呼吸道合胞病毒实时荧光定量PCR检测

目的 建立一种快速、准确诊断人呼吸道合胞病毒(hRSV)早期感染的实时荧光定量PCR检测方法。方法 以hRSV最保守的N基因序列为参考,设计两对特异的引物和一条TaqMan荧光探针,在LightCycler定量PCR检测仪上对93例下呼吸道感染患儿进行hRSVRNA检测,并与病毒分离培养、常规PCR、巢式PCR方法和ELISA法相比较。结果 以PCR模板浓度来定义,该方法线形范围为1×10²~1×10⁷cDNAcopies/μl,灵敏度达1×10²cDNAcopies/μl,和巢式PCR相同,比常规PCR高10倍。用人脊髓灰质炎病毒Ⅰ型、柯萨奇病毒2型、甲型、乙型流感病毒、腺病毒7型作对照,均无预期扩增产物和荧光的产生;该方法在LightCycler和Rotor-Gene两种仪器上的定量结果具有一致性;采用该法对93例患儿行FQ-PCR检测出阳性44例(43.9%),ELISA方法检测阳性4例(4.3%),两者相关性不高。hRSV浓度的高低与患儿临床症状之间的关系不是很明显。结论 该方法可快速、灵敏、特异、定量检测hRSV,在hRSV感染的早期诊断和疗效监测方面具有良好的应用前景。     

鸭疱疹病毒1型实时荧光定量PCR方法的建立

目的建立检测鸭疱疹病毒1型(鸭瘟病毒)的实时荧光定量PCR方法,为快速诊断、致病机理研究及抗病毒药物筛选等奠定基础。方法根据病毒DNA聚合酶基因的序列,设计引物和探针,采用TaqMan探针技术进行实时荧光定量PCR,用含有125bp扩增产物的pMD18-T载体质粒为阳性对照,构建标准曲线,对该方法的特异性、可重复性、敏感性进行评价,同时与传统PCR方法进行比较研究。结果标准曲线表明在2.3×105~2.3×10拷贝数之间有很好的线性关系(r=0.999);实时荧光定量PCR最少可检测到23个阳性质粒,说明有很好的敏感性;试验内及试验间变异系数分别为1.22~6.69以及2.09~8.84,说明有较好的重复性;对非鸭瘟病毒DNA无扩增,说明有很好的特异性;在对病毒DNA的检测方面,比传统PCR的敏感性高出104倍。结论成功建立了针对鸭瘟病毒的特异、敏感、重复性强且可准确定量的实时荧光定量PCR方法。     

Nested real-time quantitative polymerase chain reaction assay

Background  Successful treatment of hepatitis B can be achieved only if the template for hepatitis B virus (HBV) DNA replication, the covalently closed circular HBV DNA (cccDNA) can be completely cleared. To date, detecting cccDNA remains clinically challenging. The purpose of this study was to develop a nested real-time quantitative polymerase chain reaction (PCR) assay for detecting HBV cccDNA in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) and bone marrow mononuclear cells (MMNCs).

Methods  Based on the structural differences between HBV cccDNA and HBV relaxed circular DNA (rcDNA), two pairs of primers were synthesized as well as a downstream TaqMan probe. Blood and bone marrow samples were collected from hepatitis B patients and healthy controls. To remove rcDNA, samples were incubated with mung bean nuclease and the resultant purified HBV cccDNA was then amplified by nested real-time fluorescence quantitative PCR. The cccDNA levels were calculated using a positive standard.

Results  The nested real-time fluorescence quantitative PCR method for HBV cccDNA was successful, with a linear range of 3.0×10² copies/ml to 3.9×l0⁸ copies/ml. Of the 25 PBMC samples and 7 MMNC samples obtained from chronic hepatitis B or liver cirrhosis patients, 3 MMNC samples and 9 PBMC samples were positive for HBV cccDNA, while all of the 21 PBMC samples from healthy controls were negative.

Conclusion  The nested real-time fluorescence quantitative PCR may be used as an important tool for detecting cccDNA in hepatitis B patients.

     

应用实时荧光定量PCR测定AdEasy系统中重组腺病毒滴度

目的:确立一种高效、简便的荧光实时定量PCR方法,对AdEasy系统中的重组腺病毒滴度进行测定.方法:采用Stratagene公司的AdEasyTM载体系统在293细胞中构建重组腺病毒,经10倍梯度稀释的病毒母液用以提取基因组DNA及空斑测定.以10倍梯度稀释的pAdEasy质粒作为标准模板进行实时PCR反应扩增六邻体基因片段,并绘制标准曲线.然后以上述的重组腺病毒DNA为模板,采用同样体系进行实时PCR反应,同时用琼脂糖空斑法测定病毒母液的滴度.结果:成功构建了重组腺病毒并对其进行了空斑测定.运用标准模板进行的PCR反应显示该方法的线性范围为101～108拷贝.病毒母液的DNA拷贝浓度(vg/ml)值,约为空斑滴度(pfu/ml)值的10倍.结论:荧光实时定量PCR方法可在较大的线性范围内检测重组腺病毒滴度,较之空斑法更为准确地反映了重组腺病毒的实际数量.     

检测痕量单纯疱疹病毒Ⅱ型荧光定量PCR方法的建立

目的 建立一种高敏感度的检测痕量单纯疱疹病毒Ⅱ型(HSV-2)DNA的实时荧光定量PCR方法,为针对HSV-2潜伏感染的治疗性疫苗和抗病毒药物疗效提供一个评价方法。方法 依据HSV-2糖蛋白D(gD)基因序列,使用序列比对软件,选取其保守区序列设计引物及TaqMan探针并进行筛选;以gD基因重组质粒pcDNA3-HSV-2 gD作为标准模板,对该检测方法的反应条件进行优化,提高其检测特异性、敏感度和重现性。结果 该检测方法特异性好,检测的最低拷贝数可达到2个拷贝,线性范围为2×10⁰~2×10⁸拷贝/反应,是普通PCR敏感度的10³倍。该检测方法组间和组内变异系数均低于5%,说明该检测方法具有良好稳定性。结论 本研究建立的TaqMan实时荧光定量PCR方法用于检测痕量HSV-2 DNA具有特异、敏感、定量和重现性好的优点。     

Real-time PCR与常规PCR在Q热立克体检测中的比较

目的比较与评价Real-time PCR与常规PCR,寻求适合于Q热患者早期诊断的方法。方法应用Taq Man探针定量PCR、SYBR Green染料定量PCR、巢式PCR和普通PCR四种方法分别对T-A克隆的Q热立克次体基因htp AB片断进行灵敏性、特异性和重复性检测及评价。结果 Taq Man PCR方法的灵敏度分别为SYBR Green PCR、巢式PCR和普通PCR的10倍、10倍和100倍。重复性测试Taq Man法Ct变异系数CV:0.2%~3.0%,SYBR Green法的CV:0.3%~6.0%。Taq Man和SYBR Green PCR均耗时约1h,巢式PCR耗时约2.5h,普通PCR耗时约1.5h。四种方法检测25种相关病原菌结果均为阴性。结论 Taq Man探针定量PCR方法具有很好的特异性、灵敏性、重复性和可操作性,可用于Q热患者临床早期诊断。     

双重荧光实时RT-PCR技术鉴定H9N2亚型禽流感病毒

采用双重荧光实时RT-PCR技术,建立一种简便易行的H9N2亚型禽流感病毒的快速鉴定方法。通过比对GenBank甲型禽流感病毒H9N2亚型的HA和NA基因序列,设计特异性针对HA和NA的引物,分别选用FAM和JOE两种不同荧光标记探针,构建双重实时荧光PCR一步法反应体系,同时检测样本中的HA和NA基因。结果显示:扩增曲线和特异性实验结果显示,该体系具有很好的扩增效率,且仅特异性识别H9N2亚型AIV的HA、NA基因,与相关病毒或其他亚型无交叉反应。采用重组质粒pMD19-T构建HA、NA阳性质粒,10倍梯度稀释液为模板,进行荧光定量PCR。结果证实,本研究所建立的双重荧光定量RT-PCR体系敏感性能达到10个RNA拷贝数。采用本方法检测60份感染动物样品及60份环境样品,与传统PCR方法相比,检测敏感性提高了100倍;与病毒分离鉴定方法比较,二者的鉴定结果完全吻合。该方法具有特异性强、灵敏度高、快速易操作等优点,是H9N2亚型禽流感病毒鉴定的有效方法。     

戊型肝炎患者粪便中病毒RNA的半定量检测

目的探讨戊型肝炎病毒(HEV)RNA半定量检测的意义和可行性,为HEVRNA的定量PCR(多聚酶链反应)检测提供科学依据。方法在逆转录-套式PCR基础上,采用样品倍比稀释法对戊型肝炎患者粪便中病毒RNA作半定量检测。结果20份粪便标本中有14份检测结果阳性,其中病毒RNA拷贝水平为8×105、8×107、8×108、8×109PCR单位·ml-1的分别为2、10、1、1份。对同一标本而言,在不同稀释度时,其PCR产物在量上无显著差异。结论定量PCR技术检测戊型肝炎病毒RNA是可行的,但应以起始模板来定量而不是以终产物定量。     

I型鸭肝炎病毒TaqMan荧光定量RT-PCR方法的建立及初步应用

目的 建立快速诊断I型鸭肝炎病毒的荧光定量RT-PCR方法。方法 根据NCBI下载的20个来自我国不同省份的的I型鸭肝炎病毒的基因序列,找出其保守序列,设计合成一对引物和一条TaqMan探针,进行条件优化,检测其特异性,敏感性,稳定性。结果 该方法敏感性达20拷贝,比常规PCR敏感性高。其特异性强,对番鸭细小病毒(MDPV),鹅细小病毒(GPV),新城疫病毒(NDV)和禽流感(AIV),鸭减蛋综合征病毒(EDSV),禽网状内皮组织增生症病毒(REV),鸭坦布苏病毒(DTMUV),禽呼肠弧病毒(ARV)8种病毒的检测均为阴性,I型鸭肝炎病毒检测结果为阳性。用建立的方法检测了江苏徐州采集100份样品,阳性率为92%。说明I型鸭肝炎病毒在江苏徐州地区的鸭群中普遍存在。结论 建立了I型鸭肝炎病毒荧光定量PCR方法。