基于网络药理学及分子对接技术探讨化湿败毒方治疗新型冠状病毒肺炎的分子机制

目的:从网络药理学角度探讨化湿败毒方治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制,为其临床治疗、新药开发提供参考。方法:在TCMSP数据库中筛选出化湿败毒方的药物有效活性成分,并提取其作用靶点,在GeneCards数据库检索COVID-19相关疾病靶点,将药物及疾病的共同靶点导入STRING数据库获取靶标蛋白互作网络关系,通过Cytoscape3.7.2软件构建PPI网络、"中药-潜在活性成分-潜在靶标-疾病"网络,并利用Cytoscape3.7.2软件、R软件及相应程序包进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。同时进行分子对接验证。结果:检索得到269个药物活性成分和2 629个药物靶标,其中药物疾病共同靶标49个,GO功能富集分析涉及对脂多糖的反应、氧化应激反应及γ-干扰素介导的信号通路调控等条目,KEGG通路富集分析涉及AGE-RAGE通路、TNF信号通路、NF-κB通路、RIG-I样受体信号通路等。分子对接结果表明槲皮素、木犀草素和山柰酚与COVID-19相关蛋白及作用靶点具有较强的结合活性,可能起到类似于抗病毒药物的治疗效果。结论:化湿败毒方含槲皮素、木犀草素和山柰酚等多种活性成分,可能通过作用于多个靶点、多种通路,从抗炎、抗病毒、抗氧化、调节免疫等方面治疗COVID-19。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨川芎-当归-白芍治疗干燥综合征的作用机制

目的 采用网络药理学及分子对接技术探究当归、川芎与白芍治疗干燥综合征的药理作用机制。方法 从中药系统药理分析平台(TCMSP)数据库提取3味中药的主要活性成分及靶点;从OMIM和GeneCards数据库搜索疾病靶点,数据筛选整理后,利用Venny工具获得药物与疾病的共同靶点基因;利用STRING网站进行蛋白互作分析,通过Cytoscape3.7.2软件获取核心靶点;选取大于平均节点值的关键靶点,利用Cytoscape软件构建药物-活性成分-疾病-靶点图,获取关键活性成分;利用BioGPS数据库获取交集靶点组织定位结果并通过Cytoscape3.7.2软件进行可视化处理;采用DAVID平台进行GO功能和KEGG通路富集分析;取前十名通路与药物-疾病-活性成分-靶点图建立网络与属性文件,构建药物-疾病-活性成分-靶点-通路图并可视化;在SailVina软件上对关键活性成分和核心靶点进行分子对接。结果 共获得药物活性成分14个,关键成分为β-谷甾醇、山柰酚、芍药苷、杨梅酮和儿茶素,药物与疾病交集靶点41个;靶点组织器官定位在肝、脾、肾、肺、唾液腺等,且在T细胞、B细胞等中也有显示;核心靶点为...     

基于网络药理学-分子对接研究益气逐淤汤针对胃癌的作用机制

目的：通过网络药理学-分子对接方法研究益气逐瘀汤针对胃癌的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医百科全书数据库（ETCM）获得益气逐瘀汤所有药物的化学成分和作用的有关靶点,通过GeneCards、OMIM、GEO数据库筛选出胃癌的靶点,通过运用R语言取交集进行维恩分析,对得到的靶点导入Cytoscape 3.7.2软件中,构建活性成分靶点网络,并将其导入String数据库,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI）网络,并利用Cytoscape 3.7.2中的Bisogenet插件进行网络拓扑分析。同时运用R语言Bioconductor平台对益气逐瘀汤治疗胃癌的潜在靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析,并将结果导入Cytoscape 3.7.2软件中绘图,得到KEGG网络关系图。运用分子对接软件Autodock vina,将核心靶点与活性成分对接,最后用Plmoy绘制图片。结果：共得到216个化学成分和1 105疾病靶点,其中交集靶点38个。关键靶点包括IL-6、MMP9、PTGS2.GO功能分析主要与脂多糖的表达,氧化酶还原活性等有关。KEGG分析显示益气逐瘀汤治疗胃癌主要是通过IL-17、TNF、核因子κB、TLR和癌症相关信号通路发挥作用。分子对接结果显示与MMP9结合性能最好。结论：益气逐瘀汤治疗胃癌是通过多成分、多靶点来发挥作用,为进一步研究其作用机制奠定了基础。     

基于网络药理学及分子对接技术分析马鞭草-虎杖治疗新型冠状病毒感染的作用机制

目的：运用网络药理学方法及分子对接技术探讨马鞭草-虎杖治疗新型冠状病毒感染(Coronavirus Disease 2019,COVID-19)的有效成分、作用靶点、信号通路,从而找出马鞭草-虎杖治疗COVID-19的作用机制,探索治疗COVID-19的新策略。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选出马鞭草-虎杖药对的活性成分和作用靶标,通过Uniport数据库查找其作用靶标对应的基因;在GeneCards数据库中检索出COVID-19的相关疾病基因,通过Venny网站得出药物与疾病的交集基因,将交集基因导入STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用网络构建,运用DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）和基因本体论（GO）富集分析,并通过Cytoscape 3.7.2软件制作“疾病-通路-靶点-成分-药物”网络图。利用微生信制作相应的GO和KEGG富集分析图。采用AutoDockTools及Vina软件将关键活性成分与治疗COVID-19的受体进行分子对接。结果：检索出马鞭草-虎杖药对有22个有效活性成分、752个靶点基因,同时获得COVID-19...     

基于网络药理及分子对接分析《普济方》痤疮外治古方特色角药作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接分析《普济方》痤疮外治古方特色角药的作用机制。方法 利用TCMSP和TCMID筛选《普济方》痤疮外治古方特色角药的有效成分和作用靶点,通过UniProt数据库注释靶点基因;通过DisGeNET、DrugBank、GeneCards、OMIM数据库获取痤疮疾病靶点;将药物靶点与疾病靶点取交集,运用R语言通过Bioconductor数据库对交集靶点进行GO-BP及KEGG通路富集分析;通过STRING数据库对交集靶点进行蛋白相互作用（PPI）分析,利用Cytoscape3.8.2软件MCODE插件对PPI网络进行聚类,获得关键靶点。通过AutoDock Tools 1.5.6软件对关键靶蛋白受体和化合物配体进行分子对接验证。结果 筛选得到《普济方》痤疮外治古方特色角药有效成分37个,药物与疾病交集靶点23个。GO富集分析结果显示,特色角药参与核受体活性、类固醇激素受体活性、配体激活转录因子活性、类固醇结合等生物学过程;KEGG通路富集分析结果显示,特色角药以雌激素信号通路为代表的类固醇类性激素信号调控通路为主要调控作用途径。分子对接结果表明,特色角药4个关键化...     

基于网络药理学与实验验证探讨凉膈散加减方治疗急性呼吸窘迫综合征的作用机制

基于网络药理学策略,结合分子对接和体外实验验证,研究凉膈散加减方(modified Liangge San, MLGS)治疗急性呼吸窘迫综合征(acute respiratory distress syndrome, ARDS)的潜在靶点和分子机制。在TCMSP数据库筛选MLGS的活性成分及靶点,整合GeneCards、DisGeNET数据库得到ARDS疾病靶点,两者取交集得到MLGS治疗ARDS的潜在靶点。利用Cytoscape 3.7.2软件构建MLGS的“中药-活性成分-靶点的网络”及“MLGS治疗ARDS的调控网络”,在STRING数据库制作蛋白质相互作用网络,使用Metascape数据库对共同靶点靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,使用分子对接及体外实验对分析结果进行验证。共筛选得到MLGS活性成分211个、关键靶点54个;GO富集分析得到GO条目(P<0.05)709个,包括生物过程(BP)457个、细胞成分(CC)50个和分子功能(MF)98个,主要涉及对脂多糖、对活性氧的反应、凋亡信号通路;KEGG通路富集分析共得到266条通路,主要涉及癌症信号通路、...     

基于网络药理学及分子对接探究胎元饮治疗先兆流产的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接方法探究胎元饮治疗先兆流产的药理机制,为其临床运用及进一步研究提供参考。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取胎元饮中的8味中药白芍、白术、陈皮、当归、杜仲、甘草、人参、熟地黄的主要化学成分及其靶点,根据药物药动学特征筛选中药活性成分;通过GeneCards数据库、DrugBank数据库、OMIM数据库、TTD数据库、PharmGKB数据库获取先兆流产的疾病靶点;利用R语言(R i386 4.0.5)将药物有效活性成分靶点与疾病靶点取交集并绘制韦恩图;通过Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病”网络图及分析;利用STRING 11.0数据库及Cytoscape 3.7.2软件进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建及分析;运用R语言对交集靶点进行靶点基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后运用AutoDock Tools 1.5.6软件对核心靶点蛋白及主要有效成分进行分子对接验证。结果 共获得胎元饮有效成分191个、作用靶点307个,先兆流产疾病相关靶点1849个,“药物-...     

基于网络药理学和分子对接技术研究黄芩治疗糖尿病脑病的作用

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究黄芩治疗糖尿病脑病的作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索黄芩主要活性成分和作用靶点，通过OMIM、GeneCards、TTD及DrugBank等数据库筛选糖尿病和阿尔茨海默病的主要靶点，构建活性成分-靶点网络；利用STRING 11.0进行蛋白质互作分析，构建PPI网络以筛选重要靶点；运用Metascape库对关键交集靶点进行GO和KEGG富集分析；利用Cytoscape 3.7.2将分析得到的重要靶点和通路构建药物成分-疾病靶点-通路网络；进一步对关键活性成分和核心靶点进行分子对接验证。结果 筛选出黄芩重要活性成分有汉黄芩素、黄芩素、金合欢素、降穿心莲黄酮等，PPI网络中关键交集靶点61个，核心靶点有AKT1、IL-6、MAPK14、TNF、PRKCA、VEGFA等。GO富集分析得到细胞组成101条，分子功能76条，生物过程1 413条；KEGG通路富集分析得到258条，主要涉及AGE-RAGE信号介导的糖尿病并发症通路、IL-17、MAPK、TNF、PI3K-Akt信号通路、胰岛素抵抗通路等。分子对接结果可知，汉黄芩素、金合欢素、黄芩素、红...     

基于网络药理学-分子对接技术研究柴胡治疗卒中后抑郁的药效物质基础及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术,探讨柴胡治疗卒中后抑郁（Post-stroke Depression, PSD）的潜在活性成分和可能的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和蛋白质序列数据库（Uniprot）筛选出柴胡主要活性成分及其靶点基因,并将目标蛋白名称标准化,通过GeneCards、OMIM数据库获取PSD靶点基因;对两者靶点取交集后采用STRING数据库构建柴胡治疗PSD的潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用Cytoscape-v3.9.1软件进行核心靶点筛选;利用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后,利用PyMol软件和AutoDockTools-1.5.7软件对柴胡主要活性成分与核心靶点使用分子对接技术绘制相应的分子对接图。结果：共筛选得到柴胡活性成分17个,去重后对应靶点175个,疾病靶点852个,经Venny数据库预测到疾病-药物交集靶点45个。GO功能富集分析结果显示共获得323个GO功能注释,KEGG通路富集分析结果显示获得106条信号通路。分子对接...     

基于网络药理学和分子对接探讨强力定眩片治疗高血压的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术,探讨强力定眩片治疗高血压的作用机制。方法：使用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中药分子作用机制的网络药理学在线分析工具（BATMAN-TCM）平台检索强力定眩片活性成分,使用Swiss Target Prediction数据库,对活性成分进行靶点预测。通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、治疗靶点数据库（TTD）得到高血压相关靶点,整合药物靶点和疾病靶点,获取交集靶点。使用Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图,筛选核心成分。利用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选核心蛋白。使用MCODE对PPI网络进行蛋白聚类分析。利用DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,Hiplot分析平台进行基因本体（GO）富集分析,再使用Autodock Vina和Pymol实现核心成分-核心蛋白的分子对接。结果：检索得到强力定眩片活性成分44个,作用靶点679个,疾病相关靶点2 367个,药物与疾病的交集靶点305个。KEGG分析显示,交集基因主要富集于PI3K-AKT信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路、钙信号通路、cAMP信号通路、HIF-1等信号通路。GO富集分析显示,交集基因主要富集于循环系统调控过程、血管管径调节、MAPK级联正向调节、血压调节等过程。分子对接结果显示,主要核心成分与核心蛋白均有较好的结合活性。结论：强力定眩片可能通过调控肾素-血管紧张素-醛固酮系统、血管平滑肌收缩、氧化应激、钙离子通道等方式,起到降低血压的功效。     

清胰化瘀通腑方治疗急性胰腺炎作用机制的网络药理学和分子对接研究

目的 应用网络药理学结合分子对接技术探究清胰化瘀通腑方对急性胰腺炎（AP）的调控机制。方法 清胰化瘀通腑方的活性成分及靶点在TCMSP、BATMAN-TCM、Swiss Target Prediction数据库中进行检索，AP相关靶点经GeneCards、DrugBank、OMIM、TTD数据库筛选，经Venny在线工具获取两者交集靶点，经STRING数据库得到蛋白互作信息，用Cytoscape3.7.2软件进行蛋白互作（PPI）网络的绘制与分析。利用R语言对交集靶点进行GO和KEGG通路分析。通过Cytoscape3.7.2构建“药物-活性成分-作用靶点”网络图，最后运用PyMOL、AutoDock Vina等软件进行分子对接验证。结果 清胰化瘀通腑方有效成分与AP交集靶点179个，核心成分有槲皮素、山柰酚、木樨草素等，核心靶点有STAT3、PIK3R1、PIK3CA等。清胰化瘀通腑方调节AP的生物学通路主要为PI3K-Akt信号通路等。经分子对接验证，清胰化瘀通腑方核心成分与AP核心靶点结合力较强。结论 清胰化瘀通腑方可能通过多成分、多靶点、多通路，从抗炎、抗细胞凋亡、抗氧化应激等...     

基于网络药理学和分子对接探讨桂枝茯苓丸“异病同治”多囊卵巢 综合征和子宫内膜异位症的作用机制

探讨桂枝茯苓丸治疗多囊卵巢综合征（PCOS）和子宫内膜异位症（EMT）的异病同治作用机制。【方法】利用 TCMSP获取桂枝茯苓丸组成中药的活性成分及相关靶点。通过GeneCards、PharmGKB、TTD数据库分别筛选PCOS和EMT疾 病靶点。使用R软件中的Venn R包获取药物与疾病的交集靶点后绘制Venn图,在Cytoscape中制作药物-活性成分-潜在靶点 互作网络图,STRING平台中绘制交集靶点蛋白互作网络（PPI）图,Cytoscape对PPI网络进行优化并筛选核心靶点。应用R语 言进行基因本体论（GO）富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,AutoDockTools进行分子对接。【结果】获得桂 枝茯苓丸85个活性成分及191个相应靶点,桂枝茯苓丸治疗PCOS、EMT的潜在靶点77个。桂枝茯苓丸治疗PCOS、EMT的 核心活性成分为槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、常春藤皂苷元、黄芩素,核心靶点为AKT1、EGFR、IL-6、TNF、TP53。GO 功能分析获得2 020个生物过程、34个细胞成分、126个分子功能,KEGG富集分析得到165条信号通路。分子对接显示该方 中核心成分与靶点对接良好。【结论】桂枝茯苓丸可能通过槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、常春藤皂苷元、黄芩素,调节脂质 和动脉粥样硬化、AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化、化学致癌-受体激活等信号通路,作用于靶点 AKT1、EGFR、IL-6、TNF、TP53,从而“异病同治”PCOS和EMT。     

基于网络药理学和分子对接探究枸杞子-菟丝子“异病同治”2型糖尿病性骨质疏松症和肾病综合征的作用机制

目的：运用网络药理学方法探讨枸杞子-菟丝子“异病同治”2型糖尿病性骨质疏松症（DOP）和肾病综合征（NS）的作用机制。方法：通过TCMSP数据库筛选枸杞子-菟丝子的主要活性成分和作用靶点,利用UniProt数据库及Perl语言进行规范以及转化为标准基因名称,利用Cytoscape3.9.1软件构建药物-活性成分-靶点网络。通过GeneCards、OMIM及PharmGkb数据库搜集DOP和NS相关疾病靶点,将疾病靶点与药物靶点取交集,通过STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用网络并筛选核心蛋白;对交集蛋白运用Rx4.1.3软件及R脚本进行GO功能富集和KEGG通路分析,运用Autodock 4.2软件进行分子对接。结果：筛选后得到枸杞子-菟丝子活性成分42个,作用靶点208个;DOP、NS疾病靶点分别为2834个、2114个,共有靶点915个,疾病和药物交集靶点86个。GO富集分析得到分子功能121条;KEGG通路富集分析获得126条信号通路,靠前的通路为糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、脂质与动脉粥样硬化信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化信号通路、IL-17信号通路,...     

基于网络药理学探讨心衰合剂治疗心力衰竭的分子机制

目的 基于网络药理学探讨心衰合剂治疗心力衰竭的分子作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集心衰合剂中药物的活性成分并筛选出相对应的靶点;通过GeneCards、DrugBank、OMIM、PharmGKB及TTD数据库获取心力衰竭疾病靶点;通过R语言4.04软件获得候选治疗靶点,通过Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-有效成分-疾病靶点”网络,通过基因间功能关联关系数据库(STRING)对侯选治疗靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用PPI(网络)分析,再利用Cytoscape的CytoHubba插件筛选得到核心治疗靶点;通过R语言4.04软件对候选治疗靶点进行基因本体(GO)功能富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后使用Vina 1.1.2软件分析核心治疗靶点与其对应的药物活性成分进行分子对接。结果 共得到心衰合剂活性成分216个、潜在作用靶点284个,心力衰竭靶点11 215个,候选治疗靶点255个,并筛选得到7个关键成分,核心治疗靶点15个,GO功能富集分析条目2874个,KEGG通路富集分析通路175条。心衰合剂治疗心力衰...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨复元醒脑汤治疗脑梗死作用机制

目的基于网络药理学及分子对接技术探讨复元醒脑汤治疗脑梗死的作用机制。方法利用TCMSP、中医药综合数据库(TCMID)、有机小分子生物活性数据库(PubChem)、Uniprot及Swiss Target Prediction数据库对复元醒脑汤的药物活性成分及作用靶点进行筛选, 应用GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank和PharmGKB数据库筛选脑梗死疾病靶点, 将复元醒脑汤中药物靶基因与脑梗死疾病靶基因相交集, 将交集靶点导入Cytoscape 3.8.2软件构建成分-靶点网络, 使用STRING数据库及Cytoscape 3.8.2软件构建PPI网络, 筛选核心靶点。对复元醒脑汤-脑梗死疾病共同靶点基因进行GO功能富集及KEGG通路富集分析, 得出相关信号通路, 运用AutoDock与Pymol软件对预测靶标与其对应的成分进行分子对接。结果得到复元醒脑汤治疗脑梗死的有效成分80个, 复元醒脑汤-脑梗死共同靶点214个, 核心靶点MAPK1、RELA、TP53、JUN、AKT1、HSP90AA1等与脑梗死疾病的关键靶点相互关联, 参与调控对药物的反应、对脂多糖的反应...     

基于网络药理学和分子对接探讨丹参-郁金治疗多囊卵巢综合征的作用机制

目的:通过网络药理学和分子对接探究丹参-郁金治疗多囊卵巢综合征(PCOS)的作用机制。方法:获取丹参、郁金的中药活性成分及其作用靶点,检索PCOS疾病相关靶点,将二者取交集后利用Cytoscape 372构建“药物-成分-共同靶点”网络。并将共同靶点导入string数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图。再将共同靶点基因导入DAVID数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。最后根据活性成分、作用靶点的相关节点参数进行排序,使用AutoDock Tools将核心活性成分和筛选出的靶基因编码的蛋白进行分子对接。结果:丹参、郁金共筛选出潜在活性成分80个,其中木犀草素、丹参酮Ⅱa、β谷甾醇等19种为主要活性成分,活性成分的作用靶点共157个。PCOS疾病相关靶点1 847个,交集靶点为93个,PPI网络及拓扑学分析显示AKT1、TP53、IL6、VEGFA、MAPK3、MAPK1是丹参、郁金治疗PCOS的核心靶点。GO功能富集分析显示丹参-郁金主要参与RNA信号转导、酶的调控等生物过程,KEGG通路富集分析得到了癌症信号通路、PI3K/AKT、FoxO、HIF-1等20条相关性最高的通路。将核心靶点编码的蛋白作为靶点分别与对应的药物核心活性成分对接,结果良好。结论:通过网络药理学研究及分子对接验证,显示丹参-郁金可通过多靶点、多信号通路对PCOS的疾病发生及进展起到一定的治疗、干预作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨尿C 方治疗IgA 肾病作用机制

目的：通过网络药理学探讨尿C 方治疗IgA 肾病（IgAN） 的关键成分和作用机制。方法：通过中 药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、PubChem、Swiss ADEM 和SwissTargetPrediction 获得尿C 方作用 靶点;应用Cytoscape 3.9.1 软件构建“药物-成分-靶点”相互作用网络;通过GeneCards、OMIM 和DisGeNET 平台获得IgAN 作用靶点;通过Venn 2.1 制作韦恩图获得尿C 方和IgAN 之间的交叉靶点并进行鉴定和可视 化,并利用STRING 数据库建立蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPI）;借助DAVID 数据库对交集靶点进行GO 和KEGG 富集分析并运用微生信在线平台对交集靶点进行GO 和KEGG 富集分析可视化;使用Autodock Vina 软件进行分子对接验证,并利用PyMol 软件得出对接结果。结果：共筛选得到尿C 方有效成分70 种及对应 1 363 个作用靶点,其中确定了10 个关键活性成分。IgAN 相关靶点1 593 个,除重复项后获得823 个疾病靶 点,交集靶点111 个。GO 富集分析得到706 个BP 条目,63 个CC 条目,123 个MF 条目。KEGG 富集分析得 到161 条与IgAN 显著相关的通路。分子对接结果表明,核心活性成分与核心靶点之间存在较强的结合活性。 结论：尿C 方治疗IgAN 的作用机制可能是通过槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇、黄芩素等调控AGE-RAGE 信号 通路、IL-17 信号通路、脂质和动脉粥样硬化等发挥治疗作用。     

基于网络药理学探讨七方胃痛颗粒干预胃癌的分子作用机制

目的运用网络药理学和分子对接技术分析七方胃痛颗粒干预胃癌的潜在作用机制。方法运用TCMSP、TCMID和Swiss Target Prediction数据库筛选七方胃痛颗粒的药物化学成分及相关靶点, 采用GeneCards、OMIM数据库筛选胃癌作用靶点, 并获得药物-疾病共同靶点, 上传至STRING数据库, 构建蛋白相互作用关系(PPI)网络, 得到关键靶点, 在Oncomine肿瘤数据库中分析关键靶点与胃癌的相关性。通过Cytoscape软件构建药物-疾病调控网络, 采用Cytoscape软件的CluoGO插件和R语言对关键靶点进行GO和KEGG富集分析。通过分子对接验证药物分子和靶分子结合的可能性。结果获得七方胃痛颗粒的药物化学成分168个, 胃癌作用靶点2 803个, 药物-疾病共同靶点49个。药物-疾病调控网络中度值较高的化学成分为β-谷甾醇、芒柄花素、豆甾醇等。PPI网络中关键靶点为MAPK8、FOS、AR等, GO富集分析集中于凋亡信号通路中线粒体外膜通透性的正调控等, KEGG富集分析显著富集在细胞凋亡通路等。分子对接结果显示药物分子与靶分子结合性好、构象稳定。结论七...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄连-葛根药对“异病同治”糖尿病视网膜病变和糖尿病肾病作用机制

目的运用网络药理学方法探究黄连-葛根药对治疗糖尿病视网膜病变(DR)和DN的作用机制。方法应用TCMSP、UniProt数据库检索黄连-葛根活性成分及对应靶点, 应用GeneCards、OMIM数据库检索DR和DN靶点基因, 运用在线工具Venny获得交集靶点, 利用Cytoscape 3.8.2软件构建"成分-靶点"网络, 采用STRING数据库构建PPI网络, 并通过DAVID数据库进行GO功能及KEGG通路富集分析, 并进行分子对接验证。结果获得黄连-葛根药对活性成分18个, 疾病-药物交集靶点74个。GO功能富集分析发现, 交集靶点主要富集于炎症反应及凋亡等生物过程, 涉及到细胞外间隙、质膜、细胞质等细胞组分, 且与蛋白质结合、ATP结合、酶结合等分子功能有关。KEGG通路富集分析发现, 交集靶点可能与TNF信号通路、Toll样受体信号通路、PI3K-Akt信号通路等机制相关。分子对接结果显示, 核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论黄连-葛根可能通过TNF、IL6、TP53等靶点, 调控TNF信号通路、Toll样受体信号通路和PI3K/Akt信号通路, 发挥抑制细胞凋亡、氧...