利用酵母双杂交技术筛选与NMDA受体亚型NR2D相互作用的蛋白质

目的利用酵母双杂交技术,寻找可能与谷氨酸受体亚型NR2D存在相互作用的蛋白,为探讨NR2D蛋白在神经系统退行性改变中的作用提供依据。方法应用Clontech GAL4酵母双杂交系统,构建包含NR2D细胞内C末端的c DNA片段为诱饵质粒,筛选人脑c DNA文库;随机挑取部分阳性克隆,通过回复性杂交实验验证其可靠性,分离阳性克隆进行测序和生物信息学分析。结果筛选出6种与NR2D可能存在相互作用的蛋白,包括神经细胞膜糖蛋白(Glycoprotein M6B,GPM6B)、精脒/精胺N1-乙酰基转移酶1(Spermidine/spermine N1-acetyltransferase 1,SAT1)、乳酸脱氢酶B(Lactate dehydrogenase B,LDHB)、α-突触核蛋白(α-synuclein,SNCA)、淀粉样蛋白β前体蛋白结合家族B成员1和2(Amyloid beta(A4)precursor protein-binding,family B,member1(Fe65),APBB1;Amyloid beta(A4)precursor protein-binding,family B,member 2,APBB2。结论初步探讨了NR2D蛋白的功能及与其可能发生互作的蛋白,为进一步研究谷氨酸的兴奋性毒性参与神经系统退行性改变的机制奠定了实验基础。     

GnRH缺陷疾病致病基因 RNF216互作蛋白的筛选

目的:通过酵母双杂交实验筛选与环指蛋白216(ring finger protein 216, RNF216)相互作用的蛋白,进一步阐明RNF216在GnRH缺陷疾病中的作用。方法:构建pGBKT7- RNF216重组表达载体,将其转化到Y2HGold酵母中,与人cDNA文库进行杂交,筛选与RNF216相互...     

应用酵母双杂交技术筛选与RANK蛋白新基序IVVY相互作用的蛋白

目的: 应用酵母双杂交技术筛选小鼠巨噬细胞中与核因子κB受体激活因子(RANK)蛋白上新基序IVVY相互作用的蛋白,以探寻RANKL/RANK系统中介导破骨细胞形成的RANK下游新信号转导蛋白。方法: 应用GAL4酵母双杂交系统3,构建仅包含编码新基序⁵³⁵IVVY⁵³⁸ 的一小段RANK的cDNA片段为诱饵质粒pGBKT7-IVVY,并与巨噬细胞cDNA文库质粒pGADT7-library共转化AH109酵母,筛选与RANK蛋白新基序IVVY相互作用的蛋白,通过回复性杂交实验验证其可靠性,并对阳性克隆进行测序和基因同源性分析。结果: 筛选出4个可能与IVVY基序有相互作用的蛋白,包括Ring1和YY1结合蛋白(RYBP)、ATP结合盒、E2F转录因子和热休克蛋白8,其中表达RYBP的阳性克隆出现频率高、速度快。结论: 应用酵母双杂交技术成功地筛选出4个可能与IVVY基序相互作用的候选蛋白,其中RYBP可能性最大。     

Klotho:与FPC蛋白相互作用的蛋白质分子

目的:利用酵母双杂交技术筛选与纤囊素相互作用的蛋白质,为进一步探讨纤囊素(FPC)在常染色体隐性遗传多囊肾病(ARPKD)发生、发展中的作用机制提供依据。方法:利用酵母双杂交系统以质粒pG-BKT7-FPC为"诱饵",在人类胚肾cDNA文库中筛选与FPC蛋白C末端相互作用宿主蛋白的基因,再通过一对一回交试验验证两者之间的相互作用。结果:酵母双杂交筛选得到相互作用的蛋白分子Klotho(后简称KL),回交试验再次确认KL能够与FPC蛋白相互作用。结论:FPC的C末端能够与KL相互作用,它们之间的相互作用可能为研究FPC在ARPKD发病中的功能及作用机制提供新途径。     

应用酵母双杂交系统筛选Foxp3△2相互作用蛋白

目的:应用酵母双杂交系统从人外周血白细胞cD-NA文库中筛选与转录因子Foxp3相互作用的蛋白,为进一步研究Foxp3的转录调控机制奠定基础。方法:首先构建pG-BKT7-Foxp3△2酵母双杂交诱饵载体,转化AH109酵母细胞,检测其毒性及自激活作用;然后将诱饵质粒与人外周血白细胞cDNA文库共转AH109酵母细胞,筛选了与Foxp3△2存在相互作用的蛋白。结果:成功构建了pGBKT7-Foxp3△2酵母表达载体,经转染AH109酵母细胞,无有毒性,无自激活作用。获得了40个阳性克隆,经生物信息学分析,其中9个具有开放读框。结论:应用酵母双杂交技术筛选出一组可与Foxp3△2相互作用的候选蛋白,为进一步研究Foxp3△2功能奠定了基础。     

甲型H3N2流感病毒截短型PB1-F2蛋白与宿主蛋白的相互作用的初步研究

目的利用酵母双杂交技术研究甲型H3N2流感病毒截短型PB1-F2蛋白与人类宿主蛋白的相互作用,为该病毒蛋白的功能研究和致病机制提供理论依据。方法以本实验室分离和鉴定的甲型H3N2流感病毒A／Guangdong／7028／2010为模版,构建pGBKT7-PB1-F2重组载体,利用Y2HGold酵母双杂交系统,从人类通用cDNA文库中筛选与其相互作用的蛋白。结果成功构建含诱饵蛋白基因的pGBKT7-PB1-F2重组载体,转化酵母自激活和毒性实验显示为阴性：酵母双杂交实验显示Y2HGold和Y187酵母的结合率为5．22％,符合实验要求;经筛选和验证后,得到3个与截短型PB1-F2蛋白有相互作用的阳性克隆,分别为钾／钠ATP酶B1亚基、热休克蛋白40和白介素-2受体1亚基。结论初步推断截短型H3N2流感病毒PB1-F2蛋白可能影响流感病毒在宿主细胞中的复制功能和凋亡调控。     

酵母双杂交筛选与单剪接型2.2 kb乙型肝炎病毒剪接特异性新蛋白相互作用的肝细胞蛋白

目的 筛选与单剪接型2.2 kb乙型肝炎病毒(HBV)剪接特异性新蛋白相互作用的肝细胞蛋白.方法 PCR扩增单剪接型2.2 kb HBV剪接特异性新基因TPss并克隆于诱饵载体pGBKT7,在证实TPss蛋白不具有自激活作用的前提下,以酵母双杂交系统筛查与TPss蛋白相互作用的肝细胞蛋白,进而通过哺乳动物细胞双杂交实验验证候选肝细胞蛋白与TPss蛋白在Huh7和HepG2肝细胞中的相互作用.结果 构建酵母双杂交诱饵载体pGBKT7-TPss,Western blot显示其在酵母中表达TPss蛋白.酵母双杂交筛选及哺乳动物细胞双杂交证实TPss蛋白可与4种肝细胞蛋白相互作用,即组织蛋白酶B、微粒体环氧化物水解酶、组织蛋白酶D与纤维蛋白原γ链.结论 TPss可与多种肝细胞蛋白相互作用.     

与14-3-3ζ相互作用的蛋白Polo样激酶1的筛选与鉴定

目的:应用酵母双杂交系统筛选与14-3-3ζ相互作用的蛋白,进一步鉴定其与Polo样激酶1(Plk1)相互作用。方法:构建pGBKT7-14-3-3ζ诱饵表达载体,筛选HeLa细胞cDNA文库中与14-3-3ζ相互作用蛋白,进一步通过共转酵母、免疫荧光以及外源性和内源性的细胞免疫共沉淀实验验证两者的相互作用。结果:通过酵母双杂交系统筛选出的阳性相互作用蛋白中包括Plk1,进一步通过共转酵母,外源性和内源性的细胞免疫共沉淀实验证实两者的相互作用,免疫荧光实验证实两者共定位于有丝分裂过程中胞质分裂期的中体。结论:Plk1是高度保守的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,在中体的成熟,有丝分裂期染色体的分离,胞质分裂以及DNA的损伤应答等环节发挥重要作用,其与14-3-3ζ的相互作用为14-3-3蛋白家族参与有丝分裂(M期)的调控提供了直接证据。     

应用酵母双杂交系统筛选人胃黏膜上皮组织SHIP2的相互作用蛋白

目的通过酵母双杂交系统筛选人胃黏膜上皮组织标准均一化cDNA文库,寻找与含Src同源蛋白2肌醇-5-磷酸酶2(SHIP2)相互作用的蛋白。方法利用酵母双杂交系统,以SHIP2的P1(SH2+5-Ptase)和P2(PRD+SAM)段作为诱饵蛋白,筛选出人胃黏膜上皮组织均一化cDNA文库中与SHIP2相互作用的蛋白,并通过免疫共沉淀法进行验证。结果挑选出39个阳性克隆,经测序比对分析,回复性杂交,免疫共沉淀试验验证,最终确定一个与SHIP2相互作用的蛋白抗增殖蛋白1(prohibitin1/PHB)。结论酵母双杂交系统筛选人胃黏膜上皮组织SHIP2的相互作用蛋白PHB。     

人类14-3-3ζ和GCH1蛋白相互作用的初步研究

目的 寻找人类14-3-3ζ蛋白的相互作用蛋白,为进一步揭示14-3-3ζ的作用机理提供线索.方法 以14-3-3ζ为"诱饵",利用酵母双杂交系统筛选人脑cDNA文库得到"猎物"蛋白,通过GST pulldown技术和哺乳动物细胞内免疫共沉淀技术验证14-3-3ζ和"猎物"蛋白的特异性结合.结果 首次利用酵母双杂交cDNA文库筛选技术发现了14-3-3ζ能够与GTP环化水解酶Ⅰ(GTP cyclohydrolase 1,GCH1)相互作用,并通过了体内和体外的蛋白质结合实验证实了这两个蛋白质之间的特异性相互作用.结论 发现并验证了14-3-3ζ与GCH1之间的蛋白质相互作用,为进一步深入研究这两种蛋白质的功能及所引起的相关疾病的发病机理提供了新的线索.     

人PIRH2b与ARF4相互作用的初步研究

目的利用酵母双杂交技术筛选PIRH2b的相互作用蛋白。方法以PIRH2b为诱饵蛋白,利用酵母双杂交技术筛选人胎肝cDNA文库,用GST-pull down验证PIRH2b与ARF4在体外的相互作用,并用绿色荧光蛋白标记PIRH2b,红色荧光蛋白标记ARF4,观察两者在肝癌细胞株Hep3B中的亚细胞定位。结果利用酵母双杂交筛选到一个能与PIRH2b相互作用的蛋白ARF4,GST-pull down验证了两者在体外的相互作用,荧光标记共定位结果显示两个蛋白共定位于Hep3B细胞的核周区域。结论首次发现并证实了PIRH2b与ARF4的相互作用,PIRH2b对ARF4的功能可能有重要影响。     

NF-κB p50亚基同源结构域相互作用多肽的筛选

目的：应用酵母双杂交技术筛选获得与核因子κB（NF-κB）p50亚基同源结构域（RHD）相互作用的多肽。方法：应用酵母双杂交技术，以NF—κBp 50 RHD为诱饵，筛选16肽cDNA文库，寻找与其相互作用的多肽，应用β-gal试验、酵母交配试验及一对-酵母回复性杂交等方法筛除假阳性克隆，确定阳性克隆。结果：经酵母双杂交及反复的排查，共获得8个阳性克隆。通过GenBank进行检索，未发现与之相匹配的蛋白序列。结论：获得8个与NF-κB p50 RHD相互作用的新型多肽，多肽的功能需进一步验证。     

酵母双杂交技术筛选乙型肝炎病毒DNA聚合酶TP结合蛋白的研究

目的　筛选与乙型肝炎病毒 (HBV)DNA聚合酶-N末端蛋白 (TP)相互结合的肝细胞蛋白 ,进一步探讨TP的生物学功能。方法　用聚合酶链反应 (PCR)技术扩增TP片段 ,连接入酵母表达载体pGBKT7中构建诱饵质粒 ,转化酵母细胞AH 10 9并在其内表达 ,然后与转化了人肝cDNA文库质粒pACT2的酵母细胞Y187进行配合 ,在营养缺陷型培养基和X-α-半乳糖苷酶 (X-α-gel)上进行双重筛选阳性菌落 ,DNA序列测定并进行生物信息学分析。结果　成功获得了 4 7个与TP特异性结合的阳性克隆 ,包括人类固醇调节元件结合蛋白 1(SREBP1)、RNA聚合酶Ⅱ亚单位 (hsRPB7)、血浆铜蓝蛋白(CP)等 2 1种已知功能蛋白质基因和 19个假设蛋白基因。结论　HBVDNA聚合酶-TP可以与某些已知和未知功能蛋白相互结合 ,提示其具有较广泛的生物学功能     

Identification of a novel protein interacting with RPGR

A novel protein, called RPGRIP, has been identified as interacting with the RPGR protein, which is mutated in a severe form of human retinal degeneration, X-linked retinitis pigmentosa (RP3 type). The bovine RPGRIP was identified initially by screening for RPGR-interacting proteins with a bovine retina cDNA library using the yeast two-hybrid system. The specificity of the interaction was confirmed by co-immunoprecipitation of in vitro translated protein and using RPGR mutants. The human RPGRIP gene was isolated and shown to be expressed in retina and testis. Human RPGRIP spans a genomic interval of 34 kb, and consists of 15 exons, some of which are alternatively spliced. It was mapped using monochromosomal and radiation hybrid cell lines to chromosomal region 14q11. The function of RPGRIP is unknown; it shows no homology to proteins of known function, although it is predicted to form two coiled-coil domains at the N-terminus. RPGRIP is a strong candidate gene for causing human retinal degeneration.     

应用酵母双杂交系统筛选E2F1相互作用蛋白

目的:应用酵母双杂交系统从人正常胃黏膜细胞的cDNA文库中筛选E2F1转录因子的相互作用蛋白。方法:以pGBKT7-E2F1为诱饵质粒筛选人正常胃黏膜细胞的cDNA文库,得到阳性克隆,反复验证,并对验证后的阳性克隆进行测序及同源性分析。结果:从人正常胃黏膜细胞的cDNA文库中筛选得到20个阳性克隆,经测序和同源性分析,筛除假阳性克隆,最终得到18个不同的候选基因序列。其中,17个为可知基因序列,它们分别是:组织蛋白酶B、SIVA1、干扰素调节因子7、鸟苷酸激酶1、ATP酶抑制因子1、核糖体蛋白SA、纤溶酶原激活物抑制剂1 mRNA结合蛋白、精氨琥珀酸合酶1、卵泡抑素类似物3、金属硫蛋白2A、内质网钙结合蛋白1、WNT1可诱导信号通路蛋白2、CDC42 效应蛋白1、可溶性半乳糖凝集素结合蛋白1、中胚层发育候选2、外切酶体成分7和含EGF腓骨蛋白样胞外基质蛋白 1,尚有一未知基因片段。结论:应用酵母双杂交系统成功筛选出18种E2F1相互作用蛋白,为进一步探讨E2F1影响胃癌细胞生物学行为的分子机制奠定了基础。     

Molecular characterization and embryonic expression of the family of N-methyl-D-aspartate receptor subunit genes in the zebrafish.

We present the cloning of 10 N-methyl-D-aspartate (NMDA) receptor subunits from the zebrafish. These subunits fall into five subtypes, each containing two paralogous genes. Thus, we report two NMDAR1 genes (NR1.1 and NR1.2), and eight NMDAR2 genes, designated NR2A.1 and NR2A.2, NR2B.1 and NR2B.2, NR2C.1 and NR2C.2, and NR2D.1 and NR2D.2. The predicted sequences of the NR1 paralogs display 90% identity to the human protein. The NR2 subunits show less identity, differing most at the N- and C-termini. The NR1 genes are both expressed embryonically, although in a nonidentical manner. NR1.1 is found in brain, retina, and spinal cord at 24 hours postfertilization (hpf). NR1.2 is expressed in the brain at 48 hpf but not in the spinal cord. NR2 developmental gene expression varies: both paralogs of the NR2A are expressed at 48 hpf in the retina, only one paralog of the NR2B is expressed at low levels in the heart at 48 hpf. Neither of the NR2C is expressed embryonically. Both paralogs of the NR2D are expressed: 2D.1 is in the forebrain, retina, and spinal cord at 24 hpf, whereas the 2D.2 is only found in the retina. Our findings demonstrate that the zebrafish can serve as a useful model system for investigating the role of NMDA receptors in the development of the nervous system.