景天属药用植物DNA条形码研究

目的:评价DNA条形码候选序列对景天属药用植物及其混伪品的鉴别能力,探索景天属药用植物鉴定的新方法.方法:使用ITS2、rbcL、marK和psbA-trnH序列的通用引物对景天属药用植物进行PCR扩增和测序,通过比较各序列的扩增效率、种内和种间变异的显著性,以及Barcoding gap,采取BLAST 1和Nearest Distance方法评价不同序列的鉴定能力.结果:ITS2序列在采集的景天属几种药用植物中扩增成功率为100%,其种内种问变异差异、Barcoding Gap较psbA-trnH、rbcL序列具有更明显的优势,而且纳入网上48个样品33个种的数据后鉴定成功率仍达到100%.结论:ITS2序列能够准确鉴定景天属药用植物,并将其与常见混伪品区别开,ITS2可推荐为景天属首选的DNA条形码序列.     

景天属药用植物DNA条形码研究

目的：评价DNA条形码候选序列对景天属药用植物及其混伪品的鉴别能力,探索景天属药用植物鉴定的新方法。方法：使用ITS2、rbcL、matK和psbA-trnH序列的通用引物对景天属药用植物进行PCR扩增和测序,通过比较各序列的扩增效率、种内和种间变异的显著性,以及Barcoding gap,采取BLAST 1和Nearest Distance 方法评价不同序列的鉴定能力。结果: ITS2序列在采集的景天属几种药用植物中扩增成功率为100%,其种内种间变异差异、Barcoding Gap较psbA-trnH、rbcL序列具有更明显的优势,而且纳入网上48个样品33个种的数据后鉴定成功率仍达到100%。结论：ITS2序列能够准确鉴定景天属药用植物,并将其与常见混伪品区别开,ITS2可推荐为景天属首选的DNA条形码序列。     

长白山地区药用植物龙胆DNA条形码鉴定

目的：基于内转录间隔区2（internal transcribed spacer 2,ITS2）碱基序列,运用DNA条形码鉴定技术对长白山地区药用植物龙胆进行鉴别研究,为龙胆药材的基原植物鉴定和药材的真伪鉴别提供参考。方法：采用十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）提取法提取龙胆叶片及药材的DNA,对其中特定ITS2碱基序列进行聚合酶链式反应（PCR）扩增,检测后测序,并从GenBank下载同属植物序列,运用SeqMan软件对碱基序列拼接后,采用MEGA 7.0软件对数据进行分析处理及对比,计算Kimura 2-parameter （K2P）遗传距离,建立邻接（NJ）法,进行对比分析。结果：根据NJ聚类树可知,不同种龙胆属植物笔龙胆、三花龙胆、高山龙胆、坚龙胆都自为一支,区分明显,龙胆和条叶龙胆聚在一支未能区分开,同时结合变异位点及K2P遗传距离发现,条叶龙胆和龙胆应用ITS2碱基序列区分时种间差异十分小。吉林省长白山10个不同地区的龙胆种内几乎无差异,经Blast比对确定碱基序列的确为所需要鉴定的品种。结论：运用ITS2碱基序列的DNA分子条形码鉴别方法对龙胆植物及药材进行鉴别有效可行且成功率较高,可以用于龙胆属种间及种内鉴别。     

豆蔻属药用植物DNA条形码鉴定研究

目的:针对鉴定十分困难的豆蔻属药用植物筛选适合其鉴定的DNA条形码序列,探索豆蔻属药用植物鉴定新方法.方法:对该属植物36个物种,46个样本的8个候选条形码序列(psbAtrnH,matK,rbcL,psbK-psbI,rpoB,atpB-rbcL,ITS,ITS2)进行PCR扩增、测序和序列分析,我们采用了4种方法对于数据进行分析,应用Mega4.1计算不同序列的种间和种内遗传距离(K-2P);用Wilcoxon秩和检验比较不同序列的变异性;用Taxon DNA软件评估"Barcoding Gap";用Blast、Distance方法检验物种鉴定的可靠性.结果:ITS2和ITS序列变异显著,物种水平鉴定成功率达100%,其它6个候选序列(psbA-trnH,matK,rbcL,psbK-psbI,rpoB,atpB-rbcL)不能有效鉴定豆蔻属物种.结论:本文推荐将ITS2和ITS作为豆蔻属药用植物潜在的DNA条形码序列,并依此建立该属药用植物的DNA条形码鉴定方法.     

豆蔻属药用植物DNA条形码鉴定研究

目的：针对鉴定十分困难的豆蔻属药用植物筛选适合其鉴定的DNA条形码序列,探索豆蔻属药用植物鉴定新方法。方法：对该属植物36个物种,46个样本的8个候选条形码序列（psbA- trnH, matK, rbcL, psbK-psbI, rpoB, atpB-rbcL, ITS, ITS2）进行PCR扩增、测序和序列分析,我们采用了4种方法对于数据进行分析,应用Mega4.1计算不同序列的种间和种内遗传距离（K-2P）;用Wilcoxon秩和检验比较不同序列的变异性;用Taxon DNA软件评估“Barcoding Gap”;用Blast、Distance方法检验物种鉴定的可靠性。结果：ITS2和ITS序列变异显著,物种水平鉴定成功率达100％,其它6个候选序列（psbA-trnH, matK, rbcL, psbK-psbI, rpoB, atpB-rbcL）不能有效鉴定豆蔻属物种。结论：本文推荐将ITS2和ITS作为豆蔻属药用植物潜在的DNA条形码序列,并依此建立该属药用植物的DNA条形码鉴定方法。     

木瓜属药用植物DNA条形码鉴定研究

目的对木瓜属药用植物进行ITS2、psb A-trn H序列分析,为其分子鉴定提供依据。方法对5种木瓜属药用植物的19个样本ITS2序列进行PCR扩增和测序,用MEGA6.0计算其种间、种内的Kimura 2-parameter(K2P)距离,及各序列变异位点并构建系统发育树,并预测ITS2二级结构。结果 ITS2序列间存在明显差异,psb A-trn H序列间也存在稳定差异;构建的系统发育树显示木瓜属的不同基原样本各聚为一支,能很好将5种植物区分,显示出单系性;比较木瓜属5种植物的ITS2二级结构存在明显差异。结论 ITS和psb A-trn H序列可以有效准确鉴别5种木瓜属植物。     

千斤拔属药用植物DNA条形码鉴定研究

目的筛选一种可准确、高效鉴别千斤拔属Flemingia Roxb.ex Ait.et Ait.f.药用植物的DNA条形码序列。方法对4种14份千斤拔属药用植物的ITS2、rbc L、psb A-trn H序列进行扩增和测序,同时查找NCBI数据库中千斤拔属植物的相应序列,共计7种20份,比较不同序列的扩增效率及测序成功率,并对其进行种内、种间变异分析,barcoding gap检验及NJ聚类图分析,以评估不同序列对千斤拔属植物的物种鉴别能力。结果测序成功率方面,ITS2与rbc L序列对所分析样品的测序成功率为100%,psb A-trn H的测序成功率为85.71%;3条序列中,只有ITS2在barcoding gap检验中具有显著gap;从NJ聚类图来看,ITS2可明显区分千斤拔属植物的不同物种(除F.philippinensis与F.stricta外)。结论 ITS2序列能准确鉴别千斤拔属药用植物,可作为千斤拔药材基原植物鉴定的条形码序列。     

基于DNA条形码技术鉴别5种列当属药用植物

目的:建立一种快速、准确、标准化的5种列当属药用植物的DNA条形码鉴别方法。方法:采集5种列当属药用植物,所有样品进行总DNA提取,PCR扩增,并对扩增产物进行测序得到相应的序列,测序结果使用CONTIG、Bio Edit、MEGA6.0软件进行分析,构建系统发育树。结果:测得5种列当属植物的ITS、rbc L、trnL-F和mat K全长序列共200条,4种序列长度范围在364~1240 bp,其中ITS、trnL-F和mat K可将其鉴别出来。结论:rbc L序列无法有效鉴别5种列当属药用植物,trnL-F与ITS序列能够成功鉴别,可作为列当属植物的分子鉴别方法。     

药用植物DNA条形码研究进展

近10年来,DNA条形码(DNA barcoding)技术飞速发展,已经成为国际上生物学研究的热点之一。该技术在鉴别动物物种上已经得到了广泛的认同和应用,但是在药用植物领域存在极大的挑战,至今还没能得出一个通用的候选序列。候选序列主要有单序列如matK、rbcL等,复合序列如rbcL+trnH-psbA等。现综述DNA条形码在药用植物鉴定中的应用研究,并对常用单序列和复合序列的鉴定应用展开了讨论;同时针对近期提出的以叶绿体全基因组作为"超级条形码"的可行性进行了分析讨论和展望,以期为中药药用植物的快速准确鉴定提供新的研究思路。     

黄精属药用植物DNA条形码鉴定研究

目的：评价DNA条形码候选序列对黄精属药用植物的鉴定能力。方法：对44份黄精属样品应用通用引物扩增其叶绿体rbcL、matK、psbA-trnH及核ITS2和ITS序列,分析其种内种间变异和barcoding gap,应用BLAST和Nearest Distance方法计算物种鉴定效率。结果：ITS2和ITS序列通用引物扩增效率低,叶绿体matK序列获得率最低,rbcL最高,三条序列种内与种间变异均较小,无明显的barcoding gap。基于BLAST和Nearest Distance方法计算,三条叶绿体序列对黄精属药用植物的鉴定效率均较低。结论：DNA条形码候选序列psbA-trnH、matK及rbcL不适用于黄精属药用植物的鉴定,叶绿体全序列或通过叶绿体全序列筛选合适的DNA片段可能是该属药用植物分子鉴定的方向。     

青龙胆属药用植物研究进展

防己科(Menispermaceae)青龙胆属(hnospora)共有植物30余种，分布于亚洲和非洲的热带地区及澳大利亚，多为落叶性攀援灌木。该属植物在印度、泰国等东南亚国家被广泛药用．其中心叶青龙胆Tinospora codifolia药用历史悠久，影响最大，是印度阿育吠陀医学中最重要的药物之一．其提取物具有多方面药理作用．     

青龙胆属药用植物研究进展

防己科(Menispermaceae)青龙胆属(Tinospora)共有植物30余种,分布于亚洲和非洲的热带地区及澳大利亚,多为落叶性攀援灌木.该属植物在印度、泰国等东南亚国家被广泛药用,其中心叶青龙胆Tinospora codifolia药用历史悠久,影响最大,是印度阿育吠陀医学中最重要的药物之一,其提取物具有多方面药理作用,被广泛用于治疗疟疾、皮肤病、痛风等疾病[1].我国有青龙胆属植物11种,中药大词典中收载了4种,分别作金果榄(金果榄T.capillipes和青牛胆T.sagittata的块根)、伸筋藤(中华青龙胆T.sinensis的藤茎)和千里寻根(皱波青龙胆T.crispa的藤茎)药用[2,3].     

基于多基因组片段构建枸杞属药用植物DNA条形码

目的采用核基因组核糖体DNA ITS区、叶绿体基因组9个DNA片段和线粒体基因组2个DNA片段构建国产枸杞属药用植物DNA条形码。方法采集枸杞属黑果枸杞Lycium ruthenicum、黄果枸杞L.barbarum var.auranticarpum、宁夏枸杞L.barbarum、枸杞L.chinense和新疆枸杞L.dasystemum 5个分类群标本及实验样品,测定各样品的核糖体ITS区,叶绿体mat K、rbc L、rpo C1、trn L(UAA)intron、psb A-trn H、atp B-rbc L、trn S(GCU)-trn G(UCC)、rpl20-rps12、trn L(UAA)-trn F(GAA)和线粒体nad1第2内含子、nad5第4内含子序列;以全萼秦艽Gentiana lhassica为外类群,进行系统学分析。结果共获得108条序列,ITS区变异位点最为丰富;筛选出6个叶绿体DNA片段;2个线粒体DNA片段可作为该属3个物种的条形码推荐序列;构建各物种多基因组多片段组合DNA条形码。结论 ITS区及筛选的6个叶绿体DNA片段均具有物种鉴别意义;2个线粒体DNA片段具有一定鉴别意义;为枸杞类物种鉴定及遗传背景分析提供基础资料。     

陕西龙胆属药用植物资源调查研究

目的研究陕西龙胆属药用植物资源,为该属植物的资源保护、品质评价、合理开发及利用提供依据。方法通过实地调查,结合有关研究文献,对陕西龙胆属药用植物种类、生境分布、资源状况、药用部位及功效等进行归纳总结,编制分种检索表。结果确定陕西龙胆属植物共14种及1变种,供药用的共4个种。结论陕西龙胆属药用植物种类不多,但资源较为丰富,分布广泛,具有良好的开发应用前景。     

基于ITS2条形码的曼陀罗属药用植物DNA分子鉴定

目的:利用ITS2序列对曼陀罗属药用植物进行分子鉴定。方法:对曼陀罗属及烟草属植物样本的ITS2序列进行PCR扩增和测序。为扩大研究范围,又从Gen Bank中下载了上述两属植物样本的ITS2序列。所有序列经Codon Code Aligner软件拼接,DNAMAN软件比对分析,并采用MEGA 5.10计算相关数据,基于K2P模型构建聚类树(NJ树)。从ITS2网站上获得所测样本及下载序列的ITS2二级结构信息,分析各样本间ITS2序列二级结构的差异。结果:两属样本被聚为三大支。烟草属单聚为一支;木本曼陀罗单聚为一支,与前人研究结果相同:木本曼陀罗Brugmansia可同曼陀罗属Datura分为两属;曼陀罗属的其他物种聚在一支,且各品种种内样本均各为一支,表现出单系性,与其他种可明显区分;且每两支之间的bootstrap支持率均在95%以上。结论:ITS2序列在近缘物种间的系统学研究、品种的鉴定方面具有较大的应用潜力。     

药用植物羌活种子DNA条形码鉴定研究

基于ITS2条形码对药用植物羌活种子进行分子鉴定,以确保基原正确。该研究对药用植物羌活种子进行形态特征比较,每份样品进行3次随机取样,对每次取样的单粒种子提取基因组DNA,PCR扩增,双向测序并拼接获得ITS2序列。通过遗传距离法、建树法,并结合中药材DNA条形码鉴定系统(www.tcmbarcode.cn)进行基原鉴定。结果显示,羌活与宽叶羌活种子形态特征相似,难以明显区分。经分子鉴定,27份种子样品有24份样品为2010年版《中国药典》规定的羌活正品基原种子,包括13份羌活种子,11份宽叶羌活种子,另外3份样品不属于羌活基原植物种子。研究证明,DNA条形码技术可以准确鉴别羌活种子基原,为中药材种质资源鉴定提供了新方法,对中药材种子质量标准的建立提供依据。     

DNA条形码鉴定药用植物的研究进展

DNA条形码是利用基因组中标准的、相对较短的DNA片段来进行物种鉴定的分子诊断新技术,已成为生物分类和鉴定的研究热点。近年来,DNA条形码技术鉴定药用植物的研究发展迅速并日趋成熟。文章简述了DNA条形码技术鉴定药用植物的原理并重点介绍了DNA条形码鉴定药用植物的应用,展望其在今后广泛应用于药用植物的鉴定。     

基于4种序列的辽产苍术属植物DNA条形码鉴定

目的：采用4种序列对辽宁产苍术属植物进行鉴定,进而选择适合苍术属植物DNA条形码鉴定的序列。方法：使用试剂盒提取辽宁产4种苍术属植物关苍术Atractylodes japonica Koidz.ex Kitam、朝鲜苍术A.coreana （Nakai） Kitam、茅苍术A.lancea （Thunb.） DC.、北苍术A.chinensis （Bunge） Koidz.共43份样品的总DNA,进行聚合酶链式反应（PCR）扩增及产物测序;使用DNAMAN 8.0软件对测得的双向序列进行拼接;使用MEGA 6.0软件进行序列比对;使用邻接法构建系统聚类树。结果：仅内转录间隔区2（ITS2）序列将4种苍术属植物各分为一支,聚类效果较好,psbA-trnH、matK、rbcL聚类混乱,物种分离度低。结论：ITS2序列可作为苍术属植物DNA条形码鉴定的有效序列片段,苍术野生品和栽培品、叶裂与叶不裂均聚在一起,ITS2序列片段不能区分。     

中国黄芪属药用植物DNA条形码(ITS2)鉴定

中国黄芪属植物种类繁多,具有重要的药用及生物学价值.本文采用了植物DNA条形码候选序列之一的ITS2片段来探讨在黄芪属药用植物中的鉴定能力.结果显示,ITS2基因区通用性强,序列在黄芪属物种问的差异较大,具有明显的Barcoding Gap,能够正确鉴定41个黄芪属植物物种,仅6个物种不能鉴定.此外,ITS2的二级结构也具有一定的系统学及分类学意义.本研究表明ITS2能够作为黄芪属药用植物鉴定的DNA条形码序列,具有重要的应用价值.