使用R软件的相关包进行GO基因注释和KEGG信号通路分析。结果 筛选出165个有效成分和51个作用靶点,进一步分析发现主要活性成分为β-谷甾醇和11个黄酮类化合物,核心作用靶点为CASP3、MAPK3、IL-6、MAPK8、IL-10、CXCL8、MAPK1、IL-1B等。GO基因注释得到GO条目共1 722个(P<0.05),其中生物学过程条目1 612个,细胞组成条目30个,分子功能条目80个。KEGG信号通路筛选出信号通路156条(P<0.05),富集基因较多的信号通路为糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、甲型流感、IL-17信号通路、TNF信号通路和乙型肝炎。结论 该研究初步揭示了柴胡达胸合剂多成分、多靶点、多通路对COVID-19发挥治疗作用的特点,为进一步阐明柴胡达胸合剂治疗COVID-19的药理作用机制提供理论依据。  相似文献   

8.
目的 运用网络药理学和分子对接方法,预测荆防败毒散预防新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性成分,为临床用药提供参考。方法 通过中药系统药理学分析平台,检索荆防败毒散组方中所有药材的化学成分和作用靶点。通过Uniprot数据库校正靶点对应的基因,利用Cytoscape软件构建药材-成分-靶点网络并进行可视化处理,利用疾病数据库检索COVID-19相关的靶点,筛选出重合的靶点,通过String数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络。通过Metascape进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,通过分子对接,计算核心成分在预防新型冠状病毒肺炎的作用强度。结果 限定筛选条件为口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18,共得到荆防败毒散的159个活性成分和277个靶点,与获得的273个COVID-19相关的靶点取交集,得到55个核心靶点;对核心靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,得到GO条目1376个和136条信号通路,涉及感染性疾病、癌症、细胞进程、免疫系统、信号等通路。分子对接结果显示荆防败毒散核心成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶、血管紧张素转化酶II(ACE2)具有较强的结合能力,结合形式有氢键、疏水作用。结论 荆防败毒散中的活性成分能通过抑制新型冠状病毒(SARS-CoV-2)蛋白,ACE2结合,通过对多靶点、多通路的作用发挥对COVID-19的防治作用。  相似文献   

9.
目的 采用网络药理学方法探讨痰咳净方治疗呼吸系统的潜在作用机制,并对其防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可能性进行评估。方法 通过TCMSP、Swiss Target Prediction、OMIM等在线数据库收集痰咳净方有效化学成分、成分作用靶点及相关疾病信息。采用Cytoscape 3.7.1构建化合物-靶点网络和靶点-疾病网络。将上述靶点用String 10.0数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络的构建并筛选出核心靶点,最后利用DAVID 6.8数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制。结果 共筛选出49个主要活性成分,与呼吸系统相关靶点85个,针对疾病19种。PPI网络发现关联度较高的靶点有AKT1、IL-6、MAPK1、PTGS2、VEGFA、TNF、EGFR、STAT3、CCND1、MMP9、JUN、IL-10、ESR1等。基因本体(GO)条目1 793个,其中生物过程相关的条目1 555个,分子功能相关的条目134个,细胞组成相关的条目104个。靶点对应的信号通路为137条,涉及炎症性通路、病毒相关通路、免疫调节性通路、信号转导性通路、肿瘤相关通路及内分泌代谢通路等。结论 研究初步证明痰咳净方通过作用于ADCY2、AKT1、CASP8、CCND1、TNF、CASP8、IFNG、IL-4、IL-6等靶点调节人巨细胞病毒感染通路、IL-17信号通路、FoxO信号通路、HIF-1信号通路、人T细胞白血病病毒感染、TNF信号通路等多条信号通路,来发挥对COVID-19的防治作用。  相似文献   

10.
目的 通过网络药理学、分子对接和分子动力学模拟(MD)探讨黄连治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法 利用TCMSP和UniProt数据库获取黄连活性成分及其对应靶点,经GeneCards、OMIM、Drugbank、TTD、DisGeNET数据库筛选溃疡性结肠炎相关靶点,利用Venny 2.1.0获取黄连和溃疡性结肠炎的交集靶点,并上传String 11.0数据库绘制蛋白相互作用(PPI)网络图。通过Cytoscape3.9.0的Cyto Hubb插件和“药物活性成分–靶点–通路网络图”筛选核心靶点。借助Metascape数据库对交集靶点进行基因本体功能注释(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过Autodock Tools 1.5.6软件将活性成分与核心靶点进行分子对接。用分子动力学模拟法验证最佳结合模型的稳定性。结果 共筛选出黄连7个活性成分及其137个靶点,溃疡性结肠炎1 258个相关靶点和81个交集靶点。核心靶点包括蛋白激酶B1(Akt1)、B淋巴细胞2(BCL2)、有丝分裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)等。生物过程包括无机物的反应、细胞因子受体结合等。KEGG通路富集主要包括MAPK信号通路等。分子对接结果显示,黄连的核心活性成分能够很好地与关键靶点结合。MD进一步验证了能量结合最好的小檗碱与白细胞介素(IL)-1β的结合能为−36.19 kJ/mol。结论 黄连可能通过多成分、多靶点及多通路参与溃疡性结肠炎的治疗。  相似文献   

11.
目的: 通过网络药理学和分子对接技术,探讨血必净注射液治疗新冠肺炎(COVID-19)的潜在分子机制。方法: 采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库收集血必净对应的化合物成分和作用靶点,选用GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点;获取血必净注射液与COVID-19的共同作用靶点,采用STRING数据库构建蛋白互作网络图,运用Cytoscape软件对网络图进行可视化分析获取关键靶点;DAVID数据库对共有靶点进行GO (gene ontology)和KEGG (Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析,通过Cytoscape软件构建血必净注射液"成分-靶点-疾病"网络图。采用AutoDock Tools对血必净注射液核心成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶蛋白和血管紧张素转换酶II (ACE2)进行分子对接,并通过PyMOL软件进行可视化处理。结果: 共筛选出血必净注射液中5种药材对应的270个对应靶点,与COVID-19有52个共表达靶点。GO富集分析得到160个生物过程,KEGG分析得到112条信号通路。分子对接表明,血必净注射液中槲皮素、β-谷甾醇、木犀草素为degree较高的活性成分,与3CL水解酶和ACE2具有较强的结合能力。结论: 血必净注射液可能通过槲皮素、β-谷甾醇、木犀草素等成分调节IL6、CCL2、TNF、PTGS2等核心基因参与COVID-19的治疗,同时也说明血必净注射液可通过"多成分-多靶点-多途径"发挥对COVID-19的治疗作用。  相似文献   

12.
目的 探讨宣肺败毒方对冠状病毒感染治疗作用的有效成分、作用靶点、信号通路等,从而阐释其作用机制。方法 利用Cytoscape构建了宣肺败毒方的药物–性–味–归经网络。采用TCMSP数据库、SwissADME数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选宣肺败毒方的有效成分和相关靶点,通过GeneCards数据库和CTD数据库收集严重急性呼吸道疾病(SARS)、2012年的中东呼吸综合征(MERS)和新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的疾病靶点,将药物靶点和疾病靶点取交集,利用Cytoscape软件构建网络;运用String数据库,对潜在靶点进行蛋白相互作用(PPI)网络模型构建;通过Metascape数据库对潜在靶点进行GO和KEGG富集分析,并且用Cytoscape构建网络。结果 宣肺败毒方中有10种药材与肺经有关。从中筛选出167个活性成分和242个潜在作用靶点,核心药物为甘草、麻黄、青蒿、马鞭草、虎杖,核心成分为槲皮素、豆甾醇、山柰酚、木犀草素、异鼠李素等,核心靶点为AKT1、IL-6、TP53、VEGFA、TNF等,可能的作用机制与PI3K-Akt signaling pathway、HIF-1 signaling pathway和TNF signaling pathway等多个信号通路有关。结论 通过网络药理学探讨了宣肺败毒方对SARS、MERS和COVID-19的潜在共同作用机制,体现了中药多成分、多靶点、多途径的作用特点。  相似文献   

13.
目的 以中医“异病同治”理论为依据,采用网络药理学与分子对接方法探讨化肝煎“异病同治”失眠、慢性萎缩性胃炎和胃食管反流病的作用靶点及可能作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)等中药化合物数据库结合文献挖掘获取化肝煎的化学成分和作用靶点;结合GeneCards、OMIM、PharmGKB、DRUGBANK、TTD数据库获取化肝煎治疗失眠、慢性萎缩性胃炎和胃食管反流病的作用靶点。采用Cytoscape软件绘制化肝煎中药-成分-靶点网络,利用Venny软件得出相关交集基因。基于Cytoscape软件绘制化肝煎-成分-靶点可视化网络图,借助STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质相互作用(PPI)网络,分析获得核心作用靶点。采用Metascape平台工具对其进行基因本体论(GO)注释及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用AutodockTools软件对化肝煎主要活性成分与疾病作用靶点进行分子对接。结果 筛选得到化肝煎化学成分56个,疾病靶点:失眠438个,慢性萎缩性胃炎868个,胃食管反流病4 252个,以及20个药物成分和疾病共同靶点。PPI网络中关键蛋白排名靠前的靶点为IL6、NCF1、PTGS2、CRP、MPO、PPARG、TNF等。获得GO富集分析结果排名靠前的有452种生物过程(BP)、19种分子功能(MF)、6种细胞组分(CC),KEGG信号通路主要有6条信号通路。分子对接结果显示关键成分与对应靶点具有较好的结合活性。结论 化肝煎治疗失眠、慢性萎缩性胃炎和胃食管反流病可能涉及TNF、IL6、PTGS2、PPARG、CRP等为代表的核心靶点,其实现异病同治的作用可能与脂质信号通路调控炎症、细胞因子反应等有关。  相似文献   

14.
BackgroundThe drug hydroxychloroquine (HCQ) is widely used to treat rheumatoid arthritis (RA) and has been repurposed for the treatment of COVID-19. This study aims to determine whether HCQ concentration levels in individuals with RA alter the incidence of COVID-19 or its complications.MethodsWe collected plasma samples from 13 individuals with confirmed rheumatoid arthritis (RA) to measure HCQ concentration levels. The study included individuals at least 18 years old who had been taking HCQ for at least six months at daily doses ranging from 200 to 400 mg.ResultsThe study enrolled a total of 13 RA patients. All patients were chronic HCQ users. Among the 13 patients, 7 patients were receiving HCQ at a dose of 200 mg per day, and 6 patients were receiving HCQ at a dose of 400 mg per day. COVID-19 confirmed cases accounted for approximately 46% of all patients. Half of the infected patients (n = 3) were taking a daily dose of 200 mg daily, while the other half were taking 400 mg daily. COVID-19 symptoms ranged from mild to moderate, and the intensity of the symptoms was not severe enough to necessitate hospitalization. COVID-19 symptoms in RA patients included headache, fever, fatigue, dry cough, and loss of taste or smell.ConclusionsOur findings indicated that there was no correlation between HCQ concentrations in rheumatoid arthritis patients and the occurrence of COVID-19 or its complications.  相似文献   

15.
目的 筛选藿朴夏苓汤治疗早期新型冠状病毒肺炎(COVID-19)湿邪郁肺证的物质基础,预测其作用机制。方法 查阅文献及临床报道分析藿朴夏苓汤与早期COVID-19湿邪郁肺证的方证关系。运用TCMSP数据库筛选藿朴夏苓汤中潜在活性成分,将活性成分与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶、血管紧张素转化酶II(ACE2)进行分子对接,根据结合能筛选与两者均有较好结合作用的核心成分。借助Cytoscape软件构建关键成分靶点蛋白互作网络,筛选出核心靶点;通过STRING数据库进行核心靶点的GO分析,Cytoscape软件ClueGO插件进行Pathway、KEGG富集分析。结果 方证关系分析藿朴夏苓汤用于治疗早期COVID-19湿邪郁肺证,筛选出藿朴夏苓汤中潜在作用成分12个,核心靶点67个。其中通草中的通脱木皂苷元I,茯苓、猪苓中的过氧麦角甾醇,半夏中的黄芩苷与SARS-CoV-2 3CL水解酶、ACE2均具有较好的结合活性。GO、Pathway、KEGG富集分析结果显示藿朴夏苓汤中12个潜在作用成分参与调节刺激反应、信号转导、细胞死亡等生物过程以及白介素信号通路、癌症EGFR信号通路、酪氨酸激酶信号转导途径、编程性细胞死亡途径、MAPK信号通路等。结论 藿朴夏苓汤以化湿解毒、宣肺透邪治疗早期COVID-19湿邪郁肺证患者,菲酮、黄芩苷、酸枣仁皂苷、啤酒甾醇、常春藤皂苷元、过氧麦角甾醇、柠檬二烯醇、麦角甾-7,22-二烯-3-酮、通脱木皂苷元I、泽泻醇B-23-醋酸酯、泽泻醇B、新橙皮苷可能为其主要的物质基础,通过阻断SARS-CoV-2病毒蛋白合成,阻止病毒进入宿主细胞,通过调控白介素信号通路、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、T细胞受体信号通路、C型凝集素受体信号通路,抑制相关炎症因子的表达发挥作用。  相似文献   

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