SARS冠状病毒BJ01株基因组全长cDNA的构建与鉴定

目的:构建我国自行分离的SARS冠状病毒BJ01株基因组全长cDNA分子,为阐明SARS病毒致病的分子机制奠定基础。方法:采用分段克隆的方法对病毒全基因组进行分段扩增和克隆,然后将全基因组各cDNA片段分别进行体外连接获得全长cDNA分子,并对其接头序列进行PCR扩增和测序鉴定。结果与结论:获得了SARS病毒BJ01株基因组全长cDNA分子,对其接头处序列的测定结果表明,该全长cDNA分子为SARS病毒BJ01株的特异序列。     

一株西尼罗病毒基因组cDNA亚克隆的构建与鉴定

目的：构建我室保存的一株西尼罗病毒引进毒株（CH-01）基因组全长cDNA的亚克隆，为进一步构建该毒株的感染性全长cDNA克隆奠定基础。方法：根据CH-01病毒株基因组序列中含有的特异性酶切位点，利用DNAstar及Olig06软件设计5对引物。以感染细胞中的病毒RNA为模板，通过RT-PCR扩增出覆盖病毒基因组全长的5个cDNA片段，并分别将其克隆至pGEM-Teasy载体，通过片段间共有的酶切位点进行连接，最终获得基因组5′和3′半分子，并分别通过序列测定加以鉴定。结果与结论：已构建出西尼罗病毒CH-01株基因组的5′和3′半分子，经酶切鉴定和序列测定表明所获得的cDNA克隆为该株病毒的特异性序列。     

登革1型病毒广州06株基因组全长感染性克隆的构建与鉴定

目的:构建本室新分离的登革1型病毒广州06株基因组全长感染性cDNA克隆,为深入研究登革病毒致病机制奠定基础.方法:根据登革1型病毒广州06株基因组全序列中单一酶切位点设计特异引物,分别扩增并克隆5个病毒亚基因组cDNA片段,将其逐一拼接连入pWSK 29低拷贝质粒载体,获得病毒全长cDNA克隆,并将其体外转录为RNA,再转染细胞获得恢复病毒.进一步通过RT-PCR扩增病毒5′和3′非编码区序列和特异性间接免疫荧光对其恢复病毒进行鉴定.结果和结论:构建获得登革1型病毒广州06株基因组全长感染性cDNA克隆,其恢复病毒与野生型病毒具有相似的生物学特性.     

SARS-CoV BJ01株S蛋白基因突变对病毒感染性的影响

目的:构建SARS-CoV BJ01株病毒受体结合位点及七肽重复区的突变病毒,为深入探讨SARS-CoV的致病机制及设计抗病毒策略提供理论依据.方法:采取体外突变、分段克隆及拼接策略构建BJ01株突变病毒基因组全长cDNA,经体外转录获取突变病毒,观察突变病毒与原型病毒对细胞感染性的差异.结果:获得了S蛋白不同位点的突变病毒,受体结合位点的突变明显降低了BJ01株病毒对Vero E6细胞的感染性,突变病毒的蚀斑滴度比原型病毒降低3个数量级.结论:SARS-CoV BJ01株S蛋白的受体结合位点及七肽重复区与病毒的毒力及致病性密切相关.     

登革2型病毒中国分离株感染性全长cDNA克隆的构建与鉴定

目的：构建登革2型病毒中国分离株（DEN2-43）的感染性全长cDNA克隆.方法：根据我室测定的DEN2-43株病毒全基因组序列,利用长链RT-PCR及融合PCR技术扩增此病毒基因组全长cDNA分子,并将其克隆至低拷贝载体pWSK29中构建该病毒株的全长cDNA克隆.将此克隆体外转录后,通过电穿孔导入宿主细胞获得恢复病毒.结果与结论：构建的DEN2-43基因组全长cDNA克隆具有感染性,所获得的恢复病毒具有与原型病毒类似的生物学性质及小鼠乳鼠神经毒力,且可稳定传代.该感染性克隆的构建为深入探讨登革病毒的致病机制及研制新型登革疫苗奠定了基础.     

西尼罗病毒Chin-01株基因组编码区序列测定及分析

目的：对保存的西尼罗病毒Chin-01株基因组编码区序列进行测定，了解其与已报道毒株的序列差异及系统进化关系。方法：对Chin-01株病毒基因组编码区分区段进行RT-PCR扩增，分别将扩增产物直接进行测序，采用DNAstar软件将测序片段拼接获得全长编码区序列。结果与结论：Chin-01株基因组编码区全长10302nt，为单一读码框架，编码3434个氨基酸。其中结构蛋白基因为2373nt，依次编码4种结构蛋白(C，PrM，M和E)；非结构蛋白基因全长7926nt，依次编码7种非结构蛋白(NS1，NS2a，NS2b，NS3，NS4a，NS4b和NS5)。序列同源性分析表明，Chin-01株与埃及Eg101株高度同源，两者氨基酸序列仅有0．3％的差异。该株西尼罗病毒基因组编码区序列已输入GenBank数据库。     

新分离呼肠病毒基因组片段S1全长cDNA克隆及其序列分析

目的：克隆测序新分离呼肠病毒的S1全长基因组片段，并对其进行序列分析。方法：从接种呼肠病毒的L929细胞中提取病毒基因组，用改进的单引物扩增技术获得S1片段的全长cDNA克隆井测定其全序列。结果：新分离呼肠病毒的S1片段长1437bp，其核苷酸序列与已知的1—3型呼肠病毒标准株的同源性分另1为59％，61％和48％；推测的cr1序列与标准株的同源性分别为52％，60％和26％。结论：新分离呼肠病毒的S1片段与目前已知的分离株相比有很大差异，有可能是2型呼肠病毒的一个独立分支。     

扩增我国登革2型病毒全长cDNA分子的融合PCR方法

目的：建立扩增登革2型病型基因组全长cDNA的融合PCR法，为深入探讨病毒基因的结构与功能提供有效的技术途径，方法：根据我国登革2型病毒D2－43株列设计引物，首先采用长链RT－PCR技术扩增病毒基因组5‘及3‘半分子，然而以阗分子采用融合PCR法将两个半分子建成全长cDNA分子，为进一步证实所构建全长cDNA分子的特异性，再以融合PCR产物为模板扩增5‘非编码区序列，与pGEM-T载体连接，在377A型自动测序仪进行序列分析，结果：通过对逆转录反应及PCR扩增条件的优化，建立了制备大片段cDAN及构建全长cDNA分子的融合PCR方法，扩增的我国登革2型病毒的5‘及3‘半分子的半度均为5kb左右，采用融合PCR方法制备的全长cDNA长约11kb，与预期大小一致，非编码区测序结果表明扩增产物为D2－43所特有，结论：所建立的融合PCR方法是构建登革闰因组全成cDNA的有效技术。     

我国登革1型病毒广州株基因组全序列测定与分析

目的：对引起1980年广州登革热流行的登革1型病毒（GZ／80）株的基因组全序列进行测定,为进一步了解病毒基因组结构与功能的关系。从分子 水平探讨登革病毒的传播和流行规律及致病机制提供依据。方法：用广登革热流行期间从患者血清中分离的GZ／80株病毒感染乳腺,聚鼠脑制备病毒RNA。对基因组编码区分段进行RT－CR扩增,非编码区采用RACE法进行cDNA扩增。然后将特异产物纯化后与pGEM-Teasy载体连接,分别进行克隆测序。结果：GZ／80株基因组全长10735ng,5′和3′非编码区长度分别为94nt和465nt基因组单一的读码框架长度为10176ng,编码3392个氨基酸,与登革1型病毒16007株、WestPac74株、新加坡S275／90株和FGA／89株核苷酸序列的同源性分别为94％,93％,95％和91％;推测的氨基酸序列的同源性分别为98．0％,97．9％和97．1％。结论：GZ／80株基因组大小及结构与已知的登革1型病毒其他地区分离株一致。系统发生树分析显示,GZ／80株属于第Ⅱ基因型,与台湾87株、88株和泰国80株为同一基因型。提示广州登革热流行的病原可能来自我国。     

基于CMV启动子构建CVB3感染性克隆载体的初步研究

目的利用CMV启动子构建CVB3感染性克隆载体。方法将质粒pcDNA3.1（＋）的CMV启动子下游区域通过PCR技术替换成设计好的多克隆位点区,分别插入PCR合成的HdvRz核心序列和polyA尾片段,形成框架载体pc-H-A,通过瞬时转染HeLa细胞初步鉴定pc-H-A的可用性;用本室保存的CVB3（nancy株）感染HeLa细胞,取感染液上清提取病毒RNA,利用长链RT-PCR和长链PCR技术反复优化条件扩增病毒基因组全长片段,将此全长片段克隆至设计好的框架载体pc-H-A中,筛选阳性克隆,并对其进行测序鉴定。结果与结论构建了带有CMV启动子的框架载体pc-H-A并初步鉴定了该载体可用,利用此框架载体构建了与基因库中序列相似性为99%的CVB3全长cDNA克隆pc-CVB3-H-A。该研究为进一步鉴定所构建的CVB3全长克隆的感染性提供了基础,并为后续在病毒学研究和基因治疗方面的研究提供了手段。     

西部马脑炎病毒基因组序列的RT-PCR检测

目的 :建立敏感、特异的西部马脑炎 (westernequineencephalitis,WEE)病毒RT_PCR检测方法。方法 :首先采用逆转录法将病毒基因组RNA逆转录为cDNA ,然后以此cDNA为模板 ,进行PCR扩增。并对PCR扩增过程中的模板量、循环数、Mg2 浓度、退火温度和延伸时间等条件进行优化 ,以提高检测的特异性和敏感性。结果 :采用经优化的条件进行PCR扩增获得了约 35 0bp的单一DNA片段 ,其大小与预期的相一致 ,且可自 0 .1TCID50 的病毒液中检测出WEE病毒基因组序列。结论 :所建立的RT_PCR方法可自病毒感染的小鼠脑组织和传代细胞中检测WEE病毒的基因组RNA。     

WJBC株盖塔病毒基因组序列测定及与其他甲病毒的系统进化关系

目的对WJBC株盖塔病毒（GETV）进行基因组序列测定,阐明其与已报道的GETV及其他甲病毒的关系。方法将GETV基因组编码区分12段分别进行RT-PCR扩增,将扩增产物直接进行测序,非编码区采用RACE法进行扩增,扩增产物纯化后连入pGEM-T easy载体,经转化DH5α感受态细胞,挑取阳性克隆鉴定后测序,应用DNAStar软件将测序结果拼接获得基因组序列。结果与结论 GETV基因组核苷酸共11 696 nt,编码3721个氨基酸,非结构基因编码2468个氨基酸,结构基因编码1253个氨基酸,结构基因和非结构基因之间有44 nt的连接区为非翻译区。病毒基因组5＇端和3＇端分别有78、411 nt的非编码区。序列同源性分析结果表明,此株病毒与M1株盖塔病毒同源性最高,两者核苷酸序列同源性为99.8%,氨基酸序列同源性为99.2%。     

西尼罗病毒Chin-01株5′非编码区（UTR）中复制相关元件的功能研究

目的研究西尼罗病毒Chin-01株5′非编码区(UTR)中复制相关元件的功能,为探讨该病毒基因组复制的分子机制提供理论依据。方法通过生物信息学分析,初步筛选出Chin-01株5′UTR中可能的复制相关位点,并构建相应的重组亚基因组突变体,然后以上此为模板,经体外RdRp活性分析及凝胶阻滞试验,观察NS5的RdRp活性及与突变体的结合能力,再将突变位点引入该病毒感染性全长cDNA克隆,初步观察突变体恢复病毒的生物学特性。结果5′UTR中第45-60位核苷酸缺失的突变体无法合成子链,与NS5的结合能力也显著降低。第8和9位核苷酸改变的突变体则丧失了合成子代RNA及与NS5的结合能力,第8、9、69和70位核苷酸突变后形成的结构恢复突变体则可以合成子链RNA,并可与NS5特异性结合。同时,第45-60位核苷酸缺失及第8和9位核苷酸突变的恢复病毒的增殖能力也显著降低。结论Chin-01株5′UTR中的第45-60位及第8、9、69和70位核苷酸维持的结构可能是该病毒基因组复制的关键位点。     

基孔肯雅病毒WJ0601株基因组全序列测定及分析

目的对保存的基孔肯雅病毒WJ0601株基因组序列进行测定,并阐明该病毒与已报道毒株序列的关系。方法对基孔肯雅病毒基因组编码区分14段进行RT-PCR扩增,对非编码区采用RACE法进行扩增,将扩增产物直接进行测序,应用DNAStar软件将测序结果拼接得到基因组序列。结果与结论基孔肯雅病毒WJ0601株基因组核苷酸共11826nt,编码3722个氨基酸,其中5′端的2/3基因组编码4种非结构蛋白nsP1、nsP2、nsP3和nsP4;3′端的1/3基因组编码5种结构蛋白C、E3、E2、6K和E1蛋白。结构基因和非结构基因之间有68nt的连接区为非翻译区。病毒基因组5′端和3′端分别有76nt、526nt的非编码区。序列同源性分析结果表明,此株病毒与S27-African株的同源性最高,两者核苷酸序列同源性为99.9%,氨基酸序列同源性为99.8%,同属于（ESCA）基因型。     

我国登革2型病毒43株基因组全长cDNA体外RNA转录物感染性的研究

目的：研究我国登革２型病毒４３株（Ｄ２－４３）基因组全长ｃＤＮＡ体外ＲＮＡ转录物的感染性,为进一步阐明登革２型病毒的致病机制及探索其新型疫苗奠定基础。方法：用ＳＰ６ＲＮＡ聚合酶系统制备Ｄ２－４３基因组全长ｃＤＮＡ的体外ＲＮＡ转录物,纯化后经电穿孔法转染Ｃ６／３６细胞,观察致细胞病变作用以判断其感染性。从病变的细胞和培养上清中提取总ＲＮＡ,通过ＲＴ－ＰＣＲ扩增及克隆测序的方法证实细胞病变确为ＲＮＡ转录物感染所致;同时收集可产生细胞病变的培养上清,再感染Ｃ６／３６细胞以进一步证实该体外ＲＮＡ转录物感染的稳定性。结果：以我国Ｄ２－４３病毒株基因组全长ｃＤＮＡ为模板制备的体外ＲＮＡ转录物可使Ｃ６／３６细胞产生病变,从病变细胞和培养上清中可扩增获得病毒特异的基因片段。在培养细胞中进行连续传代仍可产生细胞病变作用。结论：构     

我国两株森林脑炎病毒的生物学性质及E蛋白基因核苷酸序列的比较

目的：比较我国1953年从患者脑组织分离的森张株和2001年从患者血清中分离的MDJ01株森林脑炎病毒(TBE)的生物学特性及E蛋白基因核苷酸序列的变化，分析TBE病毒E蛋白基因的变化与功能的关系，从分子水平上探讨我国TBE的传播、流行规律及致病机制。方法：两株病毒同时接种乳鼠和，BHK／21细胞，观察两株病毒对乳鼠和BHK／2l细胞的致病性；从两株病毒感染的BHK／2l细胞中提取病毒的RNA，对E蛋白基因进行RT-PCIR扩增，扩增产物纯化后与pGEM-T载体连接，分别进行克隆测序。结果：森张株对乳鼠和BHK／21的致病性均比MDJ01株明显；两株病毒E蛋白基因长为l488nt，编码496个氨基酸，核苷酸的变异为33个，导致了2个氨基酸的变化，第一个氨基酸的变异发生在113位(MDJ01株由Ⅰ变成Ⅴ)，第二个氨基酸的变异发生在163位(MDJ01由P变成A)，两株病毒核苷酸序列的同源性为97．8％，推测的氨基酸序列的同源性为99．6％。与国外远东株比较，森张株核苷酸序列的同源性稍高于MDJ01株，与欧洲株、西伯利亚株的同源性基本一致。结论：新分离株MDJ01对细胞和乳鼠的致病性稍低于1953年分离的森张株，E蛋白基因的核苷酸序列分析表明两株病毒同属于远东亚型，推测MDJ01株可能是由森张株在自然界长期演变而来。