基于生物信息学的未分化甲状腺癌关键发病机制及其潜在干预靶点研究

目的: 阐明未分化型甲状腺癌（ATC）的分子病理状态,并挖掘其潜在的干预策略。方法: 利用GEO数据库联合R语言分析ATC组织与正常甲状腺组织差异表达的基因;利用京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路数据库和基因本体（GO）数据库对差异表达的基因进行富集和功能注释;基于STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络,分析其关键网络节点和基因簇;最后采用L1000CDS²数据库预测ATC的潜在治疗药物。结果: 共获得2087个差异表达基因。与正常甲状腺组织相比,ATC组织细胞内信号通路及肿瘤微环境均发生显著改变,包括PI3K-Akt信号的持续激活、p53通路的激活、炎症反应、细胞外基质重塑等。蛋白质相互作用网络提示存在3个重要的基因簇和9个关键节点。将差异表达基因与L1000CDS²数据库进行比对后发现22个能够逆转ATC病理状态的潜在化合物。结论: 本研究揭示了ATC发病机制中的关键节点,为ATC的治疗提供了潜在的靶点。     

头颈部鳞癌的基因模块化分析及潜在抗癌药物筛选

目的 利用生物信息学模块化分析方法,筛选头颈部鳞癌中的功能性基因模块,为头颈部鳞癌的研究和治疗提供新的靶点.方法 获取GEO数据库中头颈部鳞癌的全基因组数据(GSE6631)后,利用R语言limma包筛选头颈部鳞癌中差异表达基因.通过STRING数据库,建立头颈部鳞癌中差异表达基因的蛋白-蛋白互作网络.然后,利用Cytoscape软件的MCODE插件筛选头颈部鳞癌中的基因模块.利用DAVID数据库,获得模块功能.最后,挖掘模块基因中的蛋白激酶基因并利用Selleckchem数据库筛选其激酶抑制剂.结果 共筛选出头颈部鳞癌中的差异表达基因929个(P<0.05且|Fold Change|≥2).根据String数据库,发现这些差异基因中共有5588个蛋白质互作对,并据此建立鼻咽癌中的蛋白质互作网络.利用MCODE方法在蛋白质互作网络中共筛选出3个基因模块.GO分析显示这些模块与头颈部鳞癌的关系十分密切,主要包括参与细胞周期、细胞增殖、细胞黏附、细胞凋亡等重要肿瘤细胞活动.3个模块包含3个蛋白激酶基因,即CDK1、CDK4和CDK5,共筛选出调控它们的39个激酶抑制剂,其中20个对头颈部鳞癌的作用还不清楚,具有成为抗癌新药的潜力.结论 头颈部鳞癌中的3个功能性基因模块可能在头颈部鳞癌的发生发展中发挥重要作用,20个激酶抑制剂可能通过调控CDK家族基因来调控头颈部鳞癌的发生发展,这些功能性模块的挖掘和激酶抑制剂的筛选可能为头颈部鳞癌的研究和治疗提供新的靶点.     

基于RNA测序的A亚型呼吸道合胞病毒毛细支气管炎转录组学特征分析及关键基因预测

目的：基于RNA测序数据的分析，寻找A亚型呼吸道合胞病毒（RSV）毛细支气管炎有关的关键基因（Hub基因）和通路，为RSV毛细支气管炎的干预和治疗提供依据。方法：招募23例RSV毛细支气管炎住院患儿为病例组，以10例健康儿童为对照组。收集外周血白细胞并提取RNA用于高通量测序。利用三种R软件包（DESeq2、edgeR、limma）获取病例组和对照组之间的差异表达基因（DEGs）。利用R包clusterProfiler和Metascape在线工具对所有的DEGs进行GO和KEGG富集分析。利用STRING数据库进行DEGs的蛋白互作分析，用Cytoscape软件筛选Hub基因。结果：共筛选出286 个DEGs，包括166 个表达上调的基因和120 个表达调的基因。GO功能富集分析发现DEGs主要参与过氧化氢代谢过程、细胞对生物刺激的应激反应、维生素D受体信号通路等生物学过程。KEGG通路分析显示DEGs主要涉及免疫系统中的细胞因子信号、适应性免疫系统、中性粒细胞脱颗粒等信号通路。从蛋白互作网络中筛选出4个核心模块，主要与RAF/MAP激酶级联反应、病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体互作等通路有关。最后筛选出RRM2、BUB1B、BUB1、MCM10、CDC45、MKI67、ASPM、NCAPG、NUSAP1、ESPL1、CDT1 共11个与A亚型RSV毛细支气管炎相关的Hub基因。结论：本研究鉴定出的免疫相关通路和Hub基因可能与RSV毛细支气管炎发病有关，其具体机制值得进一步研究。     

基于GEO数据库分析支气管肺发育不良发生的关键基因及通路

目的:采用生物信息学方法分析支气管肺发育不良(bronchopulmonary dysplasia,BPD)发生的关键基因和信号通路.方法:在基因表达综合数据库(GEO)中筛选数据集,使用GEO2R工具筛选出BPD与非BPD极早早产儿之间的差异表达基因.使用DAVID数据库进行功能注释和通路分析,使用STRING在线工...     

基于高通量芯片和生物信息学挖掘多发性骨髓瘤的发病差异基因

目的 筛选多发性骨髓瘤(MM)患者与正常人群之间的差异表达基因(DEGs),探究MM的发病机制,为MM的基因诊断和治疗提供导向.方法 从GE数据库中检索获取MM患者的芯片数据,通过Morpheus在线工具进行芯片数据质量控制和DEGs的筛选,运用DAVID数据库对筛选获得的DEGs行基因富集和通路分析,通过STRING数据库构建蛋白相互作用网络,并采用Cytoscape软件行模块分析.结果 共获得16 211个DEGs,包括7 586个上调基因和8 625个下调基因(P＜0.05).基因本体(GO)分析结果表明,生物学过程中上调DEGs主要涉及鞘糖脂代谢等30个功能簇,下调DEGs涉及细胞分裂等163个功能簇;分子功能中上调DEGs主要涉及蛋白质结合等29个功能簇,下调DEGs主要涉及组蛋白结合等59个功能簇;细胞成分中上调DEGs主要集中在细胞溶质等27个功能簇中,而下调DEGs主要集中在核质等78个功能簇中.京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析结果表明,上调DEGs主要涉及溶酶体相关通路等26条通路,下调DEGs主要涉及DNA复制等27条通路.蛋白互作网络分析示CDK1、TOP2A、A URKB、BRCA1、CHEK1、PTEN、RAD51、GMPS、CDC45和CDKN2A 10个基因为富集程度最高的核心DEGs,模块分析显示得分最高的3个基因模块主要与核分裂、DNA复制和核酸代谢过程相关.结论 通过多种生物信息学方法筛选获得了MM患者和健康对照组的DEGs,并从不同角度阐释了MM发病机制的相关基因及其表达特征,为MM特异性诊断标志和靶向治疗等提供了依据.     

糖尿病足溃疡的hub基因及其生物学功能的生物信息学分析

目的 通过对转录组测序数据的生物学分析探寻与糖尿病足溃疡发病以及愈合相关的关键（hub）基因及其生物学功能。方法 从GEO数据库筛选糖尿病足溃疡的数据集,数据标准化后再分组并进行生物信息学分析。分别对糖尿病足溃疡患者与非糖尿病足溃疡患者,以及糖尿病足溃疡部位创缘皮肤与糖尿病足患者非溃疡部位皮肤转录组测序数据进行组间差异表达基因鉴定、通路富集和蛋白质互作（PPI）分析,通过节点分析找到hub基因,并在测试集中以受试者工作特征（ROC）曲线验证筛选出的hub基因对糖尿病足溃疡的诊断效能。通过两组分析的交集基因再次进行通路富集以及PPI分析,筛选与糖尿病足溃疡创面愈合相关hub基因。最后对相关样本进行GSEA分析寻找全转录组基因在糖尿病足溃疡中可能的作用。结果 从糖尿病足溃疡与非糖尿病患者皮肤的测序分析中,得到上调的差异基因620个,下调的差异基因196个。这些基因的功能集中在萜类化合物和聚酮类化合物的代谢、分子和相互作用、磷脂酶D信号通路、丙酸酯代谢、PI3K-Akt信号通路、Toll样受体信号通路、嘧啶代谢、IL-17信号通路、Rap1信号通路等。PPI网络确定了10个hub基因,其中B...     

电针治疗周围神经损伤后损伤局部差异表达基因分析

[目的] 通过分析电针治疗周围神经损伤后损伤局部差异表达基因,进一步阐明电针治疗周围神经损伤机制。[方法] 选取大鼠坐骨神经横断伤模型为研究对象,随机分为空白组、模型组、电针模型组,于电针6 d后取损伤处坐骨神经,通过高通量技术筛选差异基因,对差异基因进行GO功能分析、KEGG通路分析。[结果] 模型组与空白组相比,上调差异基因3 001个,下调差异基因1 169个。电针模型组与模型组相比,表达上调差异基因24个,下调差异基因80个,结合GO分析结果和KEGG富集分析结果,筛选出了可能与电针治疗周围神经损伤相关的8个通路：白细胞跨内皮迁移通路、γ-氨基丁酸能突触通路、胆碱能突触通路、5-羟色胺突触通路、钙信号通路、紧密连接通路、黏着斑通路、肌动蛋白细胞骨架的调控通路。[结论] 电针可能是通过改变细胞电位平衡、神经元轴突再生骨架结构的重建以及白细胞的迁移而改变周围神经损伤后修复与再生的微环境,从而促进了受损神经的再生。     

Identification of Prognostic Related Hub Genes in Clear-Cell Renal Cell Carcinoma via Bioinformatical Analysis

Objective To identify new genes that correlate with prognosis of clear-cell renal cell carcinoma (ccRCC) via bioinformatics analysis. Methods The gene expression profiles of 62 ccRCC and 54 normal kidney tissues were available from the Gene Expression Omnibus database: GSE12606, GSE36895 and GSE66272. The differentially expressed genes were screened with GEO2R and J Venn online tools. Functional annotation including Gene Ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) was applied to identify the possible function of the hub genes involved in prognosis of ccRCC. In protein protein interaction network (PPI network), the STRING online tool was used to visualize the network of the differentially expressed genes, and the core gene was selected by MCODE App in Cytoscape software. Finally, GEPIA Survival Plot was performed to assess genes associated with worse survival. Results We totally found 648 differentially expressed genes, including 222 up-regulated genes and 426 down-regulated genes. PPI network showed that in 28 up-regulated genes 7 (CCNE2, CDK1, CDC6, CCNB2, BUB1, TTK and PTTG1) enriched in cell cycle and 4 genes (CCNE2, CDK1, CCNB2 and RRM2) enriched in p53 signaling pathway. GEPIA Survival Plot assay revealed that ccRCC patients carrying CDK1, CCNB2, RRM2, BUB1, and PTTG1 had a worse survival. GEPIA Box Plot showed that BUB1, CCNB2, PTTG1, and RRM2 were over expressed in the ccRCC tissues in contrast to the normal tissues (P<0.05). Conclusion ccRCC patients with the four up-regulated differentially expressed genes including BUB1, CCNB2, PTTG1, and RRM2 might manifest a poor prognosis.     

通过生物信息学分析鉴定调控神经母细胞瘤骨髓转移的中枢基因

目的:利用生物信息学的方法，探讨神经母细胞瘤骨髓转移的中枢基因及其可能的分子机制。方法: 选取GEO数据库中神经母细胞瘤基因骨髓转移的芯片数据集GSE42548，应用在线分析工具Networkanalyst筛选差异表达基因。使用DAVID数据库对上述差异表达基因进行GO功能分析及KEGG通路分析。应用STRING在线数据库和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用（PPI）网络，并筛选hub genes、枢纽模块和seed genes，利用Venn图对hub genes和seed进行分析。结果: 分析芯片数据，筛选得到990个差异表达基因，GO和KEGG分析结果显示，差异表达基因与信号转导、生物膜合成等过程有关，并富集在Hematopoietic cell lineage通路上。通过构建PPI网络筛选得到了10个hub genes、6个枢纽模块和17个seed genes。通过Venn图确定关键基因Cxcr4。结论: 研究中筛选出了10个hubgenes和17个seed genes，其中Cxcr4基因在神经母细胞瘤骨髓转移起到关键作用，提示基于CXCR4- SDF-1之间的调控关系可能为神经母细胞瘤骨髓转移的早期诊断提供新的见解。     

Screening of osteoprotegerin-related feature genes in osteoporosis and functional analysis with DNA microarray

Background

Osteoporosis affects 200 million people worldwide and places an enormous economic burden on society. We aim to identify the feature genes that are related to osteoprotegerin in osteoporosis and to perform function analysis with DNA microarray from human bone marrow.

Methods

We downloaded the gene expression profile {"type":"entrez-geo","attrs":{"text":"GSE35957","term_id":"35957"}}GSE35957 from Gene Expression Omnibus database including nine gene chips from bone marrow mesenchymal stem cells of five osteoporotic and four non-osteoporotic subjects. The differentially expressed genes between normal and disease samples were identified by LIMMA package in R language. The interactions among the osteoprotegerin gene (OPG) and differentially expressed genes were searched and visualized by Cytoscape. MCODE and Bingo were used to perform module analysis. Finally, GENECODIS was used to obtain enriched pathways of genes in an interaction network.

Results

A total of 656 genes were identified as differentially expressed genes between osteoporotic and non-osteoporotic samples. IL17RC, COL1A1, and ESR1 were identified to interact with OPG directly from the protein-protein interaction network. A module containing ERS1 was screened out, and this module was most significantly enriched in organ development. Pathway enrichment analysis suggested genes in the interaction network were related to focal adhesion.

Conclusions

The expression pattern of IL17RC, COL1A1, and ESR1 can be useful in osteoporosis detection, which may help in identifying those populations at high risk for osteoporosis, and in directing treatment of osteoporosis.     

基于二代测序技术ghrelin作用后人卵巢癌细胞差异表达lncRNA的生物信息学分析

目的 分析二代测序技术ghrelin作用后的人卵巢癌细胞株SK-OV-3中长链非编码RNA(lncRNA)的差异表达。方法 从对照组（不添加ghrelin）和实验组（添加600 ng/mL ghrelin 24 h）的人卵巢癌细胞株SKOV-3中分别提取RNA进行测序,筛选出实验组发生差异表达的lncRNA,对其进行靶基因预测并将预测结果与差异mRNA取交集,对取交集后的基因进行GO分析和KEGG通路分析。结果 筛选获得差异表达的lncRNA有236个（上调130个,下调106个）;差异表达mRNA有71个（上调66个,下调5个）。差异表达lncRNA靶基因与差异表达mRNA取交集筛选获得57个基因。GO和KEGG通路富集分析结果显示：这些差异表达lncRNA主要与精、赖氨酸跨膜转运,氧化应激反应及发育过程相关,并且主要富集在细胞因子受体信号通路、胰高血糖素和胰岛素信号通路及癌症相关信号通路上。结论 ghrelin作用后的人卵巢癌细胞中lncRNA的表达有差异,其可能参与卵巢癌的发生、发展,提示ghrelin可能在卵巢癌治疗中具有重要作用。     

Fkbp51基因敲除小鼠肝脏与大脑海马区RNA表达谱系的分析比较

目的通过分析野生型小鼠(WT)与Fkbp51基因敲除(KO)小鼠肝脏、海马RNA表达谱系之间的差异,研究Fkbp51基因在代谢通路和神经通路中的作用。方法利用第二代测序技术对Fkbp51KO与WT小鼠的肝脏与海马mRNA进行表达谱测序,将测序结果用BRB-Array Tools进行分析,筛选出小鼠肝脏与海马的差异基因,然后分别利用在线工具DAVID对差异基因进行GO本体分析,STRING数据库对其进行蛋白质的相互作用网络分析,并利用Genecard对基因进行注释。结果 (1)Fkbp51的缺失,在肝脏中造成类固醇生物合成及代谢、脂类物质代谢以及氧化还原反应等相关基因表达水平的变化;(2)在海马中造成机械刺激探测、学习或记忆、突触传递的调节、PPAR信号通路、肌萎缩性脊髓侧索硬化症(ALS)等相关基因表达水平的变化;(3)在肝脏与海马中,Fkbp51的缺失同时造成了11个基因的共差异表达,这11个基因的蛋白网络互作图显示:HMGCS2与INSIG1及相关蛋白形成网络,而USP2与PER、CRY、DBP等相关蛋白形成另一个网络。这两个网络既参与代谢也参与神经调节。结论Fkbp51在代谢与神经中的作用既是相互独立又是相互联系的。     

基于生物信息学分析肾透明细胞肉瘤核心基因及免疫细胞浸润

目的 基于基因表达汇编(GEO)数据库挖掘肾透明细胞肉瘤(CCSK)的核心基因并分析肿瘤和正常组织间免疫细胞浸润情况,为CCSK的诊疗提供新方向.方法 对GEO数据库中GSE49972及GSE2712数据集进行联合分析,筛选CCSK和正常胚肾组织间的差异表达基因,并对差异表达基因进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因...     

基于网络药理学的左归丸治疗骨质疏松作用机制探讨

目的:采用网络药理学方法探究左归丸对治疗骨质疏松的有效活性成分、作用靶点和潜在分子机制.方法:利用TC-MSP数据库预测左归丸活性成分,筛选潜在的活性成分及作用靶点,在GeneCards数据库检索出骨质疏松相关的疾病靶点基因,通过Drugbank和Uniprot数据库筛选后,得到左归丸—骨质疏松疾病交集基因.采用Cytoscape3.8.2软件构建药物成分—疾病网络图,利用交集基因构建蛋白质互作网络,并获得左归丸治疗骨质疏松的核心网络和核心靶点基因,利用MCODE和Metascape数据库分析核心靶点基因,通过Metascape数据库对相关靶点进行GO生物富集分析和KEGG通路分析.最后,利用体外细胞实验进一步验证.结果:预测得到左归丸245个有效靶点和骨质疏松相关的疾病靶点4576个,两者共同靶点有171个.有效成分中度值较高的是槲皮素、山奈酚、异鼠李素、β-谷甾醇、24-亚甲基苯酚,PPI网络中核心基因是APP、NTRK1、EGFR、CUL3、HSP90AA1.GO富集分析涉及DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、核受体活性;KEGG通路富集分析结果显示,共同靶点可通过AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路等多条信号通路发挥作用.体外细胞实验表明左归丸可能抑制破骨细胞的形成.结论:左归丸可能通过抑制破骨细胞生成相关作用机制发挥预防和治疗骨质疏松症,为后续基础实验研究提供新的思考路线及方法.     

基于生物信息学分析的圆锥角膜相关Hub基因及其通路的鉴定

目的：明确圆锥角膜（KC）潜在的目标基因并探讨其潜在的病理机制。方法：从GEO数据库中下载GSE77938的基因芯片数据并进行生物信息学分析。GSE77938数据集包含50个样本,包括25例KC患者和25例正常对照者。采用Cytoscape软件进行GO和KEGG富集分析,并通过Cytoscape软件构建差异表达基因（DEGs）的蛋白相互作用（PPI）网络。结果：在KC中共鉴定出1 547 个DEGs,包括1 103 个上调基因和444 个下调基因。GO分析结果显示,上调的DEGs在生物过程（BP）中的1 220条通路中显著富集、细胞成分（CC）的黑素体的102条通路和分子功能（MF）的102条通路中显著富集。下调DEGs的富集功能在BP、CC和MF中分别为99、64和47个通路。KEGG通路分析显示上调的DEGs富集于72条通路,而下调的DEGs富集于8条通路。从PPI网络中鉴定出Hub基因TNF、JUN、IFNG、PTPRC、ICAM1、FOS、IL6、CXCL8、LCK、CSF2、MMP9、ITGAX、CD40LG和IL10,ClueGO分析发现这些基因涉及GO术语中的6 条显著通路和KEGG中的3 条通路。结论：所鉴定的DEGs和枢纽基因促进了对KC发生的分子机制的理解,其可能作为KC治疗的分子靶点和诊断性生物标志物。     

新生大鼠缺氧缺血性脑损伤后差异性表达基因的生物信息学分析

目的 分析新生大鼠缺氧缺血性脑损伤（hypoxic-ischemic brain damage,HIBD）后7周大脑皮层与对照组脑皮层的基因表达差异,探讨其生物学意义。 方法 从基因表达数据库（Gene Expression Omnibus database,GEO）中获取新生Wista大鼠缺氧缺血性脑损伤后7周大脑皮层基因表达芯片数据集GSE37777。该数据集共8个样本,4个样本为HIBD组,4个样本为对照组。采用R软件包对数据做预处理和差异性表达基因（differentiallyexpressed genes,DEGs）的筛选,应用Cytoscape 插件ClueGO+Cluepedia构建DEGs功能分组通路网络。通过相互作用基因库检索工具（Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes,STRING）数据库和Cytoscape软件进行DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络分析。结果 HIBD组共发现 973 DEGs,其中599个基因表达上调,374个基因表达下调。DEGs功能分组通路网络分析显示Hedgehog信号通路是最显著的差异性表达基因通路。HIBD组中Hedgehog通路相关基因Shh及Dhh表达上调,Wnt通路相关基因Wnt1、Wnt2B及Wnt5表达上调。PPI网络分析显示Ccnd1、Shh、 Ret及Gli3是主要的中心蛋白,Shh和Ret表达上调,Ccnd1和Gli3表达下调。 结论 生物信息学分析显示,新生大鼠HIBD后7周脑皮层可能存在Hedgehog和Wnt信号通路的激活,与细胞修复相关的蛋白Shh及Ret的表达上调。新生大鼠HIBD 7周后脑皮层可能存在持续修复过程。     

基于芯片数据的雌激素受体阳性乳腺癌他莫昔芬耐药相关基因分析

目的:从分子水平揭示激素受体阳性乳腺癌他莫昔芬耐药的机制,并寻找潜在的治疗他莫昔芬耐药的靶点。方法:从公共基因芯片表达数据库（GEO）中下载雌激素受体阳性乳腺癌的相关基因芯片数据GSE67916,利用GEO2R在线分析工具筛选他莫昔芬耐药性与敏感性乳腺癌的差异表达基因;并利用DAVID软件对所筛选差异表达基因进行相关功能及通路富集分析;通过STRING、Cytoscape等工具对其进行蛋白间相互作用网络的构建和分析。结果:筛选出438个差异表达基因,其中300个上调表达基因,138个下调表达基因。GO功能分析发现这些差异基因主要参与蛋白结合、细胞对雌激素的反应、免疫应答、细胞质及细胞外基质等分子功能及生物学过程;KEGG通路富集分析显示主要富集在MAPK信号通路和HIF-1信号通路等。STRING、Cytoscape分析显示MAPK1、ESR1、SMARCA4、RANBP2和PRKCA为潜在的关键节点基因,对其进行文献挖掘及分析显示与激素受体阳性乳腺癌他莫昔芬耐药相关。结论:利用生物信息学方法对他莫昔芬耐药与他莫昔芬敏感的雌激素受体阳性乳腺癌的差异表达基因分析,可有效发掘这些差异表达基因的相互作用,为雌激素受体阳性乳腺癌他莫昔芬耐药寻找新的治疗靶点提供新方向。     

基于基因组学比较左归丸和戊酸雌二醇防治绝经后骨质疏松症的作用机制

目的 采用生物信息学分析技术深入挖掘骨髓间充质干细胞（BMSCs）基因表达谱改变,比较左归丸和其阳性对照药戊酸雌二醇防治去卵巢所致骨质疏松症的关键基因与生物学通路。方法 36只大鼠分为模型组、假手术组、左归丸组和戊酸雌二醇组,后2组术后2周开始相应予左归丸和戊酸雌二醇灌胃治疗至第4、8、12周,其余2组蒸馏水灌胃。取材并培养、纯化BMSCs后制备基因表达谱芯片。采用差异基因鉴定、生物学通路富集与相关性分析、WGCNA分析及PPI网络分析等多种生物信息学方法逐层深入进行分析。结果 术后12周,模型组大鼠各位点骨密度降低,而左归丸组和戊酸雌二醇组大鼠骨密度均高于模型组,提示造模成功,中西药均可提高去势大鼠骨密度。差异分析显示相比模型组,左归丸组在术后4、8、12周分别筛选了405、403和618个差异基因;戊酸雌二醇组筛选了78、326和232个差异基因。通路分析发现许多差异基因与炎症和免疫反应通路高度相关,如Il1b、Tnf与病毒感染有关,Itga2、Fgf21同PI3K-Akt信号通路有关,Cxcl12同白细胞经内皮迁移相关等。WGCNA分析结果也显示某些重要节点与PI3K-Akt信号通路及炎症性肠病有关。而PPI网络分析中左归丸组关联到了338个节点,戊酸雌二醇组则包括133个。结论 在骨髓微环境中,左归丸和戊酸雌二醇都具有调节炎症和免疫反应的作用,而本研究所筛选出的通路及基因有可能作为其防治本病的潜在靶标。      

炎症通路在强直性脊柱炎发病中作用的转录组学研究

目的：研究强直性脊柱炎（AS）的转录组学以阐释该疾病发病中涉及的关键基因和通路。方法：收集AS患者及健康对照外周血单个核细胞,提取RNA,通过高通量RNA测序的方法得到基因表达谱。采用生物信息学方法,比较AS患者及健康对照者的基因表达情况,选差异基因,并进行GO功能注释、KEGG通路富集分析、蛋白互相作用网络分析（PPI）及表型分析。并用ELISA方法在AS患者和健康对照者外周血中进一步验证通路中涉及的重要细胞因子的水平。结果：AS患者和健康对照者存在153个差异表达基因（DEGs）,其中149个基因上调,4个基因下调,这些基因相互之间密切联系。通过上调基因的生物功能分析后发现,其主要与TNF信号通路、趋化因子信号传导等炎症通路相关。另外,在外周血浆中验证到,AS患者较健康对照者炎症细胞因子IL-2、IL-6、IL-10、TNF-α和IFN-γ的表达水平显著升高（P＜0.05）。结论：TNF、趋化因子信号传导等信号通路以及IL-2、IL-6、IL-10、TNF-α和IFN-γ等炎症因子与AS发病有关。