人临床株幽门螺旋杆菌热休克蛋白A亚单位基因克隆及序列分析

目的获取人临床株幽门螺旋杆菌(Hp)热休克蛋白A(HspA)亚单位基因。方法用聚合酶链反应(PCR)技术从Hp的染色体DNA扩增HspA基因,将其定向插入pMD18-T克隆载体中进行核苷酸序列分析。结果经酶切鉴定及基因序列证实Hp HspA基因克隆成功。克隆载体pMD-HspA测序结果显示HspA DNA片段长度为357 bp。利用生物软件Om iga 2.0对临床分离的Hp和NCTC11637 HspA基因序列进行同源性比较,发现有14个核苷酸差异,基因序列同源性96.08%;对编码氨基酸进行比较,发现有1个氨基酸差异,氨基酸同源性99.15%。同时将Hp HspA序列与GenBank中公布的多株国外Hp HspA序列进行比较,结果显示基因序列同源性在95.20%~96.36%之间,氨基酸序列同源性在98.31%~100%之间。结论成功地获得人临床株Hp保守的HspA基因,为Hp HspA相关疫苗的研究奠定了实验基础。     

幽门螺杆菌cagA基因全长克隆及序列分析

目的探索扩增cagA基因全长的PCR方法,克隆中国2株胃癌幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)分离株和1株十二指肠溃疡分离株及国际标准株SS1的cagA基因,初步探讨cagA序列和磷酸化位点变异及其临床意义.方法针对已知cagA基因两侧及cag致病岛右侧反转重复序列设计PCR引物,扩增cagA基因并克隆测序,分析已知cagA序列同源性及其酪氨酸磷酸化位点.结果3株中国Hp分离株cagA氨基酸序列的同源性约为94%(93.9%、94%、94.5%),并都有pY117/118/122和EPIYA-A、B、D 4个酪氨酸磷酸化位点.SS1株cagA与西方菌株同源性大于85%,而与中国菌株的同源性小于80%,具有pY117/118/122和EPIYA-A、B、C 4个酪氨酸磷酸化位点.结论建立的PCR方法可扩增cagA基因全长.CagA序列变异和磷酸化位点具有地区聚类特征,但与Hp感染临床结局无特殊关联.     

幽门螺杆菌尿素酶B基因的限制性片段长度多态性分型和生物信息学分析

目的：对不同来源野生型幽门螺杆菌（Hp）菌株的尿素酶B基因进行限制性片段长度多态性（RFLP）分型和生物信息学分析。方法：采用HaeⅢ单酶切法对国内临床分离的Hp菌株、动物模型适应株及国际标准Hp菌株尿素酶B（ureB）基因进行RFLP分型，同时进行基因测序和序列同源性对比及进化树分析等生物信息学研究。结果：HaeⅢ单酶切结果显示，14株Hp 1．7kb ureB基因均呈现出2～5种带型，可分为五组，其中两种国际标准株NCTC11637、NCTC11639和三种临床分离野生株拥有相同的RFLP带型，其他国内临床分离株和动物适应株分属于四种不同的RFLP带型组。ureB基因序列同源性比对表明，各种Hp菌株间核苷酸序列同源性均〉96．6％，氨基酸序列同源性均〉98％，其中CCS9801、CCS9806、M3及M10菌株之间的核苷酸和氨基酸序列同源性为100％。核苷酸序列进化树分析显示，2株国际标准株与国内临床分离株及动物适应株分处于不同进化分支，为平行进化关系；而在氨基酸序列进化树中转变为非平行关系。结论：不同Hp菌株尿素酶B在基因和蛋白质水平均高度保守和同源。     

幽门螺杆菌rdxA基因突变与耐药性关系的研究

目的：探讨幽门螺杆菌（Hp）临床菌株rdxA基因变异与甲硝唑耐药性的关系。方法：从患者胃粘膜活检标本中分离培养Hp。采用纸片扩散法初筛和二倍平皿稀释法确定Hp菌株对甲硝唑的耐药性。提取21株Hp基因组DNA进行PCR扩增，T-A克隆后测序，与文献报道的Hp26695株及134株临床分离株rdxA基因序列进行比较。结果：76.1％（15/21）的Hp菌株对甲硝唑耐药。PCR可扩增出886bp的rdxA基因的片段。与Hp26695株rdxA基因序列比较，扩增产物核苷酸序列的同源性为90.1％-95.1％。甲硝唑耐药菌株rdxA基因出现碱基插入/缺失及碱基替换而引起的突变。结论：rdxA基因突变是Hp对甲硝唑耐药的重要因素。     

人幽门螺杆菌HspA亚单位的基因克隆及序列分析

目的:获取幽门螺杆菌(Hp)热休克蛋白A( HspA)亚单位基因并进行核苷酸序列分析和同源性比较.方法:获取幽门螺杆菌的染色体DNA,PCR技术扩增获取HspA基因,将其定向插入pGEX-4T-1原核表达载体中进行核苷酸序列分析.结果:经酶切鉴定及基因序列证实Hp HspA基因克隆成功,DNA序列与Genbank 公布的序列比较有13个碱基存在差异,同源性为96%;由碱基序列推定编码的氨基酸残基序列没有发生变异,同源性为100%.结论:成功地将Hp HspA基因克隆到了pGEX 4T-1原核表达载体,为HspA的表达和研究奠定了实验基础.     

浙江地区幽门螺杆菌临床菌株vacA优势基因型及其核苷酸序列分析

目的 :了解浙江地区消化性溃疡和慢性胃炎患者感染的幽门螺杆菌 (Hp) vac A优势基因型及其序列特点。方法 :分别从 2 9例消化性溃疡和 34例慢性胃炎患者的胃窦、胃体粘膜组织中分离出 12 6株 Hp。采用聚合酶链反应检测 vac A基因的信号区 (s)和中间区 (m)亚型 ,部分优势基因型的扩增产物 T- A克隆后进行核苷酸序列测定。结果 :所有菌株均扩增出 vac A s区和 m区基因片段 ,发现 s1a/ m1、s1a/ m2、s1a/ m1b、s1a/ m1b- m2 4种基因型 ,其比例分别为 7.1% (9/ 12 6)、61.9% (78/ 12 6)、2 9.4 % (37/ 12 6)、1.6% (2 / 12 6)。 17.5 %患者 (11/ 63)存在不同 vac A基因型Hp菌株混合感染 ,但在胃炎组和溃疡组中的分布差异无显著性 (P>0 .0 5 )。 6株 s1a型 Hp菌株的 s区扩增产物与报道的 s1a型 60 190株核苷酸序列同源性为 93.15～ 94 .86% ,4株 m2型 Hp菌株的 m区扩增产物与报道的 m2型 87-2 0 3株核苷酸序列之间同源性为 93.63～ 97.61%。结论 :s1a/ m2和 s1a/ m1b均是浙江地区消化性溃疡或慢性胃炎患者感染的 Hp菌株的 vac A优势基因型 ,部分优势 vac A基因型菌株的核苷酸序列与国外报道的参考菌株有较高的同源性 ;部分患者同时感染多株不同 vac A基因型 Hp。     

幽门螺杆菌尿素酶C基因的克隆及测序

[徐俊荣,张沥,闫小君,崔大祥,江红,韩锋产.世界华人消化杂志,2001;9(3):308-311] 目的用PCR方法扩增幽门螺杆菌(Hp)尿素酶C基因,以构建Hp UreC基因的重组克隆,为进一步表达Hp UreC基因的重组蛋白质并研究其功能奠定基础.方法以Hp临床菌株总DNA为模板,根据已发表的Hp UreC基因序列设计引物(位于588 bp～605 bp和1 737 bp～1754 bp),采用PCR方法扩增出一个1173 bp的Hp尿素酶C基因片段,用BamHI及EcoRI双酶切后将其克隆入测序质粒pGEM-3Zf(-)中,以全自动测序仪双向测定目的片段序列,借助于DNA TOOL 5.1拼接成完整序列.与已知的Hp UreC基因序列做比较.结果所得核酸序列与报道的Hp国际标准菌株M60398的UreC基因同源性为95%.根据测序结果推断其编码的氨基酸序列,并行BLAST分析,发现它与标准菌株M60398的氨基酸序列同源性为97%.结论成功构建了Hp UreC基因的重组克隆,为进一步研究表达Hp UreC基因的重组蛋白质并研究其功能奠定了基础. (潘伯荣)     

大鼠肝脏再生增强因子cDNA的克隆及其序列分析

目的：克隆大鼠肝脏再生增强因子（ALR）cDNA,并对其序列进行分析。方法：建立大鼠2/3肝切除模型,从再生肝组织中提取总RNA,利用RT-PCR技术扩增出大鼠ALRcDNA,亚克隆于pGEM-T载体,并将DNA序列及其推测的氨基酸序列与Genebank作同源性比较。结果和结论：克隆到大鼠ALRcDNA,经核苷酸序列测定证实序列完全正确,其核苷酸序列没有任何突变,它与酵母ERV1cDNA有较高的同源性,核苷酸序列同源性达54.99％,氨基酸序列同源性达47.01％,并发现氨基酸序列中含有锌指蛋白结合区域。     

人幽门螺杆菌UreB与Omp11双价疫苗载体的构建与鉴定

目的:构建含人幽门螺杆菌(H.pylori,Hp)郑州分离株MEL HP27 ureB-omp11融合基因的重组表达载体.方法:利用分子克隆技术,扩增Hp UreB、Omp11编码基因及融合基因ureB-omp11,将融合基因ureB-omp11与载体pET30a( )进行酶切、连接,然后转化并筛选含有目的基因的重组载体.结果:酶切、测序分析表明,插入的基因片段为Hp ureB-omp11融合基因,由2 280 bp组成.与GenBank报道的相比,核苷酸序列同源性为99.39%,氨基酸序列同源性为99.47%.结论:成功构建了MEL Hp27融合蛋白UreB-Omp11的双价疫苗重组载体,为Hp蛋白质疫苗和核酸疫苗的研制奠定了良好的基础.     

深圳市登革1型病毒株全基因组特征及系统进化分析

目的对深圳市2014年登革病毒1型(DENV-1)流行株进行全基因序列测定,分析其分子病毒学特征,探讨其可能来源。方法采集2例登革热患者急性期血清标本,用BHK-21细胞培养分离病毒,RT-PCR进行病毒血清型别鉴定,并用RT-PCR进一步扩增全基因组序列,测序后进行同源性比较、系统进化树分析和遗传变异分析。结果 2例深圳DENV-1分离株进行全基因组测序结果显示同源性为100.0%,其基因组全长均为10 735 bp,编码3 329个氨基酸,与新加坡DENV-1流行株核苷酸和氨基酸同源性最高,分别为99.3%和99.7%。全基因组序列系统进化分析显示,深圳DENV-1株为基因Ⅰ型,与Fujian2004、Zhuhai2007和Singpore2008的亲缘关系较近,均在同一进化分支上。与广州DENV-1株GZ/80相比,深圳2014年DENV-1分离株发生了碱基变异430个,氨基酸变异42个,5’UTR存在1处点突变,3’UTR序列共有8处位点发生变异。结论 2014年深圳市DENV-1株可能来源于东南亚一带。病毒在进化过程中出现一些位点变异,这些变异的生物学意义有待进一步研究。     

新型甲型H1N1流感病毒深圳分离株HA基因的克隆与进化

目的 分析2009年新型甲型H1N1流感病毒深圳分离株A/Shenzhen/71/09血凝素(Hemagglufinin,HA)基因序列,探讨其基因变异与分子进化.方法 采用RT-PCR技术扩增A/Shenzhen/71/09 HA基因片段并进行测序,利用Cluster和Mega3.1软件对不同亚型毒株HA基因核苷酸序列进行分析,绘制发育进化树. 结果 A/Shenzhen/71/09毒株HA基因包含HA1和HA2两个片段,长度分别约为1 032bp和669bp,HA蛋白裂解位点为VPSIQSR↓ GLF,不含连续碱性氨基酸.进化分析表明该病毒株与其它亚型病毒株遗传距离较远,而与深圳地区同期分离的其它H1N1毒株高度同源,同源性在99.0％以上.结论 新型甲型H1N1流感病毒HA基因不具备高致病流感病毒序列特征,深圳地区同期分离的毒株变异率低,但仍需密切关注新型甲型流感的传播情况.     

一株TT病毒中国分离株结构区全基因的克隆及序列测定

目的 克隆和序列测定ＴＴ病毒（ＴＴＶ）中国分离株全国基因。方法 采用长片段ＰＣＲ技术从一例临床非甲－非庚型肝炎病人血清中扩增ＴＴＶ全基因,获得３个互相重叠的片段,分别为１９９、３２６９和４３４ｂｐ。用标准分离子生物学方法测定这３个片段的序列,从而得到全长ＴＴＶ基因序列。结果 ＴＴＶ中国分离株全基因长３７３９个核苷酸,含两个开放读码框架。第一个ＯＲＦ位于５８９至２９０１位核苷酸,编码７７０个氨基酸;     

扬州地方株HPV16 L1基因的克隆及序列分析

目的：了解扬州地方株HPV16L1基因结构特点,为研制HPV16疫苗奠定基础。方法：从感染HPV16的宫颈癌组织中提取DNA,用PCR技术获得HPV16L1基因,以pGEM-Teasy为克隆载体构建重组质粒pGEM-T-L1,进行限制性核酸内切酶及核苷酸序列分析。结果：扬州地方株与德国标准株在核苷酸序列上有7处不同,其中4处由于核苷酸的改变,其编码氨基酸也相应发生变化,与标准株的同源性为99．7％;扬州地方株与中国株之间也存在1至2处核苷酸不同,但未造成氨基酸序列改变,其同源性为99．9％。结论：扬州地方株HPV16L1基因与标准株、中国株之间均存在差异,但与后者的差异极小,未造成氨基酸改变。     

高耐药洛菲不动杆菌分离株超广谱β内酰胺酶的基因变异

目的：探讨高度耐药的洛菲不动杆菌超广谱β内酰胺酶基因型及基因变异特征,分析基因变异对氨基酸序列及对超广谱β内酰胺酶可能产生的影响。方法：从下呼吸道感染的患者标本中分离得到3株高度耐药的洛菲不动杆菌超广谱β内酰胺酶阳性菌,PCR检测TEM、SHV、OXA、IMP、CTX-M耐药基因,并对耐药基因进行全序列测定,比较不同菌株耐药基因及其编码氨基酸序列的变异特征。结果：2株耐药基因为TEM型,SHV、OXA、IMP、CTX-M耐药基因均未检出,另1株5种耐药基因均未检出。2株TEM基因扩增序列分别长1012bp、1007bp,2株同源性为98.2%,在17个位点上存在碱基差异,TEM基因为832bp,编码277个氨基酸,两株间有8个氨基酸出现差异,差异主要位于天冬氨酸、甘氨酸和丝氨酸,这些氨基酸分别被组氨酸、精氨酸/丙氨酸、半胱氨酸取代。软件分析显示,2株TEM基因编码TEM型超广谱β内酰胺酶的等电点分别为5.479、5.083。 结论：山东济南地区高度耐药洛菲不动杆菌ESBLs耐药基因可见TEM型,不同临床分离株耐药基因存在不同程度的变异,这种变异使其编码的氨基酸序列发生改变,可能影响超广谱β内酰胺酶的某些特性,给耐药菌的检测带来影响。     

简并引物在克隆盐藻热休克蛋白70基因家族中的应用

目的：利用简并引物扩增盐藻热休克蛋白70(hsp70)家族。方法：根据衣藻、矮牵牛花等真核生物hsp70氨基酸高度保守序列didlgtt，dqgnrttp，payfnds和ATKDAG设计2对简并引物，以盐藻hsp70 cDNA为模板进行巢式PCR扩增，产物经T-A克隆转化至JM109大肠杆菌中，经筛选后测序，将测序结果推导成氨基酸序列进行同源性分析。结果：得到2个分别为372bp和354bp编码126及118个氨基酸残基的部分cDNA片段。推导的氨基酸序列与衣藻、矮牵牛花、番茄、果蝇和酵母hsp70和hsp70b比较有高度同源性。结论：所克隆的序列为盐藻hsp70和hsp70b部分cDNA片段。利用简并引物筛选cDNA文库是克隆基因家族重要的方法。     

一个肌萎缩侧索硬化症家系突变的SOD1基因的生物信息学研究

目的利用生物信息学理论和方法对新突变基因Cu/Zn超氧化物歧化酶(SOD1)的基因序列和蛋白序列进行分析,预测和分析突变SOD1功能以及探讨生物信息学在新突变基因研究中的作用。方法以人类基因组数据库为基础,利用BLAST程序对SOD1的基因结构进行分析和序列相似性搜索;进行基因的染色体定位和基因组织结构分析;DNAstar软件进行ORFfinder和编码蛋白进行序列预测和功能分析。结果通过分析得出,突变SOD1定位于染色体21q,其开放阅读框为108bp,编码36个氨基酸,编码氨基酸具有保守性,与人的SOD1具有很高的同源性,为一胞内蛋白,突变后蛋白质的二级结构发生改变。结论突变SOD1可能是新的SOD1成员,可能突变的SOD1酶的活性以及信号通路发生改变从而影响神经细胞的生物功能,生物信息学为新基因的功能研究提供了很好的方法。     

肾综合征出血热患者流产胎儿分离毒株84FLi的全基因序列分析

目的：克隆和测定汉滩病毒疫苗生产株84FLi的全基因组序列,了解其分子基础。方法：采用逆转录聚合酶链反应（RT－PCR）,分节段扩增84FLi株L、M和S基因片段的cDNA,直接用PCR产物或克隆人pMD18-T载体后进行测序。结果：84FLi株L、M、S3个片段的全基因组序列为6533,3616和1688个核苷酸,分别编码2151,1135,429个氨基酸。A、C、G、T4种核苷酸分别为3830,2050,2510和3447个,GC含量为38．52％,AT含量为61．48％。序列同源性分析表明84FLi株与分离自广州的RG9株和分离自安徽的Chen4株高度同源。S片段核苷酸的同源性99．6％。与HTNV的国际标准毒株76－118的3个片段核苷酸同源性分别为83．7％、84．0％和87．2％,氨基酸同源性分别为97．5％、96．0％和97．9％。结论：84FLi株属于汉滩型病毒,并与分离自国内的汉滩病毒同源性较高,与中国株Chen4株和RG9株属于同一亚型。     

增强子结合蛋白家族的新基因HP8的部分cDNA克隆

探讨人的增强子结合蛋白（Ｃ／ＥＢＰ）相关基因。方法以大鼠Ｃ／ＥＢＰｃＤＮＡ为探针，筛选人胎盘ｃＤＮＡ文库。结果得到一个含有１９７５碱基命名为ＨＰ８的ｃＤＮＡ克隆，其中１～６０４位碱基属编码区。经基因数据库查对未发现同源基因。该基因编码的蛋白Ｃ－末端含有亮氨酸拉链结构（ｌｅｕｃｉｎｅ ｚｉｐｐｅｒ ｓｔｒｕｃｅｕｒｅ）和Ｃ／ＥＢＰ功能区（Ｃ－末端６０个氨基酸）同源性高达９７％，而上游编码区则与Ｃ／ＥＢＰ及其已知家族同源性很低，表明该基因属Ｃ／ＥＢＰ基因家族新成员。基因组Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交证实该基因为单拷贝基因。在１４种胎儿组织中显示小肠、皮肤高表达，肾上腺中度表达，肝、肺、肾、甲状腺、胆囊低表达。在３例正常成人肝组织中仅１例低表达，而在５对肝癌及癌旁肝组织中显示２例癌组织及１例癌旁组织高表达。结论以上结果提示该基因可能与细胞增殖有关。     

A型流感病毒HA(H1N1)基因真核表达载体的构建及序列分析

[目的]构建A型流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因真核表达载体,研究其作为DNA疫苗的免疫效果。[方法]从流感病人体内分离流感病毒(A/Guangdong/376/2001/H1N1),提取RNA,用特异引物进行RT-PCR,扩增HA基因,先将其克隆到pMD18-T Vector,进行序列测定和分析;然后将HA基因亚克隆到真核表达载体(pCI-neo),进行鉴定。[结果]获得一个核苷酸长度为1698bp的基因,编码565个氨基酸;同源性比较结果表明:和A/Hong Kong/1131/98(GenBank/NCBI:AF386775)有98％同源,序列分析表明有10个氨基酸出现变异;酶切和序列测定表明HA基因正确插入pCI-neo载体(HA-pCIN)。[结论]HA基因真核表达载体的成功构建,可以进一步研究其免疫功能。