弓形虫ROP16Ⅱ效应分子对宿主A549细胞基因表达谱的影响

目的 ROPl6在弓形虫入侵宿主细胞的过程中发挥着关键作用。为了提高ROP16对宿主细胞的分子功能的认识,本研究分析了ROP16_Ⅱ基因转染的A549细胞株的表达谱,筛选了新的候选基因,为揭示Ⅱ型弓形虫病的发病机制提供了依据。方法 通过表达谱芯片技术对过表达ROP16_Ⅱ的A549细胞株的表达谱进行研究,并从中筛选差异表达基因。利用ToppGene从差异表达基因中筛选候选基因,并通过RT-qPCR对获得的基因进行验证。结果 共获得了9 994个差异表达基因,其中上调的基因有4 293个,下调的基因有5 701个。将这些差异表达基因进行 GO 功能富集分类,主要涉及多种生物学过程,包括发育过程、生物调控、免疫应答和信号传导等过程。采用ToppGene筛选得到4个疾病候选基因,其中上调表达的有IL4R和STAT1;下调表达的有IL12RB1和IL2RG。RT-qPCR结果与表达谱芯片数据一致。结论 ROP16_Ⅱ入侵宿主细胞后影响宿主细胞基因表达谱,了解ROP16_Ⅱ的作用机制,对于更加全面地揭示Ⅱ型弓形虫病的发病机制具有重要意义。     

弓形虫毒力相关效应分子ROP16Ⅲ诱导人肺腺癌A549细胞的基因表达谱

目的利用生物信息学方法分析刚地弓形虫(Toxoplasma gondii)棒状体蛋白16Ⅲ(ROP16Ⅲ重组表达载体转染人肺腺癌A549细胞后的基因表达谱,筛选致病候选基因。方法构建真核表达载体pEGFPN1-ROP16Ⅲ。将A549细胞分为未转染组、 pEGFP-N1组、 pEGFP-N1-ROP16Ⅲ组,后两组分别用pEGFP-N1、pEGFP-N1-ROP16Ⅲ质粒进行瞬时转染,48 h后收集各组细胞,提取总RNA,纯化后进行芯片杂交分析,筛选差异表达基因(DEG)。将DEG进行基因本体(GO)功能富集分类和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。利用ToppGene从DEG中筛选弓形虫ROP16Ⅲ致病候选基因。利用STRING在线分析软件对候选基因所编码的蛋白质进行蛋白间相互作用(PPI)网络分析。结果 pEGFP-N1-ROP16Ⅲ转染A549细胞后共有566个基因表达差异显著,其中382个基因上调,184个基因下调。对DEG进行生物信息学分析,共获得997条GO注释和50条KEGG信号通路。这些DEG参与了多种生物学过程,包括防御反应、 I型干扰素信号通路、先天免疫应答、对外界生物刺激的反应等;参与的信号通路主要集中在抗原处理及呈递,细胞质DNA传感通路,Toll样受体信号通路,NOD样受体信号通路等。ToppGene筛选共获得14个弓形虫ROP16Ⅲ致病候选基因,其中C-X-C基序趋化因子配体11 (CXCL11)、 Toll样受体3 (TLR3)、 C-C基序趋化因子26 (CCL26)、人类白细胞抗原-E (HLA-E)、早幼粒白血病基因(PML)及信号转导子与转录激活因子2 (STAT2)等6个基因在弓形虫方面的研究尚未见报道。PPI网络构建分析发现,DEG编码的蛋白质PPI网络由376个节点(蛋白质)和1 152条边(相互作用关系)组成,STAT2、 HLA-E和PML位于PPI网络的中心节点处,删除这些关键节点后PPI网络结构涣散。通路富集分析结果显示,CXCL11等6个基因共涉及12条信号通路,主要与趋化因子信号通路、 Toll样受体信号通路、程序性坏死、内吞作用及细胞因子-细胞因子受体相互作用等相关,这些生物信号通路可能参与弓形虫ROP16Ⅲ的致病过程。结论本研究筛选发现CXCL11、 TLR3、 CCL26、 HLA-E、 PML和STAT2致病候选基因,为进一步探索刚地弓形虫病的致病机制提供了理论依据。     

弓形虫多态性ROP16效应分子诱导宿主A549细胞基因表达谱的差异研究

目的 探讨弓形虫Ι、Ⅱ和Ⅲ型ROP16对宿主基因表达谱的影响及其意义。方法 以A549细胞株为研究模型,建立弓形虫Ι、Ⅱ和Ⅲ型ROP16稳定转染的A549细胞株,通过表达谱芯片技术筛选差异表达基因,并对差异基因进行GO分析和Pathway通路分析。结果 对差异基因进行聚类,发现ROP16_I转染组776个基因表达上调,494个基因表达下调;ROP16_III转染组842个基因表达上调,520个基因表达下调;而ROP16_II转染组5 063个基因表达上调,5 989个基因表达下调。另外,ROP16_I/III转染组基因表达谱相似。而ROP16_II转染组则不同,表达谱差异显著。对ROP16_II转染组差异基因进行Pathway通路分析发现,显著改变的通路共有74条,其中ROP16_II单独调控的信号通路有19条,主要与NF-κB、Toll样受体,趋化因子等信号通路、炎症反应及免疫调节和代谢等相关。结论 ROP16入侵宿主细胞核后影响宿主细胞基因表达谱。同Ι、Ⅲ型弓形虫相比,Ⅱ型弓形虫在基因组上的差异导致其具有独特的差异基因表达谱和信号通路,了解其单独调控的信号通路对于Ⅱ型弓形虫的防治具有重要意义。     

基于RNA-seq分析戊型肝炎病毒感染HepG2细胞后的差异表达基因

目的 研究戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)感染人肝癌细胞HepG₂前后,HepG₂细胞的相关基因表达变化,为初步探索HEV在宿主细胞内感染机制及致病机理奠定基础。方法 对HEV感染组HepG₂细胞和对照组HepG₂细胞的RNA进行高通量测序(RNA-seq技术),利用生物信息学方法对测序数据进行分析,对感染组和对照组的差异表达基因进行筛选、功能注释和通路富集分析。结果 以基因表达差异倍数在2倍及以上为标准,从感染组与对照组共筛选出差异表达基因132个,其中,感染组相比于对照组,上调表达基因127个,下调表达基因5个。Gene Ontology(GO)功能富集分析注释结果显示,差异表达基因主要富集在病毒防御反应、固有免疫应答、病毒基因组复制的负调控及干扰素应答等过程;主要行使RNA结合、蛋白结合、调节解旋酶活性、NAD+ ADP-核糖基转移酶的活性等分子功能。利用KEGG数据库作为参考,这些基因主要参与甲型流感、单纯疱疹感染、麻疹、C型肝炎、RIG-I样受体信号通路、病毒致癌、乙型肝炎、Toll样受体信号通路、胞质DNA传感通路、趋化因子信号转导通路和细胞凋亡等通路。结论 通过功能及通路筛选,发现DDX58、STAT1、CXCL8、STAT2、TLR3、CXCL10、EIF2AK2、IRF9和IFIH1等基因可能在HEV感染抗病毒免疫过程中发挥重要作用。     

弓形虫ROP16_Ⅱ效应分子对宿主A549细胞基因表达谱的影响

目的 ROPl6在弓形虫入侵宿主细胞的过程中发挥着关键作用。为了提高ROP16对宿主细胞的分子功能的认识,本研究分析了ROP16_Ⅱ基因转染的A549细胞株的表达谱,筛选了新的候选基因,为揭示Ⅱ型弓形虫病的发病机制提供了依据。方法通过表达谱芯片技术对过表达ROP16_Ⅱ的A549细胞株的表达谱进行研究,并从中筛选差异表达基因。利用ToppGene从差异表达基因中筛选候选基因,并通过RT-qPCR对获得的基因进行验证。结果共获得了9 994个差异表达基因,其中上调的基因有4 293个,下调的基因有5 701个。将这些差异表达基因进行GO功能富集分类,主要涉及多种生物学过程,包括发育过程、生物调控、免疫应答和信号传导等过程。采用ToppGene筛选得到4个疾病候选基因,其中上调表达的有IL4R和STAT1;下调表达的有IL12RB1和IL2RG。RT-qPCR结果与表达谱芯片数据一致。结论 ROP16_Ⅱ入侵宿主细胞后影响宿主细胞基因表达谱,了解ROP16_Ⅱ的作用机制,对于更加全面地揭示Ⅱ型弓形虫病的发病机制具有重要意义。     

BCG感染树突状细胞的转录组测序和分析

目的 通过转录组学筛选DC2.4细胞内BCG感染相关的差异表达基因和信号通路,为探索DC细胞抗分枝杆菌的胞内免疫机制提供科学依据。方法 以小鼠DC2.4细胞作为细胞模型,设置感染组和未感染组,感染组经BCG(MOI=2)感染,培养24 h后收集细胞,采用转录组测序技术(RNA-Seq)检测感染组和未感染组mRNA表达谱并结合生物信息学分析方法,筛选树突状细胞内与BCG感染相关的差异表达基因并进行qRT-PCR验证。结果 与未感染组相比,感染组差异表达基因共有27个(P<0.05),其中26个上调基因,1个下调基因。通过GO和KEGG富集分析发现差异基因参与炎症反应、免疫系统过程等;TNF信号通路、IL-17信号通路以及细胞因子与细胞因子受体信号通路等参与BCG胞内感染过程。qRT-PCR验证与BCG感染相关的差异表达基因与转录组数据趋势一致。结论 BCG感染树突状细胞后,能够激发宿主细胞炎症反应和免疫应答,TNF、IL-17等信号通路参与BCG胞内感染过程。     

弓形虫RH株ROP16I/III基因缺陷虫株感染BALB/c鼠的致病性研究

目的 旨在深入研究弓形虫棒状体效应分子ROP16与虫株毒力及致病性的关系。方法 采用弓形虫ROP16_I/III基因敲除RH株(RH_ΔROP16)攻击感染BALB/c小鼠,在感染后不同时间点与野生株感染鼠比较,动态观察感染动物发病症状、存活时间; HE染色观察脑组织、肺组织病理学差异,qRT-PCR检测脾细胞炎性及抑炎细胞因子表达水平。结果 两组小鼠的发病症状无明显差异;经HE染色显微镜下观察小鼠肺部及脑部病理学改变亦未见无明显差异;qRT-PCR检测并用Graph pad分析两组虫株感染小鼠的脾细胞Arg-1、IL-10、IL-12、TNF -α及IFN-γ等细胞因子表达水平。数据表明在感染相同时间ROP16缺陷株感染小鼠Arg-1的表达量明显低于野生型虫株(P< 0.05);而IL-10、IL-12、TNF-α和IFN -γ的表达水平无统计学差异(P> 0.05)。结论 I型弓形虫RH株的ROP16_I/III并非是决定急性感染期弓形虫毒力的唯一效应分子;ROP16_I/III可诱导宿主Arg-1高表达,提示与巨噬细胞内虫体的增殖有关。     

不同肺转移潜能的大鼠肝癌细胞外泌体对巨噬细胞转录组的影响

目的 比较不同肺转移潜能的大鼠肝癌细胞来源外泌体对巨噬细胞转录组的影响。方法 通过转录组测序技术,比较经两株不同肺转移潜能的大鼠肝癌细胞(WB1和WN1)来源外泌体处理的巨噬细胞的转录组差异,筛选差异基因并使用KEGG分析、GO分析和蛋白互作网络分析,探索癌细胞来源外泌体影响巨噬细胞功能促进肺转移的潜在机制。结果 对比高肺转移肝癌细胞WN1和低肺转移肝癌细胞WB1来源外泌体处理的巨噬细胞转录组,存在318个差异表达基因【log2(差异倍数)≥1;P<0.05】,其中上调基因296个,下调基因22个;KEGG分析发现上调差异基因主要富集在PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等炎症分子相关的信号通路和细胞黏附相关的信号通路上;GO分析发现上调差异基因主要富集在血管形成、上皮间质转化和金属肽酶活动等条目中;更进一步的蛋白质相互作用网络分析筛选得到的核心基因Vegfa、Il6和Mmp3等也位于上述富集通路中。结论 巨噬细胞受不同肺转移潜能的大鼠肝癌细胞外泌体处理后,转录组存在显著性差异,高肺转移肝癌细胞来源外泌体可能通过调控巨噬细胞多个信号通路发挥促进肝癌肺转移的作用。     

RseA基因影响耻垢分枝杆菌药物敏感性的生物信息学分析与初步验证

目的 筛选RseA在耻垢分枝杆菌中可能调控药物敏感性的基因或通路,并进行初步验证。方法 利用分子克隆技术构建RseA基因过表达耻垢分枝杆菌组和空质粒对照组;利用转录组测序技术和生物信息学方法筛选2组细菌间的差异表达基因(DEGs),分析其基因本体论(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集情况;并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。利用结核分枝杆菌复苏促进因子E(RpfE)促使非复制持留菌复苏,测定复苏指数(RI)对筛选出的关键靶向基因或通路进行初步验证。结果 RseA基因过表达后,筛选出2 403个DEGs,其中2 335个表达上调,68个表达下调。GO分析结果表明,DEGs主要参与氮化合物代谢过程的调控、RNA代谢过程的调控、转录因子活性和序列特异性DNA结合过程调控等。KEGG分析结果显示,DEGs主要参与萜类骨架的生物合成、果糖和甘露糖代谢和同源重组等通路。从PPI网络MCODE模块中筛选出前8个hub基因rpsG、rplM、rpsO、rpsT、rpmH、rplS、rpsJ、rplT,并从这些基因的分析结果得知,其主要参与了核糖体通路。使用RpfE促进复苏后,RseA组复苏指数明显低于对照组。 RseA调控了多个靶向基因,参与核糖体的结构组成和核糖体通路,增强耻垢分枝杆菌对抗结核药物的敏感性,为进一步的机制研究奠定了基础。     

鸭源H7N9亚型禽流感病毒感染SPF鸡转录组学分析

目的 为了分析鸭源H7N9亚型禽流感病毒感染SPF鸡后宿主基因表达水平的变化。方法 以鸭源H7N9亚型禽流感病毒感染SPF鸡,收集肺脏进行高通量测序。结果 与对照组相比,感染组得到差异表达基因740个,其中上调基因有602个,下调基因有138个。GO条目分析发现,差异基因主要涉及免疫应答反应和炎症反应等。经KEGG 数据库比对注释及富集分析显示有7个通路富集显著,其中Toll-like信号通路有11个基因表达上调,分别为IL-6、TLR4、PIK3、IRF7、MD-2、IRF5、MYD88、CD86、STAT1、TLR2和CCL4,NOD-like受体信号通路有7个基因表达上调,分别为IRF7、CTSB、P2RX7、CYBB、PSTPIP1、HSP90AA1和NAMPT。结论 鸭源H7N9亚型病毒感染SPF鸡后,免疫相关基因表达明显增强。在Toll-like信号通路中, TLR4在MD-2的协助下被激活,随后依赖MYD88途径激活下游的IRF5,继而引起CCL4、IL-6显著表达。同时NLRP3炎症体在H7N9亚型病毒感染过程中也发挥着重要作用。     

结膜吸吮线虫基因组中分泌蛋白的规模预测及分析

目的 在对结膜吸吮线虫基因组数据进行注释的基础上对其中分泌蛋白进行规模预测及分析。方法 联合应用 SignalP、TMHMM、MEME、Protcomp、big-PI Predictor和 SecretomeP 等多种生物信息学软件进行分析,完成了结膜吸吮线虫分泌蛋白组的预测,对其进行 GO 功能富集、KEGG 通路分析、结构域统计以及具有抗原性分泌蛋白预测等分析。结果 结膜吸吮线虫含有约 259个分泌蛋白,其长度多集中在 100-700 aa ;GO 功能分析发现这些分泌蛋白多富集在分泌途径及宿主互作中;KEGG 分析显示分泌蛋白在药物及谷胱甘肽代谢中发挥着重要作用;候选分泌蛋白的结构域分析发现存在最多为糖水解酶结构域;大规模筛选预测到 126 个分泌蛋白具有B细胞表位抗原性的功能。结论 结膜吸吮线虫分泌蛋白多为小型蛋白,推测这些蛋白可能参与糖代谢、抗氧化活性,协助虫体的入侵及其在宿主体内的寄生。     

结肠癌相关生物标记物和信号通路的生物信息学筛选

背景:结肠癌是最常见的恶性肿瘤之一,生物信息学方法能有效挖掘基因芯片数据,筛选结肠癌相关的候选生物标记物。目的:使用生物信息学方法并结合肿瘤公共数据库的分析来筛选结肠癌可能的生物标记物。方法:从GEO数据库中下载GSE44861基因表达谱,以R软件"limma"包筛选差异表达基因,行GO和KEGG分析,并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,选择核心模块并验证核心基因。结果:芯片GSE44861包含来自肿瘤和癌旁正常组织的111个结肠组织。在结肠癌组织中筛选出367个差异表达基因,包括123个上调基因和244个下调基因。GO和KEGG分析显示,差异表达基因分别在生物过程和15条KEGG通路中富集。PPI网络模块鉴定出6个核心基因,结肠癌组织中CXCL1、CXCL3表达升高,CXCL12、LPAR1、PYY、SST表达降低,与验证集GSE44076、Oncomine数据库、GEPIA数据库的验证结果一致。结论:本研究所鉴定的差异表达基因和核心基因可促进对结肠癌分子机制的理解,并且可能成为结肠癌诊断和治疗的分子生物标记物。     

弓形虫Ⅰ、Ⅱ型虫株ROP16基因重组表达载体的构建及其对A549细胞STAT3/6磷酸化水平的影响

目的探索弓形虫Ⅰ、Ⅱ型虫株ROP16在A549细胞中的功能。方法提取弓形虫Ⅰ(RH)、Ⅱ(ME49)型虫株总RNA,PCR扩增ROP16基因全长序列后克隆至真核表达载体pEGFP-N1,转染A549细胞,采用Western blot方法检测细胞中STAT3/6磷酸水平,采用实时荧光定量PCR检测IL-12、iNOS、ARG1mRNA表达水平。结果 PCR扩增Ⅰ、Ⅱ型虫株ROP16基因全长为2148bp。双酶切和测序验证重组载体构建正确,pEGFP-N1-RH ROP16和pEGFP-N1-ME49ROP16过表达载体转染A549细胞后ROP16mRNA表达水平较未转染组上调(P0.05,F=824.184,270.904),pEGFP-N1-ME49ROP16转染A549细胞p-STAT3/6表达水平与对照组比较差异无统计学意义(P0.05,F=1.051,1.203),IL-12、iNOS mRNA与对照组表比呈高表达(P0.01,F=157.705,173.623)。pEGFP-N1-RH ROP16转染组相比A549细胞对照组p-STAT3/6表达水平上调(P0.05,F=121.227,68.324),IL-12mRNA表达下调(P0.01,F=186.397),ARG1mRNA表达上调(P0.01,F=126.236)。结论弓形虫Ⅰ型RH株ROP16蛋白具有激活p-STAT3/6作用,且能使ARG1 mRNA的表达上调,IL-12 mRNA的表达下调,而弓形虫Ⅱ型ME49虫株ROP16蛋白则无激活p-STAT3/6作用,但能使IL-12mRNA和iNOS mRNA的表达上调。     

综合基因表达谱分析与人类肝胰岛素抵抗相关蛋白分子表达研究*

目的 分析糖尿病患者与正常人肝组织之间的差异表达基因（DEGs）,筛选出肝组织中与可能产生胰岛素抵抗相关作用的蛋白分子。方法 从GEO数据库下载基因芯片数据集GSE23343（包括10例2型糖尿病和7例正常人肝组织的基因表达值）,通过DEGs表达谱分析和功能通路富集分析,构建DEGs对应的蛋白质-蛋白质相互作用网络。结果 分析得到928个显著上调的DEGs（P<0.01）,发现DEGs主要富集在细胞和代谢生物过程中,KEGG通路富集显示DEGs主要集中于信号转导和肿瘤相关通路。经蛋白质相互作用网络构建,筛选出5个关键蛋白分子MDM2、PCNA、CAV1、PIK3R1、NR3C1。结论 系统地筛选出人类肝组织中可能与胰岛素抵抗形成相关的蛋白分子,为进一步实验研究肝胰岛素抵抗产生机制和新的降血糖药物作用靶点提供基础。     

弓形虫感染对THP-1巨噬细胞极化影响的研究

目的 探讨弓形虫感染对体外诱导的人外周血单核细胞(Human acute monocytic leukemia cell line,THP-1)极化特点的影响。方法 用佛波酯(PMA)诱导THP-148 h使之由悬浮的单核细胞诱导为贴壁的巨噬细胞,体外选择不同时间点感染弓形虫,用Diff染色分析弓形虫在细胞内的增殖情况。Western blot检测极化相关蛋白,Q-PCR检测mRNA的表达情况。结果 成功诱导得到贴壁的巨噬细胞模型,感染弓形虫后,M1型巨噬细胞标志性蛋白iNOS 及M2型巨噬细胞标志型蛋白Arg-1 36 h表达量与对照组差异明显(t=10.23,P<0.05)。Q-PCR的结果显示不同的处理组IL-1、IL-12、iNOS和TNF-α逐渐减少,而IL-10、Arg-1呈逐渐增加,到36 h达到顶峰(t=9.587,P<0.05)。结论 弓形虫RH株感染THP-1巨噬细胞后可以在胞内生长增殖,THP-1细胞感染后向M2型巨噬细胞方向极化。     

牛分枝杆菌感染巨噬细胞（THP-1）全基因表达谱变化的研究

目的分析可用于牛结核病免疫学诊断的候选靶标,同时初步探讨由牛分枝杆菌（Mycobacterium bovis）引起人结核病的免疫学发病机制。方法牛分枝杆菌 (AF 2212/97)和结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis(H₃₇Rv)）感染人的模式巨噬细胞（THP-1）,采用含有22000个基因全长的基因芯片分析感染72h后的THP-1细胞全基因组的在转录水平的表达谱变化。在确定所分析的芯片的特异性和稳定性均达到要求的基础上,通过GO显著性统计分析,研究表达变化的基因所对应蛋白的分子功能,生物过程以及细胞组分;进一步采用Pathway显著性统计分析,研究表达差异蛋白之间的相互作用。结果感染H₃₇Rv后的THP-1细胞,存在290个差异基因表达,其中170个上调表达,120个下调表达,与以往的结果类似。牛分枝杆菌感染的THP-1细胞中有1899(8.6%)个基因差异表达,其中1075个基因被上调表达(56.6%),其他43.4%被下调。1899个基因中1674个在GenBank有记录,263个是新基因,,基质金属蛋白酶12(H200000442)被上调达60.4921倍;下调幅度最大的蛋白丝氨酸/半胱氨酸抑制酶(H200006177)被下调6.29倍。采用GO分析发现,这些基因对应的多为炎症因子蛋白、凋亡蛋白、细胞外基质蛋白、T细胞受体信号通路相关蛋白等。其中与炎症相关的的蛋白有47个,如TNF、IL8、CXCL3、CCL8、CCL7、IFNK、IL-26、CCL28等。随后的Pathway分析差异表达基因对应的2014个蛋白,展示了一系列的引起结核病发病的重要信号传导通路。结论基因表达谱研究可为牛结核病发病机制及其诊断研究提供大量有益的生物学信息。     

微小隐孢子虫IId亚型早期感染对HCT-8细胞TLRs的影响

目的 研究微小隐孢子虫IId亚型(中国流行株)感染对HCT-8细胞TLRs的影响。方法 微小隐孢子虫IId亚型感染HCT-8细胞4 h及12 h后,提取细胞RNA,利用qRT-PCR方法检测TLRs的表达水平,并通过生物信息学分析表达差异显著的miRNAs与TLRs的关系。结果 HCT-8细胞表达TLR1-TLR10 10种TLRs,并且微小隐孢子虫IId亚型早期感染(4 h和12 h)导致TLR2和TLR4表达量较对照组上调有统计学意义,其它8种TLRs较对照组表达变化无统计学意义。生物信息学分析表明TLR2和TLR4 并不是表达差异显著的miRNAs靶基因,但这些表达差异显著的miRNAs可以靶向27个TLRs信号通路基因。结论 TLR2和TLR4在微小隐孢子虫IId亚型感染HCT-8细胞中可能发挥着一定的作用,差异表达miRNAs的预测靶向中有TLR信号通路相关基因。     

转录组测序分析FOXD3基因对胃癌细胞调控的分子机制

目的探讨FOXD3在胃癌细胞中可能调控的基因,阐明其在胃癌发生、发展过程中的可能机制。方法通过慢病毒感染技术建立FOXD3基因过表达MKN45细胞系及对照组MKN45细胞系,利用转录组测序技术检测两组细胞的基因表达谱,通过生物信息学方法比较两组细胞间的差异表达基因(DEGs),分析DEGs的基因本体论(GO)功能富集及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集情况,并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。结果 FOXD3基因过表达后,筛选出586个DEGs,其中343个DEGs表达上调,243个DEGs表达下调。GO功能富集结果显示,DEGs主要参与正向调控RNA聚合酶Ⅱ启动子转录、双向调控细胞增殖、细胞黏附、炎症反应等生物学过程。KEGG通路主要富集在PI3K-Akt信号通路、肿瘤相关通路、焦点粘连等。从PPI网络中筛选出前10个靶向基因AGT、BDKRB2、NMUR2、SAA1、CHRM1、ADRA1B、CXCL1、CXCR4、CXCL8、GNAI1,并揭示这些基因参与了G蛋白偶联受体信号通路、神经活性配体-受体相互作用、钙离子信号通路、趋化因子信号通路等重要途径。结论本研究一定程度上揭示了FOXD3基因可介导多个靶向基因,影响多条通路及生物学过程参与胃癌的发生、发展的可能分子机制,但仍需进一步进行研究验证。     

IL-33敲除促进弓形虫感染小鼠腹腔巨噬细胞的M1偏移

目的 研究IL-33敲除(IL-33^-/-)对小鼠急性弓形虫感染腹腔巨噬细胞(pMφ)极化的影响,探讨IL-33^-/-在弓形虫感染免疫应答中的作用。方法 收集C57BL/6 IL-33^-/-小鼠和野生型(WT)小鼠pMφ,各分为弓形虫感染组和未感染组,比较各组pMφ 感染率、细胞因子及表面分子表达水平的变化。结果 IL-33^-/-小鼠pMφ 弓形虫感染30 min后的感染率低于WT小鼠(t=-2.49,P<0.05);IL-33^-/-小鼠感染组pMφ M1型标志物NO(t=29.71,P<0.05)、MHCⅡ(t=19.05,P<0.05)、TLR4(t=8.34,P<0.05)表达高于WT小鼠感染组,而M2型标志物CD206表达低于WT小鼠感染组(t=-3.34,P<0.05);感染组小鼠pMφ NO、IL-10、TNF-α、MHCⅡ类分子及CD86的表达高于各自未感染对照组;IL-33敲除和弓形虫感染对IL-33^-/-与WT小鼠pMφ MHCⅡ(F=5.25,P<0.05)、TLR2(F=14.88,P<0.05)分子的表达有交互作用。结论 在急性弓形虫感染早期,IL-33敲除驱动小鼠pMφ 向M1方向极化,促进pMφ 抗感染。     

R语言下食管鳞状细胞癌关键驱动基因富集分析的生物信息学研究

目的本研究利用食管鳞状细胞癌(ESCC)相关微表达矩阵芯片数据,筛选出与ESCC发生、发展显著相关的关键通路及关键基因,并对关键基因所在的功能模块进行GO和KEGG富集分析、蛋白-蛋白相互作用分析以及关键基因在ESCC患者中的生存分析。方法从GEO数据库获得了GSE38129微表达矩阵芯片数据,利用R语言及其相关的软件包进行数据处理和差异表达分析,所有差异表达基因选取“FDR<0.05及logFC≥2或log2FC≤-2”为阈值。结果本研究筛选出51个上调基因和81个下调基因进行GO和KEGG富集分析,并将筛选出来的关键基因进行生存预后分析,表明PBK、VCAN、DLGAP5、ADAT2、TOP2A与ESCC生存期相关。结论利用生物信息学方法筛选出ESCC发生、发展过程中的关键基因和信号通路,为ESCC的诊疗提供潜在的候选靶点。