中国新型布尼亚病毒分离株序列基因特征分析

目的分析中国新型布尼亚病毒分离株的基因型分布和进化规律,了解分子流行病学特征。方法利用MEGA6.0软件,对GenBank数据库收录的中国地区分离株的完整S片段基因序列进行分析,构建系统进化树,并分析毒株间的核苷酸和氨基酸的同源性。结果在GenBank数据库收集到248株中国地区新型布尼亚病毒分离株,主要为人源毒株232株,占93.55%,核酸和氨基酸序列同源性分别为94.9%~96.8%和91.4%~95.2%;系统进化树分析显示中国地区流行优势株为C2基因亚型,占58.06%;5种亚型的核苷酸序列和氨基酸序列同源性为94.9%~96.8%、91.4%~95.2%,同亚型毒株核苷酸序列和氨基酸序列同源性为96.3%~99.1%、96.8%~98.6%。与汉坦病毒属和白蛉病毒属亲缘较远,毒株核苷酸序列同源性分别为39.3%~40.2%和47.3%~48.1%,氨基酸序列同源性13.6%~14.4%和22.5%~23.9%。人源毒株与宿主动物分离株高度同源,核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为96.3%~97.1%和94.0%~95.7%。结论我国近年来新型布尼亚病毒流行毒株以基因亚型C2为主,存在多种基因亚型间循环交替流行。     

随机引物聚合酶链反应法鉴定2例无菌性脑炎的未知病毒

目的建立一种可应用于准确检测未知病毒的分子生物学方法。方法2例无菌性脑炎患者的脑脊液,接种人横纹肌肉瘤细胞,收集感染细胞液,将细胞液离心去除细胞碎片,超速离心沉淀病毒颗粒后,用脱氧核糖核酸酶处理,提取核酸后,用随机引物进行聚合酶链反应（Polymerase Chain Reaction,PCR）扩增,将扩增产物克隆至pGEM-TEsay载体中测序,序列通过BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）最终确定未知病毒。结果经BLAST比对证明,该病毒是人类肠道致细胞病变孤儿病毒4型。结论成功建立了一种基于随机引物PCR的未知病毒鉴定方法,为快速检测不明原因疾病和新发传染病病原提供了新的技术方法。     

福建省一起流行性腮腺炎爆发的病毒分离及基因特征分析

目的对福建省一起流行性腮腺炎(腮腺炎)爆发疫情进行病毒分离,了解其基因特征。方法应用非洲绿猴肾细胞分离病毒,逆转录-聚合酶链反应扩增小疏水蛋白(Small Hydrophobic Protein,SH)基因片段,测序并分析其基因特征。结果从爆发点采集的4例标本中,分离到3株腮腺炎病毒,均属于G基因型。此福建株与国内其他省流行的F基因型病毒株核苷酸差异性>9%,与S(上海,Shanghai)79疫苗株SH基因核苷酸差异17.6%,与1999～2005年英国流行的G2基因亚型病毒株核苷酸同源性最高(97.4%～99.8%)。结论此起爆发为G基因型腮腺炎病毒引起,是否为输入性病毒?目前在中国使用的疫苗所产生的抗体能否完全阻断?需进一步加强监测。     

柯萨奇病毒B组3型四川分离株的基因特征分析

目的了解从四川省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例和手足口(hand-foot-and-mouth disease,HFMD)病例中分离到的柯萨奇病毒B组3型(Coxsackievirus B3,CVB3)的基因特征,探索其变异规律及在四川省的传播动态。方法对2008—2020年AFP病例和2013—2019年非肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV 71)和柯萨奇A16型(Coxsackie virus A16,CVA 16)感染的HFMD病例标本进行细胞分离培养,血清学鉴定,全VP1基因序列的测定及核苷酸同源性和遗传进化的分析,用MEGA6.0软件以邻位连接法构建遗传进化树,bootstrap检验1 000次;以Kimura 2参数方法计算基因型间遗传距离。结果从2008—2020年4 378份四川省AFP病例标本中分离鉴定到13株CVB3,从2013—2019年四川省454份非EV 71和CVA16感染的HFMD病例标本中分离鉴定到1株CVB3。14株CVB3四川分离株之间核苷酸同源性为84.4~98.8%,氨基酸同源性为84.1~100.0%。14株CVB3均属于G基因型,其中11株在G1基因亚型,3株在G2基因亚型。结论四川省存在CVB3病毒的多条传播链,流行趋势呈现周期性变化;G1、G2两种基因亚型在四川省同时流行,G1基因亚型为四川省CVB3的优势基因亚型。     

2011—2018年上海市金山区手足口病病原学监测结果及柯萨奇病毒A6型分离株VP1基因特征分析

目的 了解2011—2018年上海市金山区手足口病病原学特征,分析柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus A6, CoxA6)VP1基因特征,为手足口病防控提供理论依据。 方法 对2011—2018年金山区手足口病监测病原学检测情况进行统计分析。CoxA6病毒分离株进行VP1基因核苷酸序列测序,分析其同源性并构建系统进化树。 结果 2011—2018年金山区共采集手足口病例标本1 207例,病原学检测阳性703例,阳性率为58.24%(703/1 207);病原学构成为CoxA6 254例(36.13%)、CoxA16 217例(30.87%)、EV71 162例(23.04%)、CoxA10 18例(2.56%)和其他肠道病毒52例(7.40%)。2011—2013年,EV71、CoxA16、其他肠道病毒为优势病原;2014年起,CoxA6逐渐成为优势病原,2018年占病原学构成达85.43%。EV71发病呈单峰分布,高峰出现在5月;CoxA16呈双峰分布,主高峰出现在6月,次高峰出现在11月;CoxA6呈双峰分布,主高峰出现在11月,次高峰出现在7月。监测点监测2013年出现CoxA6型,疫情监测2014年出现CoxA6型。监测点监测,EV71,CoxA16和CoxA6病原年龄分布主要集中在1~5岁,其中CoxA6还主要集中在7~12岁。疫情监测,EV71、CoxA16、CoxA6病原分布主要集中在小班和中班,其中CoxA6病原分布还集中在小学。基因分析表明,2017—2018年金山区流行的CoxA6型病原基因特征为E2亚型。 结论 2011—2018年金山区手足口病的优势病原已由EV71、CoxA16转变为CoxA6 E2亚型为主。应进一步加强病原监测,尤其加强对7~12岁组病原的监测,及时发现新病原,为落实综合性防控手足口病预防措施提供依据。     

人呼吸道合胞病毒分离株基质蛋白基因特征分析

目的 阐明人呼吸道合胞病毒（Human Respiratory Syncytial Virus,HRSV）A、B亚型病毒分离株的基质蛋白（Matrix Protein,M）编码基因特征。方法采用逆转录-聚合酶链反应（Reverse Transciption-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR）对北京市2004年分离的HRSV代表株（A、B亚型各2株）进行M基因全长序列扩增、测序,并和基因库下载的所有HRSV的M基因全长序列进行对比和分析。结果2株HRsVA亚型分离株与A亚型Long株（标准株）M基因之间的核苷酸和氨基酸差异,分别为24、26个（3．1％～3．4％）和1个（0．39％）。2株HRSVB亚型分离株与B亚型参考株9320的M基因之间的核苷酸和氨基酸差异,分别为16、19个（2．1％、2．46％）和2、1个（0．78％、0．39％）。所测定的北京市4株HRSV分离株和从基因库下载的M基因全序列之间的核苷酸和氨基酸差异,分别为24～119个（3．1％～15。4％）和1～21个（0．39％～8．2％）。结论M基因在HRSV基因组中是较为保守的基因之一,A或B亚型的型内差异相对较小;但A、B亚型之间有较大差异,变异平均分配于整个M基因中。M基因的这些基因特征使其可以作为A、B亚型基因检测分型诊断的候选靶基因。该研究为HRsV基因快速诊断试剂的研制提供了基因信息学数据。     

山东省1997—2006年戊型病毒性肝炎流行特征分析

目的了解戊型肝炎的发病趋势和分布特征，为制定防制措施提供依据。方法对山东省1997—2006年法定传染病报告系统戊型肝炎疫情资料进行分析。结果戊型肝炎报告发病率呈逐年上升趋势，10年内上升了22倍。沿海地区发病率较高，其中烟台市最高，年均发病率为3.43／10万；3月份和4月份报告病例较多，分别占全部病例的15．79％和12．80％。发病以成人为主，20岁以下病例仅占1．32％，且40岁以上病例所占比例有逐年上升趋势；农民病例较多，占总病例的55．36％。结论应进一步加强戊型肝炎的监测和控制工作。     

2008年福建省肠道病毒71型分离株的遗传特征分析

[目的]分析福建省流行的肠道病毒71（Enterovirus71,EV 71）分离株的遗传特征。[方法]对2008年手足口病例（HFMD）EV 71分离株进行RT-PCR扩增全长VP1基因,测序并分析病毒遗传学特征。[结果]从福州、泉州及龙岩3地市散发的手足口病例中分离到8株EV 71,种系发生树显示2008年福建与阜阳分离株和中国大陆1998年以来的病毒株均为C4亚型,至少分为4个谱系（lineages）。8株福建分离株核苷酸与氨基酸同源性分别为97.4%-100%和99.3%-100%,与Genbank安徽阜阳的5株分离株病毒同源性最高,核苷酸与氨基酸序列同源性为97.6%-99.5%和96.4%-99.3%,其中福建株HF08-17、HS08-140与阜阳分离株同源性为99.2%-99.5%,为同一传播链上的病毒;福清市2分离株（HA08-68和HA08-69）以及长汀县3株（HA08-124,HS08-139和HS08-140）病毒间核苷酸差异性为2.1%-2.2%,说明同一地区存在不同传播链。[结论]2008年福建省EV 71分离株均属于C4亚型,C4亚型病毒在中国大陆具有多传播链、广泛快速传播的特点;福建省内存在亲缘关系较近的EV71多传播链病毒同时流行,应加强监测与分析。     

江苏省M_1型伤寒沙门氏菌的分子流行病学特征

选择江苏省各地 1988～ 1997年分离到的 2 6株M1型伤寒菌进行AP -PCR分析。结果 2 6株M1型伤寒菌被引物 2 2 732、2 2 733和 2 2 734共同划分为 7种不同的基因型别。将菌株的基因型别与流行病学资料分析相结合 ,发现在江苏省伤寒呈现高强度流行的 80年代末至 90年代初 ,M1型菌株呈现高度的基因多态性表现 ,而在江苏省伤寒流行强度较低的近几年 ,M1型菌株的基因多态性表现则明显减弱。     

江苏省M1型伤寒沙门氏菌的分子流行病学特征

选择江苏省各地1988～1997年分离到的26株M₁型伤寒菌进行AP-PCR分析.结果26株M₁型伤寒菌被引物22732、22733和22734共同划分为7种不同的基因型别.将菌株的基因型别与流行病学资料分析相结合,发现在江苏省伤寒呈现高强度流行的80年代末至90年代初,M₁型菌株呈现高度的基因多态性表现,而在江苏省伤寒流行强度较低的近几年,M₁型菌株的基因多态性表现则明显减弱.     

2004年、2007年山东省暴发点分离的流行性腮腺炎病毒株SH基因序列分析

[目的]探讨山东省流行性腮腺炎病毒（MuV）流行株的基因型分布及变异情况。[方法]2004年、2007年,分别从1个流行性腮腺炎暴发点中,采集疑似病例血清标本进行实验室早期诊断,同时采集患者腺管分泌液进行病毒分离,并将分离的病毒株进行SH基因序列分析。[结果]2004年（2株）、2007年（3株）分离的5株MuV野毒株均为F基因型,各株间核苷酸最大差异为3.9% 与F基因型代表株WLZ1CNA95（兰州）、WSJ1CNA9（上海）核苷酸的最大差异分别为3.9%、7.7% 与其他各型（B～L）的核苷酸最大差异为17.7% 与疫苗株的基因差异为17.4%。[结论]2004年以来,山东省流行的MuV优势株为F基因型,未发现病毒基因型间变异,基因型内变异趋势明显。     

吉林省首次分离的流行性腮腺炎野病毒及基因型鉴定

目的对吉林省2008年一起流行性腮腺炎（腮腺炎）爆发疫情进行病原学监测,观察是否出现典型的致细胞病变效应（Cytopathic Effect,CPE）,并进行病毒核酸和基因型鉴定。方法采集病人的咽拭液,接种于生长良好的Vero/SLAM细胞（淋巴信号激活因子转染的非洲绿猴肾细胞）,观察是否出现CPE,对三代病毒分离液采用逆转录-聚合酶链反应进行核酸鉴定,采用序列分析进行基因型鉴定。结果在采集到的15份标本中,有3份标本在Vero/SLAM细胞上可见到三种不同的典型CPE,6份标本核酸扩增为阳性,序列分析结果显示均为F基因型。结论在同一起爆发中,由同一株腮腺炎病毒引起的不同腮腺炎病例,虽然核苷酸序列完全一致,但所分离出的病毒在Vero/SLAM细胞上可表现为非常明显的不同类型的CPE。     

吉林省2012年风疹野病毒分离株的基因特征分析

目的了解致吉林省2012年多起风疹爆发及散发的风疹病毒（Rubella Virus,RV）的基因型和特征。方法对采集的患者咽拭子标本进行病毒分离,通过逆转录．聚合酶链反应及序列分析方法、利用生物信息学软件确定基因型。结果30株RV核酸鉴定呈现阳性,基因型鉴定均为1E基因型,与世界卫生组织RV1E基因型参考株、中国RV编号为RVIDezhou（德州1）CHN（China,中国）021E的核苷酸同源性为97．9％～98．6％,氨基酸同源性100％。结论吉林省2012年多起风疹爆发及散发均由1E基因型的Rv引起,为吉林省RV分子流行病学研究提供了基础资料。     

Molecular Characterization of Echinococcus granulosus from Hydatid Cysts Isolated from Human and Animals in Golestan Province,North of Iran

Background

The aim of the present study was to determine the molecular characteristics of Echinococcus granulosus from paraffin-embedded tissues of hydatid cysts isolated from human and protoscoleces of hydatid cysts from sheep, cattle and camel isolates using PCR- RFLP of ITS1- rDNA analysis in Golestan Province, northern Iran.

Methods

E. granulosus isolates from human patients infected with hydatid cyst and protoscoleces from hydatid cysts of sheep, cattle and camel isolates were collected from different hospitals and the abattoir throughout the Golestan Province. In all, 60 E. granulosus genomic DNA were extracted and examined by PCR - ITS1 of rDNA and amplified using BD1 / 4S and EGF1 / EGR2 primers, followed by RFLP using Alu1, Msp1 and TaqI restriction enzymes.

Results

The PCR-ITS1 products obtained from sheep, cattle and human isolates were similar to sheep strain (1000 bp and 391 bp). Majority of the camel samples yielded 295 bp DNA bands. RFLP -ITS1 of E. granulosus with Taq1 in human, sheep and cattle isolates showed similar patterns in the number and size of DNA. RFLP methods in camel isolates showed a different genotype, using Taq1, whereas no DNA bands were observed using Alu1 in camel and human isolates. Therefore, two clearly distinguishable banding patterns of E. granulosus were obtained with the three enzymes, which separating human, sheep and cattle isolates from the camel origin.

Conclusion

The results indicate the possible of transmission of the G1 and G6 genotypes of E. granulosus between livestock animals and human in Golestan Province.     

2010年山东省免疫规划人力资源配置状况调查

[目的]了解山东省各级免疫规划人力资源配置状况,为科学配置免疫规划人力资源提供参考依据。[方法]对山东省2010年各级疾病预防控制机构免疫规划人力资源相关情况进行调查。[结果]2010年山东省各级从事免疫规划人员合计14968人,其中省级25人,市级116人,县级751人,乡级14076人,每万服务人口配置各级人员分别为0.003、0.012、0.079、1.486人。全部人员中,男性占43.67%,女性占56.33%;30～49岁的10614人,占70.91%;大专及以上学历者7675人,占51.28%;中级及以上职称者3683人,占24.61%;从事免疫规划工作≥5年的11371人,占75.97%。[结论]山东省免疫规划人员数量不足,素质不高,市、县两级免疫规划人员尤其明显。     

杭州地区2011－2013年儿童呼吸道感染人偏肺病毒分子流行病学研究

目的 了解杭州地区儿童人偏肺病毒(hMPV)的分子流行病学特点.方法 收集2011年1月至2013年12月杭州市2所哨点医院儿科呼吸道门诊和住院病例2 593例,门诊病例采集咽拭子1 676份,住院病例采集气管吸取物917份.用实时荧光定量PCR方法检测hMPV核酸,阳性样本用RT-PCR方法对hMPV 融合蛋白(F)部分基因片段扩增和序列测定.所测基因序列与GenBank代表株核苷酸同源性比较,并构建基因进化树.结果采用描述性统计和样本率的χ²检验.结果 杭州地区呼吸道患儿hMPV检出率为6.51%(169/2 593).门诊检出率为6.62%(111/1 676),住院检出率为6.32%(58/917),检出率差异无统计学意义(χ²=0.086,P=0.769).2岁和3岁组检出率最高,分别为14.14%(28/198)、14.01%(22/158),与其他组比较差异有统计学意义(χ²=38.654,P=0.000).冬春季检出高于夏秋季(χ²=67.032,P=0.000).测序的88株阳性基因序列与GenBank参考株核苷酸序列同源性为81.6%～100.0%,基因进化树分析显示分属于2个基因型的4个亚型. 2011－2012年B1亚型占优势,2012年底至2013年A2型为流行.<1岁组A基因型(67.56%,25/37)与≥1岁组(43.13%,22/51)检出率差异有统计学意义(χ²=5.143,P=0.023).结论 杭州地区儿童呼吸道感染hMPV存在4种基因型,<1岁组A基因型感染较多,2、3岁组hMPV检出率最高.