基于网络药理学与分子对接探讨"乳香-没药"治疗膝骨关节炎的作用机制

目的:运用网络药理学及高通量分子对接技术的方法,对"乳香一没药"药对治疗膝骨关节炎的潜在靶点及机制进行探讨.方法:利用计算机检索中药系统药理学数据库(TCMSP),分别检索乳香、没药的有效活性成分并筛选得到有效活性成分的靶基因.从OMIM、GeneCards数据库检索膝骨关节炎的相关靶点基因,与"乳香-没药"药对有效成...     

乳香-没药治疗类风湿性关节炎的网络药理学和生物信息学分析

目的:研究乳香-没药药对治疗类风湿性关节炎(Rheumatoid Arthritis,RA)的作用机制.方法:依托GEO、Gene-Cards、OMIM数据库挖掘RA相关基因并进行合并.通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索乳香-没药的有效化学成分和相关靶点,使用Cytoscape 3.8.0软件绘制"药...     

基于网络药理学及分子对接分析熊果酸抗类风湿性关节炎的分子机制

目的:通过网络药理学及分子对接探讨熊果酸抗类风湿性关节炎的分子机制。方法:基于毒性与基因比较数据库(comparative toxicogenomics database,CTD),Drug Bank数据库,中药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology,TCMSP)等检索熊果酸的潜在治病靶点。通过DAVID生物信息学资源(DAVID bioinformatics resources)数据库对潜在靶点进行通路富集分析,STRING进行蛋白相互作用,采用分子对接技术(i GEMDOCK,Systems Dock)对熊果酸和类风湿性关节炎靶标蛋白进行能量匹配。筛选发挥抗类风湿性关节炎作用的潜在靶点。结果:收集相关靶标蛋白66个,DAVID通路富集得到27条信号通路(P0.01),其中类风湿性关节炎通路关键靶标蛋白11个(基质金属蛋白酶-1,基质金属蛋白酶-3,白细胞介素-6,转录因子AP-1,肿瘤坏死因子,血管内皮生长因子A,集落刺激因子-2,白细胞介素-1β,转化生长因子-β1,细胞黏附分子-1,原癌基因蛋白c-Fos)。通过蛋白相互作用发现有4个靶标蛋白具有实验数据支持。通过分子对接表明熊果酸主要通过基质金属蛋白酶-1,基质金属蛋白酶-3,肿瘤坏死因子,转录因子AP-1,白细胞介素-1β发挥抗类风湿性关节炎的作用。结论:本研究结果初步揭示熊果酸抗类风湿性关节炎的分子机制。     

网络药理学结合分子对接技术探讨三藤汤降低类风湿性关节炎并发脑卒中机制

目的：以三藤汤的临床疗效为切入点,运用网络药理学和分子对接技术探讨三藤汤降低类风湿性关节炎(RA)并发脑卒中(CVA)发生率的机制。方法：运用TCMSP数据库检索三藤汤中黄芪、淫羊藿、青风藤、鸡血藤、络石藤的活性成分及其靶点,通过GeneCards数据库获取RA和CVA的主要靶点,并将两者靶点基因取交集,得到RA&CVA交集靶点。将药物靶点与疾病交集靶点取交集,得到三藤汤降低RA并发CVA发生率的靶点,利用STRING数据库分析蛋白质-蛋白质相互作用(PPI),构建PPI网络图,运用David数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,使用Cytoscape 3.9.1软件绘制三藤汤药物成分-RA&CVA交集靶点-通路网络图。结果：三藤汤主要活性成分为槲皮素、山柰酚、木犀草素、黄芪异黄烷苷、芒柄花黄素等,主要靶点为核受体辅激活蛋白2(NCOA2)/原癌基因蛋白质c-akt(AKT1)、环氧化酶2(PTGS2)/环氧化酶1(PTGS1)/AP-1转录因子(JUN)、丝裂原活化蛋白激酶14(MAPK14)、诱导型一氧化氮合酶(...     

基于网络药理学探讨桂枝-白芍药对治疗类风湿性关节炎作用机制

目的：基于GEO 基因芯片、生物信息学及分子对接技术探讨桂枝-白芍药对治疗类风湿性关节炎（RA） 的作用机制。方法：通过GEO 数据库下载RA 的基因芯片数据集,利用R 软件筛选出差异表达靶点;通过TCMSP、PharmMapper 等数据库获取桂枝-白芍药对的化学成分、药物靶点,运用Cytoscape 3.9.1、R软件对药物-疾病交集靶点进行蛋白互作（PPI） 网络拓扑分析;应用clusterProfiler 等程序包对于交集靶点进行基因本体（GO）、京都基因和基因组（KEGG） 富集分析;使用AutoDock Vina 等软件进行分子对接初步验证。结果：共获得17 个药物化学成分,RA 靶点3 781 个、药物靶点410 个;筛选出药物-疾病交集靶点98 个。PPI 拓扑分析得出的核心靶点有基质金属蛋白酶-9 （MMP-9）、基质金属蛋白酶-2 （MMP-2）、过氧化氢酶（CAT）、丝氨酸蛋白酶抑制剂家族A 成员1（SERPINA1）、组织蛋白酶B（CTSB） 等;桂枝-白芍药对治疗RA 主要化学化合物有二氢槲皮素、β-谷甾醇、（+） -儿茶素、芍药苷等。潜在作用靶点参与了胶原分解代谢过程、细胞外基质分解、炎症反应调节等生物过程,涉及通路有溶酶体、过氧化物酶体增殖物激活受体（PPAR） 信号通路、细胞色素P450 代谢等。分子对接显示,桂枝-白芍药对主要化学化合物与核心靶点间结合能有较高的结合活性。结论：桂枝-白芍治疗RA 多靶点、多成分、多途径的作用机制,为桂枝-白芍药对的后续研究提供了理论依据。     

基于网络药理学探讨秦七风湿方治疗类风湿性关节炎的作用机制

目的:基于网络药理学探讨秦七风湿方(QQFSF)治疗类风湿性关节炎(RA)的物质基础及其作用机制.方法:通过中医百科全书数据库(ETCM)检索QQFSF中珠子参、秦艽、山茱萸3味中药的成分和靶点;从NCBI、Geencards数据库中检索RA的相关靶点,将QQFSF治疗RA的靶点通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络...     

基于网络药理学及分子对接筛选大血藤防治类风湿性关节炎的关键靶点及活性成分

目的:筛选类风湿性关节炎的关键靶点及大血藤的干预研究。方法:基于CTD(Comparative Toxicogenomics Database)筛选类风湿性关节炎靶点,通过KABOX和DAVID对RA靶点进行通路富集分析。借助STRING结合Cytoscape对RA(Rheumatoid Arthritis)通路中关键靶点进行相互作用分析。基于分子对接(SYBYL 2.1.1)研究大血藤活性成分与关键靶点的作用特征。结果:类风湿性关节炎靶标175个,DAVID和KOBAX通路中包括RA通路,RA通路包括16个靶点(TNF、IL-6、TLR2、IL1β、IL18、IL23A、CSF2、VEGF2、IFNG、CTLA4、CXCL8、CD28、CXCL6、HLA-DPB1、HLA-DRB1、HLA-DQA2)。通过与10个关键靶点分子对接明确:肿瘤坏死因子、血管内皮生长因子A、白介素1β、toll样受体2为大血藤治疗类风湿性关节炎的关键靶标蛋白;谷甾醇、毛柳甙、内消旋二氢愈创木酯酸为关键活性成分。结论:初步筛选出大血藤发挥抗RA的活性成分及关键靶点,为大血藤治疗RA活性成分的开发提供理论依据。     

基于网络药理学和实验验证探讨山豆根治疗类风湿性关节炎的作用机制

基于网络药理学、分子对接以及实验验证探讨山豆根治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的作用机制。首先通过TCMSP和TCMID等数据库以及相关文献查找山豆根的主要化学成分;借助TCMSP和SwissTargetPrediction等数据库查找山豆根主要作用靶点;通过GeneCards、DrugBank、OMIM和TTD等数据库获取RA的主要靶点;选择Venny 2.1.0平台获取两者的交集靶点;通过Cytoscape 3.6.1软件构建“成分-靶点”网络;利用STRING平台和Cytoscape 3.6.1软件构建蛋白互作网络;随后通过DAVID 6.8数据库进行生物过程富集分析和通路富集分析;利用AutoDock Vina软件进行分子对接验证。最后构建胶原诱导型类风湿性关节炎小鼠模型,采用Western blot实验检测核心靶点蛋白表达。网络分析结果得到槲皮素(quercetin)、染料木素(genistein)、山柰酚(kaempferol)、大豆皂苷C(subprogenin C)和黄豆苷元(daidzein)等27个活性成分,信号转导和转录活化因...     

基于网络药理学和分子对接研究白花丹治疗骨性关节炎的分子机制

目的：利用网络药理学与分子对接技术分析白花丹有效成分的作用靶标,探讨其治疗骨性关节炎（OA）的作用机制。方法：通过查阅文献获取白花丹相关的40种药物化学成分,利用Pubchem数据库检索获取有效成分信息,采用Swiss Target Prediction数据库筛选成分作用靶点,运用CytoScape 3.7.2软件构建白花丹有效成分-成分靶点网络。通过OMIM、GeneCards和DisGeNET数据库获取OA疾病相关的靶点。基于String数据库、Gene MANIA数据库,在CytoScape 3.7.2软件中构建蛋白相互作用（PPI）网络,其核心靶点涉白细胞介素6（IL-6）、血管内皮生长因子（VEGFA）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、丝裂原活化蛋白激酶8（MAPK8）、前列腺素内过氧化物合酶2（PTGS2）等。进行基因本体论（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）的功能注释和富集分析以及反应物途径分析。结果：获得252个GO条目,71条和OA有关通路,主要涉及肿瘤、癌症中的蛋白多糖、雌激素信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、类风湿性关节炎等以及18条反应物途径。分子对接结果显示核心成分与核心靶点能够较好地结合。结论：本文预测了白花丹治疗OA的作用机制,为进一步明确其有效成分和作用机制奠定了基础。     

基于网络药理学和分子对接预测研究香加皮对类风湿关节炎的治疗作用机制

目的：运用网络药理学方法及分子对接技术预测探究香加皮对类风湿关节炎的治疗作用机制。方法：用数据库和文献找出香加皮的有效成分及有效靶点、类风湿关节炎相关靶点、香加皮与类风湿关节炎的交集靶点,采用网络药理学方法构建中药与疾病的关联图、蛋白质-蛋白质相互作用网络图,并进行基因本体论（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析筛选拓扑学参数排名靠前的成分和靶点,用分子对接来验证对接结合程度。结果：香加皮的有效成分共24种,通过网络药理学筛选出了8个潜在核心成分与9个潜在核心靶点进行分子对接,发现结合能均≤-5 kcal/mol,且大部分结果<-7 kcal/mol;GO主要富集涉及细胞外基质解体、活性氧代谢以及炎症反应的调节等生物过程;主要通路涉及肿瘤坏死因子信号通路、晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体信号通路、炎症介质对瞬时受体电位通道的调控、白细胞介素-17信号通路等。结论：本研究初步揭示了香加皮对类风湿关节炎具有多成分、多靶点、多途径干预作用机制,可能起到治疗作用,为临床研究提供科学参考。     

十味乳香丸治疗关节炎 网络药理学机制研究

目的 基于网络药理学分析藏药名方十味乳香丸(Shiwei RuxiangWan)治疗关节炎的药理机制.方法 通过TCMSP数据库获取十味乳香丸中各药材成分及其靶点,根据ADME药动学参数筛选十味乳香丸中活性组分;通过Genecards、OMIM、TTD数据库获取关节炎潜在靶点,利用String平台进行蛋白质相互作用(p...     

基于网络药理学探讨乳香——没药药对干预乳腺增生症的分子机制＊

目的 采用网络药理学方法，探索乳香-没药药治疗乳腺增生症的作用机制。方法 本研究利用中医药数据库收集筛选乳香-没药药对的化学成分信息，通过Pubchem数据库以及其他化学结构数据库转换成各活性成分有效成分的SMILES式，将SMILES式输入Swiss Target Prediction数据库进行靶点预测，利用DAVID数据库进行KEGG通路注释分析，最后利用Cytoscape根据收集乳香没药药对的预测靶点和进一步的富集分析，构建活性成分-预测靶点网络模型和成分-靶点-通路网络模型，并分析其作用机制。结果 乳香-没药药对抑制乳腺增生主要有乳香脂酸、因香酚、没药甾酮、曼苏宾酸等51个活性成分；雄激素受体、细胞色素P450、微管相关tau蛋白、雌激素受体、类固醇17α-羟化酶/17,20裂解酶、糖皮质激素受体、盐皮质激素受体等271个作用靶点；类固醇激素生物合成，雄激素和雌激素代谢，VEGF、ErbB、mTOR信号通路；类固醇生物合成6条信号通路参与乳腺增生症调控；类固醇生物合成、类固醇代谢、激素调节、激素代谢14个生物过程。结论 本研究通过对乳香-没药药对的网络药理学分析，发现了乳香-没药药对乳腺增生症治疗的相关信号通路和生物过程，其作用机制主要涉及抑制乳腺细胞增生、促进细胞凋亡自噬、抑制炎症反应和血管新生等方面，体现了乳香-没药药对在“多成分-多靶点-多途径”方面对乳腺增生症的治疗作用，为理解乳香-没药药对中各有效组分的协同作用提供科学依据。     

基于网络药理学与分子对接挖掘地锦草抗类风湿关节炎的作用机制※

目的 通过网络药理学和分子对接实验挖掘地锦草对类风湿关节炎的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中药分子作用机制的生物信息学分析工具（Batman-TCM）、基因组注释数据库（GeneCard）、人类孟德尔遗传数据库（OMIM）以及文献检索获取地锦草的活性成分、作用靶点、类风湿关节炎相关靶点，String数据库构建蛋白互作网络，Cytoscape 3.8.0构建成分-靶点-疾病网络，Bioconductor进行GO功能富集和KEGG通路分析，AutoDockVina分子对接验证。结果 共获得15个主要活性成分和38个关键靶点。GO功能富集分析得到53个分子功能条目，主要涉及DNA结合转录因子结合、核糖核酸聚合酶II特异性脱氧核糖核酸结合转录因子结合受体配体活性、泛素蛋白连接酶结合、泛素样蛋白连接酶结合、核受体活性；KEGG 通路富集分析得到 89条信号通路，主要包含脂质与动脉粥样硬化、流体切应力与动脉粥样硬化、肿瘤坏死因子信号通路、细胞凋亡、化学致癌-受体激活、白细胞介素-17信号通路等；分子对接验证发现槲皮素、山奈酚、4''，5-二羟基黄酮与关键抗类风湿关节炎靶点蛋白结合较好，4''，5-二羟基黄酮与AR靶点形成最佳结合。结论 地锦草主要通过PTGS1、AR、DPP4、HSP90AA1、RELA等靶基因对炎症因子、细胞凋亡及相关功能进行调节而发挥治疗类风湿关节炎的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨桃红四物汤治疗类风湿关节炎的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接技术探讨桃红四物汤治疗类风湿关节炎的作用机制,为临床应用提供理论依据.方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索桃红四物汤的有效成分及作用靶点,通过GeneCards、OMIM、TTD、PharmGkb、DrugBank数据库收集疾病相关靶点.运用Cytoscape 3.6...     

基于网络药理学和分子对接探讨威灵仙-牛膝药对治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接技术，探讨威灵仙-牛膝药对有效活性成分、潜在靶点及其治疗类风湿关节炎（RA）的作用机制。方法 TCMSP数据库检索威灵仙-牛膝药对活性成分及作用靶点，GeneCards、DisGeNET数据库检索RA相关靶点，得出交集靶点，运用Cytoscape 3.7.1软件，构建“疾病-药物-有效成分-靶点”网络图，构建PPI网络并进行GO和KEGG分析，并运用Auto Dock软件进行分子对接。结果 得到威灵仙-牛膝药对有效活性成分19个，对应靶点94个，RA相关靶点5589个，交集靶点72个；主要作用靶标有CAS P3、TP 53、CCND1等；涉及PI3K-Akt、MAPK及p53通路等。结论 本研究以网络药理学和分子对接技术为基础，阐明了威灵仙-牛膝药对通过多成分、多靶点、多通路治疗RA的作用机制。     

乳香、没药现代药理学研究与临床应用

通过阅读文献,对乳香、没药近几年的药理研究及临床应用的概况加以叙述。     

网络药理学联合分子对接探究大丁草治疗类风湿关节炎的作用机制

目的：通过网络药理学联合分子对接技术探究大丁草治疗类风湿关节炎的潜在作用机制。方法：选用化学专业数据库、HERB本草组鉴查找大丁草化学成分,经Swiss ADME数据库筛选出有效成分,应用Swiss Target Prediction预测有效成分的潜在靶点,从Gene Cards、OMIM等数据库查筛类风湿关节炎的靶点,应用Venny 2.1.0数据库获得大丁草与类风湿关节炎交集靶点和韦恩图,采用Cytoscape 3.8.2构建大丁草-有效成分-靶点-类风湿关节炎网络并筛选核心成分,利用Cytoscape插件Biso Genet构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络,经2次筛选获得核心靶点,应用Metascape平台对核心靶点进行富集分析,运用Auto Dock vina将5种核心成分与10个核心靶点进行对接。结果：大丁草治疗类风湿关节炎活性成分有大丁草酚、大丁苷等13种,靶点448个,类风湿关节炎靶点618个,交集靶点101个,核心靶点有雌激素受体1(Estrogen Receptor 1,ESR1)、生长因子受体结合蛋白2(Growth Factor Receptor-Bound...     

基于网络药理学和分子对接法探讨虎杖干预类风湿关节炎作用机制

目的:探讨虎杖干预类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的分子作用机制。方法:通过TCMSP筛选虎杖的有效活性成分并预测相关靶点,通过GeneCards数据库预测RA相关靶点,将虎杖药效靶点与RA相关靶点取交集,得到虎杖干预RA的共同靶点,使用Cytoscape 3.7.2构建药物-活性成分-...     

基于网络药理学-分子对接探讨益气养阴通络方抗类风湿关节炎的作用机制

[目的]采用网络药理学与分子对接探究益气养阴通络方干预类风湿关节炎（RA）的作用机制。[方法]通过中药系统药理学数据库及分析平台（TCMSP）、本草组鉴（HERB）和文献查阅获得复方活性成分与靶点,采用Genecards、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）等数据库获得疾病靶点,然后采用数据库计算出益气养阴通络复方成分与疾病的交集靶点。对交集靶点施行功能和通路富集分析,选取益气养阴通络方核心药物靶点与关键化合物施行分子对接。[结果]网络药理学共筛选出益气养阴通络方的83种活性成分和779个潜在靶点,RA相关靶点5 393个,交集靶点465个,其中交集核心靶点9个（分别为SRC、STAT3、MAPK3、MAPK1、HSP90AA1、PIK3R1、GRB2、AKT1、PIK3CA）。富集得出PI3K-AKT、癌症相关及神经活性配体-受体相互作用等通路,其中PI3K-AKT信号通路可能是复方干预RA的关键通路之一。对接计算表明,益气养阴通络方的11种主要活性成分与关键靶点SRC、STAT3、PIK3R1、AKT1均有较稳定的结合,其中与AKT的结合可能最大。[结论]益气养阴通络方通过多成分-...     

基于网络药理学和分子对接探讨鸡血藤治疗肺癌的分子作用机制

通过网络药理学和分子对接方法探讨鸡血藤治疗非小细胞肺癌的分子机制研究.以中药鸡血藤Spatholobi Caulis为对象,通过在中药药理学系统分析平台(TCMSP)数据库中获得鸡血藤中活性成分和相应潜在的药物靶点,利用GeneCards数据库收集癌症相关基因,借助Cytoscape软件构建鸡血藤活性成分-作用靶点-通...