菌痢暴发的分子流行病学分析

分析１９９２、１９９４年广州、江门两地菌痢暴发期间分离的８４株福氏２ａ志贺氏菌（广州暴发株３０株、散发株２８株、江门暴发株１２株、病例接触者分离株１４株）的质粒图谱及质粒ＤＮＡ限制性酶切图谱特征。结果表明：发生于不同地点、不同时间且传染来源不相同的两起菌痢暴发，由福氏２ａ志贺氏菌的同一克隆引起，该克隆可能是广东地区福氏２ａ志贺氏菌的优势克隆。江门菌痢暴发期间，自密切接触者分离的同型菌株分属３个不同的克隆，提示部分病例接触者感染的福氏２ａ志贺氏菌并非来自病例。比较表型分析（生化反应、血清学分型）与质粒分析，证实表型分析难以鉴别来源不同的同型克隆，而质粒分析提供了简便、敏感、特异鉴定不同来源同型克隆的有效手段。     

一起菌痢爆发的分子流行病学分析

目的 探讨江门一起菌痢爆发的特异传染源。方法 对8株福氏2a志贺菌进行质粒图谱及质粒限制性酶切图谱分析。结果 此次菌痢爆发期间分离的8株福氏2a志贺菌具有两种不同的质粒图谱特征(PPⅠ、PPⅡ型)，其中2株病例密切接触分离株J98101(PPⅡ型)和J9826(PPⅠ型)分属不同克隆。除上述两种质粒图谱特征外，同属PPⅠ型质粒图谱特征的J9871具有独特的质粒限制性酶切图谱特征ReTⅡ型。结论 本次爆发偶合有部分散发病例。相对于传统表型分型方法(生化反应、血清型)而言，质粒DNA分析具有更高的分辨率，它提供的遗传学信息更为丰富、直接、精细。     

内蒙一起F2a志贺菌痢爆发的质粒分析

目的　探讨内蒙一起菌痢爆发的特异传染源。方法　对４３ 株Ｆ２ａ志贺菌进行质粒图谱和质粒ＤＮＡ 酶切图谱分析。结果　①质粒图谱和质粒ＤＮＡ酶切图谱特征相同的菌株为引起本次菌痢爆发的优势克隆;②本次爆发偶合有部分散发病例;③经污染的食物传播是本次爆发的主要传播途径。结论　质粒分析能较为特异、敏感地揭示不同来源志贺菌间的遗传联系和差别,从而准确说明爆发或流行事件的真相     

福氏2a志贺菌肠毒素ShET1/ShET2基因分型在菌痢暴发研究中的应用

目的 对福氏2a志贺菌肠毒素ShET1(Shigella enterotoxinl)和肠毒素ShET2(Shigella enterotoxin2)进行基因分型，提高菌痢暴发流行时同源克隆的鉴定分析水平。方法 对在菌痢暴发期间分离的8株福氏2a志贺菌用PCR法检测志贺菌肠毒素ShET1/ShET2基因，进行基因分型和同源克隆鉴定。结果 8株福氏2a志贺菌可分为3种基因型，即2株ShET1(-)/ShET2( ),1株ShET1( )/ShET2(-)，5株ShET1( )/ShET2( )。结论 本次菌痢暴发部分患可能并非真正的暴发病例，之所以被归入暴发事件之中，可能是一种与暴发事件在空间、时间上偶合的散发病例。     

一起盒饭污染引起菌痢暴发事件的调查

2002年10月16-21日，徐汇区日晖、南丹、光启等3所小学发生了810名师生，以腹痛、腹泻、呕吐、发热为主要特征的疫情，病例分布于3所小学的1～5年级学生中，经流行病学调查和病原学诊断，证实为一起盒饭污染引起的宋内志贺菌感染而致的菌痢暴发事件，现将调查情况分析如下。     

荧光定量PCR和DNA分子分型在菌痢暴发中的应用

[目的]探讨实时荧光PCR快速检测和脉冲肠凝胶电泳（PFGE）分型方法在菌痢暴发流行病学研究中的应用。[方法]采用实时荧光PCR检测技术对一起菌痢患者的24份肛拭增菌液进行快速检测，同时从患者肛拭中分离的5株福氏4型志贺氏菌采用脉冲场凝脉电泳的方法进行了分子分型。[结果]在这一起菌痢疫情中，实时荧光PCR快速检测24份肛拭增菌液．5份阳性，并从PCR阳性的增菌液中分离到5株福氏4型志贺氏菌，而且5株志贺氏菌的脉冲场凝胶（PFGE）图谱显示DNA条带完全一致，具有高度的同源性。[结论]实时荧光定量PCR技术特异性强，灵敏度高，能在采样后数小时内检测到病原菌的DNA，达到快速诊断的目的。PFGE具有分型能力强，重复性好等特点，能直观地判断致病菌的亲缘关系，及时查明暴发流行的传染源从而有效控制疫情的蔓延，在志贺氏菌的分子流行病学研究中具有重要作用。     

霍乱的分子流行病学

分子流行病学是近年来新兴的一门学科。从分子乃至基因水平上研究医学事件在人群和环境生物群体中的分布及其决策因素和调控手段的学科 ,是由分子生物学理论、技术与现代流行病学相结合而形成的 ,既有流行病学宏观概念 ,又有分子生物学的先进手段 ,从根本上对疾病的发生、发展、分布及来源进行追踪和分析 ,现已广泛应用于传染病、酶学方法及核酸研究手段包括生物 (群 )体间遗传距离的计算、蛋白质的研究、酶学方法及核酸研究方法等。本文主要介绍核酸方法 :1分析染色体外 DNA多态性 ,如质粒酶谱分析、噬菌体酶谱分析 ;2染色体 DNA多态性 …     

2006年四川省菌痢暴发疫情分子流行病学分析

目的 了解四川省2006年8起菌痢疫情的传染来源和传播链,为预测疫情和制定防治措施提供依据.方法 分析四川省2006年8起菌痢事件病原菌分子特征、菌痢暴发疫情分离的菌株与菌株之间,各疫情分离的菌株之间的遗传相关性;用PCR检测侵袭性质粒H抗原(ipaH基因)、志贺肠毒素1(Shigella enterotoxin 1,SET1)、志贺肠毒素2(SET2)、志贺菌增殖和侵袭相关的毒力基因(ial基因);脉冲场凝胶电泳(PFGE)对菌株进行分子分型,以BioNumerics V4.0软件UPGMA方法进行聚类分析.结果 8起菌痢疫情的20株痢疾SET2、ial、ipaH基因均为阳性,所有菌株的SET1基因均为阴性.对20株菌以Xba Ⅰ酶切后PFGE可分为4个型别.结论 同一暴发疫情分离菌株的PFGE型别相同,暴发疫情分离菌株都存在侵袭性致病大质粒;提示不同时间地点暴发的四川2006年8次暴发疫情可能有共同的传染来源;同一疫情来自相同的污染源;具有地区流行株的特性,应该加强监测,以控制进一步的暴发、流行.     

一起纤维支气管镜污染所致感染暴发的分子流行病学调查

目的了解某院一起下呼吸道感染阴沟肠杆菌医院感染暴发的原因,为临床预防和控制医院感染提供依据。方法收集该院呼吸科与胸外科经纤维支气管镜肺泡灌洗诊疗发生下呼吸道阴沟肠杆菌感染患者的流行病学资料,对患者及其周围环境和物品检出菌进行耐药分析,采用脉冲场电泳(PFGE)技术进行基因分型。结果2013年3月8—16日胸外科与呼吸科在内镜中心纤维支气管镜室进行肺泡灌洗患者共15例,后续发生下呼吸道阴沟肠杆菌感染13例,经排查有4例为社区感染(包括首例患者),其余9例均为医院感染;8份环境标本检出2株阴沟肠杆菌,分别来源于纤维支气管镜负压吸引接头、用于修剪一次性可控式吸痰管道的剪刀。将患者与环境检测得到的阴沟肠杆菌15株进行药敏结果筛选,选出药敏结果相似的有11株菌,其中环境2株、住院患者6株、社区患者3株。11株阴沟肠杆菌PFGE分型显示,有8株菌基因型相同,其中6株来自于胸外科患者,2株来自于负压吸引接头与用于一次性可控式吸痰管道的剪刀;另3株基因型相同,来自于呼吸科与胸外科。结论此次感染暴发是由纤维支气管镜污染同一株阴沟肠杆菌引起,该菌对临床常用抗菌药物较敏感,此类事件应引起临床的高度重视,采用必要措施切断传播流行是控制关键。     

河南省两市农村0-5岁婴幼儿感染志贺氏菌的药物敏感性对比研究

目的　了解我省由两个不同社区 5岁以下婴幼儿细菌性痢疾患儿检出痢疾菌的耐药情况 ,探索相同血清型菌株耐药模式与病例间的流行病学关联。方法　美国疾病预防控制中心和WHO非洲区合作编写的“痢疾和霍乱流行的实验室诊断方法”中介绍的琼脂平板扩散法和美国临床实验室标准委员会推荐标准。结果　两市痢疾菌株的耐药率除萘啶酸外 (P <0 .0 5 ) ,其它 6种抗生素耐药率均无显著性差异 (均P >0 .0 5 )。结论　不同社区相同血清型的痢疾菌株除宋内氏菌外 ,均具有两种以上的耐药模式。耐药模式可以弥补单依血清型探索病例间的流行病学关联之不足。     

耐碳青霉烯类肠杆菌目细菌分子流行病学特征及耐药性

目的 探讨耐碳青霉烯类肠杆菌目细菌(CRE)的分子流行病学特征,研究CRE耐药特点及同源性。方法 收集宁夏某医院2018年1月—2021年5月临床分离的158株非重复CRE,采用聚合酶链式反应(PCR)检测耐药基因,应用改良碳青霉烯灭活试验(mCIM)联合EDTA改良碳青霉烯灭活试验(eCIM)进行表型确证,采用质粒接合试验分析bla_NDM水平转移情况,运用多位点序列分型(MLST)进行同源性分析。结果 158株CRE主要为肺炎克雷伯菌(61株,38.61%),其次是阴沟肠杆菌(37株,23.42%)和大肠埃希菌(23株,14.56%),检出CRE最多的科室为ICU和烧伤整形科,CRE标本来源排名前四的分别是痰、脓性分泌物、引流液和无菌中段尿,检出耐药基因以新德里金属-β-内酰胺酶(NDM)为主。23株大肠埃希菌mCIM联合eCIM试验阳性率达95.65%,质粒接合试验成功将20株大肠埃希菌中15株菌株的bla_NDM基因转移到大肠埃希菌J53AZ^R,接合子菌株对亚胺培南、美罗培南和头孢菌素类抗生素的耐药性较受体菌增强。M...     

一起痢疾暴发菌株脉冲场凝胶电泳分型研究

目的：探讨一起痢疾暴发中所分离菌株间的内在联系及变异,探明暴发原因。方法：用限制性内切酶NotI对2007年江苏省一起痢疾暴发中的15株福氏4c型志贺菌和3株地方散发株进行PFGE分型,用非加权配对算术平均法（UPGMA）进行聚类分析,相似性系数采用Dice系数。结果：15株暴发株呈9种带型,2种优势带型占46．7％,带型问差异主要在336．5～310．1bp呈现1～3条不等条带,相似性系数92％～100％;食品加工人员菌株带型与主要带型CNJZXN11．01仅存在1条之差,相似性系数97％;3株散发株呈现3种带型,与暴发株相似性系数82％～87％。结论：暴发分离株之间遗传关系紧密,可认为该起暴发由同一克隆群菌株引起;食品加工点的病原携带者是该起暴发的可疑传染源。     

1起疑似食源性诺如病毒感染暴发疫情的流行病学调查

摘要:目的 调查1起小学内出现多名急性胃肠炎病例的感染事件,提出预防控制措施。方法 按照病例定义开展病例搜索,采用描述性流行病学方法和病例对照研究方法进行分析;样本采用RT-PCR方法进行肠道病毒核酸检测。结果 武进区某小学2015年3月2日-11日,出现149例以呕吐症状为主的学生,罹患率为9.0%,3月2日出现发病高峰,病例发病急、班级分布广。现场采集患者肛拭子或呕吐物、对照及食堂工作人员肛拭子、食物和环境样本等共42份,其中2名患者肛拭子、2名患者呕吐物及1名食堂工作人员肛拭子检测出诺如病毒GII型。结论 这是1起由诺如病毒GII型引起的急性胃肠炎暴发疫情,暴发原因可能是由带毒食堂工作人员污染部分食物所致,以食源性传播为主。     

福氏2a志贺菌菌痢爆发的质粒DNA多态性分析

目的对福氏2a志贺菌质粒DNA进行基因分型,提高福氏2a志贺菌菌痢爆发流行时同源克隆的鉴定水平。方法对8株福氏2a志贺菌进行质粒图谱及质粒限制性酶切图谱分析。结果此次菌痢爆发期间分离的8株福氏2a志贺菌具有两种不同的质粒图谱特征(PPⅠ、PPⅡ型),其中2株病例密切接触者分离株J98101(PPⅡ型)和J9826(PPⅠ型)分属不同克隆。除上述两种质粒图谱特征外,同属PPⅠ型质粒图谱特征的J9871具有独特的质粒限制性酶切图谱特征ReⅢ型。结论本次爆发偶合有部分散发病例。相对于传统表型分型方法(生化反应、血清型)而言,质粒DNA分析具有更高的分辨率,它提供的遗传学信息更为丰富、直接、精细。     

一起腺病毒感染暴发疫情分子流行特征分析

目的 了解2012年辽宁省某中学暴发的一起腺病毒感染的分子流行特征。方法 收集患病学生个案资料,采用多重聚合酶链反应（PCR）从咽拭子标本中进行腺病毒鉴定并进行病毒分离,扩增腺病毒六邻体（Hexon）基因的 L1 片段进行序列测定,BLAST比较并构建系统发生树。结果 1个月内在3个班级78名学生中累计出现24例发热病例,发病率为30.77%;咽拭子标本中5份标本多重PCR鉴定为腺病毒,同时分离到5株病毒;腺病毒 Hexon基因的 L1 片段测序显示5株腺病毒之间的核苷酸序列100%相同;BLAST比较显示与人腺病毒 14 型参考株高度同源,达100%;系统进化分析中5株腺病毒与人腺病毒 14 型参考株位于同一进化分支。结论 本次暴发疫情是由腺病毒 14 型引起,与之前中国所流行的腺病毒14型相比未发生基因变异。     

腺病毒分子流行病学研究

腺病毒引起的儿童肺炎在20世纪50-60年代比较猖獗,发病率和病死率很高,中国报道的病死率达16.6%～33.3%[1].80年代后发病率和病死率有所降低,但近几年腺病毒感染人数义有所回升,甚至出现了腺病毒新的变异株.