浙江省1999—2011年麻疹流行株全基因组序列分析

目的 从全基因组层面探讨浙江省1999-2011年麻疹病毒的变异及其与疫苗株S191之间的差异.方法 选取浙江省不同年份分离的麻疹病毒流行株9株,采用RT-PCR方法扩增全基因组序列,并与疫苗株S191及国外主要流行基因型毒株进行全序列比较分析.结果 1999-2011年浙江麻疹流行株间的氨基酸同源性为98.77％ ～ 99.89％,麻疹病毒尚未受到明显的正向压力,各基因的变异仍属随机漂移.与疫苗株S191相比,两者间氨基酸的同源性仅为96.63％～ 98.16％,分别存在135～159个氨基酸的改变,其中共同的氨基酸变异位点113个,导致5个糖基化位点的变异.在核苷酸水平上,N基因的平均变异率最大(5.5％);而在氨基酸水平上,P蛋白的平均变异率最大(7.7％).此外,在全基因组序列上,浙江流行株与各国疫苗株的遗传距离均大于D4、B3基因型流行株与各国疫苗组的遗传距离(t=9.76,P＜0.05;t=-12.39,P＜0.05).结论 浙江麻疹流行株与疫苗株S 191在各基因上均产生了较大的差异,现行疫苗株与H基因型流行株之间的差异远大于疫苗株与国外优势流行株(D4、B(1)基因型)之间的差异,应密切关注这一变化趋势,及早研究后备麻疹免疫株.     

浙江省2005年麻疹病毒流行株基因特性分析

目的分析浙江省2005年麻疹病毒流行株的基因特性.方法对暴发疫情中分离的4株麻疹病毒采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增血凝素蛋白（H）和核蛋白（N）基因,纯化产物进行核苷酸序列测定.结果浙江省2005年分离到的4株麻疹病毒流行株均为麻疹H1基因型,属于中国麻疹病毒优势基因型.各分离株之间H基因氨基酸同源性为99.2%～99.7%,N基因氨基酸同源性为99.8%;与中国疫苗株沪191株的H基因和N基因比较,其氨基酸水平上的同源性分别为95.2%～95.5%和95.5%.结论浙江省2005年分离到的麻疹病毒流行株属于同一性状毒株,均为H1基因型;与中国疫苗株沪191株相比较,两者在基因特性上存在明显差异.     

宁波地区2004～2008年麻疹野病毒分离株基因特征分析

目的了解宁波地区流行的麻疹野病毒基因型别和特性。方法对2004～2008年宁波地区分离到的麻疹野病毒,采用逆转录-聚合酶链反应扩增麻疹病毒核蛋白基因碳末端456个核苷酸并进行序列测定,与基因库中麻疹病毒各基因型参考株比较并分析毒株变异情况。结果2004～2008年共分离到麻疹病毒22株,均属H1基因型,与H1型参考株China93-7的核苷酸同源性为97.1%～98.5%,与中国疫苗株沪191的核苷酸/氨基酸差异为8.0%～9.5%/9.8%～14.5%;其中16株与H1a参考株China93-2的核苷酸同源性为98.2%～99.6%,属于H1a亚型;6株与H1b参考株China94-7的核苷酸同源性为98.5%～98.9%,属于H1b亚型。结论宁波地区2004～2008年流行的麻疹病毒均为H1基因型,且以H1a亚型为主,亦存在H1b亚型。     

吉林省2001～2008年麻疹病毒血凝素蛋白基因特征和氨基酸变异分析

目的研究吉林省2001～2008年麻疹病毒代表株的血凝素蛋白基因（Hemagglutinin,HA）特征和氨基酸变异。方法从吉林省2001～2008年流行的麻疹野病毒中选取5株代表株,提取核糖核酸,用逆转录-聚合酶链反应扩增HA基因片段,对扩增产物进行核苷酸序列分析,并与基因库中的中国麻疹疫苗病毒株沪191以及所有23种麻疹野病毒基因型代表株的H基因序列,进行基因亲缘关系、同源性、氨基酸变异以及糖基化位点变异比较。结果吉林省5株麻疹病毒分离株均属于H1基因型H1a基因亚型,5株病毒H基因之间有6～17个核苷酸差异（0.3%～0.9%）,3～9个氨基酸差异（0.5%～1.5%）。与中国现行疫苗病毒株沪191H基因相比,有89～95个核苷酸差异（4.8%～5.1%）,25～30个氨基酸差异（4.1%～4.8%）。与H1a基因亚型代表株China93-4H基因相比,有9～17个核苷酸差异（0.5%～0.9%）,3～7个氨基酸差异（0.5%～1.2%）。吉林省5株麻疹病毒分离株的H蛋白均保留了4个糖基化位点,第5个糖基化位点在氨基酸第240位由丝氨酸突变成天冬酰胺,导致一个潜在糖基化位点NLS238～240的缺失。结论吉林省2001～2008年流行的5株麻疹病毒,均丢失了一个可能影响抗原性的糖基化位点。5株麻疹病毒的核苷酸、氨基酸差异均不大,但无论与H1a基因亚型代表株China93-4相比,还是与疫苗株S191相比,核苷酸和氨基酸的同源性均呈逐年递减趋势,吉林省麻疹野病毒H基因的变异仍在逐年增加、逐年积累。     

2008-2012年江西省麻疹病毒分离株N基因特征分析

摘要:目的　分析江西省麻疹病毒分离株的分子生物学特征,掌握该省目前麻疹病毒流行株的基因特性。方法　采用Vero/SLAM细胞对2008-2012年疑似麻疹患者咽拭子标本进行麻疹病毒分离,分离到的毒株通过RT-PCR方法扩增麻疹病毒核蛋白（Nucleoprotein,N）基因,并对扩增出的核苷酸序列进行测定,与GenBank中麻疹病毒各基因型参考株比较并分析毒株变异情况。结果　2008-2012年江西省麻疹病毒分离株均为麻疹H1基因型,属于我国麻疹病毒的优势株。13株分离株之间N基因氨基酸的同源性为98.1%～100%;与H1基因代表型China93-7的N基因氨基酸同源性为97.5%～98.7%;与中国疫苗株沪191株的N基因氨基酸同源性为95.0%～96.2%。结论　2008-2012年江西省麻疹病毒流行株为H1基因型,说明江西省近年来麻疹的流行株仍然是H1基因型。     

2008年-2012年江西省麻疹病毒分离株H基因特征分析

目的分析江西省麻疹病毒分离株的分子生物学特征,掌握江西省目前麻疹病毒流行株的基因特性。方法采用淋巴信号激活因子转染的非洲绿猴肾细胞(Vero/SLAM)对2008年-2012年疑似麻疹患者咽拭子标本进行麻疹病毒分离,分离到的毒株通过逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增麻疹病毒血凝素(hemagglutinin,H)基因,并对扩增出的核苷酸序列进行测定,与Gen Bank中麻疹病毒各基因型参考株比较并分析毒株变异情况。结果 2008年-2012年江西省麻疹病毒分离株均为麻疹H1基因型,属于我国麻疹病毒的优势株。13株麻疹病毒分离株之间H基因氨基酸的同源性为98.1%~100.0%;与H1基因代表型China93-7的H基因氨基酸同源性为97.2%~98.1%;与中国疫苗株沪191株的H基因氨基酸同源性为94.8%~95.6%。结论 2008年-2012年江西省麻疹病毒流行株为H1基因型,说明江西省近年来麻疹的流行株仍然是H1基因型。     

江西省2013年麻疹病毒分离株N基因特征分析

目的研究江西省2013年麻疹病毒的基因型别和特征,掌握江西省麻疹病毒的基因型别和流行特点。方法采用Vero/SLAM细胞分离培养麻疹病毒,用RT-PCR方法扩增麻疹病毒N基因,并进行序列测定和同源性分析。结果2013年江西省分离的15株麻疹病毒株均为H1a基因亚型,与H1基因的同源性为97.3%~98.1%;与中国疫苗株Shanghai-191株的N基因核苷酸同源性为93.7%~94.7%。结论 H1a基因亚型为江西省本土流行病毒株的优势亚型,近年来江西省流行的麻疹病毒无较大差异。     

新疆维吾尔自治区2003～2004年麻疹野病毒分离株基因特征分析

目的了解新疆维吾尔自治区流行的麻疹野病毒的基因型或亚型特征,为消除麻疹提供科学依据。方法对2003~2004年用健康产婴脐血单个核细胞分离的麻疹野病毒进行分子流行病学分析。采用逆转录-聚合酶链反应对麻疹病毒核蛋白(N)基因羧基(COOH)末端676个核苷酸片段进行扩增,并测定扩增产物的核苷酸序列。通过分析COOH末端450个核苷酸序列构建基因亲缘关系树,并分析毒株变异情况。结果2003年和2004年各分离麻疹病毒3株(XJ03-26、XJ03-27、XJ03-74;XJ04-146、XJ04-150、XJ04-152),除XJ03-26株与沪191株核苷酸差异<1%,属疫苗相关株A基因型外,其余5株均为H1基因型。其中XJ03-27、XJ03-74、XJ04-150、XJ04-152与H1a参考株China9322的核苷酸差异为0.5%~1.6%,同属于H1a亚型;XJ04-146与H1b参考株China9475的核苷酸同源性为98.7%,属于H1b亚型。4株H1a毒株分属两组(即XJ03-27与XJ04-150,XJ03-74与XJ04-152),每组内毒株N基因COOH末端450个核苷酸序列几近相同或无差异。结论新疆维吾尔自治区2003~2004年流行的麻疹病毒以H1a亚型为主,亦存在H1b亚型。新疆维吾尔自治区流行的麻疹野病毒间存在较大基因变异,不同年份存在相同麻疹病毒的持续循环传播,需加强麻疹疫苗的预防接种及病毒学监测。     

新疆地区2003-2004年麻疹野病毒分离株基因特征分析

目的了解新疆地区流行的麻疹野病毒基因型和亚型特征。方法对2003-2004年用健康产婴儿脐带血单个核细胞分离的麻疹野病毒进行分子流行病学分析。采用逆转录-聚合酶链反应对麻疹病毒N基因C末端676个核苷酸片段进行扩增，并对扩增产物进行核苷酸序列测定。通过分析C末端450个核苷酸序列构建基因亲缘关系树，并分析毒株变异情况。结果2003年和2004年各分离麻疹病毒3株（XJ03-26、XJ03-27、XJ03-74、XJ04-146、XJ04-150、XJ04-152），除XJ03-26株与沪191株核苷酸差异〈1％，属疫苗相关株A基因型外，其余5株均为H1基因型。其中XJ03-27、XJ03-74、XJ04-150和XJ04-152与H1a参考株China9322的核苷酸差异为0．5％～1．6％，同属于H1a亚型；XJ04-146与H1b参考株China9475的核苷酸同源性为98．7％，属于H1b亚型。4株H1a毒株分属两组（即XJ03-27与XJ04-150，XJ03-74与XJ04-152），每组内毒株N基因碳末端450个核苷酸序列几近相同无差异，但两组间毒株却存在较大变异，核苷酸差异达6．1％（27个核苷酸差异）。结论新疆地区2003-2004年流行的麻疹病毒以H1a亚型为主，亦存在H1b亚型。     

Molecular and phylogenetic analysis of Greek measles 2010 strains

Although elimination of measles virus (MV) by 2010 was a revised target, a new epidemic has been ongoing in Greece and other European countries. The purpose of this study was the molecular and phylogenetic analysis of the Greek MV circulating strain. Twenty-four MV strains isolated from clinical samples during the 2010 outbreak were genotyped and studied in terms of nucleotide variation and phylogeny. All of the detected viruses were of the D4 genotype, which is circulating in Greece in the Roma population of Bulgarian nationality, the Greek Roma population and the Greek non-minority population, as well as in other EU countries. Phylogenetic analysis revealed that these viruses belonged to subgroup 4 of D4 MV strains. It is essential to continue epidemiological surveillance of measles in Greece to monitor the transmission pattern of the virus and the effectiveness of measles immunization, which eventually will lead to its elimination.     

江西省2011年麻疹病毒野毒株与疫苗株的快速鉴别

目的 建立并运用逆转录多聚酶链式反应-限制性片段长度多态性分析方法(RT-PCR-RFLP方法)快速鉴别2011年江西省麻疹野毒株与疫苗株.方法 用Vero/SLAM细胞对1例疑似麻疹病例咽拭子标本进行麻疹病毒分离,通过RT-PCR-RFLP方法对分离得到的毒株进行麻疹病毒鉴定,RFLP方法主要是运用AflⅡ酶判断是否含有AflⅡ酶切位点(疫苗株有,野毒株没有)鉴别野毒株和疫苗株,同时对该毒株进行N基因全序列测定,以验证RT-PCR-RFLP方法.结果 RT-PCR-RFLP方法鉴定的结果为:该毒株(MVi/Jiangxi.CHN/23.11)呈单一条带,不能被AflⅡ酶切开,N基因序列测定结果为:麻疹病毒野毒株H1基因型.结论 成功建立江西省麻疹病毒野毒株与疫苗株的快速鉴别方法,并鉴别2011年江西省1例疑似麻疹病例由野毒株感染引起.     

贵州省麻疹疫苗强化免疫后麻疹野病毒基因特征分析

目的 了解贵州省麻疹疫苗强化免疫后麻疹野病毒的基因型特征,为麻疹消除提供科学依据.方法 将收集的咽拭子或尿液标本接种到单层Vero/SLAM细胞,获取阳性分离物后提取其病毒RNA,用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)对麻疹病毒核蛋白(N)基因羧基(COOH)末端676个核苷酸片段进行扩增,对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析.以C末端456个核苷酸片段构建基因亲缘性关系树,分析毒株间相互关系.结果 2007年贵州省共分离到11株麻疹野病毒,与Hla参考株China 9344的核苷酸差异为0.9%-1.4%,同属于Hla基因亚型.分离的麻疹野病毒包括2个亚支(即GZ07-1与GZ07-3,GZ07-6-12),分属不同的病毒传播链.GZ-06-12为相同麻疹野毒株引起的传播,GZ07-1、GZ07-3和GZ04-5是来源于一个祖先病毒的传播,为同一麻疹野毒株不同年份的传播.结论 贵州省麻疹强化免疫后流行的麻疹野病毒为Hla基因亚型,与中国的优势株保持一致,未见强化免疫前存在的Hlb基因亚型流行.存在相同麻疹野毒株引起的传播和同一麻疹野毒株不同年份的传播,需加强麻疹疫苗覆盖率和病毒分子流行病学监测.     

不同人群血清对麻疹疫苗株与流行株的中和能力比较

目的探讨不同人群血清对麻疹流行株与疫苗株中和能力的差异。方法采集麻疹患者急性期与恢复期血清、麻疹疫苗免疫前后儿童血清以及流动人口血清，分别对疫苗株沪191与2005年麻疹流行株进行中和抗体（NT）滴度测定。同时，利用疫苗株、浙江省当地流行株制备动物免疫血清，与相应毒株进行交叉中和试验，测定各毒株之间抗原比。结果疫苗免疫后儿童血清对疫苗株的中和抗体几何平均滴度（GMT）为50.82，高于流行株MVi／ZJ／05／7（GMT值为27．35）1．86倍；患者恢复期血清对流行株的中和能力（GMT值为386．95）显著高于疫苗株（GMT值为151．83）；流动人口血清对流行株中和抗体GMT值均小于疫苗株，差异为2．22～4．17倍；MVi／ZJ／99／1、MVi／ZJ／04／1和MVi／ZJ／05／7与疫苗株间抗原比分别为4．28、5．24和5．66。此外，部分患者急性期血清对疫苗株存在低滴度的中和抗体，GMT值1：4左右。结论不同人群血清对麻疹疫苗株与流行株的中和能力的差异有统计学意义，低滴度的疫苗抗体不能有效保护个体免受麻疹流行毒株的侵袭，应加强麻疹病毒变异与疫苗效果的相关研究。     

浙江省1999-2008年麻疹病毒流行株磷蛋白基因变异研究

目的 了解浙江省麻疹病毒流行株磷蛋白(P)基因变异规律.方法 采用RT-PCR方法扩增1999-2008年浙江省麻疹病毒流行株P基因全序列,进行序列测定,并与疫苗株Shanghai191及其他麻疹流行株进行比较.结果 1999-2008年浙江省各流行株与疫苗株Shahghai191之间存在59～75个核苷酸的变异(变异率3.9%～4.9%),导致36～42个氨基酸变异(变异率7.1%～8.3%),它们在二级结构上也存在一定的差异.P基因系统进化树显示,其基因分型结果与WHO推荐的核蛋白(N)基因分型结果基本一致.P蛋白氨基酸的平均变异率要大于主要抗原基因N和H基因.结论 1999-2008年浙江省麻疹病毒流行株与疫苗株Shanghai191的P基因存在较大差异.     

Characterization of measles virus strains circulating in Southern Italy (Palermo area,Sicily) between 2010 and 2011

Measles virus (MV) was classified in 24 genotypes that show a distinct geographic distribution. Genotypes contain multiple distinct lineages. In 2011 large outbreaks of measles occurred in Italy and in many European countries. Aims of this study are to analyze the intra-genotype variability and to follow the importation and the spread of new MV strains in Sicily. A fragment of 450 bps of MV C-terminal nucleoprotein was sequenced from sera of 73 Sicilian patients with symptomatic measles infections, occurred between 2010 and 2011. Five MV strains were D4 genotype and 68 were D8 genotype. The MV/D4 sequences were related to MV/D4-Enfield variant. Two lineages of MV/D8 genotypes, related to MV/D8-Villupuram variant and to a strain found in Birmingham in 2006 respectively, were identified. This is the first study that reports the co-circulation of different MV genotypes and lineages in Sicily suggesting multiple origins of the outbreak that occurred during 2010 and 2011 years.     

2012-2015年湖北省麻疹病毒基因测定分析

目的：通过对2012—2015年湖北省麻疹病毒流行株的基因型别和特征进行分析,了解湖北省麻疹病毒流行株基因特点,为制定消除麻疹策略提供依据。方法选取2012—2015年湖北省麻疹病例咽拭子标本126份,提取病毒核酸,对其中86份核酸阳性标本通过RT－PCR扩增麻疹病毒N基因并进行序列测定,对病毒基因型别进行分析。结果通过基因测序定型发现2012—2015年湖北省麻疹病毒基因型主要为 H1a亚型,仅发现一例 D8亚型,2例麻疹病毒疫苗株 A 基因。结论2012—2015年湖北省麻疹病毒主要为H1a基因亚型,首次发现一例麻疹D8基因亚型,存在少数疫苗相关病例。建议进一步加强麻疹病毒基因型别监测,实时了解全省麻疹病毒基因型别变化特征,为中国消除麻疹行动计划提供科学依据。     

2000年东莞市麻疹病毒流行株基因型分析

目的 了解东莞市麻疹病毒（measles virus,MV)流行株的基因型。方法 2000年4-7月间东莞市发生有55例患者的麻疹流行,采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）方法直接检测麻疹病人急性期唾液中的麻疹病毒核糖核酸（RNA）的N基因和M基因,对任意选取的5份RT-PCR阳性标本和疫苗株沪-191的N基因扩增片段进行核酸序列测定,并进行序列系统树分析。结果 用RT-PCR方法直接检测的阳性率为87.3%;用血清抗-MV-IgM ELISA方法检测的阳性率为70.9%,抗MV-IgM阴性的病人唾液中有68.8%的标本MV-RNA阳性。序列分析结果表明此流行株的基因型与世界麻疹病毒流行株不同,差异为1.4%-11.7%,可归属于H基因型。结论 2000年东莞市麻疹病毒流行核酸序列完全相同,为H基因型,说明本次流行的麻疹病毒具有同源性,来源于同一传染源。