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目的 基于气相色谱-质谱联用(GC-MS)技术对扎冲十三方剂中8味植物药挥发油的主要化学成分进行分析,并运用网络药理学方法探究其成分对缺血性脑卒中可能作用机制。方法 利用GC-MS技术分析挥发油后,借助多个数据库预测分析化学成分作用靶点和疾病靶点,构建“化学成分-作用靶点”网络并由共同靶点得到蛋白质-蛋白质相互作用关系,将其可视化,根据筛选到的关键作用靶点完成基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;在Discovery Studio软件上实施关键靶点与活性成分的分子对接验证。结果 GC-MS确认出44个化合物,占总含量的94.14%,含量最高的为丁香酚;检索出扎冲十三挥发油关于缺血性脑卒中的42个活性成分,159个潜在作用靶点;得到369个GO功能条目,126个KEGG信号通路条目,涉及癌症通路、脂质和动脉粥样硬化等。分子对接数据显示丁香酚等活性成分与缺氧诱导因子1α、基质金属蛋白酶9、信号转导与转录激活因子3等关键靶点具备较强的结合性能。结论 该实验探究了扎冲十三挥发油通过多成分、多靶点、多途径协同用于治疗缺血性脑卒中的可能作用机制,为进一步研究扎冲十... 相似文献
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目的 基于GC-MS技术和系统生物学方法预测矮地茶挥发性成分治疗慢性阻塞性肺疾病(chronicobstructive pulmonary disease,COPD)的作用机制。方法 采用GC-MS分析矮地茶挥发油成分并通过面积归一化法确定各成分的相对含量,利用TCMID、TCMSP、PharmMapper数据库筛选矮地茶挥发油主要活性成分与靶点,运用Cytoscape软件构建矮地茶“成分-靶点”网络,OMIM、Genecards数据库挖掘COPD相关靶点,利用String数据库和Cytoscape软件构建并绘制蛋白互作网络;通过Metascape数据库进行通路富集分析;进一步借助DiscoveryStudio(Version4.5)软件评估化合物与核心靶点的亲和能力。结果 筛选出5个主要共有活性成分,潜在靶点154个,核心靶点包括NTRK1、TNF、VEGFA、MAPK1和M2C2。通过GO富集分析得到2665个条目(P<0.05),其中包括生物过程2220条,分子功能233条,细胞组分212条。KEGG通路为242条(P<0.05),主要涉及血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、NF-κB信号通路。分子对接结果显示石竹烯、蛇麻烯、依兰烯与核心靶点有较高的结合能力。结论 矮地茶挥发油可能通过TNF、VEGFA、MAPK1等靶点调节VEGF、TNF、NF-κB等通路治疗COPD。 相似文献
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目的 鉴定小叶黄杨中生物碱类化学成分,探讨治疗阿尔茨海默病的物质基础和作用机制。方法 表征小叶黄杨生物碱成分,并利用PubChem、SwissADME、Swiss Target Prediction、Genecards和OMIM等数据库获取小叶黄杨生物碱的活性成分和对应靶点,以及阿尔茨海默病的相关靶点;运用Cytoscape3.9.0软件绘制“成分-靶点”网络图;运用String平台构建蛋白互作网络图;运用微生信在线绘图工具进行通路富集分析可视化;用AutodockTools-1.5.6软件对筛选出的核心成分做分子对接。结果 鉴定小叶黄杨生物碱成分23个,筛选有效成分19个,对应靶点216个;筛选阿尔茨海默病靶点880个,药物-疾病交集靶点49个;GO富集分析主要相关的生物过程有化学性突触传递,顺行跨突触信号,跨突触信号等;KEGG通路富集分析中神经活性配体-受体相互作用,5-羟色胺能突触,cAMP信号等为主要信号通路。分子对接显示筛选的核心靶点和核心成分均有较强结合力。结论 本研究初步证明了小叶黄杨生物碱成分可以多成分、多靶点、多通路共同作用治疗阿尔茨海默病,为进一步深入研究小叶黄杨生物碱对阿尔茨海默病作用的物质基础以及作用机制提供参考。 相似文献
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目的 探讨肿痛洗剂的消炎止痛作用机制。方法 采用气相色谱-质谱联用(GC-MS)法分析肿痛洗剂的挥发性成分;利用TCMSP等数据库预测主要化合物靶点,运用GeneCards数据库抓取消炎止痛的相关靶点,采用STRING数据库构建蛋白相互作用网络发现核心靶点,使用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析,利用Cytoscape 3.6.0软件构建“成分-靶点-通路”网络图。结果 从肿痛洗剂中鉴定了53个挥发性成分,筛选出阿魏酸、大黄酚、大黄素等8个主要活性成分,蛋白互作网络显示TNF、IL-6、INS、TP53、CTNNB1、IL-1β、VEGFA、MAPK3等核心靶点,涉及HIF-1、PI3K-Akt、IL-17等信号通路。结论 本研究初步揭示了肿痛洗剂的主要挥发性活性成分及其消肿止痛作用机制,为后继研究提供参考。 相似文献
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目的 利用网络药理学和分子对接探究酸枣仁-石菖蒲药对改善失眠的物质基础和潜在分子机制,并建立对氯苯丙氨酸(p-chlorophenylalanine,PCPA)诱导的失眠小鼠模型进行体内实验验证。方法 首先通过TCMSP数据库收集酸枣仁和石菖蒲的化学成分并筛选得到潜在活性成分及其靶点;在GeneCards、OMIM和TTD数据库中获得失眠相关的基因,取得酸枣仁-石菖蒲药对和失眠疾病的交集靶点,然后在Cytoscape 3.6.1软件中构建中药-化合物-靶点-疾病网络图;利用STRING数据库建立蛋白相互作用网络图;借助DAVID数据库进行靶点GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;接着采用分子对接技术进行初步验证;ICR雄性小鼠60只随机分为正常组,模型组,酸枣仁-石菖蒲高、中、低剂量组(8.0,4.0,2.0 g·kg-1),地西泮组(3 mg·kg-1);除正常组外,第1天和第2天腹腔注射PCPA(30 mg·mL-1)建立失眠模型;然后连续给药7 d,正常组和模型组小鼠灌胃等体积生理盐水。测定戊巴比妥钠阈上剂量(55 mg·kg-1)所致的小鼠睡眠潜伏期和持续期,行为学中旷场实验的垂直得分和水平得分,以及高架十字迷宫的进入开放臂次数百分比(open arm entry,OE%)和开臂活动百分比(open arm time,OT%);利用HE染色观察脑组织病理学情况;通过Elisa法检测各组小鼠血清中TNF-α和CASP3表达水平;最后利用Western blotting法检测各组小鼠脑组织中AKT1和p-AKT1蛋白的表达情况。结果 筛选获得酸枣仁和石菖蒲的潜在活性成分为9个和5个,与失眠共同靶点为34个;GO富集分析结果共得到160条GO分析条目,KEGG通路分析发现信号通路主要与炎症信号通路有关,其中AKT1、CASP3和TNF为关键靶点;分子对接结果显示筛选得到的化合物与关键靶点具有较高的结合活性。动物实验结果显示酸枣仁-石菖蒲药对可显著缩短失眠模型小鼠睡眠潜伏期,延长睡眠持续期,降低垂直得分和水平得分,提高OE%和OT%,恢复海马组织病理损伤,显著降低TNF-α和CASP3的含量,提高AKT1蛋白在脑组织中的表达水平。结论 酸枣仁-石菖蒲可通过作用于TNF-α、CASP3、AKT1、p-AKT1等靶点调节TNF信号通路发挥治疗失眠的作用。 相似文献
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目的:基于网络药理学方法探讨银杏叶治疗脑梗死(CI)的潜在作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台筛选银杏叶高度活性化学成分,预测潜在靶点;通过GeneCards、人类在线孟德尔遗传数据库、DisGeNET、治疗靶点数据库和Drugbank数据库检索CI相关靶点.通过Uniprot数据库转换银杏叶有效成分潜在... 相似文献
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摘要:目的:基于网络药理学的方法研究金花葵抗心肌缺血的作用机制。方法:通过查找文献挖掘金花葵中有效成分,利用数据库(PubChem、Swiss Target Prediction)搜集整理化合物并根据口服生物利用度(OB)、类药性(DL)值进行筛选,用Gene Cards、Drug Bank筛选心肌缺血的靶点,利用Venn diagram做出"化合物-靶点-疾病"间的韦恩图,进一步利用Cytoscape 3.2.1构建"活性成分-靶点"之间的网络关系图。构建蛋白质与蛋白质相互作用(PPI)网络,进行基因本体论(GO)功能、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路的富集分析,进行分子对接验证。结果:金花葵中化合物共72个,有效成分18个,共预测出83个金花葵抗心肌缺血的共同作用靶点,GO功能富集分析显示金花葵有效成分潜在作用靶点多分布于膜筏和膜微区中,KEGG富集通路共66条,其中神经信号传递通路、糖尿病并发症中晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)信号通路、Rap1信号通路、钙信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等通路对抗心肌缺血有明显作用,分子对接中表明发挥抗心肌缺血作用的相关靶蛋白有醛糖还原酶(AKR1B1)、腺苷A2A受体(ADORA2A)、血管紧张素转化酶(ACE)、半胱氨酸天冬氨酸特异性蛋白酶9(CASP9)、基质金属蛋白酶9(MMP9)。结论:通过网络药理学的方法预测金花葵抗心肌缺血的关键作用靶点及相关通路其结果与相关文献结论相一致,可为进一步研究金花葵抗心肌缺血提供参考依据。 相似文献
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摘要:目的:预测人参配伍石菖蒲治疗阿尔茨海默病(AD)的潜在靶点及信号通路,为实验研究提供一定的依据。方法:在相关数据库中检索人参和石菖蒲活性成分的作用靶点及AD的靶基因,绘制人参和石菖蒲活性成分与作用靶点网络图,构建作用靶点蛋白互作网络(PPI),得出石菖蒲、人参及AD三者共同的作用靶点,并将人参与石菖蒲活性成分的作用靶点进一步行基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:得到人参与石菖蒲的活性成分作用靶点189个,AD的靶点基因575个,两者共同的作用靶点36个。GO功能富集和KEGG通路富集的结果提示,人参配伍石菖蒲治疗AD与甾体激素的生物合成、代谢通路以及神经活性配体-受体相互作用、环磷酸腺苷(cAMP)信号通路、钙信号通路、5-羟色胺能突触、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/丝氨酸/苏氨酸激酶(Akt)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路有关。结论:初步预测了人参配伍石菖蒲治疗AD可能通过三者共同作用的36个靶点蛋白及相关信号通路起作用,结论尚待进一步药理实验验证。 相似文献
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目的 基于网络药理及分子对接等数据挖掘手段探析小茴香挥发油改善手术后肠梗阻(postoperative ileus,POI)的分子机制。方法 提取小茴香挥发油并采用GC-MS分析化学成分,筛选活性化合物,通过STITCH、Swiss、TCMSP等数据库获得活性化合物缓解POI的潜在治疗靶点;构建靶点相互作用网络图,并通过拓扑分析获得关键靶点;利用DAVID数据库对关键靶点进行GO和KEGG富集分析;HPA数据库分析关键靶点在消化道的表达;分子对接分析关键靶蛋白和活性成分的结合。结果 GC-MS鉴定发现小茴香挥发油中共23个化合物,其中5个首次在小茴香挥发油中发现,筛选出潜在活性化合物10个,通过挖掘并分析活性成分治疗POI的关键靶点10个(HMOX1、KDR、PTPRC、RELA等),对靶点的富集分析发现,小茴香挥发油中的活性成分主要通过HMOX1、RELA、JAK2等关键靶点调节PI3K-Akt、HIF-1、NF-κB等多条信号通路,影响NO生物合成正调节、经死亡结构域受体介导的外源性凋亡信号通路的负调控等生物过程。大部分的关键靶点在消化道腺细胞有丰富分布,部分关键靶点在消化道淋巴细胞和外周神经/神经节也有分布。分子对接确证活性化合物均可嵌入关键靶蛋白的活性口袋。结论 小茴香挥发油中以anethole和terragon为主的多个活性成分,通过分布在消化道的HMOX1和RELA等多个靶点,调节以PI3K/Akt信号通路为核心的多个信号通路,影响消化道腺体及因子分泌,调节肠神经及炎症反应,缓解POI。本研究为小茴香挥发油缓解POI的深入研究提供依据。 相似文献
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《中国药房》2019,(14):1959-1965
目的:研究三七治疗冠心病的成分、靶点及通路,探讨其发挥治疗作用的潜在分子机制。方法:基于网络药理学方法,利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索获取三七的活性成分;利用DRAR-CPI服务器、GeneCards和DisGeNET数据库筛选出与三七治疗冠心病相关的作用靶标;采用Cytoscape 3.6.0软件构建三七有效成分-冠心病作用靶标网络;采用String数据库绘制作用靶标的相互作用网络,并运用Network Analyzer工具计算靶标连接度,筛选出潜在核心靶标,然后通过Systems Dock Web Site服务器的分子对接验证核心靶标与有效成分的结合力;利用KEGG通路富集分析和基因本体(GO)分类富集分析获取三七治疗冠心病的重要信号通路和分子功能,并构建重要信号通路的"有效成分-作用靶标-信号通路"网络。结果:筛选出三七中治疗冠心病的5个有效成分(豆甾醇、β-谷固醇、人参皂苷rh2、槲皮素、三七皂苷r1),5个成分共作用于96个靶标并存在134种作用关系;5个核心靶标分别为蛋白激酶B(AKT)、白细胞介素6(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、c-JUN蛋白(c-JUN)、肝磷脂结合表皮生长因子(HB-EGF),其主要通过改变蛋白结合作用以及调控磷酯酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)、低氧诱导因子1(HIF-1)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)等信号通路来发挥治疗冠心病的作用。结论:三七治疗冠心病不仅是通过作用于多个靶标而发挥多种效果,而且可通过靶标之间的相互作用产生复杂的网络调节效果。 相似文献
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目的 基于网络药理学,探讨淫羊藿治疗阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)的作用靶点及通路,明确其作用机制。方法 借助TCMSP数据库及Uniprot数据库筛选出淫羊藿有效成分及靶点基因。通过Drugbank、Dis Ge NET和TTD数据库筛选出AD的靶点基因;成分靶点与疾病靶点映射后使用Cytoscape 3.7.1软件构建药物有效成分-靶点蛋白相互作用网络,使用STRING数据库绘制靶点蛋白-靶点蛋白相互作用网络;对靶点蛋白利用Metascape数据库进行GO分析和KEGG分析,最后采用MTT试验和荧光实时定量PCR对网络药理学主要分析结果进行验证。结果 筛选得到23个淫羊藿活性成分,共预测获得239个淫羊藿药效靶点和2 156个AD的治疗靶点,取交集后得到152个淫羊藿治疗AD的靶点,蛋白互作分析提示GSK3β、AKT1、CDK5、CDK5R1、APP、MAPK1、MTOR为蛋白互作网络中的关键靶点。淫羊藿关键靶点主要关联AD、β-淀粉样蛋白聚集、tau蛋白异常磷酸化、炎症反应、氧化应激、细胞凋亡等;细胞实验提示,淫羊藿可显著提高Aβ25-35诱导PC12细胞的细胞存活率,并参与调控GSK-3β、AKT1、CDK5介导的β-淀粉样蛋白聚集及tau蛋白磷酸化通路。结论 淫羊藿治疗AD具有多活性成分-多作用靶点-多联系通路的特点,本研究为系统阐明淫羊藿治疗AD作用机制提供了科学依据。 相似文献
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目的 基于网络药理学和细胞实验验证的方法探讨石榴皮改善非酒精性脂肪性肝炎(non-alcoholic steatohepatitis,NASH)作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库(TCMSP)进行条件检索,获取石榴皮的活性成分及其对应的作用靶点。利用人类基因数据库(GeneCards)等5个数据库获取NASH相关的靶点。将获得的石榴皮和NASH靶点进行筛选,通过韦恩图得到共同靶点。使用蛋白相互作用数据库(STRING)构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,并用Cytoscape 3.7.1建立“石榴皮-成分-靶点-NASH”网络。利用Metascape软件进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析。最后借助人肝癌细胞HepG2观察石榴皮中主要活性成分对NASH的影响。结果 石榴皮活性成分有7个,获得靶点基因191个,NASH靶点1 818个,两者交集靶点98个,拓扑学分析显示,石榴皮治疗NASH的核心成分为槲皮素、山奈酚和木犀草素,核心靶点为蛋白激酶B (protein kinase B,Akt1)、白细胞介素-1β(interleukin 1β,IL-1β)、白细胞介素-6(interleukin 6,IL-6)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)等。KEGG通路分析结果显示石榴皮治疗NASH主要涉及磷脂酰肌醇-3-激酶(phosphatidylinositol 3 kinase,PI3K)/Akt、核因子κB (nuclear factor kappa-B,NF-κB)等信号通路。体外细胞试验结果显示,与对照组相比,模型组磷酸化蛋白激酶B (phosphorylated-AktThr308,p-AktThr308)、IL-6等蛋白表达水平升高(P<0.05);与模型组相比,石榴皮活性成分可显著降低p-AktThr308、IL-6等蛋白的表达水平(P<0.05),也能够降低IL-6、TNF-α基因的mRNA表达水平(P<0.05)。结论 石榴皮可通过多成分、多靶点、多通路发挥抗NASH的作用,其机制可能与石榴皮中活性成分槲皮素、山奈酚和木犀草素影响Akt1等核心靶点及调控PI3K/Akt、NF-κB等信号通路,进而抑制相关炎症因子表达有关。 相似文献
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目的:对五味子进行网络药理学研究,阐明其治疗炎性肠病的有效活性成分及潜在靶点。方法:通过生物学信息数据库预测五味子活性成分的潜在作用靶点,采用Cytoscape软件构建五味子的“成分-靶点-通路”网络模型。结果:五味子中8种成分与17个靶点具有潜在相互作用,涉及神经配体相互作用及TNF信号通路在内的多个生物过程,对炎性肠病起到治疗作用。结论:通过与炎性肠病靶点的关联筛选,结合分子对接验证,发现五味子可通过多种信号通路发挥治疗炎性肠病的作用,PTGS1(COX-1)、PTGS2(COX-2)是五味子各活性成分中作用较多的调节靶点,当归酰戈米辛O对这两个靶点的作用较强。 相似文献
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目的 分析不同树种来源的国产和进口沉香,经水蒸气蒸馏法制取挥发油前后化学组成的变化规律,评价沉香挥发油品质。方法 建立1H-NMR指纹图谱,通过化学位移等信息指认代谢物,1H-NMR图谱分段积分后以峰面积为变量进行化学模式识别。建立GC-MS指纹图谱,鉴定并通过峰面积归一法确定各化学成分及其相对含量,以GC-MS全谱碎片信息为变量进行化学模式识别。结果 沉香挥发油及其原药材1H-NMR指纹图谱分别指认24,20个代谢产物,GC-MS指纹图谱分别检出64,112个代谢产物,均按树种来源分为国产和进口2类。沉香原药材经水蒸气蒸馏提取挥发油后,倍半萜类成分相对含量上升,α-愈创木烯、沉香螺醇对沉香挥发油的分组贡献大,茅苍术醇、苄基丙酮、γ-蛇床烯对沉香挥发油的分组贡献小。结论 同一提取工艺条件下,沉香原药材树种来源可影响其挥发油品质,国产和进口沉香挥发油的质量标志物可为其品质评价提供基础数据。 相似文献
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目的 基于网络药理学预测玫瑰花抗炎的活性成分和作用靶点。方法 通过中医药综合数据库(TCMID)和中药系统药理学数据库(TCMSP)检索玫瑰花的所有化学成分,并筛选玫瑰花的活性化学成分;然后通过TCMSP数据库和BATMAN-TCM数据库,查找活性化合物的作用靶点;使用Cytoscape 3.6.1软件构建“活性成分-靶点-疾病”复杂网络关系图;运用生物学信息注释数据库(DAVID)进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路富集分析研究其抗炎的作用机制。结果 共检索出121个化合物,其中7个化合物作为活性化合物;共检索出197个作用靶点;通过网络拓扑特征评价筛选出45个潜在作用靶点,利用DAVID数据库,筛选出66个生物过程和18条信号通路参与玫瑰花抗炎的作用。而与玫瑰花抗炎最为密切的信号通路包括NF-κB、TNF、MAPK等,同时其主要涉及的生物过程包括I-κB激酶/NF-κB信号通路的正调控、NF-κB转录因子活性的正调控、依赖TRIF的Toll样受体信号通路等。结论 本研究初步揭示了玫瑰花抗炎的潜在靶点、涉及的生物过程及信号通路,发现其具有多成分、多靶点、多通路的特点,为进一步的研究奠定了基础。 相似文献
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目的 利用网络药理学联合分子对接技术探究参赭培气汤治疗胃食管反流病的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台筛选出参赭培气汤的有效活性成分及对应的靶蛋白,通过Uniprot数据库将其转化成相应的基因名称;利用GeneGards数据库和Online Mendelian Inheritance in Man(OMIM)筛选胃食管反流病的靶基因;通过Venny在线平台获取相关交集基因,利用Cytoscape 3.9.0绘制“参赭培气汤-成分-靶点”可视化网络;结合STRING数据库和Cytoscape 3.9.0软件绘制蛋白互作网络图;利用metascape数据库进行靶点基因GO和KEGG富集分析;通过AutoDock软件进行分子对接,验证有效成分与靶蛋白间的结合活性。结果 总共有93个参赭培气汤的有效成分,253个靶基因,4256个疾病相关靶基因,获得141个中药-疾病共同靶基因。通过GO功能分析结果得出4872个生物学过程、735个分子功能、465个细胞组成,KEGG通路分析发现247条信号通路。结论 本研究预测了参赭培气汤通过ACTB、AKT1、IL-6、TP53、CASP3等多靶点及癌症信号通路治疗胃食管反流病的作用机制,为深入研究参赭培气汤治疗胃食管反流病提供理论依据。 相似文献