苦参-地榆治疗溃疡性结肠炎活性成分和潜在靶点的网络药理学

目的:基于网络药理学预测苦参-地榆治疗溃疡性结肠炎(UC)的作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中药数据库检索苦参-地榆药对的化学成分和靶基因,以口服生物利用度(OB)>30％和类药性(DL)>0.18为条件筛选药对的潜在有效成分,并通过TCMSP预测药对的潜在靶点.运用Uniprot数据库...     

基于UPLC-Triple TOF MS/MS技术比较高良姜根中髓及皮层间的差异

目的:建立高良姜主要成分的UPLC-Triple TOF MS/MS定性与定量检测方法。方法:利用UPLC-Triple TOF MS/MS技术对8批高良姜根中的髓与皮层进行测定分析。在电喷雾负离子及TOF MS触发TOF MS/MS的模式下检测,以一级离子质量准确度、一级离子同位素分布、二级碎片与文献匹配等手段确保准确定性分析,以TOF MS提取离子的峰面积定量分析。结果:高良姜根中髓及皮层间均含黄酮类与二苯基庚烷类成分,但皮层含二苯基庚烷类成分种类较少。髓中高良姜素含量(18.78 mg/g)约为皮层含量(9.01 mg/g)的2倍;二苯基庚烷A含量(3.56 mg/g)约为皮层含量(2.25 mg/g)的1.5倍。结论:该检测方法具有准确、高效的特点;同时可为高良姜药材商品规格等级划分及标准制订提供理论依据。     

基于网络药理学的款冬花止咳化痰活性成分靶点探究

目的预测款冬花止咳化痰主要活性成分的作用靶点,探讨其多成分-多靶点-多通路的作用机制。方法采用网络药理学方法针对已报道的款冬花中酚酸类、苯丙素类及倍半萜类主要成分(绿原酸、3,5-二咖啡酰基奎尼酸、3,4-二咖啡酰基奎尼酸、4,5-二咖啡酰基奎尼酸、芦丁、咖啡酸、槲皮素、金丝桃苷、山柰酚、β-谷甾醇、款冬酮、款冬素酯),依据反向药效团匹配方法预测款冬花活性成分靶点。通过Coo LGe N数据库中已批准的止咳化痰药物靶基因的比对筛选,借助MAS 3.0生物分子功能软件进行靶点信息注释,通过Systems Dock Web Site软件将款冬花成分与靶点进行分子对接,采用Cytoscape软件构建款冬花成分-靶点-通路网络。结果网络分析表明款冬花活性成分涉及白细胞介素-2(IL-2)、环氧合酶-2(COX-2)、人核糖核酸酶A3(RNASE3)等18个靶点及信号转导-炎症-能量代谢等相关生物过程和代谢通路。结论款冬花止咳化痰作用体现了中药多成分、多靶点、多途径的作用特点,该研究为深入阐释款冬花止咳化痰作用机制提供科学依据。     

基于UPLC-Q-TOF-MS/MS和网络药理学方法探讨五味子藤茎保肝的潜在药效物质及作用机制

目的 基于高效液相色谱-四极杆飞行时间串联质谱法(UPLC-Q-TOF-MS/MS)分析五味子Schisandra chinensis藤茎的主要成分,并结合网络药理学和分子对接方法预测保肝药效物质和潜在的作用靶点及通路。方法 根据UPLC-Q-TOF-MS/MS二级质谱裂解碎片信息,并结合文献数据,对五味子藤茎化学成分进行分析鉴定;通过中药系统药理学数据库和分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP),从鉴定获得的化学成分中筛选出口服生物利用度(oral bioavailability,OB)≥30%且符合类药五原则的活性成分;运用TCSMP数据库和SwissTargetPrediction数据库查找和预测五味子藤茎的成分靶点;通过在线人类孟德尔遗传数据库(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)、GeneCards数据库和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes a...     

白鲜皮挥发油中潜在活性成分的网络药理学研究

中药白鲜皮挥发油中含有多种化学成分,采用网络药理学方法可以揭示"成分-靶点-疾病"复杂网络关系,揭示白鲜皮的药效作用机制。该研究通过Swiss Target Prediction数据库预测作用靶点;通过STRING数据库构建蛋白相互作用网络;采用Cytoscape软件构建"成分-靶点-疾病"网络。结果显示:白鲜皮抗菌、抗炎、抗过敏等作用与麝香草酚甲醚、榄香醇、茴香脑、侧柏烯、肉豆蔻醚等成分密切相关,且各个成分的相关作用靶点相互交联,共同发挥多靶点药效作用。该研究为中药白鲜皮的药效物质基础研究与质量控制评价奠定了基础,并为进一步深入揭示其作用机制提供了科学依据。     

基于网络药理学探讨苦参治疗结直肠癌活性成分、作用靶点及潜在作用机制

目的 使用网络药理学方法分析抗肿瘤中药苦参活性成分及其治疗结直肠癌的潜在靶点与作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库筛选中药苦参活性成分,并使用PubChem数据库验证所收集活性成分化合物结构,运用SwissTargetPrediction数据库反向分子对接预测苦参活性成分可能作用靶点。采用GeneCards、DisGeNET、TTD、MalaCards数据库预测结直肠癌疾病靶点,通过Cytoscape 3.8软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”关系网络图,利用STRING数据库分析苦参-结直肠癌共同靶蛋白PPI蛋白间相互作用网络,采用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体论(GO)富集分析以及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 共筛选获得中药苦参活性成分45个,通过调控结直肠癌相关作用靶点54个,参与体内信号传导、蛋白质磷酸化、凋亡等生物学过程,并通过调控癌症相关信号通路、PI3K-Akt信号通路、癌症蛋白聚糖信号通路等途径发挥治疗作用。结论 中药苦参能够通过多途径、多靶点协同发挥抗结直肠癌作用。     

基于网络药理学预测定清片治疗白血病的潜在靶点及其机制研究

目的基于网络药理学,预测定清片治疗白血病的潜在靶点及其机制研究。方法应用TCMSP数据库筛选出本处方6味中药潜在活性成分,通过Drugbank、STITCH和DRAR-CPI数据库分析筛选作用靶点;从TTD、KEGG和DisGeNET数据库查询白血病疾病靶点;分别采用韦恩图取得交集,PPI数据库构建定清片和白血病的交互靶点调控功能;同时利用DAVID、KEGG、STRING分析平台进行GO分析和KEGG信号通路的富集。结果本研究共筛选出55个潜在的活性成分和与疾病映射后的43个靶点蛋白。处方中药物活性成分主要作用于RXRA、CASP3、ESR1、AR、RB1等靶蛋白,调控PI3K-Akt和JAK-STAT信号通路等,发挥治疗白血病作用。结论定清片可以通过阻滞细胞周期抑制肿瘤细胞增殖和促进细胞凋亡的多靶点-多途径干预治疗白血病。     

基于网络药理学分析人参-黄芪治疗肺癌潜在靶点和机制

目的:基于网络药理学分析人参-黄芪治疗肺癌潜在靶点和机制。方法:通过传统中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选人参、黄芪活性成分和靶基因。使用人类基因数据库(Gene Cards)获得肺癌相关基因。使用Cytoscape构建"药物-成分-靶点-疾病"网络。使用STRING下载蛋白与蛋白相互作用(PPI)数据,利用插件Centi Scape筛选PPI核心基因。使用R软件进行关键靶基因基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:共筛选17个人参,16个黄芪活性成分,50个人参,95个黄芪治疗肺癌的靶基因,构建"药物-成分-靶点-疾病"网络。筛选出38个PPI核心基因。GO功能富集显示人参-黄芪生物学过程和功能集中在核受体功能、转录相关功能、泛素化、细胞凋亡等。KEGG通路富集显示,人参-黄芪治疗肺癌主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt),细胞凋亡、肿瘤坏死因子(TNF)等信号通路。结论:通过构建"药物-成分-靶点-疾病"网络,从多成分、多靶点、多通路阐释人参-黄芪作为对药治疗肺癌的作用机制,为后续深入研究提供一定参考。     

基于网络药理学的吴茱萸治疗失眠的潜在靶点分析

吴茱萸涌泉穴位贴敷能够改善失眠患者的睡眠质量,而小檗碱是其发挥疗效的主要有效化合物.该研究通过中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)筛选出19个活性成分,203个药物靶点,经与GeneCards和在线人类孟德尔遗传(OMIM)综合数据库比对,获得24个疾病与药物的交集基因,利用STRING 11.0软件构建吴茱萸...     

基于网络药理学分析仙茅苷治疗骨质疏松症的潜在靶点

目的:借助网络药理学手段分析仙茅苷治疗骨质疏松症(OP)的潜在靶点及相关作用机制。方法:从基因表达数据库(GEO)下载GSE85871的微阵列数据集,预测仙茅苷的治疗靶点,同时从疾病相关基因公共数据库检索已知OP的致病基因,利用STRING及Cytoscape软件构建了映射关键靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用DAVID进行KEGG通路和GO富集分析以阐明其可能的作用机制。结果:本研究利用R语言筛选出107个仙茅苷潜在治疗靶点,通过疾病相关基因数据库检索出691个OP致病靶点,借助Cytoscape构建PPI网络,筛选出仙茅苷治疗OP的26个关键靶点。KEGG通路和GO富集分析结果显示,仙茅苷治疗OP的关键靶点主要富集的生物学进程为肾脏发育、单核细胞分化和上皮细胞增殖;信号通路主要富集在MAPK信号通路、TGF-β信号通路等。结论:基于网络药理学方法分析,仙茅苷可能通过MAPK信号通路和TGF-β信号通路治疗OP。     

基于网络药理学的枳术汤活性成分-靶点-通路研究

目的运用网络药理学研究枳术汤活性成分-靶点-通路,明确其药理机制。方法利用中药分子机制生物信息学分析平台获取枳术汤活性成分及对应靶点;利用STRING数据库构建PPI网络,依据度值和介数筛选关键靶蛋白;利用BiNGO和MCODE插件对靶基因进行GO生物过程富集和聚类分析;利用DAVID数据库分析靶点的KEGG信号通路。结果获得辛弗林、N-甲基酪胺、白术内酯III等16个主要活性成分及127个靶点,发现了MAPK1、DRD2、ADRB1、CHRM2、HTR、MAOB、DBH等30个关键靶点。聚类分析809个GO生物过程得到内环境、神经递质、中枢神经、心血管系统、炎症、激素、蛋白质代谢、核酸代谢等28个子簇。KEGG信号通路富集主要涉及神经递质、内分泌、信号转导、物质代谢及其他等5大类17条信号通路。结论枳术汤活性成分作用于乙酰胆碱、多巴胺、5-羟色胺、肾上腺素等神经递质的受体及代谢酶,参与神经递质调节、心肌信号转导、内分泌等信号通路和生物过程,主治胃肠动力障碍性疾病,对心血管、神经系统疾病也具有一定药理作用。     

UPLC-Q-TOF-MS/MS法结合网络药理学研究滇重楼抗肺癌活性成分

目的 基于UPLC-Q-TOF-MS/MS法结合网络药理学研究滇重楼抗肺癌活性成分。方法 滇重楼70%甲醇提取物的分析采用ACQUITY UPLCTM HSS T3色谱柱(100 mm×2.1 mm, 1.8μm);流动相0.1%甲酸-乙腈;体积流量0.3 mL/min;电喷雾(ESI)离子源;负离子模式。通过网络药理学预测活性成分作用靶点、疾病相关靶点、成分-疾病-靶点相互关系,筛选调控疾病靶点的关键成分和相关作用靶点,并得到相关的调控通路。结果 滇重楼提取物中共鉴定出26个化合物,包括17个异螺甾烷醇型(9个薯蓣皂苷型、8个偏诺皂苷型)、1个螺甾烷醇型、1个C₂₁甾体化合物、2个黄酮类、1个其他类。活性成分进行靶点预测,与肺癌共性靶点91个。活性成分-靶点网络和肺癌靶点PPI网络分析表明,dioscinin、重楼皂苷Ⅵ、重楼皂苷Ⅴ为滇重楼治疗肺癌的关键成分。重楼治疗肺癌KEGG分析发现,PI3K-Akt、Ras、MAPK等信号通路,为重楼活性成分调控肺癌的主要信号通路。结论 本研究明确了重楼抗肺癌的关键活性成分、相关调控通路,为滇重楼抗肺癌新药的研制提供理论基...     

基于UPLC-ABTS-PDA-Triple TOF/MS的辣木叶中抗氧化活性成分在线筛选

目的 采用在线活性分析方法研究辣木叶中的抗氧化活性成分。方法 针对2,2-联氮-二(3-乙基-苯并噻唑-6-磺酸)二铵盐（ABTS）自由基,采用超高效液相色谱串联四极杆飞行时间质谱和柱后衍生系统的方法,对辣木叶中化学成分及抗氧化活性成分进行检测。结果 从辣木叶水提物中共鉴定出化合物21个,其中有10个经对照品比对,发现主要的ABTS自由基清除活性化合物有6个,包括3个苯丙素类化合物（新绿原酸、绿原酸、隐绿原酸）和3个黄酮类化合物［芦丁、异槲皮苷和槲皮素3-O-(6?-丙二酰葡萄糖苷)］。线下ABTS自由基清除活性验证结果发现,芦丁和异槲皮苷的ABTS自由基清除活性优于阳性对照Trolox。结论 成功鉴定并验证了辣木叶中的抗氧化活性成分,为辣木叶的相关研究提供了物质基础。     

基于网络药理学预测五眼果活性成分、作用靶点及疾病谱

目的 运用网络药理学方法预测五眼果活性成分、作用靶点及可能干预的疾病。方法 通过文献检索五眼果果核的活性成分,利用Chemdraw绘制化学结构,并运用SwissADME筛选有效活性成分,经TCMSP、Swiss Target Prediction预测活性成分的潜在作用靶点,使用STRING平台构建靶点相互作用(PPI)网络,在Metascape数据库对潜在作用靶点进行GO及KEGG通路富集分析,利用DAVID数据库进行疾病分析,然后运用Cytoscape 3.8.0软件构建“成分-靶点”“成分-靶点-疾病”网络,提取核心成分并预测可能干预的疾病。结果 共得到15个有效成分对应167个靶点。以“成分-靶点-疾病”网络及PPI网络分析结果显示,鞣花酸、柚皮素、β-谷甾醇、没食子酸、棕榈油酸、原儿茶酸可能是发挥药效的主要物质基础;相关度较高的靶点为AKT1、TP53、MAPK3、CASP3、SRC等。GO和KEGG富集分析结果表明,其潜在靶点具有抗炎、抗氧化、调节蛋白激酶、脂质代谢过程的作用,并且对癌症、代谢性疾病、肾脏疾病、精神疾病、呼吸系统疾病等影响较大。结论 该研究初步揭示了五眼果果核...     

基于TOF MS-IDA-MS/MS分析穿山甲炮制前后的成分变化

目的:探讨穿山甲炮制增效的机理。方法:采用TOF MS-IDA-MS/MS对穿山甲炮制前后成分变化进行研究,Waters C18色谱柱(2.1mm×150mm,1.7μm);柱温40℃。流动相为0min,乙腈-水(5∶95),30min乙腈-水(95∶5);体积流量0.4 ml/min。质谱定性采用电喷雾离子源(ESI)的飞行时间质谱,负离子模式下采集数据,利用Markerview分析软件对化合物进行筛选,通过精确相对分子质量和二级质谱裂解碎片鉴定监测到的化学成分。结果:经过PCA分析,可以很好地区分穿山甲炮制前后成分的变化,穿山甲经炮制后,新增丝-酪环二肽及苯丙-脯环二肽等四种成分。结论:穿山甲经高温炮制后环二肽等亲水性成分含量显著增加。     

基于网络药理学的藤茶黄酮类成分体内潜在作用靶点及可能干预疾病研究

目的:基于网络药理学探讨藤茶黄酮类成分体内的潜在作用靶点及可能干预的疾病。方法:通过文献检索建立藤茶化学成分数据库,运用吸收、分布、代谢、排泄(ADME)筛选藤茶中黄酮类成分;采用PubChem数据库收集藤茶黄酮类成分的潜在作用靶点;采用Metascape数据库对疾病类型、生物过程、通路进行富集分析;运用Cyoscape 3.6.1软件构建“成分-靶点-疾病”网络,预测藤茶黄酮类成分可能干预的疾病。结果:建立藤茶化学成分数据库,收集到136种化合物,运用ADME最终筛选到8个黄酮类成分,对应430个潜在作用靶点。对藤茶黄酮类成分体内潜在的作用靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果显示,其潜在作用靶点涉及调节蛋白激酶活性、氧化应激、炎症等信号通路等。“成分-靶点”“靶点-疾病”等网络图显示,肿瘤坏死因子(TNF)、前列腺素内环氧化物合成酶2(PTGS2)、白细胞介素-1β(IL-1β)、雌激素受体1(ESR1)、蛋白激酶B1(AKT1)、肿瘤蛋白P53(TP53)为藤茶黄酮类成分发挥作用的主要靶点蛋白。结论:藤茶黄酮类成分协同发挥药理作用,体现出藤茶“多成分-多靶点”的特点,可能对肿瘤、神经精神类疾病、肝损伤、代谢类疾病有干预作用。同时发现藤茶对抑郁症、阿尔茨海默病等神经精神类疾病的作用研究较少,值得深入研究与开发。     

基于UPLC-Triple TOF-MS/MS技术分析何首乌代谢物积累的动态变化

目的分析不同采收时间何首乌Polygonum multiflorum代谢产物积累的动态变化。方法采用超高效液相色谱-串联四极杆飞行时间高分辨质谱(UPLC-Triple TOF-MS/MS)技术对不同采收时间何首乌15批样品进行测定,通过多级串联质谱分析,对其质谱数据进行峰匹配、峰对齐、滤噪处理等进行特征峰提取;采用主成分分析(PCA)和偏最小二乘法-判别分析(PLS-DA)进行数据处理;通过一级质谱精确质荷比和二级质谱碎片信息,结合软件数据库搜索及相关文献进行成分鉴别。结果不同采收时间何首乌样品间的化学组成得到明显区分;初步筛选出不同采收时间何首乌样品间25种差异显著的化学成分并鉴定出24个成分,其中共有9种差异化学成分呈现不同的变化规律。结论为揭示不同采收时间何首乌中代谢物积累动态规律及确定其药材合理采收期提供基础资料。     

基于网络药理学的黄连干预2型糖尿病潜在靶点研究

目的:基于网络药理学方法研究黄连干预2型糖尿病的潜在作用靶点。方法:筛选出黄连中口服生物利用度大于30%和类药性大于0.18的化学成分作为候选药效成分,然后利用PharmMapper发现与药效成分匹配的生物大分子,构建成分-靶点网络。通过GeneGards数据库筛选与2型糖尿病相关的基因,构建疾病靶点PPI网络。合并成分-靶点网络、疾病靶点PPI网络和靶点-通路网络得到疾病-成分-靶点-通路PPI网络。通过网络分析发现黄连降糖作用的关键成分和潜在作用靶点。结果:研究得到11个药效成分和25个关键靶点,GO功能富集分析涉及到生物过程和分子功能两方面,KEGG通路富集分析发现5条相关通路。结论:SORD、HSD11B1、F2、MMP3、PTPN1、GSK3B、NR1H2、MAPK14等靶点可能是黄连干预2型糖尿病的潜在作用靶点。     

基于网络药理学分析疏肝健脾解毒方抗乳腺癌潜在靶点和作用机制

目的:通过网络药理学预测疏肝健脾解毒方治疗乳腺癌的作用靶点及信号通路,利用分子对接验证靶点和有效物质间相互作用,探讨该组方潜在的作用机制.方法:挖掘基因表达数据库(GEO)中的基因表达谱(GSE83591)数据获取乳腺癌差异表达基因;通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选疏肝健脾解毒方中郁金、柴胡、茯苓、白术、白花蛇舌草、半枝莲、蒲公英的活性成分,筛选条件为:口服生物利用度(OB)≥30％,类药性(DL)≥0.18.基于TCMSP数据库获取疏肝健脾解毒方的活性成分及其对应靶点,再将药物与疾病靶点进行取交集且可视化构图.利用Cytoscape进行药物-疾病靶点基因所编码蛋白质相互作用(PPI)网络的构建,并对其进行网络拓扑分析.利用R语言对药物-疾病靶点基因进行GO和KEGG Pathway富集分析.以180≤NW≤500,OB≥30％,DL≥0.18为筛选条件,筛选疏肝健脾解毒方中的791种成分,并与有靶点蛋白的活性成分进行交叉对比,筛选出重合物质进行分子对接.结果:筛选出活性成分82个,获得对应靶点239个,构建药物-疾病靶点网络图,PPI网络通过拓扑分析共筛选出21个关键基因.疏肝健脾解毒方抗乳腺癌与β2肾上腺素能受体、原癌基因c-Fos、肝细胞生长因子受体等有关,疏肝健脾解毒方抗乳腺癌的生物过程与对活性氧的反应、氧化应激反应有关,疏肝健脾解毒方主要通过调节放松信号通路、IL-17信号通路、乙型肝炎信号通路、糖尿病并发症中的年龄-年龄信号通路、类风湿性关节炎信号通路、安非他明成瘾信号通路等发挥抗乳腺癌的作用.beta-sitosterol(β-谷甾醇),Stigmasterol(豆甾醇),Cubebin(荜澄茄素),3β-acetoxyatractylone(3β-乙酰氧基苍术碱)可能作用于ADRB2基因;beta-sitosterol(β-谷甾醇)可能作用于JUN基因;luteolin(木犀草素),quercetin(槲皮素)可能作用于MMP9基因;beta-sitosterol(β-谷甾醇)可能作用于PRKCA基因;quercetin(槲皮素),kaempferol(山奈酚)可能作用于STAT1基因;quercetin(槲皮素)可能作用于BIRC5基因.结论:本研究采用网络药理学,分子对接技术分析了疏肝健脾解毒方抗乳腺癌的潜在作用机制,为进一步治疗乳腺癌的作用靶点及药效基础物质提供了有效的参考.     

基于UPLC-Q-Exactive Orbitrap-MS技术与网络药理学研究赶黄草保肝潜在药效物质基础和作用机制

目的 采用超高效液相-四级杆-静电场轨道阱高分辨质谱（UPLC-Q-Exactive Orbitrap-MS）鉴定赶黄草全草及其茎、叶主要成分,结合网络药理学和分子对接探究赶黄草保肝作用机制。方法 利用质谱采集数据结合对照品、相关文献、数据库检索,鉴定和表征赶黄草及其茎、叶化学成分;运用TCMSP数据库结合文献报道筛选活性成分,通过TCMSP、SwissTargetPrediction数据库查找活性成分靶点;通过基因数据库筛选疾病靶点。药物靶点与疾病靶点取交,输入String11.5数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建PPI网络筛选出核心靶点。利用DAVID 6.8进行富集分析,Cytoscape 3.7.2软件构建“活性成分-靶基因-通路”网络,利用AutoDockTools 1.5.6软件对活性成分与作用靶点进行分子对接验证。结果 在赶黄草及其茎、叶提取物中共鉴定出64种化学成分;筛选活性成分28个,成分靶点与疾病靶点交集126个,关键活性成分15个,核心靶点24个;基因本体（gene ontology,GO）功能富集163个条目,京都基因与基因组百科全书（Kyoto e...