乳腺癌miRNAs表达谱的检测

目的检测人乳腺癌石蜡组织及人乳腺癌细胞株中miRNAs的表达情况,初步筛选人乳腺癌miRNAs表达谱。方法(1)应用组织微阵列平台,采用原位分子杂交技术对91例人乳腺癌和26例癌旁乳腺组织标本42种miRNA进行检测;(2)培养人乳腺癌细胞株MDA-MB-231和正常乳腺上皮细胞株HBL-100,分别抽提细胞总RNA,分离小分子RNA,荧光标记后与miRNAs微阵列杂交,通过芯片扫描和数据分析,获得人乳腺癌miRNAs表达谱。结果(1)与癌旁乳腺组织相比,14种miR-NAs在乳腺癌组织中的表达发生了显著变化(P0.05),其中9种表达上调,5种表达下调。(2)利用miRNAs微阵列,筛选获得71种与人乳腺癌相关miRNAs,与正常乳腺上皮细胞相比,34种miRNAs表达上调,37种表达下调。结论筛选出与乳腺癌相关的差异表达miRNAs,为进一步研究其在乳腺癌中的作用奠定基础。     

膀胱移行细胞癌免疫相关基因的研究

目的 探讨人膀胱移行细胞癌组织中免疫功能相关基因的表达变化。方法使用人肿瘤基因表达谱芯片检测11例膀胱移行细胞癌组织基因表达谱的变化，以寻找与免疫功能相关的差异表达的基因。结果以正常膀胱黏膜组织为对照，膀胱肿瘤组织中有87个基因表达明显下调，102个基因表达明显上调。其中与免疫功能相关的基因有17个，明显上调基因8个，明显下调基因9个。结论膀胱肿瘤的发生、发展与多种免疫功能相关基因的异常表达有关。     

应用RNA-seq技术检测肺癌与癌旁组织差异表达基因分析

目的应用RNA-Seq技术分析肺癌与癌旁组织的差异基因表达,寻找与肺癌发病相关的基因,探讨肺癌的发病机制。方法对5例ⅡA期肺癌及癌旁组织进行转录组测序,获得差异表达基因集,采用qRT-PCR法检测10例肺癌(对照组)及癌旁组织中的6个关键基因(TFPI2、DKK1、CX3CL1、PSCA、DUOXA2、VSIG1)进行验证。结果ⅡA期肺癌与癌旁组织共有123个差异表达基因,其中上调基因35个(28.5%),下调基因88个(71.5%)。qRT-PCR结果表明,与细胞增殖、凋亡和黏附相关基因TFPI2、DKK1、CX3CL1表达上调,PSCA、DUOXA2、VSIG1表达下调,该检测与RNASeq检测结果一致。结论ⅡA期肺癌与癌旁组织中共有123个差异表达基因,细胞增殖、凋亡、黏附和代谢相关基因参与肺癌的发生、发展,为肺癌的发病机制提供参考。     

激光捕获显微切割联合基因芯片在肿瘤差异表达基因研究中的应用

 目的 为激光捕获显微切割（LCM）联合基因芯片在肿瘤差异表达基因研究中应用摸索可行的技术方法。方法 采用 LCM 技术分别自原发性膀胱移行癌患者手术切除的癌组织和癌旁正常组织冻存标本获取细胞，提取 RNA，用 Agilent 2100 Bioanalyzer 芯片分析系统进行 RNA 完整度（RIN）检测。取总 RNA 100 ng 进行线性扩增和荧光标记，获得 aRNA 探针。取等量的癌组织探针与癌旁正常组织探针，与 Agilent 人全基因组寡核苷酸基因表达谱芯片杂交。通过自身比较实验分析芯片的假阳性基因数，计算假阳性率（FPR）。通过数据分析寻找癌组织与癌旁正常组织差异表达基因。 结果 LCM 所获微量 RNA 的 RIN 都在 8.0 以上，表明LCM 后 RNA 完整度较高。100 ng RNA 经过线性扩增与荧光标记，获 aRNA 产量约 16 µg，片段大小 0.5 ~ 2.5 kb。芯片自身比较实验结果良好，FPR < 1%，验证了实验系统的可靠性。相对于癌旁正常组织，癌组织发生表达上调的基因有 286 条，下调的基因 112 条。 结论 以 LCM 技术获得的细胞提取 RNA 用于制备基因芯片探针，获得了可信的芯片杂交结果，为肿瘤基因差异表达研究提供了可行的技术方法。     

胃癌癌变相关基因表达的cDNA微阵列研究

目的 建立胃癌基因表达谱,筛选胃癌相关基因。方法 用含10000个已知基因和7000个ESTs(expressed sequence tags)的cDNA微阵列分析胃癌和癌旁正常胃黏膜基因表达谱的变化,半定量RT-PCR研究差异表达基因与胃癌的关系。结果 二倍以上的差异表达基因359个,其中在胃癌组织中表达上调271个,表达下调88个;二倍以上的差异表达ESTs 28个,其中在胃癌组织中表达上调24个,下调4个。RT-PCR进一步证实碳酸酐酶Ⅱ在胃癌组织中存在表达下调,胰岛素样生长因子结合蛋白4在胃癌组织中存在表达上调。结论 发现碳酸酐酶Ⅱ、胰岛素样生长因子结合蛋白4可能与胃癌发生有关,为进一步寻找和克隆胃癌相关基因提供了重要的研究线索。     

肿瘤相关巨噬细胞microRNA表达谱及生物信息学分析

 目的 研究肿瘤相关巨噬细胞（TAM）microRNA的表达谱。 方法 建立小鼠乳腺癌细胞系4T1移植瘤模型,从移植瘤组织中分离TAM,用基因芯片检测microRNA表达谱,实时荧光定量PCR（Real-time PCR）验证芯片结果并进行生物信息学分析,以小鼠腹腔巨噬细胞（PEC）为阴性对照。 结果 与阴性对照细胞相比,TAM中有59个microRNAs表达量出现显著变化,其中23个microRNAs表达上调,有36个microRNAs表达下调;实时荧光定量PCR对miR-146a、miR-222、miR-31和miR-877的表达进行了验证,其结果与基因芯片检测结果一致;这些microRNAs参与了多个信号通路的调控。 结论 microRNA表达谱及生物信息学分析表明microRNA在TAM分化过程的调控中有重要作用。     

食管鳞癌家族史患者癌及癌旁组织基因表达谱的初步研究

目的:探讨具家族史食管鳞癌的基因表达谱,寻找在食管鳞癌及癌旁组织中差异表达的基因.方法:分别抽提6例具家族史食管鳞癌及癌旁组织总RNA,将各RNA逆转录合成相应以Cy5和Cy3标记cDNA一链做探针,在含有14000点人类基因组芯片(BiostarH-140s)上进行杂交.用scanarray 4000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,用GenePix Pro 3.0软件对扫描图像进行数字化处理和分析.结果:在613个异常表达的基因中,上调基因304个,下调基因309个.除252个为新基因外,在另361个基因中,有291个基因功能明确,其中下调基因142个,上调基因149个,包含各类功能基因.结论:这些异常表达的基因,说明了食管鳞癌发生的复杂性.首次为具家族史食管鳞癌患者癌组织提供了相当数量的与肿瘤发生相关的差异表达基因,为肿瘤早期诊断和治疗提供了线索.     

胃癌组织microRNA表达谱检测及生物信息学分析

目的探讨微小RNA(microRNA,miRNA)在胃癌组织中的表达特征。方法采用Exiqon miRNA芯片检测3对胃癌组织及其配对正常胃黏膜组织中miRNA差异表达情况,随机选取10个上调或下调差异表达的miRNA应用qPCR技术验证;应用生物信息学分析差异表达的miRNA及其靶向基因在胃癌发生、发展中的作用。结果芯片结果显示,在3对胃癌组织中有111个miRNA出现差异表达(差异倍数2,P0.05),其中上调表达95个,下调表达16个。进一步行qPCR验证的10个miRNA的表达情况与miRNA芯片结果一致(P=0.040)。聚类分析显示胃癌组织与癌旁组织存在明显的差异表达,基因本体(gene ontology,GO)及pathway分析显示差异表达的miRNA涉及胃癌的凋亡、周期转换、分化、侵袭、转移及各种肿瘤通路的激活等。结论胃癌组织中miRNA存在异常表达,可能涉及胃癌的发生、发展。     

肝细胞癌中microRNA-375调控的基因网络分析

 目的: 探讨肝细胞癌中miR-375的表达及其调控的相关靶基因和信号通路。方法: 采用原位杂交检测miR-375在人肝癌组织芯片的表达情况;人全基因组表达谱芯片检测4株肝癌细胞株;MAS生物信息学软件筛选miR-375调控靶基因及相关信号通路。结果: 原位杂交结果显示miR-375在肝癌组织中的表达明显高于癌旁组织(P < 0.05);人全基因组表达谱芯片结果分析显示4株转染miR-375的肝癌细胞的共上调基因有20个,共下调基因有17个;MAS生物信息学软件分析显示4株转染miR-375的肝癌细胞共有的上调信号通路有54条,下调信号通路有48条。结论: miR-375与肝细胞癌有密切的关系。对miR-375调控的肝细胞癌相关靶基因与信号通路进行多元化筛选,为后续全面深入的研究肝细胞癌发生发展的机制提供了便利。     

子宫内膜癌microRNA表达谱的初步研究

目的 筛选子宫内膜癌与正常子宫内膜组织中的差异mieroRNA.方法 收集3例患者的新鲜子宫内膜癌组织及正常子宫内膜组织,利用miRNA芯片对其进行实验分析,并采用茎环逆转录荧光定量PCR方法验证芯片结果的准确性.结果 相对正常子宫内膜组织,子宫内膜癌组织中表达上调的miRNA基因68个,下调的miRNA基因81个.采用茎环逆转录荧光定量PCR对显著上调的hsa-miR-205,hsa-miR-200b和hsa-miR200c以及显著下调的hsa-miR-495,hsa-miR-216b的验证结果与芯片检测结果一致.结论 筛选获得了子宫内膜癌的miRNA的差异表达谱,可能在子宫内膜癌的发病机制中发挥潜在作用。