三种提取人腰椎间盘纤维环总RNA效率方法比较

目的：通过比较利用不同方法抽提人腰椎间盘纤维环RNA的效果来评定抽提人腰椎间盘纤维环总RNA的有效的方法和步骤。方法：对60例腰椎间盘突出症患者在腰椎间盘摘除手术时切取摘除的椎间盘组织,60份标本分别用异硫氰酸胍法、Trizol法和膜结合柱分离法提取组织中的RNA,用紫外可见分光仪测定所得RNA的浓度和OD260/OD280的比值并分别记录,另外记录提取RNA所用的时间和OD比值大于1.60的阳性率以及平均每份标本所需的费用。结果：利用异硫氰酸胍法,平均耗时160 min,RNA平均浓度为95.44μg/μl,平均OD比值为1.62,阳性率58.3%;利用Trizol法提取总RNA,平均耗时105 min,RNA平均浓度为531.40μg/μl,平均OD比值1.40,阳性率18.5%;利用膜结合柱分离法提取标本总RNA,平均耗时41 min,RNA平均浓度为690.34μg/μl,平均OD比值为1.83,阳性率100%。结论：膜结合柱分离法是提取人腰椎间盘高质量总RNA的有效方法。     

临床血清循环miRNAs定量技术的建立

目的建立可靠的临床血清（浆）循环miRNAs定量技术。方法常规收集血清（浆）标本,mirVana PARIS试剂盒法抽提血清（浆）总RNA,采用DNaseI消化总RNA提取液,以miRNAs特异性茎-环引物引导反转录,通过TaqMan实时荧光定量PCR对U6及靶miRNAs进行检测。结果10份新鲜血浆总RNA浓度介于3.5～35.4ng/μl之间。对常规收集的400μl临床血清标本中U6、miR-16、miR-224均能实现特异扩增及定量,相应的平均Ct值约为30、25及32。6份不同留置时间血清标本总RNA浓度分别10.24和4.46ng/μl,定量PCR结果显示其中相应miR-16和miR-224的丰度却相对稳定。结论血清（浆）总RNA抽提及循环miRNAs定量切实可行。     

全血标本保存条件对人总RNA提取效率的影响

目的探讨全血标本保存条件对RNA提取效率和RNA完整性的影响。方法从179例保存在不同温度、不同时间的全血标本中提取总RNA,测定其浓度和纯度、分析其完整性。另选20例标本研究冻融次数对RNA提取效率的影响。179例中的73例总RNA在-80℃下保存1周前、后分别测定浓度和纯度,观察两者差异。结果新鲜血来源的总RNA浓度最高,平均306.51ng/μl;冻融2次全血仍可获得足量的RNA,浓度181.98ng/μl,RNA完整性有所下降;-80℃保存1周的RNA,浓度和纯度都略有下降。结论利用Trizol法可从小体积全血标本中获取足量有效的总RNA;不同保存条件全血中所获取的总RNA浓度存在差异;总RNA-80℃短期保存也会略有降解。     

富含多糖的植物组织miRNA提取方法的改进

目的:建立冻融法结合小分子RNA分离试剂盒简便快速提取富含多糖的植物组织miRNA的方法.方法:利用乙醇/醋酸钾沉淀法、小分子RNA分离提取试剂盒标准步骤提取方法和结合反复冻融法改进的小分子RNA分离提取方法分别提取玉米胚乳组织小分子RNA,通过小分子RNA浓度、纯度及完整性检测,以及内参5s rRNA扩增验证模板真实性等比较3类方法小分子RNA的提取效果.结果:乙醇/醋酸钾沉淀法易丢失大量小分子RNA;小分子RNA分离提取试剂盒标准步骤提取所获小分子RNA浓度、纯度较低,富含大量多糖杂质;反复冻融法结合小分子RNA分离试剂盒提取的小分子RNA浓度、纯度较高,有效去除多糖杂质,内参5s rRNA扩增验证真实性表明其所获miRNA的cDNA模板质量较高.结论:结合反复冻融法和小分子RNA分离试剂盒,可以简便快速去除多糖内杂质,保证小分子RNA完整性,加尾及引物延伸RT-PCR、所获miRNA的cDNA模板质量较高,可用于后续miRNA实验研究.     

SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR测定肠道病毒71型(EV71)RNA拷贝数方法的建立

目的建立SYBR GreenⅠ荧光染料实时定量RT-PCR方法,测定实验动物等来源的EV71病毒RNA。方法运用EV71VP1保守区引物,优化real time RT-PCR条件,运用NASBA方法扩增EV71病毒RNA,计算拷贝数,经10倍系列稀释做出标准曲线,作为EV71病毒RNA定量检测的外标准品。结果应用Qiagen公司QuantiTect SYBR Green RT-PCR Kit,该标准品可精确定量到100copies/μL,PCR扩增效率达到99.5%。结论 SYBRGreenⅠ荧光染料实时定量PCR法测定EV71病毒RNA拷贝数的方法敏感性高、稳定性好,可用于EV71病毒RNA载量的定量测定。     

NASBA方法制备HIV／SHIV RNA定量测定标准品及其应用

目的 应用NASBA方法制备SIV/SHIV RNA定量测定标准品.方法 应用NASBA方法直接扩增SIVmac251病毒gag基因上1476～1685之间的片段,扩增的RNA产物(RS-NASBA)纯化后10倍系列稀释,测定定量曲线、标准曲线,测定该标准品的稳定性和重复性.结果 应用Qiagen公司QuantiTect SYBR GREEN RT-PCR Kit,该标准品可精确定量到2.033×10 copies/μL.结论 外标准品RS-NASBA纯度高,稳定性好,可用于定量测定SIV/SHIV RNA拷贝数.     

微量、快速比色法测定血清唾液酸含量

1 方法唾液酸测定试剂盒购自上海海军医学研究所。王氏常规法按试剂说明书进行测定。微量法测定方法:血清标本测定管加血清标本10μl;标准管加标准液10μl;空白管加蒸馏水10μl;各管内再分别加测定试剂400μl。将各管混匀,90℃水浴,30min(或100℃ 20min),冷水冷却3min,离心5min(3000 r/min),取上清200μl,置ELISA     

适用于转录组测序的人参根总RNA提取方法的筛选

目的 筛选适用于转录组测序的人参根组织总RNA提取方法.方法 以15年生长白山人参为研究对象,比较RNAiso Plus法、Trizol法、改良CTAB法、植物总RNA提取试剂盒、多糖多酚总RNA提取试剂盒(RNA prep Pure Plant Kit)提取人参根组织总RNA,利用琼脂糖凝胶电泳、Aligent 2100 Bioanalyzer对5种方法提取的总RNA进行质量检测.结果 Trizol法和RNAiso Plus法均能提取到总RNA,1%琼脂糖凝胶电泳显示28S、18S条带清晰稳定,D(γ)260 nm/D(γ)280 nm和D(γ)260 nm/D(γ)230 nm值均在2.0左右.Trizol试剂法提取总RNA的28S条带亮度明显高于18S,所得RNA浓度达485.66 ng/μL,经Aligent 2100 Bioanalyzer检测,28S条带亮度是18S的2倍.RNA prep Pure Plant Kit试剂盒及植物总RNA提取试剂盒提取RNA的条带模糊、弥散,RNA降解严重.改良CTAB法无法完成人参根组织总RNA的提取.结论 Trizol试剂法提取的人参根组织总RNA浓度、纯度及完整性与其他方法相比效果最佳,能满足转录组测序的要求,是人参根组织总RNA提取的首选方法.     

CEA-TRFIA定量检测试剂盒的临床评价

1材料和方法1.1标本的收集随机选取394名住院患者为考核对象,抽取静脉血2m l,离心后取血清,血清量不少于500μl,-20℃保存。1.2标本纳入标准及样本量CLIA法设定的cutoff值为5ng/m l,TRFIA法按试剂盒推荐的Cutoff值(6ng/m l)。阳性考核对象入选标准:取临床CEA化学发光法测定CEA为阳性者血清。排除标准:化学发光法测定CEA阴性;患者不配合或依从性不佳者。阴性对照考核对象入选标准:化学发光法测定CEA阴性。排除标准:化学发光法测定为CEA阳性者;患者不配合或依从性不佳者。1.3检测对照考核方法为化学发光法,试剂盒来自Roche公司。采…     

不同试剂盒对乙脑病毒RNA提取效能的比较

目的比较常见的3种商售RNA提取试剂对乙脑病毒检测的相对效率、耗时和成本,为实验室应用及检测结果的评价提供依据。方法对乙脑病毒参考株悬液作10-1～10-4系列稀释,选用QIAGEN公司的QIAamp Viral RNA MiniKit、Sangon生物公司的RNA提取试剂盒和Invitrogen公司的Trizol试剂3种核酸提取方法提取上述样本RNA,用TaqMan实时荧光定量反转录聚合酶链反应对其提取效率进行评价,并比较3种试剂(盒)的耗费时间和价格。结果对不同稀释度乙脑病毒样本的检测,均以QIAGEN公司QIAamp Viral RNA MiniKit检测的敏感度最高。以该试剂盒的提取效率为100%,则Invitrogen和Sangon生物公司RNA提取试剂(盒)的提取效率分别为77.4%～86.8%和64.2%～74.1%。3种试剂(盒)对cDNA起始模板量的估计也有明显的影响,差别达到1～3个数量级,以QIAGEN公司的试剂盒最敏感。3种试剂(盒)提取RNA耗时分别为60min、100min和70min,价格效率比分别为46元、23元和20元。结论RNA提取试剂可影响JEV荧光定量PCR检测的结果,...     

鹌鹑肝组织胱硫醚β-合酶基因RT-PCR的实验研究

[目的]建立一种有效的鹌鹑肝组织胱硫醚β-合酶(CBS)RT-PCR,为实现CBS Real-time PCR提供条件。[方法]采取一步法,改进一步法,异硫氰酸胍法(重复抽提)和异硫氰酸胍法(一步法)四种方法提取总RNA,以CBS cDNA共有序列设计鹌鹑CBS引物,进行CBS RT-PCR引物筛选。[结果]除改进一步法外,其他三种方法提取的总RNA完整性好;除异硫氰酸胍法(一步法)外,其他三种方法提取的总RNA的A260/A280都在1.8以上纯度。异硫氰酸胍法(重复抽提)提取的总RNA极少残留DNA。[结论]四种方法都能较好地扩增CBS片段,一步法最省时。但异硫氰酸胍法(重复抽提)抽提得到的RNA质量较好.     

RT-PCR技术检测石蜡包埋恶性生殖细胞肿瘤．组织中Oct4的表达

目的：用逆转录PCR技术（RT-PCR）技术从石蜡包埋的恶性生殖细胞肿瘤组织中检测Oct-4基因（目的片段）的表达。方法：用Trizol法从上述3种肿瘤组织抽提总RNA,取出1μl作为模板进行反转录合成cDNA第一链,然后进行PCR反应。PCR产物用1．2％的琼脂糖凝胶电泳检测。结论：RT—PCR技术可以检测石蜡包埋肿瘤组织Oct．4基因。     

戊型肝炎患者粪便中病毒RNA的半定量检测

目的探讨戊型肝炎病毒(HEV)RNA半定量检测的意义和可行性,为HEVRNA的定量PCR(多聚酶链反应)检测提供科学依据。方法在逆转录-套式PCR基础上,采用样品倍比稀释法对戊型肝炎患者粪便中病毒RNA作半定量检测。结果20份粪便标本中有14份检测结果阳性,其中病毒RNA拷贝水平为8×105、8×107、8×108、8×109PCR单位·ml-1的分别为2、10、1、1份。对同一标本而言,在不同稀释度时,其PCR产物在量上无显著差异。结论定量PCR技术检测戊型肝炎病毒RNA是可行的,但应以起始模板来定量而不是以终产物定量。     

风疹病毒RNA Taq Man实时荧光定量RT-PCR方法及参考标准的建立

目的建立风疹病毒RNA TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法,制备风疹病毒RT-PCR扩增子作为该方法的参考标准品。方法设计引物与探针,优化PCR条件,建立风疹病毒RNA实时荧光定量RT-PCR方法,并制备风疹病毒RT-PCR扩增子作为该方法的参考标准品。结果制备的风疹病毒特异性扩增子参考标准品为503 bp的片断,原液浓度为2.75×109copies/μl,纯度为92%;采用该特异性扩增子参考标准品建立的标准曲线相关系数r为-0.9993（r2=0.9986）,P〈0.001。结论本研究建立的风疹病毒特异性扩增子参考标准品稳定性好,纯度高;特异性扩增子参考标准品浓度的对数值与Ct值之间具有良好的线性关系,证实了本研究建立的风疹病毒RNATaqMan实时荧光定量RT-PCR方法定量的准确性。因而,建立的风疹病毒RNA实时荧光定量RT-PCR方法简便快捷、定量准确,可用于临床标本中风疹病毒RNA的定量检测。     

实时荧光定量RT-PCR快速检测四种呼吸道病毒的研究

目的利用实时荧光定量RT-PCR建立快速检测人腺病毒(HADV)、人博卡病毒(HBoV)、人偏肺病毒(HMPV)、人呼吸道合胞病毒(HRSV)等四种呼吸道病毒的方法。方法寻找四种呼吸道病毒的相对保守序列,针对该序列分别设计4对引物对及其相应的Taqman探针,将此保守序列作为目的基因片段,使用一步法RT-PCR试剂盒建立、优化反应体系;采用10倍稀释体外转录RNA,检测建立的体系的灵敏度和重复性并建立反应体系标准曲线;通过临床样本检验体系的特异性。结果 HADV、HBoV、HMPV、HRSV四种病毒的检测灵敏度均为10 copies/μl,标准曲线的决定系数分别为:HADV R2=0.9998,HBoV R2=0.9981,HMPV R2=0.9981,HRSV R2=0.9947和0.9965,扩增效率分别为:HADV 105.08%,HBoV 107.81%,HMPV 102.08%,HRSV FAM荧光106.38%及CY5荧光107.95%。荧光RT-PCR反应体系检测体外转录的RNA的各个拷贝数浓度的变异系数均较低,对临床样本检验的特异性为100%。结论本研究建立的实时荧光定量RT-PCR体系可快速、准确地检测人HADV、HBoV、HMPV、HRSV等四种呼吸道病毒,且重复性较好,特异性高。     

双重荧光定量RT-PCR快速检测流感病毒H1、H3亚型的研究

目的 利用荧光定量RT-PCR技术建立一种快速检测流感病毒H1、H3亚型的方法.方法 根据H1、H3亚型流感病毒HA基因的相对保守序列,设计两对引物及其相应的Taqman探针,利用一步法RT-PCR试剂盒建立优化反应体系后,将荧光定量RT-PCR的产物采用10倍稀释法,即107～100 copies/μl,再次用荧光定量PCR方法检验建立体系的灵敏度和重复性,并建立相对定量标准曲线;利用多种流感病毒和具有相似临床症状的呼吸道病毒检验建立体系的特异性.结果 H1和H3亚型流感病毒的检测灵敏度为102 copies/μl,扩增效率分别为101.35％和113.28％,标准曲线相关系数大于99％,重复性良好,特异度实验未发现有非特异性扩增.结论 本研究建立的双重荧光定量RT-PCR技术可以快速、准确地检测H1、H3亚型流感病毒.     

呼肠孤病毒Ⅲ型(Reo3)RT-PCR检测方法的建立

目的建立呼肠孤病毒Ⅲ型(Reo3)RT-PCR检测方法,应用于实验动物及人用动物源性材料及生物制品外源Reo3的检测。方法根据已发表的呼肠孤病毒Ⅲ型(Reo3)M1基因序列,设计合成引物。提取Reo3细胞毒RNA,以其为模板,进行PCR扩增。优化反应条件,进行特异性、敏感性、重复性试验。结果建立的Reo3RT-PCR检测方法特异、敏感、稳定。以Reo3 RNA逆转录产物为模板,所能检测RNA最小模板浓度为0.42pg/μL,可检测病毒最小滴度为10-9/mL。结论建立的呼肠孤病毒Ⅲ型(Reo3)RT-PCR检测方法可用于实验动物及人用动物源性材料及生物制品外源Reo3的检测。