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相似文献
 共查询到18条相似文献,搜索用时 62 毫秒
1.
目的 运用网络药理学方法探究新疆紫草抗肝癌的物质基础和作用机制,并通过分子对接和实验验证新疆紫草抗肝癌潜在靶点。方法 通过中国知网(CNKI)、中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)等数据库检索文献收集新疆紫草主要活性成分;根据药物的药物动力学(ADME)特性,通过FAFDrug4平台对活性成分进行筛选;利用多个数据库搜集筛选化合物和肝癌作用靶点,并绘制韦恩图分析;借助Cytoscape软件和STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;通过Autodock对核心通路上的靶点进行分子对接;细胞增殖与活性检测(CCK-8)实验验证5种萘醌类化合物的活性;根据预测结果在H22荷瘤小鼠模型中,采用苏木素-伊红(HE)染色法、酶联免疫吸附测定法(ELISA)、蛋白免疫印迹法(Western blot)验证异戊酰紫草素抗肝癌关键靶点。结果 共筛选出55个活性成分,有效成分抗肝癌靶点34个;“药物-活性成分-靶点-疾病”中,度值较高的活性分子主要是萘醌类成分;PPI网络得到多个紫草抗肝癌核心靶点,KEGG筛选通路22条,主要作用于磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)、血管内皮生长因子(VEGF)、肿瘤坏死因子(TNF)等信号通路,分子对接结果表明,5种紫草萘醌类成分与PI3K/Akt信号通路靶点亲和力良好。CCK-8和动物实验结果说明脂溶性成分异戊酰紫草素有着较好的抗癌潜力,高剂量组可显著降低荷瘤小鼠血清中VEGF、甲胎蛋白(AFP)水平,升高干扰素-γ(IFN-γ)水平(P<0.05,P<0.01),并显著下调磷酸化(p)-Akt(Ser473)、B细胞淋巴瘤(Bcl)-2蛋白表达,上调Bcl-2家族抗凋亡因子(Bad)蛋白的表达(P<0.01)。结论 新疆紫草可以通过PI3K/Akt信号通路抑制肝癌细胞增殖、肿瘤血管生成并诱导癌细胞凋亡,为后续深入探讨其具体机制提供了思路和线索。  相似文献   

2.
目的:通过网络药理学和分子对接方法预测槲皮素治疗心力衰竭的治疗靶点及相关信号通路,通过离体细胞模型进一步明确其作用机制.方法:通过SwissTargetPrediction,TargetNet数据库获取槲皮素药理作用相关靶点;通过在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM),GeneCards,疗效药物靶点数据库(TTD)数据...  相似文献   

3.
目的:基于网络药理学预测苔黑酚葡萄糖苷(OG)治疗骨质疏松的作用靶点及相关信号通路,应用分子对接和体外实验验证,从而揭示其潜在作用机制.方法:通过Similarity ensemble approach(SEA),SwissTargetPrediction数据库获取OG药物靶点;通过疾病相关的基因与突变位点数据库(Di...  相似文献   

4.
目的:根据分子对接技术与网络药理学初步预测出吲哚-3-甲醇作用的靶点和相关信号通路,再通过体外实验来验证网络药理学与分子对接技术得出的结果。方法:利用SwissTargetPrediction成分靶点预测数据库及查阅文献获得吲哚-3-甲醇的药理作用相关的靶点;利用在线人类孟德尔遗传病数据库(OMIM)、基因数据库(GeneCards)、毒性与基因比较数据库(CTD)取得与肥胖相关的靶点;在通过STRING数据库得到吲哚-3-甲醇-肥胖靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图;通过Cytoscape 3.8.2软件进行筛选和分析;利用DAVID 6.8数据库对药物-疾病交集靶点进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过AutoDock vina 1.1.2软件对吲哚-3-甲醇和疾病靶点进行分子对接;最后通过体外实验验证了药物抗肥胖的作用。结果:预测结果得出吲哚-3-甲醇与肥胖共同靶点有80个,包括基质金属蛋白酶(MMP)-9、Janus激酶(JAK)2等;KEGG富集分析结果显示吲哚-3-甲醇治疗肥胖主要作用于肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、血...  相似文献   

5.
通过网络药理学和分子对接及体外细胞实验,对鸡血藤Spatholobi Caulis治疗卵巢癌(ovarian cancer,OC)的主要活性成分及其潜在的作用机制进行探讨.运用中药药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取鸡血藤的主要活性成分及其预测靶点,通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、Dru...  相似文献   

6.
目的 采用网络药理学方法分析槲皮素治疗肝癌的相关分子生物学机制。方法 TCMSP数据库和Pubchem数据库筛选出槲皮素作用靶点,GeneCards、OMIM和TTD数据库筛选出肝癌疾病作用靶点。利用Ri386 4.0.5软件、STRING数据库和Cytoscape 3.6.2进行蛋白互作分析,利用R语言程序、GlueGO和DAVID 6.8进行GO和KEGG信号通路富集分析,利用iGEMDOCK软件和Systemsdock数据库进行分子对接来预测槲皮素对肝癌的结合作用。采用CCK8检测槲皮素对HepG2、Hep3B、Huh-7三种肝癌细胞增殖影响,ELISA法检测槲皮素干预HepG2细胞后肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)-α、白细胞介素(interleukin,IL)-6、IL-1β水平,Western blot和高内涵细胞成像分析系统分别检测槲皮素干预HepG2细胞前后醛糖还原酶(aldoketo reductase family 1 member B1,AKR1B1)的表达。结果 筛选出槲皮素的自身靶点299个,筛选出槲皮素作用于肝癌的靶点70个...  相似文献   

7.
基于网络药理学、分子对接以及实验验证探讨山豆根治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的作用机制。首先通过TCMSP和TCMID等数据库以及相关文献查找山豆根的主要化学成分;借助TCMSP和SwissTargetPrediction等数据库查找山豆根主要作用靶点;通过GeneCards、DrugBank、OMIM和TTD等数据库获取RA的主要靶点;选择Venny 2.1.0平台获取两者的交集靶点;通过Cytoscape 3.6.1软件构建“成分-靶点”网络;利用STRING平台和Cytoscape 3.6.1软件构建蛋白互作网络;随后通过DAVID 6.8数据库进行生物过程富集分析和通路富集分析;利用AutoDock Vina软件进行分子对接验证。最后构建胶原诱导型类风湿性关节炎小鼠模型,采用Western blot实验检测核心靶点蛋白表达。网络分析结果得到槲皮素(quercetin)、染料木素(genistein)、山柰酚(kaempferol)、大豆皂苷C(subprogenin C)和黄豆苷元(daidzein)等27个活性成分,信号转导和转录活化因...  相似文献   

8.
运用网络药理学方法探讨资木瓜治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的物质基础和作用机制,并通过分子对接和实验验证资木瓜抗RA的潜在靶点。从中药系统药理学数据库与分析平台筛选资木瓜中的活性成分及靶点。利用GeneCards、DisGeNET和OMIM数据库获取RA相关靶点,两者取交集,即资木瓜治疗RA的潜在作用靶点。利用Cytoscape 3.9.0软件,构建“中药-活性成分-共同靶点-疾病”网络。利用STRING建立蛋白相互作用(PPI)网络,运用RStudio 4.1.0软件对核心基因进行可视化。运用DAVID数据库进行基因本体(Gene Ontology, GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)通路富集分析,预测其富集的信号通路并进行可视化展示。将筛选出来的活性成分作为配体,与筛选得到的RA核心靶点进行分子对接分析,最后通过动物实验进一步验证实验结果。资木瓜的主要活性成分4种、对应靶点137个,药物疾病共同靶点37个;GO富集分析得到239个条目(P<...  相似文献   

9.
基于网络药理学、分子对接技术及细胞实验预测灵芝抗胃癌的分子机制.利用中药系统药理学分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)收集灵芝的活性成分和作用靶点.通过GeneCards和...  相似文献   

10.
目的:基于网络药理学方法研究紫草治疗放射性皮炎的作用机制。方法:依托TCMSP数据库和查阅文献获得紫草的活性成分,通过BATMAN-TCM数据库获得紫草活性成分的相关基因,通过Pubmed2ensembl数据库和Digsee数据库获取放射性皮炎的相关基因,筛选两者共有的基因作为紫草治疗放射性皮炎的潜在靶点。通过String平台及Cytoscape软件分别构建紫草和放射性皮炎的蛋白互作网络(PPI),将共有靶点基因提交至WebGestalt数据库进行GO聚类分析和KEGG通路富集分析,并构建"靶点-通路"网络。采用i GEMDOCK软件进行关键靶点基因与紫草活性成分之间的分子对接,评估两者之间的结合活性。结果:共筛选出18个活性成分,373个紫草相关基因,425个放射性皮炎相关基因;筛选出29个共有靶点,基因富集分析显示,共有靶点基因涉及46个GO生物功能条目,包括生物过程条目12个、细胞组成条目19个、分子功能条目15个,主要涉及炎症反应的调节、激素代谢过程等;涉及KEGG信号通路共76条,主要包括AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、癌症通路等。通过构建蛋白互作网络筛选出6个关键靶点蛋白后,分子对接结果显示大多数紫草活性成分与关键靶点之间具有良好的结合活性。结论:紫草可能通过作用于VEGFA、TNF、PTGS2、IL1B、MMP9、IFNG等靶分子发挥抗氧化、抗炎、抗菌、促进血管再生、调节激素水平的效应,从而防治放射性皮炎。  相似文献   

11.
目的 研究麻黄细辛附子汤(MXFT)干预偏头痛的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、SiwssTargetPrediction等数据库筛选MXFT活性成分及活性成分、偏头痛的相关靶点;运用STRING 11.5平台对药物和疾病的交集靶点建立潜在蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图;采用Metascape数据库对潜在交集靶点进行基因本体(GO)分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;利用Cytoscape 3.7.1做MXFT成分-靶点-通路网络图,筛选度值较高的核心靶点;最后通过分子对接方法验证核心靶点与其映射成分的结合强度,将对接结果较好的核心靶点进行动物体内实验验证。选用SD大鼠48只,除空白组外,其余大鼠皮下注射硝酸甘油制备偏头痛大鼠模型,成模大鼠随机分为模型组、西药组、MXFT高、中、低剂量组。西药组给予佐米曲普坦片,治疗组给予MXFT高、中、低剂量干预。成模后隔日1次观测各组大鼠行为学及疼痛阈值变化。酶联免疫吸附测定试验(ELISA)检测血浆中降钙素基因相关肽(CGRP)、大鼠细胞外信号调节激酶2(ERK2)、c-fos原癌基因蛋白(FOS)水平。免疫组化技术、蛋白免疫印迹法(Western blot)检测SD大鼠三叉神经细胞外信号调节蛋白激酶1/2(ERK1/2,又称MAPK1/3)、蛋白激酶B1(Akt1)、蛋白激酶Cα(PRKCA)水平。结果 网络药理学分析显示,MXFT治疗偏头痛的核心靶点为MAPK1、MAPK3、Akt1、PRKCA等;主要通路为神经活性配体/受体相互作用信号通路、钙离子信号通路、MAPK信号通路等;分子对接结果表明,MAPK1、MAPK3、Akt1、PRKCA、PRKCB、PRKCG与其映射成分具有较好的结合能力。动物实验结果显示,与空白组比较,模型组大鼠挠头次数显著增加(P<0.01),疼痛阈值显著降低(P<0.01);与模型组比较,各给药组大鼠挠头次数显著减少(P<0.01),疼痛阈值显著提高(P<0.01)。与空白组比较,模型组大鼠血浆中CGRP、ERK2、FOS蛋白水平明显增高(P<0.05,P<0.01),三叉神经节中Akt1、ERK1/2、PRKCA蛋白水平明显增高(P<0.05,P<0.01)。与模型组比较,各给药组血浆中CGRP、ERK2、FOS蛋白水平,三叉神经节中Akt1、ERK1/2、PRKCA蛋白水平明显降低(P<0.05,P<0.01)。结论 MXFT抗偏头痛具有多成分-多靶点-多通路的特点,其作用机制可能与抑制血管扩张、减少炎症因子释放、抑制神经元过度活跃等多途径发挥作用。  相似文献   

12.
目的 预测荆防合剂治疗甲型H1N1流感的潜在靶点及作用机制,以期为荆防合剂临床应用提供参考依据。方法 通过中药系统药理学分析平台数据库(TCMSP)、SwissTargetPrediction、TargetNet数据库筛选荆防合剂抗甲型H1N1流感的活性成分及作用靶点,通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、DisGeNet数据库获取甲型H1N1流感靶点并统一使用UniProt KB数据库进行标准化,借助Venny 2.1.0在线平台获取两者交集靶点;采用Cytoscape 3.2.1软件建立“药物-成分-靶点”网络图并进行拓扑学属性分析;将交集靶点上传至STRING 11.5数据库获得蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)关系网络,并在Metascape平台中进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析。最后通过Autodock vina软件将度值靠前的活性成分和关键核心靶点进行对接验证,并用PyMOL软件进行可视化分析。采用BALB/C雌鼠进行实验验证,苏木素-伊红(HE)染色观察肺组织病变情况,酶联免疫吸附测定法(ELISA)检测肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素-10(IL-10)、白细胞介素-17(IL-17)因子水平,实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)和蛋白免疫印迹法(Western blot)检测各组动物肺组织mRNA和蛋白表达水平。结果 荆防合剂中共有活性成分144个,获得靶点基因421个,甲型H1N1流感靶点2 956个,两者交集靶点199个,拓扑学分析显示,荆防合剂治疗甲型流感的核心成分为槲皮素、木犀草素和山柰酚,核心靶点为人前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、雌激素受体1(ESR1)、诱导型一氧化氮合酶2(iNOS2)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)、环氧合酶-1(PTGS1)等。GO富集分析中生物学过程(BP)得到697个条目(P<0.01),分子功能(MF)得到59个条目(P<0.01),细胞组成(CC)得到21个条目(P<0.01)。KEGG富集分析中共得到132条信号通路(P<0.01)如磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路等,大多与调节免疫性炎症有关。分子对接结果显示,荆防合剂的活性成分与核心靶点的结合能均<-5.0 kcal·mol-1,证明其具有较好的结合活性。HE染色显示给药组动物肺组织明显改善,Real-time PCR和Western blot显示荆防合剂可降低肺组织中PI3K和Akt的表达水平。结论 荆防合剂可通过多成分、多靶点、多通路发挥抗甲型流感病毒的作用,其中的活性成分槲皮素、木犀草素和山柰酚可能通过作用于PTGS2、ESR1、iNOS2、PPARG、PTGS1等靶点,进而对PI3K/Akt、MAPK等信号通路产生炎性控制及免疫调节作用。  相似文献   

13.
目的:应用网络药理学的研究方法筛选山慈菇-漏芦药对治疗乳腺癌的作用靶点及相关信号通路,通过体外实验明确其作用机制.方法:通过运用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库检索获取山慈菇-漏芦的主要化学成分及相关作用靶点;使用GendCards筛选乳腺癌疾病的相关靶标基因;通过Venn软件筛选出药物与疾病的共同作用靶点;...  相似文献   

14.
目的:基于网络药理学、分子对接技术预测白藜芦醇抗非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)的分子机制,并根据结果在细颗粒物(PM2.5)染毒的肝细胞模型中进行验证.方法:首先通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)、PubChem、DrugBank、SwissTargetPrediction数据库获取白藜芦醇相关靶点,与...  相似文献   

15.
目的 基于网络药理学及分子对接方法分析黄精抗骨质疏松(OP)的潜在机制,并通过实验进行验证。方法 利用中药系统药理学数据库(TCMSP)2.3进行条件检索,获取黄精的活性成分及其对应作用靶点,并在疾病相关的基因与突变位点数据库(DisGeNET)7.0获取骨质疏松的治疗靶标,两者交集即为黄精抗骨质疏松的潜在靶基因。并用Cytoscape 3.7.1构建“黄精-活性成分-潜在靶点”网络,借助STRING数据库11.0进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,构建PPI网络。此外,采用Metascape数据库3.5分析其参与的基因本体(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。选取黄精重要活性成分与靶点通过AutoDock Vina 1.1.2 进行分子对接验证,最后借助小鼠胚胎成骨细胞前体细胞(MC3T3-E1)观察β-谷甾醇对成骨分化的影响。结果 黄精活性成分有12个,其作用靶点与骨质疏松治疗靶点相映射得到潜在靶点32个。Cytoscape 3.7.1拓扑分析得到黄芩素、β-谷甾醇等6个主要成分,蛋白激酶B1(Akt1)、肿瘤蛋白p53(TP53)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、JUN原癌基因(JUN)、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、原癌基因c-FOS(FOS)等关键靶点。GO和KEGG富集分析中,共获得995个GO条目,涉及活性氧调节,生长调节等181条信号通路。分子对接显示黄精中核心成分与各自的靶点表现出良好的对接活性。细胞实验结果显示β-谷甾醇在2.5,5 μmol·L-1浓度时具有显著促进成骨分化的作用。结论 黄精可通过调节炎症、氧化应激、凋亡、代谢等作用,发挥治疗骨质疏松的效果,其中β-谷甾醇可促进MC3T3-E1细胞成骨分化。  相似文献   

16.
目的 运用网络药理学方法探讨丹参治疗哮喘的作用靶点及通路。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取丹参活性成分及潜在靶点;应用OMIM、GeneCards、TTD、DrugBank和DisGeNET数据库收集哮喘靶点,利用R语言获得丹参治疗哮喘的作用靶点,依据STRING 11.0数据库获取蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;在Metascape平台进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体(GO)分析,运用Cytoscape 3.5.1软件构建丹参治疗哮喘的成分-靶点-通路网络,并筛选核心靶点,采用MOE 2019软件对重要化合物进行分子对接验证。结果 筛选得到丹参治疗哮喘的59个化学成分、108个靶点及20条关键通路。其中,隐丹参酮主要通过肿瘤坏死因子(TNF)、Toll样受体4(TLR4)等蛋白抑制核转录因子-κB(NF-κB)通路,减轻哮喘气道炎症;丹参酮ⅡA主要通过核转录因子-κB抑制剂α(NFKBIA)等减弱TNF-α和NF-κB表达,抑制NF-κB通路,减轻炎症损伤;木犀草素主要通过蛋白激酶B1(Akt1)、白细胞介素-6(IL-6)和信号传导与转录激活因子3(STAT3)等介导磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-Akt和Janus激酶-信号转导子与转录激活因子(JAK-STAT)通路,通过缓解气道炎症、改善气道重塑和免疫调节治疗哮喘。分子对接显示,三者与疾病靶点生物亲和力高。结论 丹参可以通过多成分、多靶点、多途径发挥治疗哮喘的作用。  相似文献   

17.
目的:基于网络药理学、分子对接技术预测正源方抗肝纤维化的作用机制,并进行细胞水平实验验证。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及文献检索获得正源方活性成分,通过PubChem、SwissTargetPrediction、Similarity Ensemble Approach数据库筛选活性成分潜在靶点,通过OMIM、GeneCards疾病数据库收集肝纤维化的相关靶点,运用Venny平台获得正源方与肝纤维化交集靶点,利用String数据库建立蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并通过Cytoscape-CytoNCA拓扑分析筛选核心靶点,利用String数据库进行基因本体功能注释(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,利用Cytoscape软件构建药物-成分-靶点-通路网络,使用AutoDock Vina软件模拟关键候选活性成分与核心基因的结合活性。建立人转化生长因子-β1(TGF-β1)诱导的人肝星状细胞LX2活化模型,噻唑蓝(MTT)比色法检测细胞活性,蛋白免疫印迹法(WB)检测磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路相关蛋白表达。结果:网络药理学筛选得到正源方活性成分145个及相关靶点1109个,肝纤维化靶点1573个,正源方抗肝纤维化潜在作用靶点415个,拓扑分析得关键靶点61个;PPI网络分析核心靶点为Akt1、血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素-1β(IL-1β)等,GO富集分析得到1753个条目,其功能主要与细胞凋亡、细胞增殖、酶结合等有关;KEGG富集分析得到174个条目,主要涉及癌症通路、PI3K-Akt通路、细胞凋亡通路等;分子对接显示,槲皮素、木犀草素、熊果酸等与Akt1、VEGFA、Jun原癌基因(JUN)等靶点结合活性较强;细胞实验结果表明,不同剂量的正源方给药后,可以显著抑制TGF-β1诱导的LX2细胞的活化,降低磷酸化PI3K(p-PI3K)/PI3K、磷酸化Akt(p-Akt)/Akt蛋白表达,且具有质量浓度依赖性。结论:正源方可能通过多靶点、多通路发挥抗肝纤维化作用,其机制可能与抑制肝星状细胞活化、调控PI3K-Akt信号通路有关。  相似文献   

18.
目的:通过网络药理学及分子对接探讨熊果酸抗类风湿性关节炎的分子机制。方法:基于毒性与基因比较数据库(comparative toxicogenomics database,CTD),Drug Bank数据库,中药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology,TCMSP)等检索熊果酸的潜在治病靶点。通过DAVID生物信息学资源(DAVID bioinformatics resources)数据库对潜在靶点进行通路富集分析,STRING进行蛋白相互作用,采用分子对接技术(i GEMDOCK,Systems Dock)对熊果酸和类风湿性关节炎靶标蛋白进行能量匹配。筛选发挥抗类风湿性关节炎作用的潜在靶点。结果:收集相关靶标蛋白66个,DAVID通路富集得到27条信号通路(P0.01),其中类风湿性关节炎通路关键靶标蛋白11个(基质金属蛋白酶-1,基质金属蛋白酶-3,白细胞介素-6,转录因子AP-1,肿瘤坏死因子,血管内皮生长因子A,集落刺激因子-2,白细胞介素-1β,转化生长因子-β1,细胞黏附分子-1,原癌基因蛋白c-Fos)。通过蛋白相互作用发现有4个靶标蛋白具有实验数据支持。通过分子对接表明熊果酸主要通过基质金属蛋白酶-1,基质金属蛋白酶-3,肿瘤坏死因子,转录因子AP-1,白细胞介素-1β发挥抗类风湿性关节炎的作用。结论:本研究结果初步揭示熊果酸抗类风湿性关节炎的分子机制。  相似文献   

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