巢式聚合酶链反应对白血病融合基因的检测分析

目的:探讨并分析巢式聚合酶链反应在白血病融合基因中的检测与应用。方法:回顾性分析71例白血病患者的临床资料,运用巢式聚合酶链反应,检测患者包括bcr/abl、PML/RARa、AML/ETO所有融合基因融和变异的引物阳性率。结果:38例慢性粒细胞白血病患者,bcr/abl融合基因的总阳性率为83.4%。12例急性早幼粒细胞白血病患者,PML/RARa融合基因的总阳性率为57.1%。6例急性粒细胞白血病M2患者,AML/ETO总阳性率为27.9%。结论:巢式聚合酶链反应具有较高准确性、灵敏性、简便性,为临床治疗提供较高的参考价值。     

实时定量聚合酶链式反应与巢式聚合酶链式反应在 289例白血病融合基因检测中的比较

 目的 比较实时定量聚合酶链式反应（RT-PCR）与巢式聚合酶链式反应（nPCR）在白血病融合基因BCR/ABL、PML/RARa及AML1/ETO检测中结果。方法 分别应用RT-PCR与nPCR对289例急慢性白血病初诊和完全缓解的患者BCR/ABL、PML/RARa及AML1/ETO融合基因进行检测,结合患者骨髓细胞形态学及临床转归予以分析。结果 46例初诊慢性粒细胞白血病（CML）患者中,RT-PCR法与nPCR法检测BCR/ABL融合基因阳性率分别为95.7%和93.5%（P=0.997）;69例完全缓解CML患者中,RT-PCR法与nPCR法检测阳性率分别为78.4%和58.1%（P<0.005）。32例初诊急性早幼粒细胞白血病（APL）患者中,RT-PCR法与nPCR法检测PML/RARa融合基因阳性率分别为93.8%和90.6%（P=0.996）;114例完全缓解APL患者中,RT-PCR法与nPCR法检测阳性率分别为12.3%和7.0%（P<0.025）。12例初诊急性粒细胞白血病M2（ANLL-M2）患者中,RT-PCR法与nPCR法检测AML1/ETO融合基因阳性率分别为50.0%和50.0%（P=1.0）;16例完全缓解ANLL-M2患者中,RT-PCR法与nPCR法检测阳性率分别为50.0%和12.5%（P<0.05）。结论 RT-PCR较nPCR更为敏感而准确,应用RT-PCR可以提高微小残留病的检出率,为临床诊断和治疗提供更为有效的分子生物学依据。     

实时定量逆转录-聚合酶链反应监测慢性粒细胞白血病患者融合基因转录本水平及其变化

目的探讨实时定量逆转录-聚合酶链反应(RT—PCR)在监测慢性粒细胞白血病(慢粒)患者微小残留病变、考核疗效以及预测疾病预后方面的应用。方法应用实时定量RT—PCR对11例慢粒患者治疗前后融合基因(BCR—ABL)转录本水平的变化进行监测,对55例不同病期患者之间的转录本水平进行比较。结果对于慢性期患者,造血干细胞移植后其BCR—ABL转录本水平明显下降,甚至检测不到,甲磺酸伊马替尼(格列卫)治疗可获得类似结果,而羟基脲、干扰素α或三尖杉酯碱治疗后,其BCR—ABL转录本水平虽有下降但仍维持在较高水平;患者发生急变时,其BCR—ABL转录本水平升高约10倍;急变期患者的转录本水平明显高于慢性期或加速期患者。结论实时定量RT—PCR方法准确可靠,对于监测慢粒患者的微小残留病变、考核疗效以及预测慢粒急变具有重要的临床应用价值。     

荧光定量聚合酶链反应检测HCV-RNA

丙型肝炎病毒 (HCV)是引起输血后肝炎的主要致病因子 ,在血中含量极微 ,免疫学标志仅有抗 HCV一项 ,而且抗 HCV出现较晚或不出现 ,所以单凭血清学诊断是不够的。为此 ,采用荧光定量聚合酶链反应 (FQ PCR)检测血清中HCV RNA ,是确诊HCV感染的有效方法之一 ,可为制订治疗方案及疗效观察提供确切依据。1　材料与方法1 1　材料1.1.1　标本 :88份血清标本来源于哈尔滨医科大学第一临床医学院临床确诊的丙型肝炎患者。1.1.2　试剂 :①丙型肝炎 (HCV)核酸扩增 (PCR)荧光检测试剂盒 ,包括 :引物序列、荧光探针序列、RNA提取液、逆转录…     

一种灵敏检测慢性粒细胞性白血病融合基因的方法:RT-nested-PCR

应用RT-nsted-PCR方法检测15例慢性粒细胞性白血病患者的融合基因bcr/abl，检出率高达93％。此方法是当前检测慢性粒细胞性白血病残留细胞较灵敏、较可靠的方法。     

聚合酶链反应检测老年人急性白血病IgH基因重排的意义

目的 为进一步了解老年人急性白血病的分子生物学特征。方法 应用聚合酶链反应（ＰＣＲ）检测２８例老年人急性白血病免疫球蛋白重链（ＩｇＨ）基因重排 结果 ６６．７％（４／６）老年人急性淋巴细胞白血病（ＡＬＬ）和４０．９％（９／２２）急性非淋巴细胞白血病（ＡＮＬＬ）存在ＩｇＨ基因重排;ＩｇＨ基因重排阳性老年人ＡＮＬ治疗缓解率（２２．２％）显著低于ＩｇＨ基因重排阴性老年人ＡＮＬＬ（６６．７％）（Ｐ〈０．０     

聚合酶链反应检测老年人急性白血病IgH基因重排的意义

目的为进一步了解老年人急性白血病的分子生物学特征。方法应用聚合酶链反应（PCR）检测28例老年人急性白血病免疫球蛋白重链（IgH）则基因重排结果66.7％（4／6）老年人急性淋巴细胞白血病（ALL）和40．9％（9／22）急性非淋巴细胞白血病（ANLL）存在IgH基因重排：IgH基因重排阳性老年人ANLL治疗缓解率（22．2％）显著低于IgH基因重排阴性老年人ANLL（66.7％）（P＜0.05）。结论应用PCR技术检测老年人急性白血病基因重排可帮助了解老年人白血病的分子生物学特征和预后,此方面尚需进一步研究。     

荧光定量RT-PCR检测急性白血病患者外周血WT1基因的表达

目的　了解急性白血病患者外周血WT1基因的表达水平。方法　建立荧光定量RT -PCR方法 ,用PEABI 770 0PCR仪检测 114例急性白血病患者、2 6例非白血病患者和3 6例正常人外周血中WT1基因的表达水平。结果　 2 2例急性髓系白血病 (AML)和 15例急性淋巴细胞白血病 (ALL)初发患者WT1基因的表达量为 10 5～ 10 6拷贝 / μgRNA ,取得部分缓解的 2 6例AML和 19例ALL患者的表达水平为 10 2～ 10 4拷贝 / μgRNA ,而取得完全缓解的 17例AML和 13例ALL患者的表达水平为 0～ 10 2拷贝 / μgRNA。 结论　WT1基因在白血病外周血中有高水平的表达 ,可作为急性白血病疗效考核及监测微残留病的指标。     

定量聚合酶链反应的临床应用近况

聚合酶链反应(PCR)技术已逐渐应用于遗传性疾病、肿瘤及感染性疾病等的诊断.但该技术大多为定性分析,结果重复性差,可靠性低,因而给临床诊断带来混乱.近年来,随着分子生物技术的发展,在常规PCR技术基础上发展起来一种新的技术,即定量PCR[1,2].定量PCR技术巧妙地利用了PCR技术的DNA高级扩增,探针技术特异性和光谱技术的敏感性及定量分析的优点,克服了常规PCR定性检测的一些不足,极大地提高了检测的敏感性和特异性[3].现将定量PCR的临床应用近况作一综述.     

一步法实时荧光定量PCR检测白血病WT1基因mRNA

目的 构建RT-PCR一步法实时荧光定量PCR检测WT1基因mRNA表达的方法,准确定量检测白血病患者微小残留病,指导临床判断预后和早期预测复发.方法 从K562细胞提取的RNA用特异性引物扩增WT1基因,pMD18-T载体克隆法构建荧光定量PCR标准模板,建立RT-PCR一步法实时荧光定量PCR检测wTl基因方法,并对该方法的灵敏度、重复性和稳定性进行检测.结果 构建的RT-PCR一步法实时荧光定量PCR方法的灵敏度达10-4水平:以拷贝数为1.0x106～1.0×102 cps/ml的标准品,分别进行RT-PCR一步法实时荧光定量PCR扩增后,标准品的Ct值与该标准品模板起始浓度的对数存在线性关系,r值达0.998:管间和批间的变异系数均小于8%.结论 所建立RT-PCR一步法实时荧光定量PCR检测WT1基因方法的灵敏度、重复性和特异性好;RT和PCR反应过程一步完成,更简便快捷,减少加样和污染机会,更适合临床检测.     

实时定量PCR监测慢性粒细胞白血病患者BCR——ABL融合基因转录本水平

目的 探讨实时定量聚合酶链反应(RQ-PCR)在监测慢性粒细胞白血病(CML)患者微小残留病变、考核疗效以及预测疾病预后方面的应用.方法 应用实时RQ-PCR对84例不同病期患者之间的BCR-ABL转录本水平进行比较,并对5例慢粒患者治疗前后BCR-ABL转录本水平的变化进行监测.结果 加速期和急变期患者的转录本水平明显高于慢性期患者.对于慢性期患者,造血干细胞移植后其BCR-ABL转录本水平明显下降,甚至检测不到,格列卫治疗可获得类似结果.结论 RQ-PCR方法准确可靠,对于监测慢粒患者的微小残留病变、考核疗效以及预测慢粒急变具有重要的临床应用价值.     

常见白血病融合基因筛查在白血病诊断与分型中的意义

目的:分析病人白血病细胞染色体畸变涉及的86种融合基因和临床白血病类型的相关性,探讨常见融合基因筛查法在临床诊断和分型中的应用价值.方法:收集161例初发或者复发的白血病患者及8例骨髓增生异常综合征(MDS)患者的骨髓细胞,提取RNA,用32条特异性引物逆转录为cDNA,利用白血病29种染色体畸变形成的融合基因的86种mRNA剪接变异体引物,分8管进行多重RT-PCR,筛查白血病融合基因.结合临床状态和形态学观察了解融合基因与白血病类型的关系.结果:白血病中115例(71%)分别检测出10种白血病常见融合基因,包括AMLl/ETO、PML/RARα、PLZF/RARα、dupMLL、MLL/AF6、MLL/AF10、CBFβ/MYHll、BCR/ABL、Hoxll、Evil.其中52例慢性粒细胞白血病(CML)100%检出BCR/ABL;25例急性早幼粒细胞白血病(APL)中88%检出融合基因,其中21例APL检测出PML/RARα,1例APL检测出PLZF/RARα;AMLl/ETO阳性的17例急性白血病(AL)16例为FAB-M2亚型,1例为混合型白血病;CBFβ/MYH11阳性的4例AL 3例为FAB分型的M4,1例为M5,属于向粒单细胞系统分化的白血病.16例AL检测出MLL基因异常,其中MLL/AF6白血病均为FAB分型的M5,具有典型的原始单核细胞白血病的特征.17例急性淋巴细胞白血病(ALL)5例检测出BCR/ABL.8例MDS病人中2例检测出融合基因,其中AMLl/ETO阳性的MDS-RAEB很快发展为AML.结论:这种以多重RT-PCR为基础的白血病常见融合基因筛查法可以准确、快速而且可靠地确定白血病的分子类型,提供白血病诊断和治疗的依据.     

实时定量PCR阵列检测小鼠大脑组织microRNA表达谱

目的：分析小鼠大脑组织microRNA(miRNA)表达谱,为研究特定miRNA及其靶基因、中枢神经系统miRNA相关的调节网络,以及miRNA在中枢神经系统疾病中的作用提供参考。方法：采用RNA加尾和引物延伸序列RT-PCR法,将精心设计的特异引物按Tm值排成阵列,用梯度实时PCR仪在不同的退火温度扩增每一个miRNA,并计算出每种miRNA相对于内参的表达量。结果：共检测了285个miRNA,阳性者260个,它们丰度不同,频数分布图大致呈正态。大部分miRNA的表达水平与已发表的芯片结果一致,而阳性率高于芯片结果。源自同一miRNA前体的2个成熟miRNA表达量,有些相差无几,有些则相差甚多。同簇相邻miRNA的丰度有些相近,有些则差异明显,提示miRNA转录后的归宿决定其丰度。结论：采用实时定量PCR阵列法,分析了小鼠大脑组织的miRNA表达谱,特别是获得了一些低丰度miRNA在小鼠大脑中表达的数据,这将有助于对这些低丰度miRNA的功能研究。     

石蜡包埋软组织肉瘤中融合基因表达的检测及其诊断学价值

目的 探讨检测软组织肉瘤组织中特异性染色体易位融合基因表达的诊断学意义。方法运用一步法RT-PCR技术检测105例石蜡包埋软组织肉瘤,包括30例滑膜肉瘤、15例横纹肌肉瘤(RMS)、25例尤因肉瘤／外周原始神经外胚层瘤(Es／pPNET)、12例隆突性皮肤纤维肉瘤(DFSP)、14例腺泡状软组织肉瘤(ASPS)、3例平滑肌肉瘤(LMS)、2例恶性纤维组织细胞瘤(MFH)、2例纤维肉瘤和20例对照组肿瘤组织中特异性染色体易位融合基因SSX1／SSX2-SYT、PAX3／PAX7-FKHR、EWS-Ful、COL1A1-PDGFB、ASPL-TFE3的表达。结果30例滑膜肉瘤中,28例(93．3％)检出SYT-SSX融合基因的表达,其中14例表达SYT-SSX1,9例表达SYT-SSX2;6例腺泡型RMS4例表达PAX3／PAX7-FKHR,其余9例胚胎型和多形性RMS均无PAX-FKHR表达;80%,(20／25)的ES／pPNET中表达EWS-FLII或EWS-ERG;12例DFSP中8例(67％)检出COLIA1-PDGFB融合基因的表达,14例ASPS中10例(71％)检出融合基因ASPL-TFE3的表达。3例LMS、2例MFH、2例纤维肉瘤和对照组20例肿瘤组织中均未检出上述易位融合基因的表达。结论软组织肉瘤特异性染色体易位融合基因的表达是其分子诊断的可靠指标,一步法RT-PCR技术检测染色体易位融合基因为临床软组织肉瘤疑难病例的诊断和研究提供了有效技术手段。     

实时荧光定量RT-PCR分析直肠癌PPARδ的表达及意义

目的 分析人直肠癌组织过氧化物酶体增殖物活化受体δ基因(PPARδ)的表达变化及其与直肠癌临床病理特征的关系.方法 选取手术切除的直肠癌标本86例,以癌旁正常粘膜为对照,采用实时荧光定量RT-PCR对PPARδ mRNA作定量分析.结果 48例(55.8%)直肠癌组织PPARδ表达上调,其中39例(81.3%)上调1.5～5.0倍, 5例(10.4%)上调10～20倍, 4例(8.3%)大于20倍, 与对照组相比,两组间差异无统计学意义(P=0.083).PPARδ的表达与直肠癌分化程度、病理类型及Dukes分期无相关性(P＞0.05).结论 直肠癌组织中PPARδ基因的表达无显著上调,并且与直肠癌分化程度、病理类型及Dukes分期无关.     

RNA加尾和引物延伸RT-PCR法实时定量检测microRNA

目的:用改进的RNA加尾和引物延伸RT-PCR法实时定量检测组织中的microRNAs(miRNAs),并评价其敏感性和特异性.方法:提取组织中的小于200 bp的RNA,用poly(A)聚合酶在其3'末端加尾,再用5'带40 nt延伸序列的单碱基锚定Olig-dT引物进行反转录,得到约80 nt的cDNA,然后用特异引物进行SYBR Green实时定量PCR扩增.结果:该法线性范围宽,可检测低丰度的miRNAs,能特异区分3'末端碱基不同的亚型,但对序列中间个别碱基不同的亚型不能鉴别.对15种miRNA在大鼠心、肝和大脑皮层的相对表达的检测验证了该法的可靠性.另外,海马组织中的miRNAs表达与大脑皮层组织有一定差异.熔解曲线的单一峰型和电泳检测到的单一条带都证明了扩增的特异性.结论:该法可快速、敏感地检测不同组织中大多数miRNAs的表达差异,可用于寻找组织特异及疾病相关的miRNAs.     

实时定量PCR检测Bcl-2/IgH融合基因在淋巴瘤中的应用

Bcl-2/IgH融合基因是淋巴瘤的肿瘤特异性标志,见于85%～90%的滤泡性淋巴瘤及30%的弥漫性大B细胞淋巴瘤患者。大量研究表明,该融合基因与滤泡性淋巴瘤和弥漫性大B细胞淋巴瘤有很好的相关性,对Bcl-2/IgH的定量检测能反应淋巴瘤的临床进程。现就实时定量PCR技术对Bcl-2/IgH融合基因的检测在淋巴瘤的分期、疗效评价、预测复发和预后评估等方面的临床意义进行综述。     

高密度脂蛋白诱导内皮细胞系差异表达基因的研究

目的：研究高密度脂蛋白（HDL）抗动脉粥样硬化（AS）的分子机理,克隆并分析血管内皮细胞在HDL作用下差异表达的已知和未知基因。方法：应用差异显示逆转录聚合酶链反应技术,分析人脐静脉内皮细胞系（ECV）304经高密度脂蛋白诱导后表达明显差异的cDNA。对差异基因进行序列测定和同源性比较,Northern印迹分析部分差异基因的表达情况。结果：HDL诱导ECV304细胞出现一些上调和下调表达的cDNA,差异表达明显的书籍基因有9个,其中上调表达的基因包括STE20样激酶、PBK1蛋白、转谷氨酰胺酶、肌球蛋白轻链、apobec-1结合蛋白、DAP蛋白;下调表达的基因有核糖体蛋白L7a（RPL7A）、线粒体外膜电压依赖性阴离子通道蛋白基因、甘氨酰胺核糖核苷酸甲酰基转移酶。差异表达明显的未知基因4个。Northern印迹证实,转谷氨酰胺酶基因表达上调50％,apobec-1结合蛋白基因表达上调70％。结论：HDL可诱导ECV304细胞转谷氨酰胺酶、apobec-1结合蛋白表达水平上调。这两个基因表达水平的升高可能与HDL抗动脉粥样硬化作用相关。