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相似文献
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1.
目的 基于网络药理学和分子对接技术探究苍耳子散(CRZS)治疗异质性鼻炎的作用机制以及“多成分-多靶点-多通路”的整体药理作用特征。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索CRZS的活性成分及靶点;从GeneCards、DisGeNET、Phenopedia、TTD和PharmGKB数据库获取相关鼻炎的基因。通过STRING数据库与Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用STRING数据库对核心基因进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过Cytoscape软件构建“中药成分-靶点-信号通路”网络并筛选核心靶点;采用AutoDock软件对筛选得到的关键通路靶点进行分子对接。结果 CRZS有131个核心基因,鼻炎相关靶点756个,交集靶点41个。GO生物富集条目2005条,KEGG通路富集条目151条,HIF-1、Lipid and atherosclerosis、Fluid shear stress and atherosclerosis等通路最具连接可能。分子对接显示,CEZS靶点的有效成分与3...  相似文献   

2.
目的 通过网络药理学法构建厚朴姜炙前后的差异成分-靶点-通路网络,探讨厚朴姜炙前后药理作用差异的分子机制,揭示厚朴姜炙的科学内涵。方法 查阅文献筛选出厚朴姜炙前后的差异成分,利用Swiss Target Prediction预测差异成分的潜在靶点。利用STRING数据库构建蛋白-蛋白互作网络,然后通过DAVID数据库进行GO注释和KEGG通路富集分析,最后运用Cytoscape 3.8.2软件构建差异成分-靶点-通路网络。结果 通过查阅文献共筛选出8个差异成分并预测得到85个靶点。DAVID数据库筛选出排名前10位的KEGG通路,通过Cytoscape 3.8.2软件得到差异成分-靶点-通路网络。结论 厚朴姜炙后可通过紫丁香苷、厚朴酚、和厚朴酚、木兰花碱、木兰箭毒碱及β-桉叶醇等成分含量的变化来改变厚朴的药效作用。姜炙后,厚朴主要是通过血清素突触、钙信号通路、前列腺癌和膀胱癌等信号通路发挥镇痛、抗胃溃疡、抗肿瘤的作用。  相似文献   

3.
目的利用网络药理学方法探讨肿节风治疗前列腺癌的可能作用机制。方法通过TCMSP、Uniprot、GeneCards在线数据库筛选肿节风活性化合物治疗前列腺癌的潜在靶点,利用Cytoscape软件构建前列腺癌-肿节风-靶点网络图,然后结合STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络;最后利用R软件对靶点进行GO分类富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,并构建靶点通路网络。结果从肿节风中筛选出活性成分10个,其与前列腺癌共同作用靶点170个,GO功能分析发现靶点主要与膜伐、对氧水平、泛素样蛋白连接酶结合等有关。KEGG通路分析发现肿节风治疗前列腺癌主要与糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、前列腺癌(PCa)、流体剪切应力(FSS)与动脉粥样硬化(AS)等通路密切相关。结论肿节风活性成分可能通过多靶点、多通路达到治疗及辅助治疗前列腺癌的目的。  相似文献   

4.
目的 探讨丹参-当归治疗缺血性脑卒中(CIS)的潜在作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、Swiss TargetPrediction数据库获取丹参和当归的活性成分及作用靶点,并通过检索PubMed、中国知网相关文献进行补充;通过GeneCards、人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、DisGeNET数据库获取CIS的潜在靶点;将丹参-当归治疗CIS的共有靶点导入String 11.0平台,构建活性成分与疾病靶点蛋白的蛋白相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape 3.8. 2软件构建疾病-药物-活性成分-靶点可视化网络;将共有靶点导入DAVID数据库进行基因本体论(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并利用Cytoscape 3.8. 2软件构建活性成分-核心靶点-通路网络;利用AutoDock软件对疾病-药物-活性成分-靶点网络中度值排名前6的核心靶点和活性成分进行分子对接验证。结果 共检索到82种活性成分,其中丹参65个、当归17个,潜在作用靶点787个,疾病靶点671个,共有靶点76个。度值排名前6的活性成分为丹参醇B...  相似文献   

5.
目的 采用网络药理学的技术和方法,探讨黄精丸治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法 通过中药系统药理数据库及分析平台(TCMSP)筛选黄精丸的潜在活性成分,DrugBank数据库预测化合物靶点;GeneCards和OMIM数据库收集疾病靶点,构建韦恩图,得到黄精丸治疗AD的作用靶点,通过Cytoscape 3.8.1软件生成药物-成分-靶点网络;R 4.0.3软件进行基因本体(GO)功能注释和东京基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 共筛选出黄精丸活性成分12个,黄精丸与AD疾病共同靶点92个,重要活性成分包括黄芩素(baicalein)、5,4’-二羟基黄酮(4’,5-Dihydroxyflavone)、甘草素(DFV)等;核心靶点包括AKT1、TP53、VEGFA、SIRT1、EGFR、PIK3CA、PIK3CB、NOS2、MAPK3等;KEGG主要通路富集在癌症信号通路,代谢通路,PI3K-Akt信号通路、神经退行性性变信号通路、AD等。结论 黄精丸可能主要通过多成分、多靶点、多通路,发挥对AD的治疗作用。  相似文献   

6.
目的 运用网络药理学联合加权基因共表达网络分析(WGCNA)探究雷公藤治疗系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)的潜在作用机制。方法 利用TCMSP数据库检索雷公藤的主要活性成分,并挖掘活性成分相关靶点,通过GEO平台下载SLE相关基因芯片GSE65391,使用R软件limma包进行差异分析,并运用WGCNA筛选出的模块基因作为疾病靶点基因。R软件Venn Diagram包进行交集分析并可视化。利用ADEx平台对交集靶点基因的表达情况进行Meta分析。采用R软件clusterProfiler包对交集靶点基因进行基因本体论(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。采用Cytoscape软件进行“药物–活性成分–共同靶点”网络的构建与分析。将交集靶点基因上传至STRING数据库,把结果数据导入至Cytoscape软件构建蛋白相互作用(PPI)网络并筛选核心靶点基因。表达量分析、PPI分析、诊断效能分析被用于展示核心靶点基因的作用与临床价值。采用PyMOL软件对核心活性成分与核心靶点基因进行分子对接验证。利用R软件并通...  相似文献   

7.
目的应用网络药理学方法探究桃红四物汤治疗类风湿性关节炎潜在药效作用机制。方法基于课题组前期UPLC-Q-TOF-MS E数据并结合TCMSP数据库,获取桃红四物汤主要化学成分,将口服生物利用度(OB)、类药性(DL)设定为筛选参数,寻找活性成分,通过PharmMapper数据库进行靶点预测;从OMIM、GeneCards数据库对类风湿性关节炎的靶点进行检索;使用Cytoscape 3.7.1软件构建成分-靶点相互作用网络,对该网络进行拓扑学分析得到核心活性成分;使用STRING数据库绘制蛋白-蛋白相互作用网络,对该网络进行拓扑学分析得到核心靶点;对交集靶点基因利用DAVID数据库进行GO分析和KEGG分析,探讨潜在靶点可能具有的生物学功能及通路。结果从桃红四物汤中筛选出38个活性成分,核心成分11个;治疗类风湿性关节炎的靶点291个,核心靶点33个;GO分析结果显示59个生物过程、32个分子功能、15个细胞组成;KEGG分析结果显示34条信号通路。结论本研究初步证实桃红四物汤通过多靶点、多通路治疗类风湿性关节炎,为类风湿性关节炎的治疗提供思路和参考。  相似文献   

8.
目的:探讨三七治疗视网膜静脉阻塞(RVO)的分子作用机制。方法:采用TCMSP数据库及文献补充获得三七的有效成分,并在Swiss Target Prediction收集其作用靶点;使用GeneCards等5个数据库检索RVO疾病靶点,并将三七成分靶点与RVO疾病靶点进行映射;利用STRING、Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白-蛋白相互作用网络图,筛选出核心靶基因,对其进行GO和KEGG富集分析。最后,利用Sybyl-x 2.0软件进行分子对接验证。结果:筛选出三七有效成分10种,涉及354种蛋白。RVO的疾病靶点有181个,其中9个是三七治疗RVO的潜在靶点。“药物-活性成分-疾病-靶蛋白”相互作用网络中,核心作用靶点包括VEGFA、EGFR等;通过GO及KEGG富集分析,筛选出参与RVO主要生物学过程28种,相关信号通路18条。三七治疗RVO潜在的分子机制与纤溶等生物学过程密切相关。关键信号通路包括HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路等。分子对接结果提示,三七主要活性成分DFV、Panaxydol等与VEGFA、EGFR等关键靶点有着较好的结合活性。结论:三七的多成...  相似文献   

9.
目的:揭示小儿清解防感颗粒防治甲型流感(甲流)的活性成分、靶点信息及作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)等数据库筛选小儿清解防感颗粒的潜在活性成分,利用PubChem和Swiss Target Prediction预测潜在靶点,并与GeneCards等数据库收集的甲流基因映射;String数据库构建蛋白互作网络,Cytoscape 3.7.2软件构建药物-活性成分-核心靶点-疾病网络,Metascape进行KEGG通路富集分析;Autodock Vina和Pymol软件进行分子对接及可视化。结果:木犀草素等158种活性成分作用于AKT1等321个靶点,进而调控甲流202条信号通路。与奥司他韦相比,木犀草素等与NS1蛋白有更强的结合力。结论:小儿清解防感颗粒可能是通过参与直接抗甲流病毒、调节免疫和抑制炎症反应等生物过程对甲流发挥防治作用的。  相似文献   

10.
目的 基于网络药理学探讨冬虫夏草治疗免疫球蛋白A(IgA)肾病的药效物质基础及作用机制。方法 通过检索TCMSP数据库,筛选冬虫夏草的活性成分,利用Swiss TargetPrediction数据库预测其作用靶点;采用Cytoscape 3.7. 2软件绘制活性成分-靶点网络;利用GeneCards,OMIM数据库筛选IgA肾病相关靶点;通过在线工具Venny 2.1. 0获取冬虫夏草治疗IgA肾病的潜在靶点,通过Cytoscape 3.7. 2软件绘制药物-活性成分-疾病-靶点可视化网络;借助String数据库分析冬虫夏草治疗IgA肾病潜在靶点的蛋白互作网络(PPI),并进行可视化处理,筛选核心靶点;运用DAVID数据库进行基因本体(GO)生物过程分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,筛选冬虫夏草治疗IgA肾病可能涉及的生物学过程及通路。结果 共获得冬虫夏草的主要活性成分7个,药物靶点167个,冬虫夏草中可能具有较大药用价值的主要活性成分包括酒酵母甾醇、胆固醇棕榈酸酯、过氧麦角甾醇等;共获得IgA肾病相关靶点1 336个;冬虫夏草治疗IgA肾病的潜在靶点50个,其中...  相似文献   

11.
王丹 《中国药学》2024,(2):169-177
本文旨在基于网络药理学探讨逍遥丸(XYP)治疗失眠症的作用机制。通过TCMSP数据库对XYP的活性成分和靶点进行预测筛选,GeneCards数据库检索失眠的潜在靶点,分析了活性成分靶点与失眠相关靶点之间的重叠基因。我们利用Cytoscape软件和STRING构建了XYP的活性组分-靶点、靶点通路网络,在DAVID中进行GO和KEGG富集分析。从XYP中筛选出161个活性成分,并筛选出与活性成分相关的76个潜在的靶点,活性成分与失眠的重叠基因36个。网络药理学分析显示XYP组方中柴胡、当归和甘草可能对失眠有重要作用,机制可能涉及10个核心靶点(TNF、IL1B、CASP3、TP53、HSP90AA1、PPARG、SLC6A4、ESR1、GSK3B、AChE);主要涉及7个GO富集项和6个相关通路,包括神经活性配体受体相互作用通路、肿瘤通路、钙信号通路等。  相似文献   

12.
目的基于网络药理学探讨小建中汤治疗抑郁症多靶点、多通路的作用机制。方法采用计算机检索TCMSP,PubChem,Swiss TargetPrediction数据库,筛选小建中汤治疗抑郁症的潜在活性成分及作用靶点,运用Cytoscape 3.8.0软件构建潜在活性成分-靶点网络;检索GeneCard,OMIM,DisGeNET数据库,获取与抑郁症相关的靶点,通过Uniport数据库校对靶点基因名;运用String数据库确定核心靶点;使用Metascape在线分析工具,并通过GO富集分析和KEGG通路分析构建蛋白互作网络。结果从小建中汤中筛选出68个活性成分,包括荷叶碱、可可碱、左旋千金藤啶碱等;共得到144个与抑郁症相关的重合靶点,根据网络节点自由度筛选出核心作用靶点基因36个,包括雌激素受体1、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1、乙酰胆碱酯酶、单胺氧化酶B等;通过生物过程GO富集分析获得信号通路630条,包括化学突触传递、G蛋白耦联受体信号通路、与环状核苷酸第二信使耦联等;通过KEGG通路分析获得核心靶点的相关通路31条,包括神经活性配体-受体相互作用、血清素能突触、钙信号、多巴胺能突触、环磷酸腺苷(cAMP)等通路。结论小建中汤治疗抑郁症具有多靶点、多途径、多通路的特点,可能通过神经活性配体-受体相互作用、血清素能突触、钙信号、多巴胺能突触、cAMP等通路发挥抗抑郁作用。  相似文献   

13.
目的: 运用网络药理学探讨"海藻-昆布"治疗甲状腺结节作用机制。方法: 利用中药系统药理学数据库和分析平台(Traditional Chinese Medicine System Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)筛选海藻、昆布的活性成分和相关靶点,通过UniProt数据库进行靶点标准化;运用Cytoscape软件构建活性成分-靶点网络;通过Genecards数据库检索甲状腺结节相关基因;利用String数据库构建蛋白互作网络图;通过R语言和Bioconductor数据库对潜在靶点进行基因本体(Gene Ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析;最后通过分子对接技术将核心活性成分与核心靶点进行对接。结果: 筛选后得到海藻、昆布共11个活性成分,194个相关靶点,核心靶点有AKT1、IL-6、VEGFA、CASP3等;GO分析得到129个相关过程,KEGG分析得到155条信号通路,分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论: "海藻-昆布"治疗甲状腺结节是多成分、多靶点、多通路相互作用的结果,为"海藻-昆布"的临床应用以及甲状腺相关疾病临床研究提供一定的理论依据。  相似文献   

14.
摘要:目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨天麻眩晕宁颗粒治疗梅尼埃病的机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、台湾中医药数据库收集天麻眩晕宁颗粒的活性成分及作用靶点,通过OMIM、DisGeNET、TTD和DrugBank数据库检索梅尼埃病疾病靶点。利用Cytoscape 3.9.0构建“药物-成分-预测靶点”网络、“药物-成分-潜在靶点”网络、梅尼埃病的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络、“药物-成分-靶点-通路”网络。利用R软件RStudio对潜在靶点进行基因本体功能富集分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。应用Autodock对筛选出的有效成分和关键靶点进行分子对接。结果:筛选得到天麻眩晕宁颗粒的活性成分191种,以及梅尼埃病潜在靶点117个。GO分析过程涉及2 263条生物过程、108条细胞组分和196条分子功能。KEGG富集分析得到人类巨细胞病毒感染、钙离子信号通路、C型凝集素受体信号通路和甲状腺激素信号通路等158条通路。分子对接结果显示关键成分与相关靶点之间结合能较低,亲和力较好。结论:本研究验证和预测了天麻眩晕宁颗粒中的活性成分谷甾醇、泽泻醇C和去氢钩藤碱等能作用于多个靶点,调控多条通路实现对梅尼埃病的治疗,为其作用机制的研究与临床应用提供思路。  相似文献   

15.
目的:运用网络药理学与分子对接技术探讨黄芪治疗鼻炎的分子作用机制。方法:通过TCMSP、Swiss Target Prediction、Similarity ensemble approach、Pharm Mapper数据库挖掘黄芪的活性成分及作用靶点,通过Gene Cards数据库筛选鼻炎相关靶点,将两者靶点取交集,得到黄芪治疗鼻炎的预测靶点;运用Cytoscape软件构建可视化“活性成分-靶点”网络;应用STRING数据库和Cytoscape软件构建靶点蛋白互作网络(PPI);使用R软件对靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;运用Cytoscape软件构建可视化“通路-靶点”网络;通过vina软件将筛选的主要活性成分与核心靶点进行结果验证。结果:筛选得到黄芪相关活性成分16个,涉及靶点147个,其中主要活性成分包括槲皮素、山奈酚、芒柄花黄素、异鼠李素等,关键靶点包括TP53、AKT1、TNF、IL-6、VEGFA等;GO功能富集分析共得到2385条生物过程(BP),75条细胞组分(CC),140条分子功能(MF);KEGG通路富集分析共得到166条信号通路,涉及动脉粥样硬...  相似文献   

16.
目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨甘草治疗异位性皮炎(AD)的潜在有效成分及作用机制。方法2021年9月至2022年4月利用TCMSID数据库结合文献调研收集甘草的化学成分,根据各成分的靶点选择性、成药性、潜在毒性等性质进行成分过滤;运用SEA、SwissTargetPrediction、PPB2以及TargetNet平台对甘草化学成分进行靶点预测并利用Python代码对预测靶点名称进行标准化和不同网站的靶点结果合并;通过OMIM和GeneCards5.0数据库检索AD的相关靶点;将AD靶点与甘草成分预测靶点取交集后运用Cytoscape 3.9.0软件构建“中药-成分-靶点”网络,并获得甘草成分抗AD的潜在靶点和活性成分;采用DAVID V6.8数据库对甘草成分抗AD的潜在靶点进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,并构建“中药-靶点-通路”网络;利用String数据库和Cytoscape 3.9.0软件构建蛋白相互作用(PPI)网络;通过整合“中药-成分-靶点”网络、“中药-靶点-通路”网络和PPI网络,构建“中药-成分-靶点-通路”网络,并筛...  相似文献   

17.
目的 采用网络药理学结合GEO数据库多芯片联合分析及分子对接的方法研究化橘红防治动脉型肺动脉高压的潜在分子作用机制。方法 利用TCMSP、ETCM、Swiss Target Prediction和PharmMapper等数据库结合文献报道,获取化橘红活性成分的作用靶点。通过GEO数据库多芯片联合分析获得动脉型肺动脉高压的差异表达基因,联合GeneCard、DisGeNET和DiGSeE等数据库筛选出动脉型肺动脉高压的潜在疾病基因。对疾病基因和活性成分靶点取交集,以Cytoscape 3.7.2软件构建化橘红活性成分–靶点的可视化网络。基于String数据库,构建化橘红防治动脉型肺动脉高压靶点的蛋白互作(PPI)网络,分析筛选出核心靶点,进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,构建化橘红活性成分–靶点–信号通路网络。将化橘红主要活性成分与网络拓扑分析后所得到的排名前10的核心靶点进行分子对接,Autodock Vina预测其分子结合自由能及Pymol作分子对接可视化图。结果 筛选出活性成分15个,得到可作用于动脉型肺动脉高压的靶点150个,...  相似文献   

18.
目的 探讨虎杖药材治疗肺动脉高压(PAH)的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)和PubMed检索虎杖活性成分,构建活性成分库。通过TCMSP获取活性成分的潜在靶点,利用Uniprot数据库获取潜在靶基因。利用人类基因数据库(GeneCards)和人类孟德尔遗传数据库(OMIM)筛选PAH致病靶点与活性成分靶点基因,构建“药物-活性成分-疾病靶点”可视化网络。将潜在靶点导入String数据库,构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;利用DAVID数据库将潜在靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。将节点度值排名前7的活性成分与排名前6的核心靶点利用AutoDock Tools和PyMOL软件进行分子对接和可视化分析。结果 筛选出活性成分39个,对应靶基因323个,与PAH共同靶点138个。经PPI网络分析,其中关键靶点涉及AKT1,VEGFA,TNF等;GO功能富集分析主要涉及低氧反应、炎性反应、血管再生等功能;KEGG通路富集分析主要涉及细胞增殖、细胞凋亡、炎性反应等信号通路;分子对接结果表明,虎杖药材活性成...  相似文献   

19.
目的 应用网络药理学的研究方法探索中药复方参麻颈复颗粒治疗脑梗死的物质基础及其作用机制。方法 通过TCMSP数据库、ETCM数据库、中医药资料库检索参麻颈复颗粒中潜在活性成分及作用靶点;OMIM数据库检索脑梗死相关靶蛋白基因,采用交集法获得参麻颈复颗粒与脑梗死的共同靶点基因。运用Cytoscape构建“参麻颈复活性成分-靶点”网络,利用STRING数据库构建PPI网络,采用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析。结果 筛选出参麻颈复颗粒的183个潜在有效成分,在TCMSP数据库中筛选到1 785个潜在靶点蛋白,其中与脑梗死有关的作用靶点30个,这些靶点基因主要参与炎症反应和细胞凋亡过程,涉及TNF信号通路、HIF-1信号通路、NF-κB信号通路等。结论 参麻颈复颗粒对脑梗死的治疗作用可能与调控炎症反应、改善受损神经功能、保护脑缺血再灌注损伤有关。  相似文献   

20.
目的 运用网络药理学方法探讨红景天治疗脑出血的潜在作用机制。方法 通过TCMID数据库与文献检索收集红景天的化学成分,利用Swiss ADME数据库与Swiss Target Prediction数据库进行有效化合物筛选与靶点预测,通过Gene Cards和OMIM数据库获得脑出血相关靶点,交集法获取红景天—脑出血共同靶点,通过STRING数据库构建蛋白—蛋白相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape软件构建红景天成分—靶点互作网络,进行可视化处理,并筛选节点度值较高的关键成分和核心靶点,通过Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析,预测作用机制。结果 筛选出红景天治疗脑出血的有效活性成分32个,作用靶点142个,经分析获得AKT1、VEGFA、EGFR、MAPK3、STAT3、HIF1α、MMP-9、PTGS2等15个核心靶标可能是参与脂质与动脉粥样硬化、神经活性配体—受体相互作用、cGMP-PKG信号通路、p53信号通路及NF-κB信号通路发挥抑制细胞凋亡、调控炎性反应及调节血管生成等作用。结论 红景天通过多种不同成分作用于多个不同靶点,且协同调控多种不同信号...  相似文献   

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