宁夏2004-2007年流行麻疹野病毒基因特征分析

目的了解宁夏2004-2007年流行的麻疹野病毒分离株基因特征,为控制、消除麻疹提供科学依据。方法用B95a、Vero/Slam细胞从疑似麻疹暴发和散发患者的标本中分离麻疹病毒,通过逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR),从分离到的麻疹病毒中扩增出核蛋白(nucleoprotein,N)基因C末端676个核苷酸片段,再对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并以C末端456个核苷酸片段构建基因亲缘性关系树,进行核苷酸、氨基酸同源性分析。结果分离的36株麻疹野病毒全部为H1基因型H1a亚型。36株麻疹野病毒的核苷酸同源性为96.2%-100.0%,氨基酸同源性为94.0%-100.0%。宁夏14株麻疹病毒代表株与中国S191疫苗株的核苷酸同源性为91.0%-92.5%,氨基酸同源性为85.4%-89.4%。结论宁夏2004-2007年流行的麻疹野病毒为H1基因型H1a亚型,未发现其它基因亚型。H1a基因亚型病毒株引起了多个传播链造成宁夏各市的麻疹流行。     

河南省麻疹病毒基因分型及中和抗体水平研究

目的了解河南省流行的麻疹野病毒的基因特征,以及人群中麻疹中和抗体水平,探讨免疫水平对麻疹流行的影响。方法采集麻疹患者咽拭子标本分离病毒,用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增麻疹野病毒分离株的核蛋白(N)基因羧基末端450个核苷酸片段,再对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析。用微量中和试验测定健康人群、麻疹患者血清中和麻疹疫苗株和野毒株的中和抗体水平。结果共分离麻疹病毒147株,挑选其中73株测序后均为H1基因型。检测麻疹患者血清351份,中和分离株和疫苗株,其中和抗体GMT值分别为1∶75.7和1∶75.7,差异无统计学意义(Z=0.560,P>0.05);通过免疫史分析发现,不管有无免疫史,麻疹患者血清中和两种抗原的抗体水平差异均无统计学意义。检测健康人群血清306份,中和两种毒株,其抗体GMT值分别为1∶81.9和1∶55.0,抗体滴度差异有统计学意义(Z=6.861,P<0.05)。结论河南省麻疹流行是以H1基因型为主。麻疹中和抗体达到一定水平,对于阻止麻疹病毒传播,降低发病率起到了积极的作用,但不排除当前疫苗对流行株抵御不足。     

宁夏2005年部分地区麻疹野病毒分离及基因型分析

目的了解2005年宁夏麻疹流行株基因型特征,为进一步的麻疹防治策略提供科学依据。方法采集宁夏2005年麻疹暴发病例的咽拭子或尿液标本19份,用EB病毒转化的狨猴淋巴母细胞(B95a)分离麻疹病毒。使用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增出分离的麻疹病毒株核蛋白(N)基因C末端676个核苷酸。再对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并以C末端456个核苷酸片断构建基因亲缘性关系树,进行核苷酸同源性分析。结果从19份标本中分离到13株麻疹病毒,均为H1基因型H1a亚型。结论引起2005年宁夏部分地区麻疹暴发流行的野毒株为H1基因型,并以H1a为绝对优势亚型。不同暴发之间存在相同毒株引起的传播链,同一暴发中存在不同毒株的传播。     

安徽省蚌埠市麻疹野毒株核蛋白基因检测及序列分析

目的:通过检测麻疹野毒株的基因型,分析安徽省蚌埠市麻疹病毒流行株的基因特征,为麻疹监测和防治提供依据。方法:选取2010～2011年蚌埠市散发的15例临床确诊为麻疹的患者,收集患者急性传染期的尿液标本,提取病毒RNA,用RT-PCR方法扩增麻疹病毒核蛋白基因羧基末端的515 bp核苷酸片段,对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,构建基因亲缘关系树。结果:15份麻疹患者尿液标本中有14份分离到麻疹野毒株;将其中3株麻疹野毒株的核蛋白(N)羧基末端515 bp核苷酸与Genebank中麻疹病毒的8个参考株进行基因同源性关系比较,与Genebank中公布的H1、H2基因型参考株Hunan.CHN93-7、Beijing.CHN94-1所对应的核苷酸序列的遗传距离分别为0.020～0.026和0.064～0.075;而与H1a参考株China93-2的遗传距离最近,为0.009～0.015;3株麻疹野毒株N羧基末端515个核苷酸的同源性为97.8%～98.9%;与H1参考株Hunan.CHN93-7、H1a参考株China 93-2和H1b参考株China 94-7的核苷酸同源性分别为97.4%～98.0%、98.5%～99.1%和96.5%～97.1%。结论:蚌埠市麻疹野毒株的优势基因型为H1a基因亚型。     

北京市西城区2013年输入性麻疹病毒D8基因型流行分析

目的通过开展疑似麻疹病例的病原学标本核酸检测,加强麻疹病毒基因型的监测。方法采集2013年北京市西城区疑似麻疹病例41例的咽拭子和尿液标本共47份,采用荧光PCR方法对麻疹疑似病例病原学标本进行病毒核酸检测鉴定,RT-PCR扩增核酸阳性标本N基因部分序列,并对扩增产物测序。以N基因末端450个核苷酸序列进行基因亲缘性分析,利用MEGA 4软件进行系统发生树的构建。结果经过序列分析比对,47份标本中获得的21份序列中有5份为D8基因型,其他均为H1基因型。所获得的5株麻疹D8基因型毒株序列与世界卫生组织(WHO)D8基因型代表株MVi/Manchester.UNK/30.94在基因亲缘性关系树上同属一个分支,核苷酸和氨基酸同源性分别为98.0%和98.7%。结论 2013年北京市西城区麻疹病例出现了输入性麻疹病毒D8基因型的流行。     

海南省麻疹野病毒的分离与血清学初步研究

目的：为了解海南省麻疹暴发病例中，现行麻疹野病毒流行状况，以及本土麻疹病毒的基因型，方法：采集麻疹疑似病例咽试子标本，应用B95a细胞进行病毒分离培养。结果：在5例疑似病例中分离到2株麻疹病毒，阳性率为40％，经RT－PCR和其产物的基因序列分析，属H1基因型，为中国本土麻疹野毒株，同时采用麻疹疫苗初免儿童血清中和新分离麻疹病毒，结果中和抗体滴度为1：10，1：20，说明我国生产的麻疹疫苗对我省现流行的麻疹野病毒能起到保护作用。结论：这是海南省首次用B95a细胞成功分离到麻疹野病毒，并通过基因分型证实为中国本土野病毒，填补了海南省麻疹病毒分离的空白。     

乌鲁木齐市11株麻疹野病毒基因特征分析

目的分析新疆乌鲁木齐市2008年流行的11株成人麻疹野病毒的基因特征。方法用Vero/slam细胞从成人麻疹暴发患者的标本中分离出麻疹野病毒,应用逆转录一聚合酶链反应（RT-PCR）对麻疹野病毒分离株扩增核蛋白N基因羧基末端676个核苷酸片段,再对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析。并以N基因羧基末端450个核苷酸片段构建基因亲缘性关系树,进行核苷酸变异分析。结果共分离到1l株麻疹野病毒,这些病毒N基因450个核苷酸之间的差异为0%～0.2%,均为H1基因型中的Hla基因亚型。11株麻疹野病毒与H1基因型代表株（Chin9372）的核苷酸和氨基酸差异分别为2.2%～2.4%之间和4.0%~4.6%之间。结论 2008年新疆乌鲁木齐流行的成人麻疹野病毒为Hla基因亚型。     

浙江北部农村孕妇麻疹抗体水平的调查

目的为了解浙江北部小于8月龄幼儿麻疹病例增多的原因,对孕龄妇女麻疹抗体水平进行调查。方法采集外周静脉血分离血清,采用ELISA法和中和实验方法分别检测麻疹IgG抗体和中和抗体的平均水平及阳性率。结果218名孕妇麻疹抗体IgG水平的阳性率为80.7%,与麻疹分离野毒株的中和抗体几何平均滴度为30.36±4.70,其中中和抗体<1∶2的阴性样本占16.51%,<1∶8者所占比例为19.27%,≥1∶16者所占比例为73.39%。结论孕妇人群中麻疹低滴度抗体会影响母传抗体的维持时间,这很可能和近年来麻疹爆发表现为成人和低月龄儿病例,尤其是未满8月龄婴幼儿病例增多有极大的关系。     

海南省2001年麻疹实验室监测结果分析

目的 对2001年收集的疑似麻疹病便的血清标本及咽拭予标本的检测结果进行分析，从病原学和血清学探讨。方法 对麻疹疑似病例的血清IgM抗体检测和麻疹病毒分离的检验结果，结合流行病学调查资料与疫苗检测结果进行分析。结果 2001年全省共收集疑似麻疹病例血标本65份，麻疹IgM抗体阳性42份，阳性率为64.62%。收集咽拭予标本19份，分离出麻疹病毒5株，阳性率为26.32%，经基因序列分析，均为H1基因型。检测10份麻疹疫苗效价、平均滴度在4.151LgTCID50/1.0ml，符合国家规定的合格指标。结论 2001年我省的麻疹病例主要以14岁以下儿童为主，引起暴发的毒株为本土毒株，尚未发现有外来毒株引起的病例。建议健全麻疹监测系统，加强麻疹基础免疫。     

乌鲁木齐成人麻疹病毒基因特征分析

目的分析新疆乌鲁木齐市2008年成人麻疹爆发流行的麻疹野病毒的基因特征。方法用Vero/slam细胞从成人麻疹暴发患者的标本中分离出麻疹野病毒,应用逆转录一聚合酶链反应（RT-PCR）对麻疹野病毒分离株扩增核蛋白N基因羧基末端676个核苷酸片段,再对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析。并以N基因羧基末端450个核苷酸片段构建基因亲缘性关系树,进行核苷酸变异分析。结果首批共分离到5株麻疹野病毒,这些病毒N基因450个核苷酸之间的差异为0%～0.2%,均为H1基因型中的Hla基因亚型。结论引起新疆乌鲁木齐市2008年成人麻疹流行的麻疹野病毒为Hla基因亚型。     

湖南狂犬病毒P基因和M基因分子遗传特征

目的了解湖南省狂犬病毒的分子流行病学特征以及其与疫苗株的差异。方法对4株湖南狂犬病病毒P和M基因同时进行了RT-PCR扩增、克隆和测序。结果同源性分析表明，4株湖南街毒P和M基因核苷酸同源性分别为97．3％-99．4％和98．4％-99．8％；与其它I型狂犬病病毒和疫苗株核苷酸同源性比较，P基因分别为78．4％-90．2％和81．8％-86．8％；M基因的分别为81．8％-92．1％和84．7％-90．6％。4株野毒P和M基因氨基酸同源性分别为98．0％-99．3％和98．5％-99．0％。结论4株病毒P基因和M基因的核苷酸序列及推导的氨基酸序列与我国现用的人用及兽用疫苗株存在一定差异。进化关系表明，4株病毒均为基因I型狂犬病毒；与我国宁夏分离株最近；与其它I型毒株分离自菲律宾和泰国等东南亚的毒株亲缘关系较近；而与翼手目的毒株关系最远。     

唐山市流行性腮腺炎病毒小疏水蛋白基因序列分析

目的 探讨唐山市流行性腮腺炎病毒的分子特征。方法 收集唐山市不同行政区的流行性腮腺炎患儿唾液标本5份，其中，爆发病例2例，散发病例3例。经RT-PCR扩增小疏水蛋白（SH）基因并测序，利用Clustal X软件进行系统发育分析。结果 唐山市分离的5株流行性腮腺炎病毒均为F亚型。各株病毒SH基因的核苷酸序列一致率为94．8％～100．0％，氨基酸序列一致率为91．4％～100.0％，但与国内主要野毒株SH基因的氨基酸序列一致率只有80．7％。系统发育分析显示，唐山市的各样本之间同源性较高．其次是国内的野毒株。而与国外野毒株及疫苗株同源性低。结论 唐山市存在多种流行性腮腺炎病毒株流行，主要基因型为F亚刑。     

1999-2007年佛山市流感病毒活动情况及甲3亚型病毒HA1基因分析

目的 总结1999-2007年佛山市流感病毒流行情况,分析甲3亚型(H3N2)毒株流行与其HA1基因进化的关系.方法 用MDCK细胞分离流感病毒,培养后血凝阳性者进行型别鉴定.随机抽取每年2～3株甲3亚型毒株的细胞培养物提取RNA后进行HA1基因的逆转录.对其核苷酸和氨基酸序列及亲缘关系进行分析.结果 甲型和乙型流感病毒在佛山市人群中同时流行.甲型流感毒株是人群感染流感的主要型别.HA1区氨基酸序列与历年的流感疫苗推荐株相比,点突变率为0.3%～6.08%.发生替换的重要位点包括了抗原决定簇的17个位点、抗体结合部位的10个位点和1个糖基化位点.结论 佛山市的甲1和甲3亚型流感毒株活动呈此起彼伏的优势株转换现象.甲3亚型新旧毒株交替迅速,大致按照毒株分离的年代聚类成进化树的不同小侧枝,表明新的流行株出现后可能迅速突破地域局限.提示地区实验室及时监测和研究流感毒株的发生和发展是流感监测网络建设的基础.     

海南省2019—2020年H3N2亚型流感病毒血凝素基因特性

目的 了解海南省2019—2020年H3N2亚型流感病毒血凝素基因遗传进化规律与氨基酸变异情况。方法 选取2019—2020监测年度海南省5家流感监测网络实验室分离的16株H3N2亚型流感毒株进行一代全基因组测序,利用MEGA 10.1.8构建血凝素基因系统进化树,并分析氨基酸位点替换情况,应用DNA Star 7.0.1软件进行血凝素基因同源性分析。结果 系统进化树显示,相比于疫苗株A/Kansas/14/2017 (2019—2020）,16株H3N2亚型流感病毒分离株血凝素基因在进化树上与疫苗株A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016（2018—2019）亲缘关系更近,属于3C.2a1分支,核苷酸与氨基酸同源性范围分别为98.5%~98.9%、97.9%~98.4%。16株分离株在抗原性位点发生8处氨基酸位点替换,涉及5个抗原决定簇;15株分离株在糖基化位点发生2处缺失。结论 2019—2020年监测年度海南省H3N2亚型流感病毒与2018—2019年疫苗株亲缘关系较近,血凝素蛋白抗原性位点在5个决定簇均有变异,易造成较大流行,WHO 推荐的2019—2020年疫苗株保护效果可能不理想。应密切关注H3N2亚型流感病毒的流行与基因变异情况,为流感病毒疫苗株推荐及防控提供科学依据。     

海南省2019—2020监测年度A(H1N1)pdm09流感病毒基质蛋白基因特性分析

目的分析2019—2020监测年度(2019年4月1日—2020年3月29日)海南省A (H1N1) pdm09亚型流感病毒基质蛋白基因(Matrix, M)进化规律和M2蛋白氨基酸位点变异情况。方法选取14株2019—2020年海南省分离的A (H1N1) pdm09亚型流感病毒进行基因序列测定,采用Neighbor-Joining方法进行种系进化分析,通过系统进化树比较海南流行株与疫苗株的差异。测序结果用MEGA 10.1.8和DNASTAR7.0.1软件进行基因特性分析及基因同源性分析。结果 2019—2020监测年度,海南省A (H1N1) pdm09亚型流感病毒分离株占分离株的4.9%。序列分析显示,海南省A(H1N1) pdm09亚型流感病毒与国际疫苗株A/Brisbane/02/2018的M基因在核苷酸系统进化树6B.1分支上,核苷酸与氨基酸同源性范围为98.7%～100.0%、98.8%～100.0%。12株分离株胞外区编码区S23N氨基酸发生变异;跨膜区14株分离株均发生S31N位点突变,突变率为100.0%;1株I39V位点氨基酸变异;9株分离株在胞浆区E70D位氨基酸位点发生变异。结论 2019—2020监测年度海南省A (H1N1) pdm09亚型流感病毒活动水平较低,与疫苗株相匹配,对金刚烷胺类药物耐药,应特别关注M2蛋白氨基酸变异情况,为临床抗流感病毒药物的使用提供科学依据。     

海南省2019—2020监测年度A (H1N1) pdm09流感病毒基质蛋白基因特性分析

目的 分析2019—2020监测年度（2019年4月1日—2020年3月29日）海南省A (H1N1) pdm09亚型流感病毒基质蛋白基因（Matrix, M）进化规律和M2蛋白氨基酸位点变异情况。方法 选取14株2019—2020年海南省分离的A (H1N1) pdm09亚型流感病毒进行基因序列测定,采用Neighbor-Joining方法进行种系进化分析,通过系统进化树比较海南流行株与疫苗株的差异。测序结果用MEGA 10.1.8和DNASTAR7.0.1软件进行基因特性分析及基因同源性分析。结果 2019—2020监测年度,海南省A (H1N1) pdm09亚型流感病毒分离株占分离株的4.9%。序列分析显示,海南省A (H1N1) pdm09亚型流感病毒与国际疫苗株A/Brisbane/02/2018的M基因在核苷酸系统进化树6B.1分支上,核苷酸与氨基酸同源性范围为98.7%~100.0%、98.8%~100.0%。12株分离株胞外区编码区S23N氨基酸发生变异;跨膜区14株分离株均发生S31N位点突变,突变率为100.0%;1株I39V位点氨基酸变异;9株分离株在胞浆区E70D位氨基酸位点发生变异。结论 2019—2020监测年度海南省A (H1N1) pdm09亚型流感病毒活动水平较低,与疫苗株相匹配,对金刚烷胺类药物耐药,应特别关注M2蛋白氨基酸变异情况,为临床抗流感病毒药物的使用提供科学依据。     

肠道病毒71型检测与VP1基因特征分析

目的 分析肠道病毒71型2011年本地流行株VP1基因特征学特征.方法 收集2011年本地手足口病患者临床标本332份,进行EV71荧光定量RT-PCR鉴定,采用RT-PCR对15株分离到的EV71进行VP1编码区基因扩增,并对扩增产物进行核苷酸序列测序和分析.根据VP1测序结果与国内外报道的各基因型和基因亚型EV71 VP1序列进行同源性和亲缘进化分析.结果 165份标本鉴定为EV71,分离株的VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别是97.5%～99.9%和99.4%～100%.与C4a亚型的核苷酸和氨基酸最高.亲缘进化树显示,本地株全部属于C4基因亚型的C4a进化分支.结论 本地区分离的EV71与近几年国内其他地区EV71分离株亲缘关系很近,有共同进化的趋势,属于C4基因亚型的C4a进化分支,并存在多个传播链.