MicroRNA-222对肺腺癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响

摘要：目的  探讨microRNA-222（miR-222）对肺腺癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响。方法  将miR-222和对照分别转染入肺腺癌细胞系A549进行活细胞计数法试剂盒（CCK-8）增殖实验、Transwell迁移及Matrigel侵袭实验,观察miR-222对肺腺癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响。运用荧光素酶报告实验、实时荧光定量聚合酶链反应（qRT-PCR）及Western blot验证miR-222靶向下调ETS1的过程。结果  CCK-8增殖实验,Transwell迁移及Matrigel侵袭实验发现,与对照组相比miR-222能够促进肺腺癌细胞增殖、迁移和侵袭。荧光素酶报告实验、qRT-PCR及Western blot实验发现,miR-222可以靶向下调ETS1的表达,且ETS1参与调节上述过程。结论  miR-222通过靶向下调ETS1,促进肺腺癌细胞增殖、迁移和侵袭。

     

缺氧诱导GLC-82、A549肺癌细胞的microRNAs差异表达谱分析

目的：对比缺氧环境下不同肺腺癌细胞株表达差异的microRNA,为进一步研究缺氧环境中肺癌细胞microRNA的作用机制提供参考。方法：建立缺氧模型,将培养于缺氧情况中及正常氧浓度下的GLC-82、A549细胞分别提取RNA,通过芯片检测及PCR验证,筛选差异表达的microRNA。利用TargetScanHuman 7.2数据库和cytoscape软件预测差异显著的microRNA分子调控的靶基因及可能参与的信号通路。结果：在缺氧条件下,A549细胞中3个microRNA表达上调,30个microRNA表达下调;而在GLC-82细胞中,2个microRNA表达上调,31个microRNA表达下调。两种细胞相比较,除miR-192-5p变化趋势相反外,其他microRNAs的表达变化趋势相同。通过KOBAS在线网站KEGG及GO预测分析,差异表达microRNA主要参与了肿瘤相关信号通路、胰岛素信号通路、Ras 信号通路以及氧代谢等生物学过程。结论：肺癌细胞株在缺氧环境下和正常氧状态下mircoRNA出现表达差异,并且来源于不同遗传背景的细胞株之间也存在差异。差异表达的microRNA靶基因参与了多种细胞代谢相关通路,具有氧代谢,氧应答相关功能。     

CTR1和ATP7B在人肺腺癌细胞A549的表达及其与顺铂耐药的关系

目的  探讨人肺腺癌细胞株A549和肺腺癌顺铂耐药细胞株A549/DDP对顺铂的耐药机制。方法  利用噻唑蓝法检测顺铂对A549/DDP及其亲代细胞株的细胞毒作用和生长曲线的影响,探讨A549/DDP细胞株凋亡敏感性的变化规律。采用Western blot检测该细胞株铜离子转运蛋白1（CTR1）、铜离子转运磷酸化ATP酶（ATP7B）及聚腺苷二磷酸-核糖聚合酶（PARP）剪切蛋白表达,分析A549细胞对顺铂耐药与CTR1、ATP7B及PARP剪切蛋白表达量的相关性。结果  A549/DDP较其亲代细胞株对顺铂引起的细胞毒性和凋亡敏感性下降;较其亲代细胞株A549/DDP中ATP7B表达增加,CTR1表达降低。结论  人肺腺癌细胞株A549对顺铂耐药的产生与细胞凋亡敏感性降低有关,且细胞内ATP7B表达增加,CTR1表达降低,或可作为细胞对顺铂的增敏靶点。

     

β-榄香烯对紫杉醇耐药肺癌细胞的抑制作用及Wnt/β-catenin信号通路的影响

  目的：研究β-榄香烯对紫杉醇耐药肺腺癌细胞A549/Taxol的抑制作用及其对Wnt/β-catenin信号转导通路的影响。  方法：采用浓度梯度诱导法制备紫杉醇耐药肺腺癌细胞株A549/Taxol。以不同浓度β-榄香烯作用于A549/Taxol细胞48 h,采用CCK8法检测细胞增殖;实时定量PCR法检测多药耐药基因(MDR1)及β-catenin、Survivin 基因的mRNA表达;Western blot法检测A549/Taxol细胞P糖蛋白(P-gp)及β-catenin、Survivin的蛋白表达。  结果：与对照组比较,β-榄香烯呈浓度相关性抑制A549/Taxol细胞增殖;β-榄香烯(20、40、80 μg/ml)作用48 h后,A549/Taxol细胞MDR1、β-catenin、Survivin mRNA及蛋白表达水平均明显下降(P<0.01)。  结论：β-榄香烯可能通过下调β-catenin、Survivin mRNA及其蛋白的表达,影响 Wnt/β-catenin 信号转导通路,发挥抑制A549/Taxol细胞增殖的作用;β-榄香烯对肺腺癌细胞紫杉醇耐药性具有拮抗作用,该作用可能通过抑制Wnt/β-catenin信号转导通路实现。     

患者血清microRNA表达谱及相关生物信息学分析

探讨慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者血清中microRNA(miRNA)的差异性表达谱,并通过生物信息学探索其意义。方法 下载GEO数据库开源数据集（GSE70080）,分析慢阻肺患者与正常人血清的miRNA差异性表达谱,分析其对慢阻肺的诊断价值,运用miRTarbase、Target Scan、PicTar 、miRDB等软件预测和筛选miRNAs的靶基因,并将得出的上述靶基因功能富集、信号通路及蛋白质互作网络分析。 结果 该数据集中慢阻肺与健康对照组血清差异表达的miRNA共62个(P＜0.05) ,其中较对照组上调8个,下调54个,上调miRNA和下调miRNA诊断慢阻肺的受试者曲线下面积分别为0.938和0.969。靶基因预测显示差异性表达miRNA共有15099个靶基因,GO功能分析显示上述靶基因主要涉及Wnt、MAPK、NF-κB等重要生物学过程,KEGG分析主要富集于Wnt、NF κB、MAPK等信号通路。miRNA和mRNA的网络图显示SLC4A8与多个miRNA相关。蛋白质互作网络显示靶基因编码蛋白质间存在复杂的相互作用,ACVR1B、ACVRL1、KRT2、KRT74、KRT82在互作网络中具有核心地位。结论 慢阻肺患者的血清miRNA存在差异性表达,miRNA可能通过调控靶基因参与调控相关的生物功能和通路参与慢阻肺发病机制调控     

甲状腺微小乳头状癌患者血浆microRNA差异表达谱的研究

目的比较甲状腺微小乳头状癌患者与甲状腺良性结节患者血浆小分子RNA（miRNA）表达谱的差异,初步分析差异miRNA靶基因的功能。方法收集并分离5例甲状腺微小乳头状癌和5例甲状腺良性结节患者的血浆,采用miRNA-seq方法筛选出两组差异表达miRNA,进一步采用mirdbV5和TaregetScan7.1对差异表达miRNA进行靶基因预测,并运用GeneOntology（GO）分析和KEGG信号通路数据库初步分析靶基因功能。结果与甲状腺良性结节相比,甲状腺微小乳头状癌共有11个miRAN表达有显著差异,其中上调3个,下调8个;3个上调的miRNA通过两个软件共同预测到靶基因76个,8个下调miRNA共同预测到靶基因298个。上调miRNA靶基因GO分析提示与蛋白质修饰和细胞分解代谢有关。下调的miRNA靶基因GO分析结果提示与代谢以及生物合成有关。KEGG分析提示差异miRNA与RNA降解以及HIF-1信号通路相关。结论甲状腺微小乳头状癌与甲状腺良性结节miRNA表达谱存在明显差异,这些差异表达的miRNA可能与蛋白质修饰、细胞代谢以及生物合成、HIF-1信号通路有关。     

宣威地区肺腺癌病人肺组织特异miRNAs表达谱和靶基因及其信号通路预测

目的 筛选出宣威地区肺腺癌病人肺组织miRNAs差异表达谱,预测其相关靶基因和信号通路.方法 选取来自宣威地区肺腺癌24例和非宣威地区肺腺癌10例患者手术切除的肺癌组织和正常肺组织标本,miRNAs芯片检测34对肺癌切除标本,筛选宣威肺腺癌miRNAs差异表达谱,AGO分析和KEGG Pathway分析预测其miRNAs的生物与肺癌相关的靶基因和信号通路.结果 miRNAs芯片检测:与非宣威肺腺癌比较,宣威肺腺癌差异表达显著的特异miRNAs34个:表达上调的miRNAs有23个,表达下调的miRNAs有11个.AGO富集分析及KEGG数据库映射分析发现:预测主要集中在PI3K/Alt信号通路附近,其预测靶基因有:GF、RTK、SOS、IRS1、BCAP、CYTOKINSR、ECM、ITGB、FAK和GBY,可能对肺癌生物学功能产生影响的靶基因主要集中在PI3K/Alt,WNT和MAPK通路.结论 筛选出这些特异性miRNAs可能在宣威肺腺癌癌变和进展中起重要作用,预测的靶基因可能与调节PI3K/Alt,WNT和MAPK信号通路的作用有关.     

核因子E2相关因子2在肺腺癌中的表达及临床意义

目的  研究核因子E2相关因子2（以下简称转录因子Nrf2）在肺腺癌组织中的表达及临床意义。方法  收集本院胸外科手术治疗的肺腺癌组织标本88例,正常肺组织标本20例,应用免疫组织化学法,检测组织标本中Nrf2的表达水平。结果  Nrf2在正常肺组织中阳性表达率低于10%,在肺腺癌组织中的阳性表达率为69.3%,在有淋巴结转移的肺腺癌组织中Nrf2的阳性表达率为73.3%。低分化组腺癌组Nrf2阳性表达率（84.6%）明显高于中分化组（76.4%）和高分化组（70.7%）。结论  转录因子Nrf2在肺腺癌组织中表达上调,与肺腺癌的组织分化程度、淋巴转移具有一定的相关性。

     

胃癌中microRNA-218调控BMI1基因表达的作用及机制

目的  探讨胃癌中microRNA-218（miR-218）调控BMI1基因表达的作用及机制。方法  应用实时定量聚合酶链反应（real-time PCR）检测胃癌及癌旁组织中miR-218及BMI1基因的表达。将miR-218的前体（miR-218 precursor）转染胃癌BGC823细胞,Western blot检测BMI1蛋白的表达。应用荧光素酶实验分析miR-218是否与BMI1基因3’非翻译区（3’-UTR）结合。结果  RT-PCR结果显示,相对癌旁组织,胃癌组织中miR-218的表达下调显著,而BMI1在胃癌组织中的表达则呈现明显的上调,miR-218与BMI1在胃癌及癌旁组织中的表达均为明显的负相关。在转染miR-218 precursor的胃癌BGC823细胞中,BMI1的蛋白表达显著下调。荧光素酶实验结果证实miR-218能够特异性地结合BMI1基因的3’-UTR,并与其表达呈负相关。结论  miR-218与BMI1基因的表达异常与胃癌的发生相关,BMI1基因是miR-218的靶基因,miR-218在胃癌细胞中能够靶向沉默BMI1基因。

     

缺氧对前列腺癌细胞糖酵解及迁移侵袭能力的影响

目的  探讨缺氧状态下前列腺癌细胞糖酵解和体外迁移侵袭能力的改变。方法  将前列腺癌细胞DU145和/或PC-3分别置于常氧及缺氧环境中培养24和48 h,侵袭小室实验检测前列腺癌细胞体外迁移及侵袭能力改变。分别检测上清液中葡萄糖含量、乳酸含量;实时定量逆转录-聚合酶链反应（qRT-PCR）检测糖酵解相关基因的表达改变。结果  前列腺癌细胞DU145经缺氧处理后,体外迁移及侵袭能力较常氧处理增强。同时缺氧处理后,DU145和PC-3细胞培养上清液中葡萄糖含量减少,肿瘤细胞摄入葡萄糖能力提高,糖酵解代谢产物乳酸在上清液中增加。qRT-PCR结果表明,缺氧处理后DU145细胞糖酵解相关基因。结论  缺氧处理能增强前列腺癌细胞的体外迁移及侵袭能力,同时通过改变糖酵解相关基因的表达,对前列腺癌细胞的糖酵解过程发挥调控作用。

     

脾虚证患者血清微RNA表达谱的筛选与生物信息学分析

目的 筛选脾虚证患者血清miRNA表达谱进行生物信息学分析,从miRNA水平探讨脾虚证的发病机制和辨证分型规律。方法 选择高脂血症脾虚证和脾胃湿热证患者各4例,以及健康志愿者5名,提取其血清RNA,进行miRNA定量PCR芯片检测。筛选脾虚证患者血清miRNA表达谱,进行层次聚类、靶基因预测和功能注释等生物信息学分析。结果 筛选出脾虚证患者9个候选血清miRNA,其中6个表达上调,3个表达下调;候选miRNA的表达在脾虚证患者、脾胃湿热证患者及健康志愿者3组样本间存在差异。京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析结果显示,6个上调miRNA调控的83个靶基因显著富集于7个通路,主要涉及细胞因子-细胞因子受体相互作用通路、病原虫感染性疾病、免疫/炎症相关的信号通路和胰腺癌等;3个下调miRNA调控的365个靶基因显著富集于5个通路,主要涉及神经营养因子信号通路、磷脂酰肌醇信号通路、RNA运输、磷酸肌醇代谢和氨基酸代谢等。结论 本研究筛选出的9个脾虚证患者候选miRNA可作为脾虚证临床辨证的潜在血清标志物,为脾虚证患者发病机制的认识和研究提供依据。     

乳腺癌差异表达miRNA在预后中的意义

目的 运用生物信息学方法研究复发转移乳腺癌组织中的差异表达MicroRNAs,预测其在乳腺癌预后中的分子调控网络。方法 从GEO数据库中获取乳腺癌组织MiRNA表达谱,包括131例10年内无远处转移复发者,79例10年内有复发者。GEO2R在线分析工具筛选差异表达MiRNA,靶基因预测验证数据库预测miRNA靶基因,使用DAVID工具的基因功能注释和通路富集方法对靶基因进行分析。TF-miRNA调控数据库寻找其上游转录因子,Cytoscape软件构建互作网络。结果 复发转移组乳腺癌组织共筛选到差异表达的miRNA 5个,其中表达上调3个,表达下调2个。得到4个相关上游转录因子HIF1A、EGR1、FOXM1、ESR2,与差异miRNA共调控154个的靶基因。靶基因功能集中在BMP信号通路,TGF-β信号通路,细胞骨架组装功能和Rho GTPases信号通路。结论 差异性表达的miRNA包括hsa-miR-210、hsa-miR-33a、hsa-miR-32、hsa-miR-135a、hsa-miR-30a-3p,利用生物信息学方法,能够有效获取信息,为乳腺癌的治疗及预后监测的新策略研究开辟新思路。     

MicroRNA-223表达与肝癌根治性切除术预后的相关性

 摘要：目的  识别可以作为肝癌根治性切除术患者预后标志物的microRNA（miRNA）分子。方法  利用miRNA微阵列方法对2例原发性肝癌及对应的肺转移性肝癌进行miRNA表达分析。将原发性和转移性肝癌中表达量有2倍差异的miRNAs作为候选miRNAs分子。在miRNA验证过程中，运用实时荧光定量聚合酶链反应（qRT-PCR）分析37例肝癌及相应癌旁非肿瘤组织中候选miRNAs分子的表达，并将其与患者的临床病理特征及生存情况进行相关性分析。结果  最终选取8种miRNAs（miR-27b、122、142-5p、196a、223、590-5p、630及944）作为候选miRNA。只有miR-223表达水平与肿瘤分期、有丝分裂指数相关。将肝癌患者分为miR-223高表达组（25例）和miR-223低表达组（12例）后发现，miR-223高表达与较高T分期、淋巴结转移、较高丝分裂指数及较高Ki-67阳性指数相关。此外，miR-223高表达还与总体生存率和无病存活率下降相关（P <0.05），中位随访时间37.9个月[疾病复发危险比为16.267（95%CI：1.732，153.789）P =0.015]。结论  肝癌组织中miR-223异常表达与肝癌患者治疗结束后发生复发转移，以及无病生存时间和总生存率有关，通过检测肿瘤组织中miR-223 qRT-PCR反应有可能预测患者预后。

     

宫颈鳞状细胞癌组织中miRNA差异性表达及其靶基因作为诊断标志物的意义

目的: 采用生物信息学方法研究宫颈鳞状细胞癌(CESC)组织中差异性表达的miRNA并预测其靶基因,以期找到影响CESC发生发展及可用于肿瘤标志物的miRNA。 方法: 癌症基因组图谱 (TCGA)数据库中下载3例CESC组织及3例配对正常组织,用统计学方法对差异性表达的基因及miRNA进行筛选,通过靶基因预测网站对差异性表达的miRNA进行靶基因预测,运用KEGG数据库分析靶基因参与的肿瘤相关信号通路。 结果: 与同源正常组织比较,CESC组织有18个miRNA和1180个基因有差异性表达(P<0.05),其中有15个miRNA和411个基因上调,3个miRNA和770个基因下调,采用靶基因预测网站有7个miRNA与预测到的靶基因呈负向调控关系,6个上调miRNA的靶基因下调,1个下调miRNA的靶基因上调,靶基因集中在Wnt、MAPK、P53和cAMP等肿瘤相关信号通路。 结论: 差异性表达的miRNA包括hsa-miR-27a、hsa-miR-148b、hsa-miR-185、hsa-miR-200a、hsa-miR-200b、hsa-miR-221和hsa-mir-133b,差异性表达的miRNA及其靶基因在CESC的发生发展过程中起重要作用,有可能成为诊断CESC的肿瘤标志物。     

MiRNA异常表达对肥胖儿童代谢综合征发生发展的影响

目的探讨微小RNA（microRNA,miRNA）异常表达对肥胖儿童代谢综合征发生发展的影响。方法应用miRNA表达谱芯片检测肥胖合并代谢综合征患儿、单纯性肥胖患儿及正常体重儿童血清中miRNA的表达谱;利用实时定量PCR技术检测其差异表达的miRNA,验证miRNA芯片结果的可靠性;应用软件对筛选出的显著差异表达miRNA的靶基因进行预测。结果单纯性肥胖患儿血清中,上调表达超过1.5倍的miRNA有15个,下调表达超过1.5倍的有11个。肥胖合并代谢综合征患儿血清中9个上调miRNA,7个下凋miRNA。其中肥胖合并代谢综合征患儿hsa-miR-143、hsa-miR-24、hsa-miR-34a和has-miR-29a表达高于单纯性肥胖患儿,下调表达中有hsa-miR-192和hsa-miR-23a表达低于单纯性肥胖儿童。通过生物信息学分析发现了表达显著改变miRNA的共同作用的靶基因。结论筛选出肥胖合并代谢综合征患儿的差异表达miRNA,可能参与其对应共同靶基因,具有调控肥胖儿童合并代谢综合征发生发展的作用。     

MicroRNA meta-signature of oral cancer: evidence from a meta-analysis

Aim: It was the aim of the study to identify commonly deregulated miRNAs in oral cancer patients by performing a meta-analysis of previously published miRNA expression profiles in cancer and matched normal non-cancerous tissue in such patients.

Material and methods: Meta-analysis included seven independent studies analyzed by a vote-counting method followed by bioinformatic enrichment analysis.

Results: Amongst seven independent studies included in the meta-analysis, 20 miRNAs were found to be deregulated in oral cancer when compared with non-cancerous tissue. Eleven miRNAs were consistently up-regulated in three or more studies (miR-21-5p, miR-31-5p, miR-135b-5p, miR-31-3p, miR-93-5p, miR-34b-5p, miR-424-5p, miR-18a-5p, miR-455-3p, miR-450a-5p, miR-21-3p), and nine were down-regulated (miR-139-5p, miR-30a-3p, miR-376c-3p, miR-885-5p, miR-375, miR-486-5p, miR-411-5p, miR-133a-3p, miR-30a-5p). The meta-signature of identified miRNAs was functionally characterized by KEGG enrichment analysis. Twenty-four KEGG pathways were significantly enriched, and TGF-beta signaling was the most enriched signaling pathway. The highest number of meta-signature miRNAs was involved in the sphingolipid signaling pathway. Natural killer cell-mediated cytotoxicity was the pathway with most genes regulated by identified miRNAs. The rest of the enriched pathways in our miRNA list describe different malignancies and signaling.

Conclusions: The identified miRNA meta-signature might be considered as a potential battery of biomarkers when distinguishing oral cancer tissue from normal, non-cancerous tissue. Further mechanistic studies are warranted in order to confirm and fully elucidate the role of deregulated miRNAs in oral cancer.     

大鼠发育期热性惊厥后海马microRNA差异表达谱的相关研究*

目的 通过microRNA （miRNA） 表达谱芯片分析并筛选大鼠发育期热性惊厥后脑损伤相关的 miRNA,探讨新的miRNA 在发育期热性惊厥后脑损伤中的作用,为热性惊厥的临床诊断和治疗开辟一条 新途径。方法 选取SPF 级野生型14 d 日龄SD 大鼠,通过经典热水浴连续处理7 d 诱导惊厥复制热性惊厥 模型,将反复惊厥的大鼠海马作为实验组,另选取健康大鼠海马作为对照组。利用大鼠miRNA 表达谱芯片 筛选两组海马组织差异表达miRNA（P <0.05,FC >1.5）,并利用生物信息学对芯片数据进行深入挖掘和分析; 通过实时荧光定量聚合酶链反应（qRT-PCR）验证差异表达miRNA。结果 基于miRNA 表达谱芯片数据 分析,共获得31 个差异表达miRNA（P <0.05）,其中包括21 个上调miRNA,10 个下调miRNA。qRT-PCR 检 测结果与miRNA 表达谱芯片结果一致,证明芯片数据的可靠性;通过对所有差异表达miRNA 的靶基因GO 和Pathway 分析发现,显著富集的GO 主要包括基因转录、神经元分化、大脑及海马发育等（P <0.05）;显著富集 的Pathway 主要包括癌症相关FoxO 信号通路、PI3K/Akt 信号通路、多巴胺突触通路等（P <0.05）;miRNA 靶基 因数据库分析获得miR-148a-3p 相关靶基因186 个;差异miR-148a-3p 的靶基因GO 功能和Pathway 分析主 要涉及神经元保护、突触发生、大脑发育、FoxO 信号通路、PI3K/Akt 信号通路、Hippo 信号通路等（P <0.05）, 与神经免疫相关;miR-148a-3p 靶基因互作网络分析获得蛋白分子之间的相互关系;双荧光素酶实验表 明,NCOA1 是miR-148a-3p 调节的靶基因。结论 神经、免疫等多种相关因素可能在热性惊厥的发生、发展 中起非常重要的作用,为研究热性惊厥的发病机制提供新方向和新靶点。     

复发性流产肾虚证小鼠子宫蜕膜组织miRNA表达谱检测及生物信息学分析

目的 探讨微小RNA（microRNA,miRNA）在复发性流产（repeated spontaneous abortion,RSA）肾虚证小鼠子宫蜕膜组织中的表达特征。方法 运用基因芯片技术对所采集的正常对照组和RSA小鼠蜕膜组织进行miRNA检测,运用Genespring软件对miRNA进行筛选及功能分析。应用生物信息学方法分析差异表达的miRNA及其靶向基因在RSA发生、发展中的作用。结果 芯片检测结果显示正常对照组和RSA肾虚证组筛选出差异表达的miRNA共有63条（22条上调、41条下调）,实时荧光定量PCR验证的miRNA的表达情况与miRNA芯片结果一致。京都基因与基因组百科全书通路富集分析及基因本体分析显示,其差异表达的miRNA涉及到PI3K-Akt信号通路、细胞吞噬通路、癌症通路、黏着斑通路、肌动蛋白细胞骨架调控通路、轴突导向信号、MAPK信号通路、PAP-1信号通路等。结论 RSA肾虚证小鼠子宫蜕膜组织中存在差异表达的micro RNA,可能涉及RSA肾虚证的发生、发展。