基于网络药理学和分子对接探讨三七治疗乳腺癌的机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨三七治疗乳腺癌的机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)查询三七的有效成分及作用靶点,通过Dis GeNET平台查询乳腺癌靶点。对药物作用靶点和疾病靶点的交集进行蛋白质相互作用网络(PPI)分析、基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 筛选出三七有效成分8种包括槲皮素、人参皂苷rh2和β-谷甾醇等,与其相对应的靶点有182个。乳腺癌相关靶点539个,药物与疾病交集靶点54个。PPI分析得出肿瘤蛋白P53(TP53)、蛋白激酶B1(AKT1)和雌激素受体1(ESR1)等可能是三七治疗乳腺癌的核心靶点。三七核心成分均能与上述核心靶点有较好的结合活性。GO富集分析和KEGG富集分析显示,三七通过518个GO条目、128条通路发挥乳腺癌的治疗作用。结论三七通过多种有效成分、多靶点、多通路发挥乳腺癌的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨熊果酸治疗骨质疏松的分子机制

目的:探讨熊果酸治疗骨质疏松症(OP)的潜在分子机制.方法:运用中药系统药理学分析平台数据库、PubMed数据库、UniProt数据库筛选单体化合物熊果酸的作用靶点基因,借助GeneCards数据库检索OP相关靶点基因,并运用Venny 2.1在线作图工具获取成分-疾病的共有靶点基因;运用STRING数据库构建成分-疾...     

基于网络药理学和分子对接探讨熊果酸治疗胃癌的分子机制

目的:研究熊果酸治疗胃癌的作用机制。方法:本研究通过TCMSP,SymMap,DrugBank,Uniprot,DisGeNET数据库预测及筛选出熊果酸抗胃癌的潜在靶点。依托STRING数据库构建蛋白互作网络,借助Cytoscape 3.7.1软件绘图。通过生物学信息注释DAVID数据库对靶点进行KEGG及GO的富集分析。使用AutodockVina进行分子对接,预测核心靶点和熊果酸的结合度,利用PyMOL软件绘图。结果:熊果酸治疗胃癌共有48个靶点,核心靶点包括血管内皮生长因子A(VEGFA)、信号转导与转录活化因子3(STAT3)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)、白介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)等靶点;筛选出与肿瘤相关的前10个通路,主要的信号通路包括:PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、p53信号通路。结论:本研究通过网络药理学的方法,揭示出熊果酸通过抑制肿瘤细胞增殖、诱导细胞凋亡、增强抗血管生成等通路发挥多靶点和多通路的抗胃癌作用。     

基于网络药理学及分子对接探讨三七治疗胃癌前病变的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接方法探讨三七治疗胃癌前病变机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选三七有效成分和靶点,通过Uniprot数据库将获取的蛋白靶点转换为人类基因靶点,通过SwissTarget Prediction数据库进行成分潜在靶点预测补充。通过GeneCards数据库筛选胃癌前病变疾病相关靶点。筛选出三七治疗胃癌前病变交集靶点利用STRING数据库与Cytoscape 3.9.1软件构建蛋白质相互作用(PPI)网络。利用David数据库进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;运用AutoDock vina对三七有效成分(配体)与核心靶点(受体)进行分子对接,利用PyMOL软件将结果进行可视化处理。结果 共收集到三七8种有效成分及三七治疗胃癌前病变的交集靶点128个;三七治疗胃癌前病变的5个最核心靶点分别为信号转导及转录激活蛋白3(STAT3)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、肿瘤蛋白P53(TP53)、蛋白激酶B(Akt1)、90KDA热休克蛋白ΑA1重组蛋白(HSP90AA1),2个核心有效活性成分为槲皮素...     

三七胶囊治疗视网膜中央静脉阻塞的疗效评价

目的 :评价三七胶囊治疗视网膜中央静脉阻塞的疗效。方法 :对 2 6例非缺血型视网膜中央静脉阻塞病例 (第 1组 )口服三七胶囊等治疗与 32例非缺血型视网膜中央静脉阻塞病例 (第 2组 )静脉滴注低分子右旋糖酐和复方丹参注射液的治疗效果进行对比。结果 :治疗后两组视网膜中央静脉阻塞病例的视网膜出血、渗出和水肿吸收情况以及视力的比较 ,差异无显著性 (P >0 .0 5 )。结论 :三七胶囊是治疗视网膜中央静脉阻塞有效药物。     

基于网络药理学和分子对接探讨八珍汤治疗乳腺癌的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨八珍汤防治乳腺癌的分子机制。方法 利用数据平台筛选八珍汤活性成分,利用数据库筛选乳腺癌相关靶点。以软件构建“药物-化合物-靶点”网络,并用分子对接验证有效成分与靶点亲和力。结果 筛选出八珍汤有效成分2 336个,潜在靶点211个。分子对接结果显示活性成分槲皮素、柚皮素、山柰酚与关键靶点ATK1、CASP3具有良好亲和力。结论 初步明确八珍汤治疗乳腺癌的作用机制是通过山柰酚、槲皮素、柚皮素等活性成分作用于AKT1、CASP3等关键靶点。     

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪治疗卵巢癌的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芪治疗卵巢癌的可能机制。方法 利用靶点预测平台TCMSP数据库和PubChem数据库并结合文献,筛选黄芪活性成分及靶点;利用OMIM数据库和GeneCards数据库获取卵巢癌相关靶点;利用Cytoscape 3.7.1软件和String数据库绘制“黄芪活性成分-交集靶点”网络图和蛋白互作图。利用Metascape数据库对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。利用Autodock Vina 1.2.2进行关键成分和核心靶点的分子对接。结果 获取到黄芪潜在活性成分19种,作用于109个潜在靶点,涉及5829个GO条目和238条信号通路。分子对接结果显示,关键成分与核心靶点结合较好。结论 本研究初步揭示了黄芪治疗卵巢癌的关键成分、核心靶点和主要生物学过程和信号通路,为进一步实验研究提供一定参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨厚朴酚治疗胆管癌的分子机制

目的：基于网络药理学和分子对接筛选厚朴酚作用胆管癌的具体靶点,探讨厚朴酚治疗胆管癌的潜在机制。方法：基于TCMSP、Swiss Target Prediction、STITCH、GeneCards和DisGeNET数据库筛选出厚朴酚以及胆管癌的靶点基因,通过Venny 2.1.0平台分析得到两者的共同靶点。利用STRING数据库探索厚朴酚以及胆管癌共同靶点之间的相互作用关系,使用CytoScape3.9.1软件筛选Top10-Hub(核心)靶点。通过DAVID数据库对厚朴酚和胆管癌的共同靶点基因进行GO和KEGG富集分析,使用Auto Dock Tools-1.5.6软件进行分子对接验证结果可信性。结果：厚朴酚治疗胆管癌的交集靶点基因47个,核心靶点为AKT1、IL6、CASP3、CCND1、PTGS2、EGFR、ERBB2、MMP9、MMP2和KDR。GO生物过程富集分析中共得到230条结果,主要包括负调控凋亡过程、正向调节细胞增殖和蛋白质自身磷酸化等。KEGG信号通路分析得到120条,主要涉及癌症信号通路、内分泌耐药和膀胱癌等。分子对接结果显示核心靶点与厚朴酚的结合能均<-5...     

基于网络药理学和分子对接探讨金莲花抗流感病毒作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接的方式探究金莲花抗流感病毒的关键活性成分和潜在作用机制。方法 从TCMSP数据库和文献中检索主要成分,通过SwissTargetPrediction数据库预测潜在靶点;以Influenza为关键词在Genecard和DisGeNET数据库检索疾病靶点;利用Venny2.1.0获取交集靶点,并采用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病网络”;此外利用String平台进行PPI分析,DAVID数据库进行GO分析和KEGG分析;利用Sybyl-X软件进行分子对接验证。结果 一共筛选了18个活性成分其中β-谷甾醇、柳穿鱼黄素、原金莲酸、槲皮素、芹菜素为关键成分,筛选得到10个关键靶点;GO分析结果主要与炎症反应生物过程相关,KEGG通路富集分析显示主要作用机制可能与TNF信号通路、HIF-1信号通路、Toll样信号通路有关。结论 金莲花治疗流感具“多成分-多靶点-多通路”协同调节的特点,为进一步研究金莲花抗击流感病毒的作用机制提供了一定的理论支撑,也为后续研究拓宽了思路。     

中药三七高效液相色谱特征研究

目的建立中药三七的高效液相色谱特征谱。方法运用加压溶剂提取、HPLC-DAD分析28个不同产地的三七药材,所得的图谱采用中国药典委员会开发的“中药色谱指纹图谱相似度评价系统（Version 2004A）”软件进行分析。结果28个三七样品色谱图中各色谱峰分离良好,从中确定了13个特征峰,其中8个主要色谱峰经对照品确认,所有药材色谱图与软件生成的对照谱相似度为0.982±0.008(RSD=0.78%)。结论该方法简便、重现性好、具可操作性,可科学评价及有效控制三七药材质量。     

基于网络药理学和分子对接研究青果-槐花药对抗幽门螺杆菌感染的活性成分和作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接的方法研究青果-槐花药对抗幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)感染可能的活性成分和作用机制。方法 利用TCMSP数据库及文献检索获取青果、槐花的活性成分,TCMSP、BATMAN-TCM、SwissTargetPrediction数据库获取成分靶标。通过Genecards、Drugbank和DisGeNET数据库收集与Hp感染相关的靶标,并与成分靶标相比较,筛选出潜在靶标。利用STRING数据库获取潜在靶标之间的相互关系,筛选出核心靶标。在DAVID数据库中进行潜在靶标的GO分类富集分析和KEGG通路富集分析。通过Autodock进行核心靶标与活性成分的分子对接。最后用体外抗菌试验验证青果-槐花的抗菌活性。结果 共收集到青果-槐花药对的20个主要活性成分,通过调节154个潜在靶标参与疾病过程,涉及TNF、FoxO、Toll样受体等通路的作用。活性成分中槲皮素、染料木素、山柰酚、鞣花酸与核心靶标具有良好的结合能力,可能通过作用于TP53、AKT1、IL6等靶标,干扰Hp的侵入和定植。青果-槐花药对抗Hp活性强于单药,其最小抑菌浓度为1.25 mg·mL^-1。结论 本研究探索了青果-槐花药对抗Hp感染可能的活性成分、靶标和通路,其作用机制复杂多样,符合中医药治疗疾病的多成分、多靶点、多途径的作用特点,为青果-槐花药对治疗Hp感染提供了理论依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎可能的作用机制

目的 采用网络药理学技术探讨疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可能机制.方法 利用中药系统药理学一体化分析平台(TCMSP)筛选疏风解毒胶囊活性成分和预测靶点,通过在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、人类基因注释数据库(GeneCards)筛选COVID-19相关靶点,采用Cytoscape软件构...     

三七茎叶研究进展

三七茎叶是五加科人参属三七[Panax notoginseng(Burk.)F.H.Chen]的干燥茎叶,是三七的副产物.现代研究表明,三七茎叶中含有多种活性成分和营养物质,如:皂苷类、黄酮类、维生素、氨基酸等;药理作用多样,具有抗焦虑,抗抑郁,抗骨质疏松,抗糖尿病,抗癌,保肝,抗衰老、预防肥胖等.目前,对三七茎叶化学...     

基于网络药理学及分子对接探讨山楂改善代谢性高血压的作用机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术探讨山楂改善代谢性高血压（metabolic hypertension,MH）的物质基础及作用机制。方法 利用HERB、ETCM数据库并结合文献调研收集山楂成分;通过SwissTargetPrediction、GeneCards等数据库筛选山楂的全部成分改善MH的靶点;借助Cytoscape软件构建山楂“活性成分-靶点-疾病”网络;利用DAVID进行GO富集及KEGG通路分析;并借助Autodock软件对核心成分和核心靶点进行分子对接验证。结果 从山楂中筛选出89个活性成分,作用于84个靶点,其中山楂改善MH的核心活性成分为山楂酸、阿里红酸B、亚麻酸、亚油酸、甲基正壬酮、芹菜素、熊果酸等;核心靶点为CYP19A1、PPARA、ESR1、PTGS2、PPARG、NR3C1、MMP9、TNF等;作用机制主要涉及炎症、糖脂代谢、血管内皮功能等多条信号通路;分子对接显示山楂核心活性成分与核心靶点具有较高亲和力。结论 山楂可能通过多成分调节TNF、IL-17、AGE-RAGE、HIF-1、cGMP-PKG等多条信号通路,进而抑制炎症反应、改善糖脂代谢异常、改善血管内皮功能等综合发挥改善MH的作用。     

基于网络药理学和分子对接探究桑白皮治疗慢性阻塞性肺疾病的潜在作用机制

目的 利用网络药理学的方法研究桑白皮治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的作用靶点以及分子机制。方法 利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)获取桑白皮的活性成分及活性成分的作用靶点;在OMIM和GenCards数据库中检索筛选COPD相关的靶点,两者取交集获得桑白皮治疗COPD的核心靶点。由Cytoscape 3.7.0构建活性药物-疾病-成分-靶点网络;STRING数据库构建靶点蛋白互作网络;DAVID数据库对靶点基因开展生物功能与通路富集分析,构建桑白皮活性成分-核心靶点-作用通路网络图。结果 从桑白皮中筛选得到31个活性化合物和93个相应靶点,COPD 3565个相关靶点,两者映射获得治疗COPD作用的活性成分22种：主要为槲皮素、山奈酚等,作用于IL6、VEGFA、EGFR、MAPK8等76个COPD核心靶点,生物功能与通路富集分析表明,桑白皮主要通过调控凋亡过程、细胞增殖、氧化还原过程、老化等生物行为,对信号通路PI3K-Akt、TNF、MAPK、P53、HIF-1等施以调节,起到治疗COPD作用。结论 研究结果体现了桑白皮治疗慢性阻塞性肺疾病多成分、多靶点、多途径的作用特点,...     

基于网络药理学、定量构效关系、分子对接探讨甘草黄酮抗痤疮的分子机制

目的 基于网络药理学、定量构效关系、分子对接探讨甘草黄酮抗痤疮可能的分子机制，为该成分透皮制剂的开发提供依据。方法 通过网络药理学筛选出甘草黄酮抗痤疮的关键活性成分与靶点，然后通过HipHop方法构建了甘草黄酮化合物活性的最佳QSAR药效团模型，并推测出该药效团可能起决定性治疗作用的药效基团，最后通过分子对接对该药效基团进行验证。结果 网络药理学研究表明7-羟基黄酮、甘草内酯、9S,13R-12-oxophytodienoic acid、柚皮素、4’-甲氧基黄酮等化合物是甘草黄酮中抗痤疮的关键活性成分，CYP19A1、ALOX5和ESR1是其抗痤疮的关键靶点。QSAR药效团模型研究表明，甘草黄酮的最优药效团由1个疏水基团，2个氢键受体基团组成。分子对接研究表明，通过网络药理学筛选的活性化合物和靶蛋白具有较好的亲和力，同时也发现通过QSAR构建的最优药效团模型可能是甘草黄酮抗痤疮中起决定性治疗作用的药效基团。结论 本研究成功建立了甘草黄酮的结构特性与其抗痤疮活性之间的构效关系，为中药透皮制剂的开发和临床应用提供了理论指导。     

基于网络药理学和分子对接探索血必净注射液治疗冠状病毒肺炎的潜在机制

目的基于网络药理学和分子对接预测血必净注射液治疗冠状病毒肺炎潜在靶点及分子机制,为揭示血必净注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在网络作用机制提供科学依据。方法检索国内外文献获取血必净注射液主要活性成分,通过ETCM、TCMSP及Targetnet在线数据库预测作用靶点;检索GeneCards、CTD及OMIM数据库获取冠状病毒肺炎相关靶点;整合分析获取血必净注射液治疗冠状病毒肺炎的靶点;采用STRING分析靶点蛋白的互作关系;通过Enrichr数据库进行基因功能及作用通路富集分析;采用Cytoscape软件进行网络可视化;最后采用iGEMDOCK软件对关键靶点进行分子对接分析。结果本研究共收集到血必净注射液中活性成分30个,可作用于222个靶点,进一步分析其治疗冠状病毒肺炎的17个核心成分与18个核心靶点,主要作用于甲型流感,NF-κB、HIF-1及VEGF等信号通路。发现与关键靶点对接较好的成分有羟基红花黄色素A、绿原酸及丹酚酸B等。结论本研究揭示了血必净注射液治疗冠状病毒肺炎多成分、多靶点、多通路的特点,可为其治疗COVID-19潜在网络作用机制提供新的线索。     

基于网络药理-分子对接探析小茴香挥发油治疗术后肠梗阻机制

目的 基于网络药理及分子对接等数据挖掘手段探析小茴香挥发油改善手术后肠梗阻(postoperative ileus,POI)的分子机制。方法 提取小茴香挥发油并采用GC-MS分析化学成分,筛选活性化合物,通过STITCH、Swiss、TCMSP等数据库获得活性化合物缓解POI的潜在治疗靶点;构建靶点相互作用网络图,并通过拓扑分析获得关键靶点;利用DAVID数据库对关键靶点进行GO和KEGG富集分析;HPA数据库分析关键靶点在消化道的表达;分子对接分析关键靶蛋白和活性成分的结合。结果 GC-MS鉴定发现小茴香挥发油中共23个化合物,其中5个首次在小茴香挥发油中发现,筛选出潜在活性化合物10个,通过挖掘并分析活性成分治疗POI的关键靶点10个(HMOX1、KDR、PTPRC、RELA等),对靶点的富集分析发现,小茴香挥发油中的活性成分主要通过HMOX1、RELA、JAK2等关键靶点调节PI3K-Akt、HIF-1、NF-κB等多条信号通路,影响NO生物合成正调节、经死亡结构域受体介导的外源性凋亡信号通路的负调控等生物过程。大部分的关键靶点在消化道腺细胞有丰富分布,部分关键靶点在消化道淋巴细胞和外周神经/神经节也有分布。分子对接确证活性化合物均可嵌入关键靶蛋白的活性口袋。结论 小茴香挥发油中以anethole和terragon为主的多个活性成分,通过分布在消化道的HMOX1和RELA等多个靶点,调节以PI3K/Akt信号通路为核心的多个信号通路,影响消化道腺体及因子分泌,调节肠神经及炎症反应,缓解POI。本研究为小茴香挥发油缓解POI的深入研究提供依据。