槲皮素治疗心力衰竭的分子机制:基于网络药理学与分子对接方法

目的 基于网络药理学和分子对接研究槲皮素治疗心力衰竭(HF)的分子机制。方法 利用TCMSP、PharmMapper、CTD和GeneCards数据库得到槲皮素和HF相关靶点,通过在线Venn网站得到槲皮素-HF交集靶点,构建蛋白质相互作用网络后导入Cytoscape3.7.2得到槲皮素治疗HF的核心靶点。通过R包进行GO、KEGG通路富集分析,利用Auto Dock Vina进行分子对接。通过蛋白质免疫印迹检测槲皮素处理HF细胞模型的AKT1、Phospho-AKT（Ser473）、eNOS、MMP9和Caspase-3的蛋白水平。结果 分析得到80个槲皮素-HF交集靶点,槲皮素治疗HF核心靶点5个：AKT1、CASP3、MAPK1、MMP9和MAPK8。GO分析中,生物过程集中在对肽类激素的反应、磷脂酰肌醇介导的信号传导、脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应和炎症反应的调节等。KEGG通路富集分析表明富集最显著的信号通路为：脂质与动脉粥样硬化通路、癌症中的蛋白多糖、PI3K-AKT信号通路、糖尿病心肌病和MAPK信号通路。分子对接显示槲皮素对5个核心靶点具有良好的结合活性。蛋白质免疫印迹结果显示,100 μmol/L 槲皮素可明显降低心力衰竭细胞AKT1、Phospho-AKT（Ser473）、eNOS、MMP9和Caspase-3水平（P<0.01）。结论 槲皮素可能通过调节AKT1-eNOS-MMP9通路抗凋亡从而改善心力衰竭的病理变化。     

基于网络药理学预测白藜芦醇治疗溃疡性结肠炎靶点与分子机制

目的：运用网络药理学方法探寻白藜芦醇治疗溃疡性结肠炎的关键靶点及分子作用机制。方法：通过SwissTargetPrediction数据库查找白藜芦醇的作用靶点;采用GeneCards数据库搜索溃疡性结肠炎的相关蛋白。将白藜芦醇作用靶点和溃疡性结肠炎靶点取交集,即为白藜芦醇治疗溃疡性结肠炎潜在靶点。采用STRING数据库找出靶点的作用关系,使用Cytoscape 3.9.2软件筛选核心靶点。使用基因微生信网站进行GO与KEGG通路富集分析,以Cytoscape3.9.2软件构建“成分-靶点-通路”网络。使用SwissDock进行分子对接。结果：从SwissTargetPrediction得到69个白藜芦醇作用靶点,GeneCards数据库得到的533个溃疡性结肠炎相关靶点,两者取交集后共得到22个白藜芦醇抗溃疡性结肠炎的作用靶点。在蛋白相互作用网络中EGFR、SRC、MMP9、MMP2处于核心位置。在GO富集分析和KEGG通路分析中,EGFR、SRC、MMP9、MMP2均存在于内分泌抵抗、松弛素信号通路、雌激素信号通路中。分子对接结果显示,白藜芦醇与核心靶点均有较强的相互作用。结论：白藜...     

栀子苷防治动脉粥样硬化的分子生物学分析

目的基于网络药理学和分子对接分析栀子苷治疗动脉粥样硬化(Atherosclerosis,AS)的分子生物学机制。方法利用TCMSP、BATMAN-TCM、STITCH、Swiss Target Prediction数据库筛选栀子苷的作用靶点,通过Gene Cards、CTD、PALM-IST、Disgenet数据库筛选AS疾病作用相关靶点。通过STRING数据库进行蛋白互作网络分析,Cytoscape 3.7.2构建蛋白相互作用网络。同时利用CB-Dock在线平台进行分子对接来验证栀子苷与核心靶点的结合性。DAVID 6.8进行GO分析和KEGG信号通路富集分析。结果筛选出栀子苷与AS共同靶点115个; GO功能分析中生物过程156条、细胞组分32条和分子功能51条; KEGG信号通路26条,主要涉及炎症通路。栀子苷抗动脉粥样硬化主要作用于IL-6、SRC、MMP3、MMP9、GAPDH、VCAM1、EGFR、MMP1、MMP7、MMP2共10个Hub靶点。分子对接结果显示栀子苷与核心靶点对接紧密。结论从网络药理学和分子对接角度初步阐释了栀子苷可能通过调控炎症因子,稳定动脉硬化斑块,参与炎症、代谢等相关信号通路,以多靶点、多途径参与AS的多种病理过程,对治疗AS发挥一定的干预作用。分子对接显示栀子苷与核心靶点连接紧密,为进一步开展实验研究揭示其药效物质基础及作用机制提供了依据。     

基于网络药理学与分子对接的丹皮酚治疗结直肠癌的分子机制研究

目的 基于网络药理学与分子对接探讨丹皮酚治疗结直肠癌的靶点与作用机制。方法 通过PubChem、SwissTargetPrediction和TargetNet数据库检索丹皮酚的药物靶点，使用Genecards、OMIM和TTD数据库检索结直肠癌的疾病靶点，通过Venny在线工具获得交集靶点。利用Metascape数据库完成交集靶点的基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组数据库（KEGG）信号通路富集分析。交集靶点经STRING数据库与Cytoscape软件分析其相互作用关系并筛选枢纽节点。采用LeDock与CB-Dock2软件完成丹皮酚与枢纽节点的分子对接，以筛选丹皮酚的核心药物靶点。结果 经筛选得到21个药物靶点。富集分析结果显示，丹皮酚发挥作用的分子机制涉及癌症通路、Ras信号和Rap1信号等通路，而其涉及的生物过程包括细胞对缺氧的反应以及调控激酶活性等。蛋白质-蛋白质相互作用分析发现9个靶点为蛋白质相互作用的枢纽。分子对接结果显示，丹皮酚和枢纽节点中的SRC、EP300、MMP9具有最高亲和力，提示SRC、EP300以及MMP9可能是丹皮酚治疗结直肠癌的核心靶点。结论 丹...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨丹红注射液治疗肺纤维化的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接技术,探讨丹红注射液防治肺纤维化的作用靶点。方法 通过TCMSP数据库检索丹参和红花的有效成分,将各有效成分带入TCMSP数据库和Swiss TargetPrediction数据库获得有效成分的作用靶点,从GeneCards数据库获取肺纤维化的治疗靶点,把成分靶点和疾病靶点交集后,使用String数据库构建蛋白互作网络(PPI)并分析。利用R软件进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。最后通过AutoDock软件对核心成分和靶点进行分子对接。结果 共获得172个交集靶点,GO富集分析显示对外源性刺激的反应、炎症反应、凋亡过程的负调控等可能参与到丹红注射液治疗肺纤维化进程。KEGG富集分析显示丹红注射液治疗肺纤维化的信号通路主要集中于10条,其中脂质和动脉粥样硬化(lipid and atherosclerosis)、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路(AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications)、流体剪切力与动脉粥样硬化(fluid shear stress a...     

基于网络药理学和分子对接研究颐脑解郁方治疗抑郁症的作用机制

目的：采用网络药理学和分子对接的方法探讨颐脑解郁方治疗抑郁症的作用机制。方法：通过检索TCMSP、Symmap数据库获取颐脑解郁方的活性成分,利用 TCMSP、Uniport和Symmap预测活性成分的靶点,并通过GeneCards、OMIM、pharmgkb、TTD、DrugBank数据库检索抑郁症疾病靶点,将其疾病靶点取交集,进而将颐脑解郁方的活性成分靶点与抑郁症的疾病靶点取交集,利用Cytoscape构建药物成分-靶点网络,并使用STRING数据库构建蛋白相互作用网络(PPI),进行核心基因的GO和KEGG富集分析,并使用Pymol、AutoDock Tools软件制作分子对接。结果：共获取颐脑解郁方组方中6味植物药的活性成分72个,对应1363个目标靶点;通过CytoNCA筛选出9个关键靶点;GO富集分析得到生物学过程2624条、分子功能243条以及细胞组分116条,主要与炎症反应、以及氧化应激过程相关;KEGG富集分析得出194条显著富集的通路,主要为 IL-17 信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等,其功能主要涉及免疫系统调控、信号传导、内分泌系统、细胞生长与凋亡等。结论：颐脑解郁方可通过多个化合物作用于多个分子靶点发挥其对抑郁症的治疗作用,其分子机制主要涉及抑制炎症反应,减弱氧化应激等方面。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨鹰嘴豆芽素A治疗神经胶质瘤的作用机制

目的 通过网络药理学、分子对接的方法探究鹰嘴豆芽素A治疗神经胶质瘤的作用机制。方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台（traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP）、TargetNet、Swiss Target Prediction等数据库和分析平台,筛选出鹰嘴豆芽素A对应靶点,利用DisGeNET、GeneCards等数据库获得神经胶质瘤的作用靶点。取药物与疾病的交集靶点,借助STRING数据库进行蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)分析,利用Cytoscape 3.9.1软件构建潜在靶点网络关系图。对交集靶点通过DAVID数据库进行本体论富集分析（gene ontology,GO）和京都基因和基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析。通过DockThor数据库对鹰嘴豆芽素A和关键靶点进行分子对接,Pymol软件进行可视化处理。结果 共筛选出鹰嘴豆芽素A靶点149个,神经胶质瘤相关靶点5654个,药物与疾病交集靶点97个,核心靶点为表皮生长因子受体（epidermal growth factor receptor,EGFR）、雌激素受体（estrogen receptor,ESR1）、热休克蛋白（heat shock protein,HSP）90AA1、基质金属蛋白酶（matrix metalloproteinase,MMP）9、PPARG、PTGS2,靶点参与的功能主要与肿瘤细胞增殖、侵袭、凋亡等过程有关。GO富集分析发现鹰嘴豆芽素A在生物过程、细胞组成、分子功能多方面参与神经胶质瘤的治疗。KEGG通路108条,包括肿瘤、化学致癌作用-受体活性、脂质和动脉粥样硬化、PI3K/Akt等信号通路。分子对接结果显示鹰嘴豆芽素A与关键靶点均有较好的结合活性。结论 鹰嘴豆芽素A可能通过抑制肿瘤细胞增殖、诱导凋亡、增强化疗敏感性等发挥治疗神经胶质瘤的作用。     

基于网络药理学探讨痛经宁方治疗子宫内膜异位症的分子机制

目的基于网络药理学探讨痛经宁方治疗子宫内膜异位症的分子机制。方法将通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)得到痛经宁方的有效活性成分,与根据OMIM数据库和Gene Cards数据库搜索得到的子宫内膜异位症疾病靶点交集,取得交集靶点。使用Cytoscape 3.7软件构建"中药-活性成分-靶点"网络。基于STRING数据库,构建蛋白互作(PPI)网络。利用DAVID数据库,进行痛经宁方潜在作用靶标的GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果从痛经宁方中筛选出活性成分166个,其中61个有效活性成分可通过60个靶点作用于子宫内膜异位症。通过富集得到1177个GO生物功能和118条KEGG通路。结论基于网络药理学初步探究痛经宁方中槲皮素、山柰酚、花生四烯酸、异鼠李素、豆甾醇、β-谷甾醇、鞣花酸等有效成分作用于IL-6、VEGFA、EGFR、MAPK8、CASP3、ESR1等关键靶点,通过调控机体内类固醇激素水平、炎症反应、氧化应激、核受体活性、转录因子活性、细胞凋亡等过程治疗子宫内膜异位症,为进一步研究其具体作用机制提供了理论依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨土茯苓-车前子干预尿酸性肾病作用机制

目的 通过网络药理学方法和分子对接研究土茯苓-车前子干预尿酸性肾病的可能机制。方法 使用TCMSP数据库筛选土茯苓-车前子化学成分及作用靶点,利用GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选尿酸性肾病相关靶点,获取药物-疾病交集靶点,利用STRING11.0数据库构建蛋白相互作用网络,利用Cytoscape3.7.2软件构建活性成分-靶点网络,利用DAVID6.8数据库对药物-疾病交集靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。利用AMDock1.0软件对主要活性成分与核心靶点进行分子对接。结果 获得土茯苓活性成分15个,车前子9个,活性成分与尿酸性肾病交集靶点59个,核心靶点有IL6、TNF、PPARG、TP53等。GO功能分析得到生物过程238个,细胞组分39个,分子功能46个;KEGG通路富集分析得到84条通路,包括AGE-RAGE、IL-17、TNF信号通路等。分子对接结果显示,主要活性成分与核心靶点之间有较强亲和力。结论 土茯苓-车前子干预尿酸性肾病与调节肝、肾细胞相关细胞因子,激活AGE-RAGE、IL-17、TNF信号通路,影响肝、肾细胞生物活性有关。     

基于网络药理学解析青蒿素治疗结直肠癌的分子机制

目的 基于网络药理学解析青蒿素治疗结直肠癌的分子机制。方法 通过TCMSP、OMIM等数据库对青蒿素的作用靶点及结直肠癌的疾病靶点进行检索筛选,将药物成分靶点与疾病靶点取交集,采用STRING数据库、Cytoscape3.8.2软件及相关插件构建蛋白相互作用网络图,利用DAVID对核心靶点进行GO富集分析、KEGG通路富集分析。采用AutoDock Vina进行分子对接。结果 共筛选获得青蒿素活性成分22个,作用靶点499个,将药物成分靶点与青蒿素疾病靶点取交集共获得靶点12个,构建PPI网络,经拓扑及聚类分析后获得TP53、EGFR、CCND1、CDKN2A、AKT1和RB1等关键靶点。GO分析显示,青蒿素对结直肠癌的作用机制涉及从RNA聚合酶Ⅱ启动子转录、蛋白质磷酸化、对雌激素的反应等过程。KEGG通路富集为Pathways in cancer通路等;分子对接结果显示,关键靶点TP53与活性成分青蒿素结合能为-4.0Kcal/mol;免疫浸润结果显示TP53表达与CD8⁺T Cell呈正相关。结论 青蒿素治疗结直肠癌具有多靶点、多通路的特点,可能通过关键靶点T...     

独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎的网络药理学机制及实验验证

【目的】应用网络药理学及分子对接技术探讨独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎（KOA）的作用机制，并通过体外实验进行验证。【方法】检索TCMSP、中国药典、BATMAN-TCM数据库获取独活、牛膝的活性成分，筛选去重后应用TCMSP数据库确定作用靶点，运用GeneCards和OMIM数据库筛选KOA相关的靶点。采用Cytoscape构建药物活性成分-KOA-靶点网络模型并进行分析；运用STRING数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络，通过R 4.0.2软件对交集靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集；运用AutoDockTools对前5位的核心靶点进行分子对接。进而通过体外细胞实验验证有效成分槲皮素对核心靶点的调控作用。【结果】通过筛选得到14个有效活性成分、171个活性成分靶点、2 040个KOA靶点和99个交集靶点。GO分析结果显示独活-牛膝药对治疗KOA关键靶点的生物功能主要涉及炎症反应、细胞代谢、调节蛋白激酶及磷酸酶活性等。KEGG通路主要富集到肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素17(IL-17)信号通路、癌症通路等。分子对接结果显示独活...     

基于网络药理学及分子生物学验证探讨畲药黄荆条黄酮类成分抗类风湿关节炎的作用机制

目的 运用网络药理学及分子生物学验证探讨畲药黄荆条黄酮类成分治疗类风湿关节炎（RA）的作用机制。方法 在中国知网、万方、维普和TCMSP数据库筛选黄荆条的黄酮类成分,通过Swiss Target Prediction平台获取活性成分的靶点;通过Gene Cards和CTD数据库获取RA的治疗靶点;利用Cytoscape软件构建黄荆条抗RA的活性成分-作用靶点网络和蛋白质相互作用（PPI）网络;应用R软件对黄荆条抗RA的作用靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析;应用Autodock vina软件对关键活性成分和靶点进行分子对接验证。采用Western blot验证黄荆条醇提物（HJT-E）及关键成分木犀草素（LUT）对LPS刺激的RAW264.7细胞MMP9、COX-2和AKT1蛋白的调控作用。结果 共得到活性成分靶点309个,RA治疗靶点455个,黄荆条黄酮类成分抗RA的50个靶点;黄荆条治疗RA的关键黄酮类成分主要有LUT、槲皮素、芹菜素、金合欢素等,关键靶蛋白主要有CASP3、MMP9、PTGS2、AKT1等;GO富集分析及KEGG富集分析表明,黄荆条黄酮类成分可调控多种生物学过程及通路,包括AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等;细胞实验验证结果显示,HJT-E及LUT可通过抑制MMP9、COX-2和AKT1蛋白的表达发挥抗炎作用,证实了本研究中网络药理学分析结果的可靠性。结论 畲药黄荆条黄酮类成分通过多靶点和多途径调控成纤维样滑膜细胞增殖、促进其凋亡及缓解炎症反应以发挥抗RA的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨益气活血方治疗糖尿病肾病的作用机制

探讨运用网络药理学与分子对接技术,分析自拟益气活血方治疗糖尿病肾病（DN）的有效成分、潜在靶点和作用机制。方法 通过多个公共数据库获得益气活血方中活性成分的潜在靶点及DN的疾病靶点,并获得交集靶点,对交集靶点进行GO和KEGG分析,蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析与网络构建;利用Autodock vina软件对重要成分及关键靶点进行分子对接。结果 网络药理学分析获得有效活性成分78个、成分靶点223个、疾病靶点1002个、交集靶点81个、关键靶点15个。富集的 KEGG 通路有胰岛素抵抗、 PI3K-Akt 信号通路等。分子对接结果显示山柰酚、木樨草酸等成分对大部分靶点具有亲和力。结论 益气活血方可能通过调节炎症与细胞自噬、促进ECM蛋白的降解、调节外周组织对胰岛素的敏感性及胰腺β细胞的增殖和凋亡等作用机制达到治疗DN的作用     

蛭龙活血通瘀胶囊治疗动脉粥样硬化的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨蛭龙活血通瘀胶囊治疗动脉粥样硬化(AS)的作用机制。方法 采用多个中药及疾病数据库筛选蛭龙活血通瘀胶囊与动脉粥样硬化相关成分及靶点,取交集后,通过STRING 11.0数据库、Cytoscape 3.9.0软件构建PPI互作网络图和“药物-活性成分-疾病-靶点”网络图,并进行GO功能与KEGG信号通路富集分析。最后使用Auto Dock Tools 1.5.6软件进行分子对接。结果 蛭龙活血通瘀胶囊通过多成分作用于L6、TNF、VEGFA、CCL2、MMP9、NOS3等多个核心靶点,调控AGE-RAGE、HIF-1、Apelin等多条信号通路,影响炎症反应、氧化应激、血管生成、细胞凋亡等生物过程治疗AS。结论 蛭龙活血通瘀胶囊治疗AS具有多成分、多靶点、多通路的特点。     

基于网络药理学和分子对接研究人参治疗糖尿病肾病中的作用

目的 基于网络药理学和分子对接研究人参治疗糖尿病肾病(DN)的作用机制。方法 用TCMSP数据库筛选人参的有效成分和其对应的靶点,并用Cytoscape-v3.8.2软件构建药物-成分-靶点网络。用OMMI数据库和GeneCards数据库筛选DN的疾病靶点,并与人参有效成分对应的靶点取交集靶点。将交集靶点分别输入STRING和DAVID数据库构建PPI网络、GO生物功能富集分析和KEGG通路富集分析。最后将筛选得到的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果 筛选得到人参的有效成分22种,对应的靶点116个,其中作用于DN的靶点63个;药物-成分-靶点网络显示,人参的核心成分有山奈酚和β-谷甾醇;PPI网络发现人参治疗DN的核心靶点为PTGS2、IL-1β、TNF-α、AKT1、PPARG、CASP3、NOS3和NFKBIA;GO生物功能富集分析得到生物过程(BP)条目377个,细胞组分(CC)条目42个,分子功能(MF)条目62个;KEGG通路富集分析得到135条通路,主要包括脂质与动脉粥样硬化、弓形虫、癌症信号通路和AGE-RAGE信号通路等。分子对接发现山萘酚与PTGS2、IL-1β、...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨香砂六君子汤抗胃癌机制研究

目的 基于网络药理学联合分子对接技术探究香砂六君子汤干预胃癌的网络调控作用机制。方法 收集中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）中香砂六君子汤组方药物的有效成分及其靶点,筛选GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank数据库中胃癌有关基因,通过两者交集获取香砂六君子汤治疗胃癌的相关靶点,并通过Cytoscape 3.8.0软件构建“中药-成分-靶点”网络。基于STRING 11.5数据库及Cytoscape 3.8.0软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并筛选核心蛋白,运用R软件对关键靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,并对药物有效成分和核心靶点进行分子对接验证。结果 获得香砂六君子汤靶向胃癌的蛋白215个,基于PPI网络分析及节点评分计算,共筛选出JUN、MAPK8、ESR1、EGFR、FOS、RELA等19个核心靶点。GO功能、KEGG通路富集分析结果显示,交集靶点主要富集于对药物反应、对脂多糖反应等生物过程和脂质和动脉硬化,以及肿瘤坏死因子、IL-17等通路。分子对接结果显示,该药物主要有效成分和核心靶点蛋白有较好的结合力。结论 香砂...     

基于网络药理学和分子对接探讨鳖甲煎丸抗肝癌的作用机制

目的 基于网络药理学、芯片分析和分子对接方法探究鳖甲煎丸抗肝癌的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中药高通量实验和参考指南数据库（HERB）和中国知识资源总库（CNKI）收集鳖甲煎丸活性成分及作用靶点,在GeneCards、OMIM和DrugBank数据库收集肝癌疾病靶点,取二者交集靶点作为潜在靶点并进行GO功能和KEGG通路富集分析。利用Cytoscape3.7.2软件构建鳖甲煎丸-活性成分-潜在靶点-肝癌网络和蛋白相互作用（PPI）网络并筛选核心成分和核心靶点,结合GEO芯片筛选核心作用靶点,与核心成分进行分子对接验证。结果 筛选得到鳖甲煎丸活性成分152个,治疗肝癌潜在靶点221个,GO功能富集分析主要涉及细胞凋亡等生物过程,细胞核、细胞质等细胞组分,蛋白结合、酶结合、蛋白丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶活性等分子功能,KEGG富集分析涉及PI3K-Akt、MAPK等信号通路。核心成分槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、木犀草素与核心作用靶点MAPK1、MYC、EGFR、FOS对接结合稳定。结论 鳖甲煎丸可能通过PI3K-Akt、MAPK等信号通路,作用于MAP...     

通过综合网络信息方法深入了解EPA治疗ANCA相关血管炎的分子机制

目的 通过网络药理学和分子对接的研究方法预测二十碳五烯酸(EPA)辅助治疗ANCA相关性血管炎(AAV)的分子作用机制。方法 通过PubChem获取EPA的三维结构和相应的结构式,在STITCH、Swiss Target Prediction、Pharmmapper和CTD数据库获取药效团预测靶点,并将获取药效团预测靶点并与GeneCards、OMIM和Disgenet数据库获取的AAV疾病靶点做交集,得到关键靶点,运用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络;对有效靶点进行GO分析及KEGG相关通路的富集分析;通过Autodock对成分靶点进行分子对接验证。结果 获得116个EPA治疗AAV潜在作用靶点,关键靶点包括TNF,IL6,ALB,TP53,IL1β,MAPK3,CASP3,PTGS2,PPARG,CCL2等。GO富集分析有1503个GO术语(P<0.05),KEGG中有1503个信号通路(P<0.05)主要富集在癌症、脂质和动脉硬化、TNF信号传导途径、神经变性的途径——多种疾病和IL-17信号传导途径等多个信号通路。分子对接结果发现EPA与免...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨防风通圣丸治疗荨麻疹的可行性

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨防风通圣丸治疗荨麻疹的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索防风通圣丸中各味中药的化学成分和潜在作用靶点,借助GeneCards、在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库检索荨麻疹的相关靶点;通过UniProt数据库将靶点进行基因转换,将药物与疾病交集靶点导入Cytoscape和STRING数据库,分别构建“药物-成分-靶点-疾病”和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;然后利用DAVID数据库对其核心靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析;最后利用Autodock软件进行分子对接。结果 筛选出防风通圣丸主要活性成分为槲皮素、山奈酚、木犀草素、β-谷甾醇、汉黄芩素、刺槐素,排名前六的蛋白为白细胞介素-6(IL-6)、血管内皮生长因子-A(VEGFA)、半胱天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)、表皮生长因子受体(EGFR)、细胞周期蛋白D1(CCND1)、受体酪氨酸激酶erbB-2(ERBB2);GO富集分析共得到63个条目,KEGG通路81条,主要涉及炎症反应调节、免疫调节、激素水平等方面...     

异甘草素治疗糖尿病脑病的网络药理学分析和实验验证

目的 基于网络药理学分析和体外实验探讨异甘草素(Isoliquiritigenin, ILG)治疗糖尿病脑病(Diabetic encephalopathy, DE)的作用机制。方法 利用HERB数据库和SwissTargetPrediction数据库预测ILG的作用靶点,再通过GeneCards、OMIM和PharmGkb获取DE相关疾病靶点,并通过Venny软件获得ILG作用靶点与DE相关疾病靶点的交集靶点;借助STRING数据库绘制PPI网络,使用Cytoscape 3.9.1软件筛选出核心靶点;利用R 4.0.3软件进行GO功能和KEGG信号通路富集分析;最后使用分子对接技术和体外实验进行验证。结果 共筛选出65个ILG-DE交集靶点;通过拓扑分析,得到8个核心靶点为EGFR、ESR1、PTGS2、PPARG、GSK3β、CDK2、PIK3R1和F3。GO功能和KEGG通路富集分析显示LIG抗DE涉及多个生物学过程,影响多种细胞组分和分子功能,如对脂多糖的反应、蛋白磷酸化、蛋白激酶活性、蛋白丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶活性等。涉及的信号通路包括PI3K-Akt信号通路、癌症中的蛋...