一株HIV-1 01_AE/07_BC独特重组病毒近全长基因组分析

目的对在深圳发现的一例gag和env基因片段亚型不一致的HIV感染者样本进行近全长基因组扩增和序列分析,以了解其重组特征并分析可能的来源。方法利用近末端稀释法分两段扩增病毒近全长基因组并测定序列,使用Sim Plot 3.5软件分析全长基因组序列中的重组断点,并采用分片段构建进化树的方法确认重组断点。对长度超过300 bp的片段与相应亚型的全部近全长基因组序列构建进化树,分析亲本毒株可能的来源。结果经扩增测序获得1条长度为8 975 bp的HIV-1近全长基因组序列。断点分析结果表明该序列由CRF01_AE和CRF07_BC重组而成,重组断点相应于HXB2的位置分别为1 185、1 817、8 782、9 043和9 216,其中片段Ⅰ、Ⅲ、Ⅴ来源于CRF01_AE毒株,片段Ⅱ、Ⅳ、Ⅵ来源于CRF07_BC毒株。亲本毒株来源分析表明,与片段Ⅱ成簇的CRF07_BC序列主要来自北方男男同性传播人群,Bootstrap值为74%,片段Ⅲ与CRF01_AE的簇5病毒成簇,其中多数序列来自北方男男同性传播人群,Bootstrap值为100%。结论本文获得了一株CRF01_AE和CRF07_BC重组形成的独特型重组病毒,其亲本病毒与我国北方男男同性恋人群流行的毒株同源,有可能来源于深圳本地性传播人群中流行的病毒。     

江苏省2006年新发现感染者的HIV-1分子流行病学研究

目的:了解人类免疫缺陷病毒在江苏省的亚型分布特点,初步探讨传播途径与病毒亚型间的关系.方法:收集2006年新发现HIV-1者的流行病学资料;用EDTA-K3抗凝的全血,提取病毒RNA,用逆转录巢式PCR扩增env基因的C2-V3区和gag基因.先用ClustalX对所得序列和参考株序列进行比对,然后用MEGA3.1构建进化树和亚型分析.结果:江苏省共发现CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、B、C、CRF02_AG、A1 7种亚型,其中主要流行的亚型是CRF01_AE,占31.6%(24/76);其次为CRF07_BC,占25%(19/76);B亚型占19.7%(15/76).在异性性传播途径中,共发现CRF07_BC、B、CRF01_AE、C、CRF08_BC5种亚型,其中CRF07_BC、B、CRF01_AE分别占32.6%、23.3%、20.9%.在同性性传播途径中,共存在CRF01_AE、CRF07_BC、B、CRF08_BC 4种亚型,主要流行株均为CRF01_AE,占63.6%.在静脉吸毒者中,共发现CRF07_BC、B、CRF01_AE、A1、CRF02_AG 5种亚型,CRF01_AE是该类人群的主要流行株,占58.4%.结论:流行于江苏省的HIV-1亚型种类较多;除CRF02_AG和A1亚型外,其余5种亚型均存在于性传播途径中;经性传播途径感染HIV-1可能是我省HIV-1亚型日趋复杂化的主要原因.     

北京市2018—2019年献血筛查发现的HIV-1毒株分子特征研究

目的 分析北京市献血者中筛查出的人类免疫缺陷病毒1型（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）感染者流行毒株及分子传播特征,为献血人群的艾滋病防治工作提供数据。方法 对2018—2019年献血筛查HIV-1阳性而报废的血液样本118份,针对病毒pol区部分片段进行基因扩增和测序,运用系统进化分析技术构建贝叶斯（Bayesian inference, BI）和最大似然（Maximum Likelihood, ML）系统进化树,确定HIV毒株亚型,并与从NCBI数据库下载来自中国各省份的23 823条HIV-1序列应用HyPhy2.2.4与Cytoscape3.7.2软件构建分子传播网络。结果 从收集HIV-1阳性报废血液样本成功获得pol区基因序列118条,系统进化分析显示,主要亚型为CRF01_AE 54份（占45.8%）和CRF07_BC 48份（占40.7%）。CRF01_AE中的Cluster 4和Cluster 5簇和CRF07_BC的MSM簇,所占比例分别为25.4%（30/118）、20.3%（24/118）和34.7%（41/118）。在0.5%基因距离阈值下,共有14条序列与数据库中序列发生关联;进入分子网络中HIV-1毒株亚型包括CRF01_AE（6例）、CRF07_BC（6例）、B（1例）和CRF67_01B（1例）。献血人群中的HIV感染者在分子网络中与12个省的HIV感染人群病毒序列相关联,重点关联的依次为来源于北京、上海、深圳三个大城市MSM人群的感染毒株。结论 北京市献血者筛查出的主要HIV-1流行毒株为CRF01_AE和CRF07_BC,在MSM人群占据优势的CRF01_AE Cluster 4、CRF01_AE Cluster 5和CRF07_BC MSM簇,在献血筛查HIV-1阳性人群中同样属于主要流行簇。分子网络分析未发现该人群中大规模的聚集性传播,进入分子网络的毒株主要与北京、上海、深圳三个大城市来源于MSM人群感染毒株相关联。提示强化献血人群健康教育,有效阻断有高危行为的MSM人群参与献血。     

深圳市528例HIV-1感染者的分子流行病学特征

目的 研究深圳市HIV-1病毒亚型、传播途径的分布特征,为艾滋病的整体防控工作提供帮助.方法 采集528例HIV-1病毒感染阳性病例的流行病学信息及标本,运用逆转录巢式聚合酶链反应方法对病毒基因进行扩增、测序,确定基因亚型,并进行统计分析.结果 528例HIV-1感染者中86.6％为性传播途径感染.528份样本中共发现CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、CRF02_ AG等4种毒株及B、B’、C、A1等4种亚型,其中以CRF01_AE、CRF07_BC、B为主要流行毒株或亚型,其构成情况为54.5％(288/528)、25.0％(132/528)、9.3％(49/528).CRF01_AE在男男同性恋感染者、异性性途径感染者、吸毒感染者的构成比分别为51.2％、59.3％、66.0％.结论 深圳市HIV-1感染者以性传播途径为主.病毒型别呈现多样性特征,性传播、吸毒感染人群中以CRF01_AE为主要流行毒株,血液途径感染人群以B亚型为主要流行毒株.     

深圳市HIV-1毒株的流行状况

目的了解深圳地区人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)毒株亚型及流行情况,分析其传染来源和传播规律。方法应用巢式聚合酶链反应技术,对122例在深圳市发现的HIV-1感染者外周血单个核细胞中的env基因和gag基因进行扩增,并对各基因区核苷酸序列进行测定和分析。结果122份样本中共存在CRF01_AE、CRF08_BC、CRF07_BC3种重组毒株以及B'、B、C3种亚型,其在所有分析样本中的比例分别为45.1%(55/122)、31.1%(38/122)、6.6%(8/122)、14.8%(18/122)、1.6%(2/122)和0.8%(1/122)。CRF01_AE、CRF08_BC、CRF07_BC、B和B'亚型间的组内离散率分别为(4.455±1.478)%、(2.997±1.345)%、(4.380±2.024)%、(5.186±2.487)%和(4.869±2.638)%,与部分国内和国际参考株01AE.TH.90.CM240、97CNGX-9F、CN.97.C54A、B.US.83.JRFL、RL42核苷酸序列间的离散率分别为(5.228±0.823)%、(3.634±1.073)%、(4.233±1.119)%、(4.950±2.564)%、(5.795±2.198)%。CRF07_BC和CRF08_BC亚型以吸毒人群为主,CRF01_AE重组亚型以性途径和吸毒人群为主,B和B'亚型主要分布在静脉吸毒、性传播和献/输血人群。结论深圳地区有3种亚型和3种重组亚型HIV-1毒株流行,CRF01_AE、CRF08_BC重组亚型和B'亚型为主要流行毒株,CRF01_AE是性传播人群中的主要流行毒株,CRF08_BC和CRF01_AE是静脉吸毒人群中的主要流行毒株。     

深圳市2010年HIV-1分子流行病学调查

目的了解2010年艾滋病病毒-1型（HIV-1）毒株亚型在深圳市的流行情况,为预防和控制HIV在本市的流行提供有价值的资料。方法收集2010年深圳市HIV-1确认为阳性的样本150例,应用巢式聚合酶链反应（nested-PCR）技术,对该样本膜蛋白基因（env基因）和核心蛋白（gag基因）进行扩增,并对各基因区核苷酸序列进行测定和分析。结果共有128份样本获得分型结果,其中CRF01_AE重组株占63.3%（81/128）,B’亚型占14.1%（18/128）,CRF07_BC重组株占13.3%（17/128）,CRF08_BC重组株占7.0%（9/128）,C亚型占0.8%（1/128）,A1亚型占1.6%（2/128）;CRF01_AE重组株以吸毒传播、异性性传播和同性性传播为主,分别占其感染人群的23.5%、45.7%和30.9%,CRF07_BC、CRF08_BC重组株以异性性传播和同性性传播为主,分别占各感染人群的41.2%、58.8%和66.7%、33.3%%,B’亚型主要分布在性传播、献/输血和母婴传播人群。本文首次在吸毒人群中发现A1亚型。结论 2010年深圳市的HIV-1是以CRF01_AE重组株、B’亚型、CRF07_BC和CRF08_BC重组株为主要流行毒株,也存在A1和C亚型;CRF01_AE重组株是各传播途径人群中的主要流行株,并且CRF01_AE重组株在各人群中所占的比例高于国内其他地区。     

Gene analysis of HIV-1 gag gene in blood donors in Guangzhou.

目的 了解广州地区献血人群中人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)亚型的流行规律及其与国际参考株的同源性.方法 从32例经疾控中心用蛋白印迹法确认为HIV-1阳性的无偿献血者的血浆中提取核酸,用RT-PCR进行gag基因扩增,并对扩增产物进行测序和序列分析.结果 32例标本中有3种HIV-1亚型:14例(43.8%)为CRF01_AE重组亚型,其中12例与国际标准株01_AE.CN.2005.05GX156最接近,平均基因距离为0.043 54;2例与国际标准株01_AE.VN.1998.98VNBG6最接近,平均基因距离为0.056 00;13例(40.6%)为CRF07_BC重组亚型,与国际标准株07_BC.CN.2007.07CNBJ550最接近,平均基因距离为0.026 69;5例(15.6%)为01B型,与国际标准株01B.CN.2008.08CYM003最接近,平均基因距离为0.060 42.结论 广州地区献血人群中HIV-1亚型以CRF01_AE和CRF07_BC为主.     

无偿献血人群中HIV-1感染者env基因序列特征研究

目的 分析我国无偿献血人群艾滋病病毒I型（HIV-1）感染者病毒亚型及env基因C2-V4区序列特征。方法 针对我国13个省市献血人群筛选的115例HIV-1阳性标本,扩增HIV-1的env基因C2-V4区片段并测序;构建最大似然树（Maximum Likelihood）分析不同亚型env基因序列的进化关系;分析该基因区序列变异以及2G12、PGT135、PGT128中和表位特征。结果 从115例HIV阳性标本中成功扩增C2-V4区76份,经测序分析发现HIV-1基因亚型7种,其中,亚型CRF01_AE和CRF07_BC所占比例最高,分别占46.0%（35/76）和39.5%（30/76）,其他亚型CRF08_BC、B、CRF65_CPX、CRF59_01B、CRF61_BC所占比例分别为5.3%（4/76）、5.3%（4/76）、1.3% （1/76）、1.3% （1/76）、1.3% （1/76）。V3环顶端四肽存在GPGQ、GPGR、GPGK、GQGR四种类型,辅助受体以CCR5（90.8%）为主。97.1%的CRF01_AE毒株分别缺失2G12和PGT135抗体识别的相关糖基化位点,而CRF07_BC毒株100%缺失2G12抗体识别相关的糖基化位点,80%毒株未缺失PGT135抗体识别相关的糖基化位点。结论 我国献血人群HIV-1感染者以CRF01_AE和CRF07_BC为主要流行毒株;各毒株亚型V3顶端四肽以GPGQ变异型为主,且主要使用CCR5为辅助受体;2G12、PGT135及PGT128中和抗体表位呈现不同程度的变异。该研究为进一步开展针对献血人群的艾滋病预防与控制提供了参考数据。     

辽宁省99例人类免疫缺陷病毒1感染者gag-pol区基因序列分析

目的 研究辽宁省人类免疫缺陷病毒／艾滋病（HIV／AIDS）患者gag-pol区的基因序列特征。方法采集辽宁省99例HIV-1感染者外周静脉血,提取前病毒DNA,经巢式PCR方法扩增gag—pol区2．6kb片段,与HIVS序列数据库中亚型参考序列共同构建系统进化树以区分亚型,并计算gag—pol区不同编码区域的基因离散率和Ks／Ka比值。结果 在辽宁省99例HIV-1感染者中发现A、B’、B、C、G5种亚型,循环重组型CRF01_AE、CRF03_AB、CRF06_cpx、CRF07_BC、CRF08_BC5种循环重组型和循环重组型间的重组ICR07／08。以B’亚型最多见,其次为CRF01_AE。在gag—pol区内,p17区、p2-p6区基因离散率高于p24区、蛋白酶及逆转录酶编码区。但B亚型p24区基因离散率处于较高水平。CRF07_BC和CRF08_BC在gag-pol各区基因离散率及同义替换、错义替换普遍处于较低水平。各亚型毒株的p2-p6区的Ks／Ka值最低,其均值〈1,而CRF01_AE毒株RT区的Ks／Ka值高达10．45。结论 辽宁省流行的HIV-1 gag—pol区亚型十分复杂。p24、蛋白酶及逆转录酶编码区是更为保守的区域。B亚型毒株的p24区承受较大的正向选择压力,CRF01_AE毒株RT区承受了较大的负向选择压力。CRF07_BC和CRF08_BC传入辽宁省的时间较短,奠基者效应明显。     

广东省HIV/HCV共感染者及单纯HIV感染者HIV-1基因亚型分析

目的了解广东地区HIV/HCV共感染患者和单纯HIV感染患者的感染途径及HIV-1病毒基因亚型分布特征,为艾滋病的治疗与预防提供实验室数据。方法采用巢式RT-PCR对广东地区51例HIV/HCV共感染患者和48例单纯HIV感染患者HIV-1 ENV基因c2v3区域及GAG基因p17区域进行扩增,PCR产物测序后所获得序列进行HIV-1病毒基因亚型分析。结果 HIV/HCV共感染患者主要感染途径为静脉注射毒品,约占82%,其HIV-1有4种基因亚型,不同亚型以及比例分别为CRF01_AE(54.9%)、CRF07_BC(33.3%)、CRF08_BC(4%)和B’型(7.8%),CRF01_AE亚型为经静脉注射毒品感染的HIV/HCV共感染患者的主要HIV-1基因亚型,约占54.7%;单纯HIV感染患者主要感染途径为性,约占77%,其HIV-1有5种基因亚型,不同亚型及比例分别为CRF01_AE(77.1%)、CRF07_BC(10.4%)、CRF08_BC(6.2%)、B’型(4.2%)和B型(2.1%),CRF01_AE亚型为经性途径感染的单纯HIV感染患者的主要HIV-1基因亚型,约占78.4%。结论广东省HIV/HCV共感染患者和单纯HIV感染患者中流行的HIV-1病毒基因亚型呈现多样性,尽管HIV/HCV共感染患者的主要感染途径与单纯HIV感染患者的不同,但HIV-1病毒主要基因亚型相同。     

柳州市60株HIV毒株pol区亚型分布和原发性耐药情况

目的了解柳州市HIV亚型分布和原发性耐药情况。方法招募未经抗病毒治疗的柳州HIV感染者66名,采集外周静脉血,从血浆中提取HIV RNA,扩增pol基因并测序,将序列进行系统进化树分析和耐药性分析。结果获得60株序列,47株为CRF01_AE,占78.3%,12株为CRF07_BC,占20.0%,1株不能判断亚型。9株发生耐药性相关突变,其中2株可产生耐药性,原发性耐药的发生率为3.3%。结论当前柳州主要的HIV流行亚型是CRF01_AE和CRF07_BC,HIV原发性耐药的发生率处于国内一般水平。     

南宁市静脉注射吸毒人群HIV-1基因亚型及耐药性分析

目的 了解南宁市静脉注射吸毒人群（IDUs）中HIV-1流行基因亚型及其耐药性,为辖区艾滋病防治策略制定提供科学依据。方法 收集2017年南宁市静脉注射吸毒人员HIV感染者血浆样本总共68份,提取病毒核糖核酸(RNA),通过巢式PCR对HIV pol基因片段进行扩增测序,构建系统进化树进行基因分型,并将序列提交至美国斯坦福大学HIV耐药数据库分析,利用pol基因测序结果分析HIV-1亚型和耐药性情况。结果 68份血浆样本中巢式PCR成功扩增基因片段62份,系统进化分析显示检出3种HIV-1重组基因亚型, CRF_01-AE亚型占72.6% (45/62)、CRF_07-BC亚型占12.9% (8/62)、CRF_08-BC亚型占14.5% (9/62) ,CRF01_AE 型为主要流行亚型。χ²检验分析显示在性别、年龄、民族、婚姻4个人口学特征中62份样本HIV-1亚型组成差异无统计学意义（P>0.05）。62份样本中3例CRF_08-BC亚型发现T69S耐药突变,1例CRF_01-AE亚型发现L210W突变,1例CRF_07-BC亚型发现A71V突变。结论 南宁市IDUs人群HIV-1感染者中至少存在3种HIV-1基因亚型流行,CRF_01-AE重组型为优势流行株,研究中出现的耐药突变位点为低度耐药突变位点,应密切监视其流行趋势。     

适用于中国HIV-1分型的gag基因引物及其应用

目的 对中国流行的主要HIV-1毒株进行遗传特征分析,确定适用于中国HIV分子流行病学调查的gag基因扩增引物.方法 从HIV序列数据库下载CRF07_BC、CRF08_BC、C亚型及M组参考毒株的gag全长序列,经序列比对后设计gag基因扩增引物;获得的基因片段采用邻接法构建系统进化树,评价不同片段用于分析和确定HIV-1亚型的可靠性,并检测部分样本以评定效果.结果 目前我国常用的gag基因306/c-gag引物扩增片段(HXB2 836～1507)构建的系统进化树中,CRF07_BC、C亚型进化簇的Bootstrap值分别为70%和59%,其可靠性较低,难以形成较为稳定的进化簇用于病毒亚型判断.而利用设计的gag基因GUX/GDX引物扩增片段(HXB2 781～1861)构建的系统进化树中,CRF07_Bc、CRF08_BC和C亚型序列能够独立成簇,其Bootstrap值分别为99%、99%和77%,具有较高的可靠性.在实际应用中,新设计的引物具有较高的扩增阳性率和测序成功率,获得序列形成B、C亚型和CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC等5个大的进化簇,其Bootstrap值均超过80%.即使仅用下游引物GDX测序获得的较短片段亦能获得较为可靠的系统进化树.结论 GUX/GDX引物扩增获得的gag基因片段可以构建较为可靠的系统进化树,用于区分和判断我国流行的主要HIV-1毒株亚型,尤其是BC重组毒株和C亚型毒株.该方法在我国HIV分子流行病学调查和研究中有广泛的应用价值.     

HIV-1B’亚型及CRF07_BC重组毒株感染者中和反应特征分析

目的探讨我国主要流行的HIV～1B’和CRF07-BC重组毒株感染者中和反应特征。方法采用基于Env假病毒的以表达CD4及CCR5／CXCR4的TZM-bl细胞系为靶细胞的中和抗体测定方法,测定40例感染时间在3年左右的HIV—CRF07-BC重组毒株感染者及31例感染时间在10年以上的HIV-1B’亚型毒株感染者血浆对11株包括B（4株）、CRF07BC（3株）、CRF01-AE（3株）及中和敏感毒株（1株）Env假病毒的中和反应,并分析感染者血浆的中和宽度和中和强度。结果B’亚型毒株感染者在中和宽度及亚型交叉中和强度方面均高于感染时间相对较短的CRF07BC重组毒株感染者,B’亚型感染者对CRF01-AE亚型病毒的中和活性显著高于CRF07-BC重组型感染者：而CRF07-BC重组型感染者对同亚型病毒的中和强度则显著高于B’亚型感染者。结论HIV-1感染者中和抗体宽度以及对异源病毒的中和活性与感染时间正相关,适度的病毒抗原刺激有助于广谱中和活性的产生。     

新疆维吾尔族HIV-1感染者gag基因序列分型研究

目的 通过扩增新疆地区HIV-1感染者gag基因片段,确定HIV-1感染者流行株的基因亚型.方法 抽提88例新疆乌鲁木齐市和伊宁市HIV-1感染者的血浆标本的RNA,用巢式PCR扩增gag基因片段,将所得到的序列与国际标准株进行比较,确定被检标本的亚型.结果 在88例HIV感染者的血浆标本中,共成功扩增57例gag基因片段,扩增率为64.8％.经BLAST初步判断和构建进化树并与国际标准株比对确认,57例感染者感染的HIV毒株序列中,有56个为CRF07_BC亚型,1例为C亚型.57例毒株之间的平均基因距离为0.043±0.003,与3例CRF07_BC亚型国际参考株之间的平均基因距离在0.034±0.004～0.039±0.005之间.结论 新疆地区HIV-1感染者以CRF07_BC亚型为主要流行株.57例序列相互之间以及与3株不同来源的国际参考毒株之间表现出高度的同源性.